Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001257374.3
Sequence Length
2001 nt
GC Content
0.6167
GCUCUUCUGCUCCCUUCCUGUGUGCUGCCUGGCAAUGGGGAACUCUGAGGGCUGCAAUACCAAGAAGGAGGGUGACCUGAUAGCUGCUCAGGCUCGGCUGAAGGACCUGGAGGCUCUGCUGAACUCCAAGGAGGCCGCACUGAGCACUGCUCUCAGUGAGAAGCGCACGCUGGAGGGCGAGCUGCAUGAUCUGCGGGGCCAGGUGGCCAAGCUUGAGGCAGCCCUAGGUGAGGCCAAGAAGCAACUUCAGGAUGAGAUGCUGCGGCGGGUGGAUGCUGAGAACAGGCUGCAGACCAUGAAGGAGGAACUGGACUUCCAGAAGAACAUCUACAGUGAGGAGCUGCGUGAGACCAAGCGCCGUCAUGAGACCCGACUGGUGGAGAUUGACAAUGGGAAGCAGCGUGAGUUUGAGAGCCGGCUGGCGGAUGCGCUGCAGGAACUGCGGGCCCAGCAUGAGGACCAGGUGGAGCAGUAUAAGAAGGAGCUGGAGAAGACUUAUUCUGCCAAGCUGGACAAUGCCAGGCAGUCUGCUGAGAGGAACAGCAACCUGGUGGGGGCUGCCCACGAGGAGCUGCAGCAGUCGCGCAUCCGCAUCGACAGCCUCUCUGCCCAGCUCAGCCAGCUCCAGAAGCAGCUGGCAGCCAAGGAGGCGAAGCUUCGAGACCUGGAGGACUCACUGGCCCGUGAGCGGGACACCAGCCGGCGGCUGCUGGCGGAAAAGGAGCGGGAGAUGGCCGAGAUGCGGGCAAGGAUGCAGCAGCAGCUGGACGAGUACCAGGAGCUUCUGGACAUCAAGCUGGCCCUGGACAUGGAGAUCCACGCCUACCGCAAGCUCUUGGAGGGCGAGGAGGAGAGGCUACGCCUGUCCCCCAGCCCUACCUCGCAGCGCAGCCGUGGCCGUGCUUCCUCUCACUCAUCCCAGACACAGGGUGGGGGCAGCGUCACCAAAAAGCGCAAACUGGAGUCCACUGAGAGCCGCAGCAGCUUCUCACAGCACGCACGCACUAGCGGGCGCGUGGCCGUGGAGGAGGUGGAUGAGGAGGGCAAGUUUGUCCGGCUGCGCAACAAGUCCAAUGAGGACCAGUCCAUGGGCAAUUGGCAGAUCAAGCGCCAGAAUGGAGAUGAUCCCUUGCUGACUUACCGGUUCCCACCAAAGUUCACCCUGAAGGCUGGGCAGGUGGUGACGAUCUGGGCUGCAGGAGCUGGGGCCACCCACAGCCCCCCUACCGACCUGGUGUGGAAGGCACAGAACACCUGGGGCUGCGGGAACAGCCUGCGUACGGCUCUCAUCAACUCCACUGGGGAAGAAGUGGCCAUGCGCAAGCUGGUGCGCUCAGUGACUGUGGUUGAGGACGACGAGGAUGAGGAUGGAGAUGACCUGCUCCAUCACCACCACGGCUCCCACUGCAGCAGCUCGGGGGACCCCGCUGAGUACAACCUGCGCUCGCGCACCGUGCUGUGCGGGACCUGCGGGCAGCCUGCCGACAAGGCAUCUGCCAGCGGCUCAGGAGCCCAGGUGGGCGGACCCAUCUCCUCUGGCUCUUCUGCCUCCAGUGUCACGGUCACUCGCAGCUACCGCAGUGUGGGGGGCAGUGGGGGUGGCAGCUUCGGGGACAAUCUGGUCACCCGCUCCUACCUCCUGGGCAACUCCAGCCCCCGAACCCAGAGCCCCCAGAACUGCAGCAUCAUACAAGAGAUGGGAAUGAGGUGGGAGGUGGAAGAAGGGAGAAGAAAGGUGAGUUUGAGCUGCCUUCCCUAGCUUUAGACCCUGGGUGGGCUCUGUGCAGUCACUGGAGGUUGAAGCCAAGUGGGGUGCUGGGAGGAGGGAGAGGGAGGUCACUGGAAAGGGGAGAGCCUGCUGGCACCCACCGUGGAGGAGGAAGGCAAGAGGGGGUGGAGGGGUGUGGCAGUGGUUUUGGCAAACGCUAAAGAGCCCUUGCCUCCCCAUUUCCCAUCUGCACCCCUUCUCUCCUCCCCAAAUCAAUACACUAGUUGUUUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-863.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -896.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 711.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.(((.(((((..((.(((.(((((((.....((..(((..((((((((....((.....))(((....)))........((((((((.((((.....((((...((((((((.((.(((....)))..(.(((((((.......))))))).)..((((.((((....)))).)).))....)).)))))))))))))))).))))))))))))))))....))).)).....))...(((((.((....(((....))).....)).)))))..))))).))).))...))))).....((((....))))............)))))))))).((((........)))).......(((..(((((((((...(((((...((((...((((((((.(((..((((((((..((((.(((((((((((.(((((.((((((((.((.(((..((((....((((..........))))......))))..)))..)).))))).....)))..))))).(((((.......))))).(((.(((((.....))))).))).(((((.(((.((..((..(((((((..(.(((..(((.(((.((((.(((((((.(....).))))))).((((..(((((...)))))(((.((....)).)))..))))((((.(((((..(.((....)).).))))).)))).....)))))))))).))).).)))))))))..)).))).))))).(((.....))).((((((((((.(((..........(((..((((........)))).)))..))).))))))))))(((((..((.(((.((((...)))).)))))..))))).))).)))))))).)))).)))).))))((((((.(((.((((((.(((..(((((.(....).))))).....((.((..((((..(((.....(((((((.((((.(((((((((((((..(((((((((..(((((((((((.......(((((((((.((((((..((.(((..(((((......((((((((.(.(((.((.(((((.(((..(((......)))..)))...)))))..)).)))))))..)))))....(((.(((((...(((((.((....)).))))).))))).)))......((((.(((...))).)))).(((.(((((((((((((.....)))).)).(((.........)))))))))).)))..))))).))).)).)))))).)))..))))))..........)))))))))))..))))))))).....((.(((((((.(.(((...((.((.((..(((((((........)))))))..)))).))..)))))))))))))((((((.((...)).))))))......((((....)))).))))))))).)))).)))).(((((..((((.....)))).))))).))))))).)))..)))).)).))...((((.((....(((((..((.((((((((((........((((((((((((((((((...((((((..(((((((((.(((...((((((......))).)))))).)))))((..((((.......))))..)).))))..))))))...)))))..((((........)))).......(((.((((.(((..(((((.((...(((......)))...)).))))).))).))))..)))...)))))...))))).))))))))))))).)))))))))))))))))))))).))).))))))))).)))).....(((......)))))))...))))...(((.((((((.(...((((((((((.(((((.(.(((((.(((((((((....))))..))))).))))).)))).........)).))))))))))))))))))))..))))).)))))))))..))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{((((((.(((((((((({{{(((({({((((..,((((..(((((((,((((({...{(.....}}.{(,{.{((({...((((((((((({.((((.....{(((((,({((({{{.|,.|||,..,)}),}}}|||||||}.,,{{{|||||||.|..,,,|.}|||,,}})))}.}|{||{....,}))))}})))))))))).)))))))}))))),,)}))}.,,,)).,({(({..,{{{,...,}}}.(((((((((.{((((({.{{{....||}(((((...((({...{{{{{..,,,,.}}}))}}...,...{(({((((..((.,((,(((({.......,},..))}}}}).,}}.})}}|))}}..||..,.})))...))))){{(({{..({(((((((((,((((.(((((((((((..{(((((((({(({.(({(..(((({({{,((,,.........{{{{{{{...,.,}},.,,}|{||..||}}}.....)),.}))))}.|(({(,,,,,..||||,.(((.(((((.....))))).))).||||{.{(,,((,.((..{{||{{|,,|.{||}}||{,|||,||||.(((((((.,....}.))))))).(((...,.|}}...}}}}),...||}}).}}.))),}})))||||.,||||,.,.||.{{{||{.,||}|||}}}}.....}}))}}}}}}.|}|,|.}}}})))}}..}}.}}),))))).||||,...,}}.((((((((({.(((..........(((..((((,.......)))).)))..))).))))))))))(((((..((.(((.((((...)))).)))))..))))).))).)))))))).))))})))).)))},}})||}|||||((({,.,...}|||||}|...{|{|},,,.....}}}}...}}||.}))))}}....))))))))}}}}))|((((((((,..(((((((((..((((((((((({,..,..(((((((((,({((((..{{.||||,(((((,.,...,{((((,..{.(({.{{.{(({{.(({..((({,.,.|)}}..}}|,..})))}..}).)))}}}},,)}}}}..,{(((,(((((...(((((,((....)).))))).))))).))},..}|,((((.(((...))).)))).(((.(((((((((((((,...,)))).)).{({.........)))))))))).)))..))))).}}}.}}.)))))).)),.,)))))}.........,}))))))))))..)))))))))....))).)))))|,{(.(({.|.((.((.((..(((((((........)))))))..)))).)).}))))}})))))).,))))))),.)}))|||||||....{{(((({..{{{|,..)))),)))))))..||||.(((((..((((.....)))).))))).)))))})}}|||{{||||||||,...}}))}||,|,,{||||,,((.((((((((((,{{{{{{{{({{||,,({,||(((((...((((((..(((((((((.(((...((((((......))).)))))).)))))||..((((.......))))..},.))))..))))))...)))))..{(((........)))),,..,||||||||||||||,,{|{({{{{..,..,{,{...|}}...)),}))))))}.|))}}|.||||,,}}}))}|})})}),.}.)))))))))).))))))},}.)))))})))))})))))))),)))))},}||{((...((((.,.(((....))).))).}}.{((.((((({,(,..((((((((((.(((((.(.(((((.(((((((((....)))},,,)))).))))).))))....,,,..)).))))))))))))))))))))...|,,,...}}}))}),}))}.
Back