Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001257989.1
Sequence Length
1682 nt
GC Content
0.6992
CGACUGCCGAGCUCCGCCCUCCAGGCGGCCCCACCCGCCUGCCGUCCUGGGGCGCCGCCGCCCCGCCGCCGGCAGUGGACCGCUGUGCGCGAACCCUGAACCCUACGGUCCCGACCCGCGGGCGAGGCCGGGUACCUGGGCUGGGAUCCGGAGCAAGCGGGCGAGGGCAGCGCCCUAAGCAGGCCCGGAGCGAUGGCAGCCUUGAUGACCCCGGGAACCGGGGCCCCACCCGCGCCUGGUGACUUCUCCGGGGAAGGGAGCCAGGGACUUCCCGACCCUUCGCCAGAGCCCAAGCAGCUCCCGGAGCUGAUCCGCAUGAAGCGAGACGGAGGCCGCCUGAGCGAAGCGGACAUCAGGGGCUUCGUGGCCGCUGUGGUGAAUGGGAGCGCGCAGGGCGCACAGAUCGGGGCCAUGCUGAUGGCCAUCCGACUUCGGGGCAUGGAUCUGGAGGAGACCUCGGUGCUGACCCAGGCCCUGGCUCAGUCGGGACAGCAGCUGGAGUGGCCAGAGGCCUGGCGCCAGCAGCUUGUGGACAAGCAUUCCACAGGGGGUGUGGGUGACAAGGUCAGCCUGGUCCUCGCACCUGCCCUGGCGGCAUGUGGCUGCAAGGUGCCAAUGAUCAGCGGACGUGGUCUGGGGCACACAGGAGGCACCUUGGAUAAGCUGGAGUCUAUUCCUGGAUUCAAUGUCAUCCAGAGCCCAGAGCAGAUGCAAGUGCUGCUGGACCAGGCGGGCUGCUGUAUCGUGGGUCAGAGUGAGCAGCUGGUUCCUGCGGACGGAAUCCUAUAUGCAGCCAGAGAUGUGACAGCCACCGUGGACAGCCUGCCACUCAUCACAGCCUCCAUUCUCAGUAAGAAACUCGUGGAGGGGCUGUCCGCUCUGGUGGUGGACGUUAAGUUCGGAGGGGCCGCCGUCUUCCCCAACCAGGAGCAGGCCCGGGAGCUGGCAAAGACGCUGGUUGGCGUGGGAGCCAGCCUAGGGCUUCGGGUCGCGGCAGCGCUGACCGCCAUGGACAAGCCCCUGGGUCGCUGCGUGGGCCACGCCCUGGAGGUGGAGGAGGCGCUGCUCUGCAUGGACGGCGCAGGCCCGCCAGACUUAAGGGACCUGGUCACCACGCUCGGGGGCGCCCUGCUCUGGCUCAGCGGACACGCGGGGACUCAGGCCCAGGGCGCUGCCCGGGUGGCCGCGGCGCUGGACGACGGCUCGGCCCUUGGCCGCUUCGAGCGGAUGCUGGCGGCGCAGGGCGUGGAUCCCGGUCUGGCCCGAGCCCUGUGCUCGGGAAGUCCCGCAGAACGCCGGCAGCUGCUGCCUCGCGCCCGGGAGCAGGAGGAGCUGCUGGCGCCCGCAGAUGCCCCUCUCCCCGCAGGCACCGUGGAGCUGGUCCGGGCGCUGCCGCUGGCGCUGGUGCUGCACGAGCUCGGGGCCGGGCGCAGCCGCGCUGGGGAGCCGCUCCGCCUGGGGGUGGGCGCAGAGCUGCUGGUCGACGUGGGUCAGAGGCUGCGCCGUGGGACCCCCUGGCUCCGCGUGCACCGGGACGGCCCCGCGCUCAGCGGCCCGCAGAGCCGCGCCCUGCAGGAGGCGCUCGUACUCUCCGACCGCGCGCCAUUCGCCGCCCCCUCGCCCUUCGCAGAGCUCGUUCUGCCGCCGCAGCAAUAAAGCUCCUUUGCCGCGAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-873.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -897.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 311.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((...((((((((((((((((((((.(.(((((((((((...(((((((....)))))))....)))))).((((((..(.(..((.....))..).)..))))))......))))).).)))))....))))))..)))...))))))..))((((((((((((((((....(((((((((((((....))...........((((((...)))))).....((.((.(((((((.(((...((((((((((.((..((((((((((((((((((((((.((((((..((((((...)))))).(((((.....))).))..((((((.(((((((......).).))))))))))).)))..))).))))))).)))...(((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((.(((((((.......)))))))...((....))((((.(((((((((((((.((.((.((.(....))).)).))))))).))))))).).))))..((((((((.......))))))))((((((((.((((.(((((.(((((((((..((((((((.((((((((.....)))))...(((((...(((((.......)))))...)))))......(((...((((((......(((((((....)))))))......)))))).)))))).))))......))))....)))))))))((((((((((.(((((.(.......(((((((.(((((((.(((((..(((((.....((.(((((((.((.(((((((...((((........)))).........((((((((((.....))).....))))))))))))))))))))))).)))))..))..))))).)))))))(((.((((((((..((((((((.((((((((.((((((.(((.(.(((((((((......))))))).)).))))..(((((((....))).))))))).......))).)))))))))))(((((...)))))))))).)).))))))))))))))))).))))))))))...))))).((........))))))).))))))))))))((.(((((((((.((((((((.(((....))).))).).))))..))))))))).))))))))))))))))((((.....))))...(((((..((((((...(((....)))))))))..))))))))).))))))))))))....)))))))))))))))))))))((.(..(((((((((((.((.(((.((........))))))).)))))))))))..)))....)))))).)))))).)))))))).)).)).))))))))).))))....)))))))(((...)))((((.(((((((((((((....))))).((..(((((...(((.((((((.(((((((..((.((((((......)))))))).))))))).....)))))).)))...))).)).))....)))))))).)))).(((((((((((.((...)).)))).)).(((((.((..(.....)..)).)))))....))))).)))))))))(((((.(((((.(((((((....)))).)))..))))).......))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....({...((((((((({((((((((((.(.(((((((((((,,.{((((((....)))))))..}.)))))).((((((..(.{..{{.....})..}.}..))))))......))))).).)))))....))))))..)))...))))))..}}((((((((((((((((....(((((((((({((....}}..,......{.((((((...)))))),..,{((.((.(((((((.({(,..((((((((((.((..((((((((((((((((((((((.((((({..((((((...)))))).{{(((.....))).}},.((((((.((((({(......}.}.))))))))))).)))..))).))))))).)))...(((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((.{{(((((,......}))}}}}|...|,,},,(((((.(((((((((((((.((.((.((.{....})).)).))))))).))))))).).))))).((((((((.......))))))))(((((((((((((.(((((.(((((((((.,((((((((.(((({(((..,{,}||}|...(((((...(((((.......)))))...)))))...}.,|{|}}.((((((...,..(((((({....}))))))....,.)))))).)))))).))))..,,..)))).}..)))))))))((((((((((.(((((.,.,,....(((((((.(((((((.(((((..({(((.....((.(((((((.((.(((((((...((((.{,...,})))).........((((((({,{..,,.,}}.,,..))))))))))))))))))))))).))))}.,))..))))).)))))))(((.((((((((..(((((.((.((((({{({((((((....(((((....}))))....))))||||{||||||.,({(((((,,,.}}}.)})),|,..,|..,}}}})})))))}))),),)))}))..))))))).)).))))))))))))))))}.)))))))))),..))))).((........))))))).))))))))))))((.(((((((((.{(((((((.(((....))).))).).))))..))))))))).))))))))))))))))((((.....))))...(((((..((((((...(((....)))))))))..))))))))).))))))))))))....)))))))))))))))))))))((.{..(((((((((((.((.(((.((........))))))).)))))))))))..}))....)))))).)))))).)))))))).)).)).))))))))).))))....)))))))({(,,.}}}((((.(((((((({((((....))))},{({,{{{{|}}}(((.((((((.((((({{.{((.((((((......)))))),)}))))))).....)))))).))),||}}}.}}.})}},.)))))))).)))).((((({{((((.((...)).)))).}|.(((((.((..,.....},.)).)))))....))))).))))))))),,,(({((({,.{||||||....||}|,||,..,))},..,}}}.))),..........
Back