Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256765.1
Sequence Length
1810 nt
GC Content
0.5597
AAAAGCGAAAGCGAAUGCGACUGGCGGGGCGGCAGGUCCCAGAGCAGCGCUCGCCACCUCCCCCCGGCCUGGGCAGCGCUCGCCCGGGGAGUCCAGCGGUGUCCUGUGGAGCUGCCGCCAUGGCCCCGCGGCGGGCGCGCGGCUGCCGGACCCUCGGUCUCCCGGCGCUGCUACUGCUGCUGCUGCUCCGGCCGCCGGCGACGCGGGAUGCAAGAGACAGGCUGGCUGUCCUGGCGGGAAGGAGCAGAAUAUCUGAAAGCUUCAACCAUGAGGUCCAGACACACGAGGCCUGCGUGAGACUCAGGACAAUGGAAAACUGCCCCCAGUGCCACCACCAUCGGACAAGCAGGCAGCAAGCAGGCAUCACGUGCCCUCCCCCCAUGUCCGUGGAACACGCAGACAUCUGGGUCAAGAGCUACAGCUUGUACUCCAGGGAGCGGUACAUUUGUAACUCUGGUUUCAAGCGUAAAGCCGGCACGUCCAGCCUGACGGAGUGCGUGUUGAACAAGGCCACGAAUGUCGCCCACUGGACAACCCCCAGUCUCAAAUGCAUUAGAGACCCUGCCCUGGUUCACCAAAGGCCAGCGCCACCCUCCACAGUAACGACGGCAGGGGUGACCCCACAGCCAGAGAGCCUCUCCCCUUCUGGAAAAGAGCCCGCAGCUUCAUCUCCCAGCUCAAACAACACAGCGGCCACAACAGCAGCUAUUGUCCCGGGCUCCCAGCUGAUGCCUUCAAAAUCACCUUCCACAGGAACCACAGAGAUAAGCAGUCAUGAGUCCUCCCACGGCACCCCCUCUCAGACAACAGCCAAGAACUGGGAACUCACAGCAUCCGCCUCCCACCAGCCGCCAGGUGUGUAUCCACAGGGCCACAGCGACACCACUGUGGCUAUCUCCACGUCCACUGUCCUGCUGUGUGGGCUGAGCGCUGUGUCUCUCCUGGCAUGCUACCUCAAGUCAAGGCAAACUCCCCCGCUGGCCAGCGUUGAAAUGGAAGCCAUGGAGGCUCUGCCGGUGACUUGGGGGACCAGCAGCAGAGAUGAAGACUUGGAAAACUGCUCUCACCACCUAUGAAACUCGGGGAAACCAGCCCAGCUAAGUCCGGAGUGAAGGAGCCUCUCUGCUUUAGCUAAAGACGACUGAGAAGAGGUGCAAGGAAGCGGGCUCCAGGAGCAAGCUCACCAGGCCUCUCAGAAGUCCCAGCAGGAUCUCACGGACUGCCGGGUCGGCGCCUCCUGCGCGAGGGAGCAGGUUCUCCGCAUUCCCAUGGGCACCACCUGCCUGCCUGUCGUGCCUUGGACCCAGGGCCCAGCUUCCCAGGAGAGACCAAAGGCUUCUGAGCAGGAUUUUUAUUUCAUUACAGUGUGAGCUGCCUGGAAUACAUGUGGUAAUGAAAUAAAAACCCUGCCCCGAAUCUUCCGUCCCUCAUCCUAACUUUCAGUUCACAGAGAAAAGUGACAUACCCAAAGCUCUCUGUCAAUUACAAGGCUUCUCCUGGCGUGGGAGACGUCUACAGGGAAGACACCAGCGUUUGGGCUUCUAACCACCCUGUCUCCAGCUGCUCUGCACACAUGGACAGGGACCUGGGAAAGGUGGGAGAGAUGCUGAGCCCAGCGAAUCCUCUCCAUUGAAGGAUUCAGGAAGAAGAAAACUCAACUCAGUGCCAUUUUACGAAUAUAUGCGUUUAUAUUUAUACUUCCUUGUCUAUUAUAUCUAUACAUUAUAUAUUAUUUGUAUUUUGACAUUGUACCUUGUAUAAACAAAAUAAAACAUCUAUUUUCAAUAUUUUUAAAAUGCAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-648.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -680.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 339.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((....)).((((.(((.(.(((((.((.((((....((((...))))...))))))))))).)((((((.((((((((((((((...((((((((.(((...)))...)))))..)))))))).)))))))))(((((.((((((((...)))...))))))))))....((((((.(((((((..(((((((.(((((.((.(((....).))..)).)).))))))))))...)))))))....((((...((((((....)))))).)))).....(((((..((..(((.(((.(((((((((....((((.....(((((.((......))...((((.(((....((((((...(((((((...(((..(((((.(((.....))).)))))..)))......(((...(((((....((((((.((((.....))))..))))))...)))))....))).)))))))...))))).)....))).))))......(((.((....)).))).(((((.......)))))(((..........))).(((((((.(((....)))..(((....)))..................)))))))(((....)))..((((((((...)))....)))))....((((..(.((......)).)..))))............)).)))....))))))))))))).))))))...))....)))))..........((((...))))...........))))))..(((((..(((((.(((..................)))......))))))))))(((((((...((((((((.(((....)))(((....)))..((((((((.(....).)))))))).((.(((.((((.((((((....(((((.((.((((((((.(((((((((((...(((.((((((((((.((((....((.(((.((((...(((....)))...))))))).))...))))..))))))))))(((..(((((((.(.(((.((...(.....)...))))).).((((((.....(((((((.((.((((.((..((((((((((((((.((.....)).)))))(((...(((..((((((...(((....(..(((..((((...))))..)))..)...)))))))))..)))..))).....))).)))))))).)))).)).....(((((.(....).))))))))))))......))))))......))).))))..)))(.((((((....)))))).))))...)))))))))))..((((.(((.(.(((((.(((((((((((((((.(((((..((....))..)))))...))))))))))))))).))))).).))))))).....................((((.(((((((....((.......))....))))))).))))...((((.((((((.....)))))).))))((((((........(((......)))........))))))...)))).)))).)).))))))))))))))).)))))..)))))))).))))))).)))))).((((((((......).)))))))((((((......(((......)))..........(((((((......)))))))...)))))).))))))).....................((((((((((((..((((((...))))))..((((((.......))))))........))))))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((....)),,{{(,,(({(,(((((.((.((((....((((...))))...))))))))))){|{(((((.((((((((((((((...(((((((({(((...))).,.)))))..)))))))).)))))))))(((((.((((((((...))),..}))))))))).,,{((({((.(((((((..(((((((.(((((.((.(({....}.))..)).)).))))))))))...)))))))....((((...((((((....)))))).)))).....((((({,(({.(((.(((.(((((((((....((((.....(((({.{{......)).,.{{((.(((....{(((((...(((((((...{{(,.(((((.(((.....))).)))))..)))....|.(((,,.(((((....((((((.((((.....))))..))))))...))))),,..))).)))))))...))))).}....))).)))}|.....(((.((....)).))).{((((.......))))|(((........,.)))}(((((((,((({{..,....|||,,,.}}}.,........},..,.,.)))))))(((....)))..(((((({{...,,,..,,)))))....((((..{.{{,,....,,.,..)))}..........}}))}},,....))))))))))))).)))))).}.)}....)))))..........((((...))),...........))))))..(((((..(((((.(((..................)))......))))))))))(((((((...((((((((.{((....))}(((....)))..((((((((.(....).)))))))).,,,(((.((((.((((((...{(((((.{{.((((((((.(((((((((((...(((.((((((((((.((((....((.(((.((((...({{....}))...))))))).))...))))..))))))))))(((..(((((((.{.{(..,...,(({...{{{{{{{{.,,.((,.,{.....,||||...{{.((((.((..((((((((({{{{(,((.....)},))))}{{{...(((..(((({,.{{(((....({.(((..((((...))))..)))..)...)))))))))..)))..}}}.,...))).)))))))).)))).}|{{{..,,,)}}},.}))}))})}}},)))}..,,,.,,}}}}...,,,)))}})))..))){.((((((....)))))).,)))...)))))))))))..{(((.(((.(.(((((.(((((((((((((((.(((((..((....))..)))))...))))))))))))))).))))).).)))})))..,,............,....{(((.(((((((....((.......))....))))))).)))}...((((.((((((,...,)))))).))))((((((.,{.....(({...,,,))}........))))))...)))).)))).})})))),)))))))))).)))),..)))))))).))))))).)))))),((((((((......)}})))))),{{{{{..,....,},....}})),.,,}}},,.{((((((,..,,.||||}}}.,,}}}}},.|||.,.,|||...|,,....,,,,,,,.{{{{(((((((|.,{((({{...)))))}.,{{((((.......}})))}...,....})))))))))},........
Back