Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256484.2
Sequence Length
2774 nt
GC Content
0.5332
GCCCUGGCCUUCGCGCAUCUCCCAGGUUAGCUGCGUGUCCGGGUGCUAGGCUGCAGACCCGCCGCCAUGACGCUGCGCGCGGCCGUCUUCGACCUUGACGGGGUGCUGGCGCUGCCAGCGGUGUUCGGCGUCCUCGGCCGCACGGAGGAGGCCCUGGCGCUGCCCAGGACUUCUGAAUGAUGCUUUCCAGAAAGGGGGACCAGAGGGUGCCACUACCCGGCUUAUGAAAGGAGAGAUCACACUUUCCCAGUGGAUACCACUCAUGGAAGAAAACUGCAGGAAGUGCUCCGAGACCGCUAAAGUCUGCCUCCCCAAGAAUUUCUCCAUAAAAGAAAUCUUUGACAAGGCGAUUUCAGCCAGAAAGAUCAACCGCCCCAUGCUCCAGGCAGCUCUCAUGCUCAGGAAGAAAGGAUUCACUACUGCCAUCCUCACCAACACCUGGCUGGACGACCGUGCUGAGAGAGAUGGCCUGGCCCAGCUGAUGUGUGAGCUGAAGAUGCACUUUGACUUCCUGAUAGAGUCGUGUCAGGUGGGAAUGGUCAAACCUGAACCUCAGAUCUACAAGUUUCUGCUGGACACCCUGAAGGCCAGCCCCAGUGAGGUCGUUUUUUUGGAUGACAUCGGGGCUAAUCUGAAGCCAGCCCGUGACUUGGGAAUGGUCACCAUCCUGGUCCAGGACACUGACACGGCCCUGAAAGAACUGGAGAAAGUGACCGGAAUCCAGCUUCUCAAUACCCCGGCCCCUCUGCCGACCUCUUGCAAUCCAAGUGACAUGAGCCAUGGGUACGUGACAGUAAAGCCCAGGGUCCGUCUGCAUUUUGUGGAGCUGGGCUCCGGCCCUGCUGUGUGCCUCUGCCAUGGAUUUCCCGAGAGUUGGUAUUCUUGGAGGUACCAGAUCCCUGCUCUGGCCCAGGCAGGUUACCGGGUCCUAGCUAUGGACAUGAAAGGCUAUGGAGAGUCAUCUGCUCCUCCCGAAAUAGAAGAAUAUUGCAUGGAAGUGUUAUGUAAGGAGAUGGUAACCUUCCUGGAUAAACUGGGCCUCUCUCAAGCAGUGUUCAUUGGCCAUGACUGGGGUGGCAUGCUGGUGUGGUACAUGGCUCUCUUCUACCCCGAGAGAGUGAGGGCGGUGGCCAGUUUGAAUACUCCCUUCAUACCAGCAAAUCCCAACAUGUCCCCUUUGGAGAGUAUCAAAGCCAACCCAGUAUUUGAUUACCAGCUCUACUUCCAAGAACCAGGAGUGGCUGAGGCUGAACUGGAACAGAACCUGAGUCGGACUUUCAAAAGCCUCUUCAGAGCAAGCGAUGAGAGUGUUUUAUCCAUGCAUAAAGUCUGUGAAGCGGGAGGACUUUUUGUAAAUAGCCCAGAAGAGCCCAGCCUCAGCAGGAUGGUCACUGAGGAGGAAAUCCAGUUCUAUGUGCAGCAGUUCAAGAAGUCUGGUUUCAGAGGUCCUCUAAACUGGUACCGAAACAUGGAAAGGAACUGGAAGUGGGCUUGCAAAAGCUUGGGACGGAAGAUCCUGAUUCCGGCCCUGAUGGUCACGGCGGAGAAGGACUUCGUGCUCGUUCCUCAGAUGUCCCAGCACAUGGAGGACUGGAUUCCCCACCUGAAAAGGGGACACAUUGAGGACUGUGGGCACUGGACACAGAUGGACAAGCCAACCGAGGUGAAUCAGAUCCUCAUUAAGUGGCUGGAUUCUGAUGCCCGGAACCCACCGGUGGUCUCAAAGAUGUAGAACGCAGCGUGUGCCCACGCUCAGCAGGUGUGCCAUCCUUCCACCUGCUGGGGCACCAUUCUUAGUAUACAGAGGUGGCCUUACACACAUCUUGCAUGGAUGGCAGCAUUGUUCUGAAGGGGUUUGCAGAAAAAAAAGAUUUUCUUUACAUAAAGUGAAUCAAAUUUGACAUUAUUUUAGAUCCCAGAGAAAUCAGGUGUGAUUAGUUCUCCAGGCAUGAAUGCAUCGUCCCUUUAUCUGUAAGAACCCUUAGUGUCCUGUAGGGGGACAGAAUGGGGUGGCCAGGUGGUGAUUUCUCUUUGACCAAUGCAUAGUUUGGCAGAAAAAUCAGCCGUUCAUUUAGAAGAAUCUUAGCAGAGAUUGGGAUGCCUUACUCAAUAAAGCUAAGAUGACUAUGCUGCUGGCUGUCUUUGUUCUUGGAGAGGUGGAGUGACUGUUCACGGAGAAUGCACGGCAUGGGGAUGAACCCUUUCCCUCUGCUUUUGAGCCCUGUUCUGGGCUCCAAGGUGCUGUAUGAUCUAGGCCGUGCUGGCCAGGAGACAAUCCUAUGGGGAUGGCAGUGGUGUCUUGUGCUCUGUCCCCUAGAGCAGUCACUGGCCACAGGUAGCCACCUGCCUUUCUCCCGGCUUCCCUAGCAGAGUUUGCUCAGGCACAAAUGUGCACCUGGAGCAUUUGAAAUGUGCUAGUGAGGCUGAGGAAGAGAAUUUUAAAUUUCAUUGAAUUGUAAUCAGUUUAAAGUUAAAUAGCAGCAGCUGCCAUGAGGCUCAGGCAGAUCCAGCUCAUCUUCCCCUCUGCCCCCUCCUCCCUAUCUUCCCCUCUACCCUCUCCUGCCUCCUGUCACAUCCGGUUAGGCUCCCAUCUCACUGAUGUGUCUCCUGCAGUGGUCUCUCCCCUGCCCUGCUUCCAGCCCCAGAGUCCUGGAGCAGCAGCCUCCUCACGGGUCUUGCCGCCCACAUGGUUGGAUCCUGAAACUCGCAGGGCCUCCCCCAACUGCCCCUGCCCACCCCCAGCCCGGCCCCAUCACCCUCCAAUUCCUAACCGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1007.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1059.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 814.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(((...((((((.((........)).))))))...(((((.((((..((((....((.(((..(((((((.((((..(((((.........)))))..(((((((...))))))))))).)))))))...))).))..((.(((((((((((((((((((((((((((((............))))..((((....((((((((((.......)))........(((((((((....(((((.(((((...)))))...)))))...(((((((((........(((.(((((.(((((.((((...((((.((((((.......)))))).))))...))))))))).)))..........(((((....((((((((((.(((.(((.((((..(((((..((((..(((((((((((((((((....(((((((((((((((...((((..((((((.(((((((..(((((........))))).(((.(((((((((((.(((((((......))))))).......))))))).((((...))))..(((((((....(((.((((((((((..(((.((((((...((.(((((((....))))))).))))))))...(((..(((((...((((((.......))))))....))))).)))...((((.((((((((((..(((((((((....(....)....))))).))))........((((......))))..(((.((((.......)).)).))).)).)))).)))).))))...)))))))))..))))))).)))))))(((.((((....)))).)))..)))).)))(((((((((((((.((((((....)))))))))))).)))...........))))(((((.(((((((((..((((.((....(((((..........((((((....)).))))(((...((((......))))....))).)))))..)).))))..))))))))).))))).....))))))))))))).))))((((((((..(((...((((((.((((.((((((((((.......((((((((.......))))))))(((((.((((..((...))..))))))))))))))))))).......((.(.(((.....))).)))......)))).))))))..........(((((..(((.((........)))))))))).((..(((((((..((..(((((((((....((((..((((((((((((((((..........((((((((((((((((..(.((.(((((.(((...((.((((((............)))))).))..((((..(((........)))..)))).(((((((((((((((((..((((((......(((.(((((...(((((........)).))))))))..)))...))))))......(((((....)))))(((((((((((.((((..(((((.((.(((...))).))))))).))))))))....((........))))))))))))))))))..))))))))((((.........))))((((.((((((((((((((..((((.((((((....((.((((...((((..........))))......))))))...)))).)).))))..)))).))))..)))))).).)))....)))((((((....))))))(((((((((.(........))))))))))((.((((..(((........))))))).))))))).)).)..))))))))))).)))))))))))))))))))))...)))).....)))(((((((...((((((((.(((....)))..))))))))......))))))))))))).)).))))))).)).))))))))))).))))))(((.......))).(((((...((((((.....))))))....))))))))))))))(((..((((((.(((.((..((((((((.(((.((....)).))).(((.....)))..((((((((....((((((........))))))...))))))))))))))))..(((.((.(((........))).)).)))......)).))).))))))..)))((((.(((((.........))))).))))...((((((......))))))..((((........)))).((((.....))))((((.....)))).))))))))))))))))))))).(((((((.....)))))))....((((....((((((....)))))).....)))))))))..)))))))...)))...((((....)))).)))))))))).....(((((.(((.(((((.((((.((((..............((((((((....)))))))).........((((...))))...((((....((((((.................))))))....))))...........))))..))))....)))))))).))))).))))).))))).((((.....))))....))))))))))))))))))...))))).)).....))))..)))))))).))))).)))...(((.((((((.((((......)))).))))))))).......))))))))).))..)))).))))..)))))...))).)))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({{(({...((((((.((.....,..)).))))))...{(({(,{{((,.((((...,((,(({..{{{{{{|,|{||}}{((((.........))))|,,{((((({,,,|}}}})||||}.}|||},}...|)).}}..((.(((((((((((((((((((((((((((((...,.....,},}}},..(((({,..{{((((((((.......)))........(((((((((,,..{((((.(((((...)))))...))))}...{{(((((((....(((((.((.{(,...(.((((((((.((((((((((((.......)))))}|||,....}}|{||...(((((((.........(((((((({.({({{(((,,({{((,.{{,{{((,,{..((({,.{,,...||,,|||||{,,,,.,.|,}||{{{{.,..}}},}|}}})}),},,,))})))..(((((......,.)))))..((((((,{{{{.{{,{{{|{{|},},{{||||}||,(((({({((((.((((((..(((.((((((.{,,(((((((.((....||({{((({{((((((...({.(((((((....))))))).))))))))...|{{..||||}|,,,.{{{{||{{..{(({{{(,.((((((({((({..,{{{.,.|||{||}|..,|{|||||{,,..|}},}),...|||||.|||}.....,{.(((({.,,,{||||{,{(((((.({({{{...,.,|{(.{{,{.((((((,..{(((((..(((,.(((((((,((,(({..,)))})},})))))).)))..)))))))))))}.,)})}))}}}}...}}}}|}}}}}}}|||||||{|{{{(((((.....,.))))).(((((.(((((((((..((((.((,.,.|{{,,....||||{,({(((({...,,})}|||||.,..,{{,,....,,||{|{|||..}}}))}})).))))..))))))))).))))).....|,,((({.,,,.,,.,,..||,,,...||}|{,,{(((((,{(((.((((((((((,..,,,.(((((((({......}))))))}|||||,{|||..|{....}..})))}}}}}))))))))))...,,,,,,.|,|||...||))||}||.,,...}}},.))))))..,||,....,,},,,}}}}))))))},,,,)))),))))},||{||},||||}.,,|..}))}}})))).}})))}.((((((((((((((((,,|.......|((({{((((((((((..,.({.(((({.{|{{{.{{.((((({{......,,..,))))})))).(((((((((((.(((.....{{(({((,{((((((((((((((((..((((((......(({.(((((...(((((........)).))))))))..))}...))))))......(((((....))))){((((({((((.((((..(((({,((.(((...))).))))))).))))))))....{{........)}})))))}))))))))),,))))))))})|{.{({....}))|}{(((,(((.,((,(((((({{(((,.|.}}},||{....,|||.{{(,(({..{((((({((||{,...,)))..))},}))))))}))))...,||||}|{{,|{{{{....}).}},.}}},|||||}}}})))),)}.,||||})}}}}.}))}})))))))))))))),(({,(((,.......})))))))),))})).)).}..))))))))))),)))})))))))))))))))))))))))}.....(((((.((({....}})).)))))...,.,,.....,,,,))))))...)))...)))))).)))))},)))})),))))}}}.})))))(((((((((({..((((....))))..}....))))))))))}}.}))))))))...|,|(((.(........).)))}..(((((((({(((.((....)).)))},((.....},,..((((((((....((((((........))))))...))))))))))))))))..)))))))...}})))))))).)))))))).)...,),)).)))))...(((((((..(((((........}))))..,(((((.((((((......)))))).))))),,,,........,,))))))).(({{((((((.........(((((.(((((((((..({{{(((((((,....}})}))}}.,...})}}))}||,.|}}),})))){(((((((((((((.((((((.(.,{(((((((((((....)))}.,)),)))))....,..).)))))).))))))).))}}))}|,.....,,,|,,.((((((((....)))))))),,,,...,.(({{..,))))...((((....((((((.................))))))....)))).......))))).......)))))))))....(.((((({{(((.(({......})).))))))))).)))))))))))))))))))...))))).}}.....)))),})))))))).))))).))}...(((.((((((.((({......}))).)))))))))......,))))))))),)}..}})),}})),,))))).}}))),)))},,.......................
Back