Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256588.2
Sequence Length
1371 nt
GC Content
0.5069
AGAAGCAGAAGCAACACAGAAAGAAGAUACCAACAGCCUCCUGAAACUCACGAGAGUGGACACUCCAGUGUUGACCACCUAAGAUACCACUCCUGCUCCAAAGAUUACAGCUCCCUUGUCAUUCUGACUCCUGGGCUUACCCUACACCCCAGAGAUGGAGCAACUACUAGGAAUAAAACUUGGCUGCCUGUUUGCCCUGUUGGCUCUCACUCUGGGCUGUGGCCUUACUCCCAUCUGCUUCAAAUGGUUCCAGAUUGAUGCAGCCAGAGGUCAUCACCGGCUAGUCCUCAGACUCCUGGGCUGUAUUUCUGCUGGUGUUUUCCUGGGAGCAGGGUUCAUGCAUAUGACUGCUGAAGCCCUGGAGGAAAUUGAAUCACAGAUUCAGAAGUUCAUGGUGCAGAUCAGCAAGUGAGAGAAAUUCUUCUGGUGAUGCUGAUUCAGCUCAUAUGGAGUAUCCCUAUGGAGAGCUCAUCAUCUCCCUGGGCUUCUUUUUUGUCUUCUUUUUGGAGUCGCUGGCAUUGCAGUGCUGUCCUGGGGCUGCUGGAGGAUCGACAGUGCAGGACGAAGAAUGGGGUGGGGCUCAUAUCUUCGAACUCCACAGCCAUGGACAUUUACCCUCACCCUCAAAGGGUCCCCUCCGAGCCCUUGUCCUCUUGCUGUCACUCUCCUUUCACUCAGUGUUUGAAGGGCUAGCUGUGGGGCUGCAGCCGACAGUAGCAGCUACCGUGCAGCUCUGCCUUGCUGUCCUGGCUCAUAAGGGGCUUGUGGUGUUUGGUGUAGGAAUGCGGCUAGUGCAUUUAGGUACCAGCUCACGAUGGGCAGUGUUCUCCAUACUAUUAUUAGCUCUCAUGUCCCCCCUGGGCCUAGCCGUAGGGCUGGCUGUGACUGGAGGGGACUCUGAAGGAGGGCGGGGCUUAGCCCAGGCUGUGUUAGAGGGUGUGGCAGCUGGUACCUUCCUGUAUGUCACCUUCCUAGAAAUUCUUCCACGGGAGCUAGCUAGUCCUGAGGCCCCUCUAGCUAAGUGGAGCUGUGUAGCCGCUGGUUUUGCCUUCAUGGCCUUUAUUGCCUUGUGGGCCUGAGAGAUUCCUGGCUUUUCUGAUGGACCUAUUUAGGACAACCUCUCUAUCCCCAGGGAGACCUCCCAAAUGGCUUUGACCCUCAGACAUUUCUUUACUCAGACUAAAUAGCAUUCAGUAGGACUGGACUGGACCCCAGGUUUCCUUUACAUGAGAUCCCAUUUCUCACCCUGGACUAAGACAAAGAUAUUUAGGUUGAGCAGCUAUUAAUUGGAGAAUUGGUACAGAGACGCUCCAGAUUUUAUUCUUAUCCCAUUUAUGCUACUGUGUGUAAUAAAAUGCCCAUUUUACCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-465.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -491.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 450.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((....))....(((((((((((((....(((....)))..........((((((...((...(((.....)))...))...)))))).(((((((((((......(((.(((((...((((.(.(((((((((...(((((.(((((((.((((((....((.(((....((((..((...)).))))..)))))..)))).))))))))).)))))((((.(((((..((((.((((.((....))..)))).))))....(((....(((((((((((((..........)))))).......)))))))....))))))))(((((((((.(((......))))).)))))))))))....((((((...)))))).))))))).)).)))))...))))).)))......))))...((((.((((...)))))))).)))))))..((((.(((((........))))).)))).........)))))))))))))((((((.(((((..((((.(((((..(((((((((((...(.(((....(((((..(((((((((((......))))).))))))..(((((((((...(((.....(((((.........)))))....))).(((((((.......(((((................)))))....))))))).))))))))))))))..))))..)))))))).))).))))).))))..)))))...))))))...((((...((.(((((((((.(((((((((...((.(.((.(((..(((((((((((...)))))...((((((((....((((.(((((((((.((((((((..((((.((((....))))))))......)).))))))..(((((((((.(((((.((((.((((...(((((.((((((((((((((.((......)).)).))))))..(((((((......((((((((((((((..((((((.((((((.....((..((((((((((((.((..((.......)))).))))).))))))))).....)))))).)).)))).)))))))..))).))))....)))))))....((((((......)))))).((........)).....)))))).)))))........((..(((.(((...))).)))..)))))).)))).)))).).)))))))))..(((((.......))))).((((((..............)))))).)))).))))).))))))))))))))))))..))).)).).))....))))))))).))..((((((......))))))..))))))))).....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(({{.(((,.,.(((((((((((((.....{{,(({.(({...}}}.}}|{((((,,,(,...|||,....}}}...,}...}}}}}},((((((({{{(......(((.(((((...((((.(.(((((((((...(((((.(((((((.,(((((.,,.{{.(((....((((..({...)}.))))..))))),.)))),,,))))))).)))))((((.(((((..((((.((((.((....))..)))).))))....(((....(((((((((({((.,{{....},)))))).......)))))))....))))))))(((((((((.(((......)))))}}))))))))))...,((((((...))))))}))))))).)).)))))...))))).))),,....}})),}.((((.((((...)))))))).))))))}..{({{.(((((........))))).}))),,.......))))))))))))),{{|(({{({{{..{|||}|||(({((({,((((,({{{,..,}||||||.}|||||,..{{((((((((((({,({{{{{{{{,,.,,,{({{{{{.|((.......,{({{.{{{{{..((((({{{{{{{|{{{||||,}}},..,||||,,..,,,,,,,,,,..}}}}}...})))))}}.(((((,{({{{,,.,}}.,}}))})))))).)}},|||||,}}||,,|||}|...,|||||{..,((({{.{({(({({{((({({,{((((({(.,,.,}||}|||..{||||||{{||,.,})})},,,((,{{{{|,,,,{,{{.{{||||{||.|||||{{{}}||||.{||{,}},))),))))}}..,,))}))))))}}|,,,,||||},||||.,,{|.||||}}}|||||.|||||||||||((({({......||{||,||||},..(((((({......(((({(((((((((.,((((((.((((((....,((..{((((((({(((.((,,({.,,....}}}}.}}}))|}}}}}},}}...}.)))))).)).)))}.)))))),.}}}}.}))}.,,{|||}|||....((((((......))))))..,}}|.,|||))....,})),))}))}}}..||,,,||,|}.||,..,,},.,|,}|}}}}})))).)))}.,})),),}}}}}},,,..(((((.......))))).||||||,,........},}})})))).}))),))))}.}}}}|||||,,||}}}}}..,)).}),)}))....,,,,)))))})))}}|.|}}}.)})}|,||,....,,}}},.,,....,....
Back