Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256482.2
Sequence Length
2738 nt
GC Content
0.5336
GCCCUGGCCUUCGCGCAUCUCCCAGGUUAGCUGCGUGUCCGGGUGCUAGGCUGCAGACCCGCCGCCAUGACGCUGCGCGCGGCCGUCUUCGACCUUGACGGGGUGCUGGCGCUGCCAGCGGUGUUCGGCGUCCUCGGCCGCACGGAGGAGGCCCUGGCGCUGCCCAGAGGGUGCCACUACCCGGCUUAUGAAAGGAGAGAUCACACUUUCCCAGUGGAUACCACUCAUGGAAGAAAACUGCAGGAAGUGCUCCGAGACCGCUAAAGUCUGCCUCCCCAAGAAUUUCUCCAUAAAAGAAAUCUUUGACAAGGCGAUUUCAGCCAGAAAGAUCAACCGCCCCAUGCUCCAGGCAGCUCUCAUGCUCAGGAAGAAAGGAUUCACUACUGCCAUCCUCACCAACACCUGGCUGGACGACCGUGCUGAGAGAGAUGGCCUGGCCCAGCUGAUGUGUGAGCUGAAGAUGCACUUUGACUUCCUGAUAGAGUCGUGUCAGGUGGGAAUGGUCAAACCUGAACCUCAGAUCUACAAGUUUCUGCUGGACACCCUGAAGGCCAGCCCCAGUGAGGUCGUUUUUUUGGAUGACAUCGGGGCUAAUCUGAAGCCAGCCCGUGACUUGGGAAUGGUCACCAUCCUGGUCCAGGACACUGACACGGCCCUGAAAGAACUGGAGAAAGUGACCGGAAUCCAGCUUCUCAAUACCCCGGCCCCUCUGCCGACCUCUUGCAAUCCAAGUGACAUGAGCCAUGGGUACGUGACAGUAAAGCCCAGGGUCCGUCUGCAUUUUGUGGAGCUGGGCUCCGGCCCUGCUGUGUGCCUCUGCCAUGGAUUUCCCGAGAGUUGGUAUUCUUGGAGGUACCAGAUCCCUGCUCUGGCCCAGGCAGGUUACCGGGUCCUAGCUAUGGACAUGAAAGGCUAUGGAGAGUCAUCUGCUCCUCCCGAAAUAGAAGAAUAUUGCAUGGAAGUGUUAUGUAAGGAGAUGGUAACCUUCCUGGAUAAACUGGGCCUCUCUCAAGCAGUGUUCAUUGGCCAUGACUGGGGUGGCAUGCUGGUGUGGUACAUGGCUCUCUUCUACCCCGAGAGAGUGAGGGCGGUGGCCAGUUUGAAUACUCCCUUCAUACCAGCAAAUCCCAACAUGUCCCCUUUGGAGAGUAUCAAAGCCAACCCAGUAUUUGAUUACCAGCUCUACUUCCAAGAACCAGGAGUGGCUGAGGCUGAACUGGAACAGAACCUGAGUCGGACUUUCAAAAGCCUCUUCAGAGCAAGCGAUGAGAGUGUUUUAUCCAUGCAUAAAGUCUGUGAAGCGGGAGGACUUUUUGUAAAUAGCCCAGAAGAGCCCAGCCUCAGCAGGAUGGUCACUGAGGAGGAAAUCCAGUUCUAUGUGCAGCAGUUCAAGAAGUCUGGUUUCAGAGGUCCUCUAAACUGGUACCGAAACAUGGAAAGGAACUGGAAGUGGGCUUGCAAAAGCUUGGGACGGAAGAUCCUGAUUCCGGCCCUGAUGGUCACGGCGGAGAAGGACUUCGUGCUCGUUCCUCAGAUGUCCCAGCACAUGGAGGACUGGAUUCCCCACCUGAAAAGGGGACACAUUGAGGACUGUGGGCACUGGACACAGAUGGACAAGCCAACCGAGGUGAAUCAGAUCCUCAUUAAGUGGCUGGAUUCUGAUGCCCGGAACCCACCGGUGGUCUCAAAGAUGUAGAACGCAGCGUGUGCCCACGCUCAGCAGGUGUGCCAUCCUUCCACCUGCUGGGGCACCAUUCUUAGUAUACAGAGGUGGCCUUACACACAUCUUGCAUGGAUGGCAGCAUUGUUCUGAAGGGGUUUGCAGAAAAAAAAGAUUUUCUUUACAUAAAGUGAAUCAAAUUUGACAUUAUUUUAGAUCCCAGAGAAAUCAGGUGUGAUUAGUUCUCCAGGCAUGAAUGCAUCGUCCCUUUAUCUGUAAGAACCCUUAGUGUCCUGUAGGGGGACAGAAUGGGGUGGCCAGGUGGUGAUUUCUCUUUGACCAAUGCAUAGUUUGGCAGAAAAAUCAGCCGUUCAUUUAGAAGAAUCUUAGCAGAGAUUGGGAUGCCUUACUCAAUAAAGCUAAGAUGACUAUGCUGCUGGCUGUCUUUGUUCUUGGAGAGGUGGAGUGACUGUUCACGGAGAAUGCACGGCAUGGGGAUGAACCCUUUCCCUCUGCUUUUGAGCCCUGUUCUGGGCUCCAAGGUGCUGUAUGAUCUAGGCCGUGCUGGCCAGGAGACAAUCCUAUGGGGAUGGCAGUGGUGUCUUGUGCUCUGUCCCCUAGAGCAGUCACUGGCCACAGGUAGCCACCUGCCUUUCUCCCGGCUUCCCUAGCAGAGUUUGCUCAGGCACAAAUGUGCACCUGGAGCAUUUGAAAUGUGCUAGUGAGGCUGAGGAAGAGAAUUUUAAAUUUCAUUGAAUUGUAAUCAGUUUAAAGUUAAAUAGCAGCAGCUGCCAUGAGGCUCAGGCAGAUCCAGCUCAUCUUCCCCUCUGCCCCCUCCUCCCUAUCUUCCCCUCUACCCUCUCCUGCCUCCUGUCACAUCCGGUUAGGCUCCCAUCUCACUGAUGUGUCUCCUGCAGUGGUCUCUCCCCUGCCCUGCUUCCAGCCCCAGAGUCCUGGAGCAGCAGCCUCCUCACGGGUCUUGCCGCCCACAUGGUUGGAUCCUGAAACUCGCAGGGCCUCCCCCAACUGCCCCUGCCCACCCCCAGCCCGGCCCCAUCACCCUCCAAUUCCUAACCGC

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-988.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1040.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 807.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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