Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001257281.2
Sequence Length
2733 nt
GC Content
0.4812
AUUCUCCUUAGCAACUGCGGGACUGCGGCGGCGCCGGCCUCCGGGGAGAAACGCGAAUGACAACAGAGCUGCUCAAGGCGGGAACUCUGAGCUAAGCAGUGGAGGUUUCUCUGGAUCUGGAGAGAAGAGUGACCUUGGAGCCAAUAAUGAGCCAUCCUGACUACAGAAUGAACCUCCGGCCCCUGGGGACCCCCAGAGGUGUGUCUGCUGUGGCUGGUCCACAUGACAUUGGUGCUUCGCCAGGUGACAAAAAGUCAAAGAACAGGUCCACACGAGGGAAGAAAAAGAGCAUAUUUGAAACUUACAUGUCCAAGGAGGAUGUUUCAGAAGGCUUGAAGAGAGGAACACUCAUCCAGGGUGUAUUGAGAAUUAAUCCAAAGAAGUUUCAUGAAGCCUUCAUUCCUUCCCCGGAUGGUGAUCGAGACAUUUUUAUUGAUGGGGUUGUUGCUCGUAAUAGAGCCUUAAAUGGGGAUCUGGUGGUCGUGAAACUGCUUCCCGAGGAGCAUUGGAAGGUAGUUAAACCAGAGAGCAAUGACAAAGAAACAGAAGCUGCGUAUGAAUCAGAUAUCCCCGAGGAGCUCUGUGGACACCAUCUCCCGCAACAGUCCCUGAAAAGCUAUAAUGACAGUCCUGAUGUCAUUGUAGAGGCUCAGUUUGAUGGCAGCGACUCAGAAGAUGGACAUGGCAUCACACAAAAUGUGCUGGUUGAUGGUGUUAAGAAACUCUCAGUUUGUGUUUCUGAGAAAGGAAGAGAGGAUGGUGAUGCACCGGUUACAAAAGAUGAGACCACCUGCAUUUCACAAGACACAAGAGCUUUAUCGGAGAAAUCCCUGCAAAGAUCAGCAAAGGUGGUUUACAUCUUGGAGAAAAAACAUUCUCGAGCAGCAACCGGCUUCCUCAAACUCUUGGCUGAUAAGAACAGCGAACUGUUUAGGAAAUACGCCCUGUUUUCUCCCUCAGACCACCGAGUGCCUAGAAUUUAUGUGCCUCUCAAGGACUGUCCCCAGGACUUUGUGGCACGGCCUAAAGAUUAUGCCAACACACUGUUCAUCUGCCGCAUUGUGGACUGGAAGGAGGACUGCAAUUUUGCCCUGGGGCAGCUGGCUAAGAGUCUUGGGCAGGCUGGUGAAAUUGAGCCUGAAACAGAAGGAAUACUAACAGAGUAUGGCGUGGAUUUCUCUGAUUUCUCUUCAGAAGUUCUAGAAUGUCUUCCUCAAGGCCUGCCAUGGACAAUUCCACCAGAGGAGUUCAGCAAGAGAAGGGAUUUAAGAAAAGACUGUAUCUUCACCAUUGACCCAUCAACCGCCCGAGACCUCGAUGAUGCCCUCUCCUGCAAGCCACUCGCUGACGGCAACUUCAAAGUGGGAGUUCACAUUGCUGACGUGAGUUACUUUGUUCCGGAGGGAUCUGAUCUGGAUAAAGUGGCUGCCGAGAGGGCUACAAGCGUCUACUUGGUUCAAAAGGUGGUCCCCAUGCUUCCCAGGCUGCUGUGUGAGGAGCUGUGCAGCCUCAACCCCAUGUCCGACAAGCUGACCUUCUCUGUGAUCUGGACACUGACUCCAGAGGGCAAGAUCCUUGAUGAAUGGUUUGGCCGGACCAUCAUCCGCUCCUGCACCAAACUUAGCUACGAGCAUGCACAGAGCAUGAUUGAAAGCCCAACUGAGAAAAUCCCUGCGAAAGAGCUGCCCCCCAUUUCCCCAGAGCAUAGCAGCGAGGAGGUACACCAGCAGAACGCAGACAAGGAUGGGGCUGCCCAUCUUCAGGCCUCUCACAGCCCCUCUGCUGAAGAUGCAGAAGCACAGCCCUCCACAGAGGAACGCCUGCCUGAGACUCGGGGCAUAUGUGACAGGGAUCCAGACACACGACUGUUUUUCCUUCAGCAACAGAGCCGUGUAUUGGAAGCAAAGCCCCAAAACACGAUAAGAGUAGAGGAGCAGACAACCCAGUUGCAGAUUUGAAGAAGCAUGUGGAAUUCCUUGUGGCGGAGAAGGAAAGAUUAUGGAAAGAAAGUAAACAGGUAAAGGCUGAAAAGGCCAGACUUCUAAAAGGUCCAGUAGAAAAGGAGCUGGAUGUGGGUGCUGAUUUUGUGGAAAAGUCAGAGUUACGGAGCUCGCCUCUGCAUUCAGAAACUGCUAUACCCUCUUCAGCCUUGCAGAGGUUUGCAGCAGAUGCCAGGAAAGCCAAGUACAUUCCAAUACCCAAUCUUUUCCCUCAGAUUUUCCAUCUCCAGAGCUUCCCUUUAUGGAGCUUUCUGAGGAUAUUCUGAAAGGAUUUAUGAGUAACUAAAAUGGAAGGCCAUAGAAGAAGGGAGAAGAGGAAAUAAUACUAAGUCAUACAGUUAAUCCAGCAACAAAAAAUGAAAAGGGAAAGCCACAGGCAAGGGUAAUCCUGGAAAUGCCUCGUCAUCUGGUGUACUGUAGGAGAAGACGCAUUGCCAGGAUGUGGGGAACAGUCGCUGUGAAGCGUGUCACAUACCUGAUUCACUGACUUGAGCUGAUGAUGCCGACCUGGCAGACACUAAACUCGUGGAGGGUCAGUUUCUCUUGACACCAACCAAAUGGCUGCCUGAAAGAAUUUUUUCAAGCAACAAUUAUUUUUCUUAUCUUCAGGGUUAAAAUGUAUAAAAGUAUGUUAUGUAUAAUUAAUCUGUUAUGUCAUAAGUGAUCAUGCAAAACCUAAAUAUUAUGGCAGCCUGAGGGGCUGCUUCGUAUUUGAAACAUGCUUUGUCUCAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-862.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -911.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 788.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..((....))))))(((.((((((....)))((((((((((..(((.........((((((((((...)))))...))))).........)))....))))))))))((((((((((((((((((((.((.(((......(((.(((.(((....))).)))...))).))).)).)))(((((((((((..(((((((((((((.....)))))..((.((((((...))))))))(((.....)))......((((((((..((.((((((..............((((((......((((.....))))))))))((((((((.(.(((((((((((((.....))))))............))).......)))).).))))))))....))))))))..))((.((((((.((((......))))(((((((((((...(((.((((((.....(((((((((((..(((((.((((((((.((((......)))).)))))))).........(((..((.........))...)))...)))))))))))..))))).(((.(((.(((((..........)))))..))).)))......(((((((((((.......))))))))))))))))).)))....)))))))))))....((((.......)))).((((...)))).((((((((((.(((((.....((((((.........)))))).(((....(((((..((((((((..((((.((.....)).))))...))))..)))).((((((.(((((((((((((((((((((.(((...........((((((.....)))))).(((((......)))))........((((((((.(((((((((((((((.....((((((....))))))(((........)))((.((((((.((((.((((..(((((.((((......(((((.(..(((..(((....)))..))).).)))))(((.(((...))).)))((((...))))..))))..))))))))).))))..))))))..))....(((((....)))))..)))))))))).))))).)))))))).........(((........))).(((((.....))))).))).))))))))))))).........)))))))).)..))))))))))....)))((..(((((...(((......))))))))))((((...((..(((....)))..))...)))).....)))))))))))))))........)))))).))((((((((..(((.(((((((((.(.((((((((((......)))))......))))).))))))).(((((((.(((((.........)))))))))))))))))).)))))))).....(((((...(((((((((..(((((((((...(..((.(((((..(((((.((((.(((((((..........((.((((((....((((((((((((((((.(((((...(((....))).(((((........(((((.((((((....))))))))))).((((.((((.....(((((((.(((.(((((.....))))).)))..))).....))))........))))...))))))))).........))))).)))).....))))))))....))))....))..)))).))..(((((((((........))).......))))))(((((.......))))).))))))))))))))))(((....)))))))).))..)))))).(((((((((.(..(((((.....((((((((((((((((((((((.....(((((.((((..((...)).)))).)))))...........((..........)).))))).....)))))..((.(((((..((((((((.(((((((.((((((((..(((.......((((((..((((.(((((((.(((...(((((.....)))))..(((....((...(((((((((((.(((((((((.....)))))))(((((....))))))).)))))))))))...))....)))))).)))))))))))....)))))).((....))..((((.(.......).)))).....)))))).))))).))....(((((.(((((....((((..(((((((..(((((...((.(((((((((....)))).))))).)).....))))).))))))).)))))))))...)))))......................))).)).)))...........)))))..))))).)).......(((((((.(((((.((.((.((((........)))).)).)).))))).)))))))..))))))))))))))).))..).))))))))).......))))...))))))))).))))).))))))))))))))....))).))).))))).(((......))).(((......))).(((.((((((....)))))).)))....)))))))))...)))))))).............(((((((((((((((((((......)))))).)))).................(((((((...((((((((...))))))))..)))))))..)))))))))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,((((({..((..{{{{{,..,|||||.{||.,,,|}}.)))}))}}|,.{{(..,{{{{,{(((({(((((...})})).,,|||||{{,,,||,,||{{{{{{{{|||{,..,{,{{||||||{{{{{{,||{({,({{,.....|{{,(({.(((....))).}}).,,))),,{((.(((((....))))).))}(((((....(.(((((((((.(((((..((((((,{,.(((((((......((((((..((((((((..{{{(((((({,(((({.{(((.,.((((((((......((((.....)))))))))))}.,)))}...(((((.....))).,,(((((((((((,...,,,..|{{,,.{{,{|||,,|{{||||,}|||,{|,,,...)))}})}.,||||..{{{{....,,)))},(((((((((((...((((((((((...((((((((((((..{(((..((((((((.((((......)))).))))))))..,,,....{((..{,.........|,...}))}}.,,},,))))))..))))))})).))))))).(((((((((.,({((,.{{....((((....(((((((((((.......)))))))))))....))))..{((((.((,,.,|{{....},})}.,.)).))))}.,,....))))).))..)))))))))......{(((({{......,,,||,}}}.}|},,,,|||,,{((((...})))|,||.|..{(((((((((((((({|...,|....|,.....{{,|,,,.,,(((....})).{((........))}.})))))))).)))))).(((((......))))))))))))))))||||||({.{{((,,{(,((({....,,{|||}.,,,,))))}}},)})))))))))})))))))))).,..,,,.(((,((,{{........|,|||}}..,,,(((((((((({|,.|||{{{({{|,(((.{{,...,)}.)))..|,..{(((((.{((((,{{.{(({,{.(({{{{({{{{{..{{,....{{(((((..(((..{||((..(((((((((((((((,||,.......{{((({.......,||.(((((.....))))){({{{((|||||(((({|,,,,..,,}))}}||||.{,,{|((({|,|,.,,|},|,,..((({,...|||..,,,,)))))))})},|||}},||.,|||.,,,}||,,}}...))))|,,|.,|||,|||||||{{({,.,(({{{|,|.{{..((((((((..((,{(((((((((.{.((((((((((......)))))......))))).})))))).((((((,{(((((.........)))))))))))))))))).))))))))..,,,||)}}}...}))}},....)))))},.}}}))}}},.}}))}}.(((((.((((.((((((((((((((.,,{{.(((({(....(((((((((((({(({.(((((,..{{{..,,))),(((((........((((,,((((({....})))))))))).((((.{(({.....{{{{(((.(((.(((((.....))))).)))..))).....}}}}........}))}...)}))})))).........}}))).},,,},,,.))))))))....))))....))..)))).)).)))))))}}.,{{{{{{{{{{......,,}},..,,,||}},}}},)},},.)))))))))))))))),,,...))))))))))))))).})}),..)))..))))}.,,||{.....,|,||||||||}|}}}}}|.}))}.))(((((.((((..((...)).)))).)))))....,.))))}.))))))...,,{{.,|||{.....,,.....||,{{{{{..(((((({(.{{((({{.(({{{{.,,..(({{,{,..((((((..((,{((((((((.(((...(((((.....)))))..(((,...((...(((((((((((.(((((((((.....)))))))(((((....))))))).)))))))))))...)).,,.)}}))).)))))))))))....)))))).{{...,))..(({{.,},.......}}}}..,,,,,..|}}|||||,,,,||}}}|||.||}}}...,{(((({{(({(({.,(((((,,,{|.(((((||{{....}})}.))))).)).....))))),)))))},.,,)))))),.,.|||..,.....,...,..,...|}|..}}}.,,..,.......,...,))))).,))))},))..}}}}.(((((((.,((((.((.((.((((........)))).)).)).)))),.))))))).}))))}})))))|||,.,,,})}))),,,,.))))).)))..)))))),.((.......))}.)))))))})}))))))..)))))..))))))))).}....)))))...,,...})).(((.((((({....}))))).))).....,,,,,,,}},,.))))))))}}...,{{{{{..,,|||||||,|||||{,,...,}}))},))})))..}}}...,.||{.....(((((((...((((((((...))))))))..)))))))..,,,))),,,)}},}},.
Back