Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001256579.3

Sequence Length

2195 nt

GC Content

0.3563

GUGAAGGCAAGAGAGAGCUACAAGAGGCAAUCAUAUUUUUCAAAGCAGGGCAACAAGAGAGUGAAGCUGGUCAAAAUGAAUCUUUUCUGCAUUUCGCUGGAGGGCUCUAUGGAUAGCUUAUAUGAGCCAAUCCCAGAGCAACAAGCUAACCAAGAAAACAUGUCUAGUAGAACUGAUUCUCCUAUCCCACCCUUUGGAGAGAGUGAACAAACACCAAACAAUCUCUUCGUGGGAGUUUCUAAUUUAGAGAAUGCAAAACCAAAAAAGAGAAAGUUAUUCCGGAGAUUUAUGUCUGAAAAUAAAAUAUUUGAAGGAAAAACUGUGAAUGACAAAAUCUGGCAGGAACACAGCAAGCAUAAGAAUGAUUCCCACAUCAGAAGGCCCUGUCAGCUAAAAGAUCUAAAUGAAGAUGAUUUUCUAAGUAACAACAUACAUACCUAUCAAGGAAAAACUCUACAAGGAACUUCCUAUCAGGUGACCUCUGAAUGUUGGAGUCCAUUUCACUAUCAAAGACAUGUUGAGACCACUGUUGAUGAACUGGCUCAAGAAUUUAUGUAAAGUAACAAAAGAAGAUACUUAUGUAGUCAAAUGUCCCCAAGGAUAUUUGAGGAACAAUGAAUUCCUGUGAUCCAAUCCUUCAAUUUAAAGAUGAAGGGCUGAAGUGCAGAGAGGAGAAGUGGCUCACUCAAGUUCACAUGGCCAGUCACAAAGCAGAUUUUCAAAGCAGAACAAUCAUUAGUCGGCACACAAGGGCAGGUUCUUACUCUAGGUUUUCUUAACAUUUCUUGUGUAUAUGAAAUAAAUAUUAGAUAAAAAUGUUUUUUUACUGUGUAAUUUUCCAUUCAUAGCUCCUCUUCUUGCUAAGAAUCCAAUAGAUACUUAAUAAAAAUUAAUUAAUUUGCAUACUGGCUCUUAAAUUUCCUAUUGUUCAUAAUUUUUGGUCAGCUAGGAGGUGUACCCAGAAACAGAAAUGUUCUUAUGAGUAGUUCUAGAAACUUCUUCAAAAUUUCAGAGCAGAGGAUAUUACGCAGGAAGUAAGAAAGAUGUGGCUUCUGUGGCCUUUUCUCUUAAAUCAACACAACCCCCAUUUGCAAUGCUGGUUUGUGUAAUCCUGGCAACUCCCAGCUAGCUUGGCAGUGUGUCCACAUUCAAAGACUGACCCAAAGCUAUAGGUCAGUGAGCAAAAAGCAGUCUUGGCUUCCCCUGCAGAAGUGGAGAAAUGGCAGUGACAUUGCGACUUCAUUAUACUAUGGAAAAUUGGGCCUGUGUGGCUUCUGAAAGACUCCUUUCUUUUUUUACUGUGUUCUCAGAGGGCAUGUUAUUCCAAAACCAGAAUUAUGCACAUCAAAAUCUGCUUGAGAGGAAGGAGGAGCUAGAAUAUCAUGUUAGGACUUGAAAGGGUUUUAGUGUUUUUACAGUGGAAUAAGACUAUUACAUAAAUGGCUUUGUUAGAUAACCUAAAUUAUACUGCUUAGCUUCUUAAAUACCUGCUAAUCCUCUAGCCAAGCACAUUUCUUCUCCCUACUCUCACCUUAUGCAAUCUUUCUCCUGUGAAUAAUCAUUGAAUUUUAUUUGUAGUUCUCAUAUGACACAUCUACUUUUUCCUCCAGAUGUAUUUUUGGCCUGCUGUUGAGAUUGAAUGUAUUUAUUGACCAUACUGACUCUAGGAAGUGAUAUGUGUAAAACAGUACUAGAACCCCAAAGAAAUCACCUUGCAGUGAGGGGGACAGGAACAGAAACAGAUGACUAUUUUUCUUAGUAUUCAUAUUAAGCAAUGUGCAUCACAGGCAGACACAAUAUUUCAUUCUUCUUUGCACCUCCCGUAGAUUAGGUCCUCAGUAAUAAAUUAGGUCCUCAUCUGAUAAAUGAAUAAAUAAAUGUCUUAUAAGCCUUCCAGGAGAAUAUAUUUGAUUUUAUUAACUAAUUCAUUCAAUUACUCAUUUAUUUGAUGACUUAAAAUUUUGCCUAGCUUUAUUGUGUUUUUCCAAUCUUAGUUUAAGUUCAGUUUCUAUCACUGAAAAAUAAUAAUUUUUAAAAUUAUAAUGAUAUACGAAUAUCUAAUGUCAACAUGGCAAUUUUCCCACCAACUGUAAUUAUUUCUUCAAUCAAUAUUUCAUUUGCAUAAAUUAUCUUAAAUUGUCUUUUUAAUUAAUUGUAUUUCCAAGAAAGCAAUAAAAUAAACCUCUGAAGUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-484.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -536.32

Frequency: 0.0000

Diversity: 574.78

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((.(((..(((.(((((((..((((..(((.((((((((..((((((...(((((((((((.((((.(.........((((((((((((((((((((..((((((((((.....))))).)))))....))))(((.....))).........(((((((((.((((((((..(((((...((((((.....((((((((((......))).......))))))))))))).((((((...))))))................))))))))).((((..((((((.((((............((((..((......))..))))))))))))))....))))..............((((((((((.((((((((.(((((((..((....(((.(((...((.(((.(.((((((.........................)))))).)))).)).))).))).))..)))).).)))))).)))).))))).)))))..))))...)))))))))(((.(((..(((....)))))))))......((((((((.(((.(.......).)))))))))))((((((((((....))))))))))(((.((..(.....)..)).)))..(((((((.........))))))).))))))))))))))))..).))))))))))..((((((.(((((............(((((((......))).)))).......(((.(((((((.((.(((((((((.((((....))))((((((.((((.(((((.......))).)).)))))))))).......(((((((((..(((((((.((((..........)))).))))........((((((..................((((.(((..(((...(((((((((((.(((.......))).))).))))))))......)))..)))..)))).....))))))(((((.((((...........)))))))))...))).)))))))))..)))))))...)).)).))).)))))))...............((((((((..((((...))))..)).))))))....((((......)))).((((((((((((.(............).)))).))..))))))..))))))))))).........))))).....))))))...(((((((...(.(((((...))))).))))))))......))))))))))))))).))))))))))(((((....))))).........))).)))((((((((((((..((((........)))))))))........(((((.....((((((((((....((((...((((((.((((((((((.(((.(((((((..(((((((.((((..(((...((.((((((((((((.((((((..................(((((.............)))))...)))))).)))).)))....................))))).))))))))).)))))))....))))))).))).)))).)))))).))))))....)))))))))))))))))))((.(((((((..(((...(((((((((..(((((.....((((((.(.(((......))).))))).)).....)))))..........(((((((....(((((((..(((((((((..(.((((((.((((..((((...(((((((....))))))).))))..))))..(((((((((......((((((..((..............((((.(((.(((.(((.....)))))).))).))))))..))))))........))))).....))))....(((((((.((.(((((...))))).)))))).)))......(((......))).((((((((...(((...(((........)))....)))......))))))))..)))))).)..))).......(((((((...)))))))...(((((....)))))...(((((...)))))....)))).)).)))))))..)))))))...)))..))))))...)))..(((((..(((((.......))))).)))))......))))))).))...........))))))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

..(((.(((,,(((((((((({..((((..{({.((((((((..((((((...((((((((((,.((((,({,...,...((((((((((((((({((((,.((((((((((.....})))).)))))..}})}))(((.....))).........,((((((((,({((,,.,,.||||,|,.((((((.....((((((({((......,,,....,..))))))))))))).{(((({...}))))),{,{...........{{{....((((((((({,,.(({...(((..(((({...}))))..})),,,}.))},)))))))....))).{{.|,....}.)}..,,....((({((((((.((((((({,(((((((...,....{{{{((,......|||.|,}}}},|..{{,......,,,...,,,....||||,....|,,...{|||..,))))..)))).).)))))),,))).)))))),)})),.}}}}...))))))))|(((.(((..(((....)))))))))}.....{((((({{{(((.(.......}.)))))))))),((((((((((....))))))))))(((.({..{.....)..)}.)))..{((((((.,,....,,))))))}.,)))))))))))))))...,})))))))))..({{(((.({(((,||,.....,,.(((((((......))}.}}}}....,..(((.(((({((.((.(((((((((,{{{{....}}}|(((({(.{{((,{{{{{,,,....|||||}.}}}}}))))),,.,,,.(((((((((..((({(((.({((.,........}}}}.|}|}......|,{,{(({{{....||,.,..,,|||{{,{.((({.{{{...(((((((((((.{((.......))}.))).)))))))).,,.,,))}.,||}..,)))},,,,})}}}}(((((.((({.{{.....,,.))))))))),,,))).)))))))))},})))))),.,}}.)},))).)))))))...,,,.........((((((((..((({...})))..))}))))))....((((......)))).{(((({((((((.{,...........,.)))).|)..}})))}..))))))))})).........))))).....)))))).,.(((((((...(.(((((...))))).)))))})}......))))))))))})))).)))))))}}}(((((....))))),,,,,,,.,}}).)))((((((((((((..((((........)))))))))...,{{{{{..{{{{{{.((((((((((,,,.((((...((((((.((((((,,((,{{{.(((((((..(((((((.(((,.{(((...{,.((((((((((((.((((((................,.(((((.............)))))...)))))).)))).)))),..................,}))).}}))))))).))))))).,,.))))))).}}}.))),.)))))).))))))....))))))))))))))}}}},}},.}}}))}.,|{|...{{{{{{{{{,,({{{{,,{{.{{{{{{.{.{{{.,,|..}}|,}|,||,|}....,}}}}),.,,......{((((((....(((((((..(((((((((,,,.((((((.((((,{{({,...(((((({....))))))).}}||||)}))..,((,((((((((((.......,,..{{(((.......))))}..||{.{({.{{(,,...,|||||,|,|((((.(((((((((.{{{,{,{{,{{,,{{,,..{({...}}),,,,|,}},,,||,,,,}}}...,|},,,,,,.,.})}.))))))))).))))),}}},....}}}}..,}...)))))))))}..))...,,,,...,,,},,,.)))))).}..))),...,,.(((((({...}))))))...(((((....)))))...(((({...}))))....)))).)).)))))))..)))))))...}}},,,,,}}}.},))),,..,,,..,,,,{{{{.,,,|{|},,,.{{{{{.{{{{..,)))})))))........))))))).......