Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001257997.2
Sequence Length
3486 nt
GC Content
0.5800
ACUUCCCGCUUGGGCGCCCGGACGGCGAAUGGAGCAGGGGCGCGCAGGUGCCUUGGCAUCUCCCAAUGGGGUGGCUUUGCUCUGGGCUCCUGUUCCCUGUGAGCUGCCUGGUCCUGCUGCAGGUGGCAAGCUCUGGGAACAUGAAGGUCUUGCAGGAGCCCACCUGCGUCUCCGACUACAUGAGCAUCUCUACUUGCGAGUGGAAGAUGAAUGGUCCCACCAAUUGCAGCACCGAGCUCCGCCUGUUGUACCAGCUGGUUUUUCUGCUCUCCGAAGCCCACACGUGUAUCCCUGAGAACAACGGAGGCGCGGGGUGCGUGUGCCACCUGCUCAUGGAUGACGUGGUCAGUGCGGAUAACUAUACACUGGACCUGUGGGCUGGGCAGCAGCUGCUGUGGAAGGGCUCCUUCAAGCCCAGCGAGCAUGUGAAACCCAGGGCCCCAGGAAACCUGACAGUUCACACCAAUGUCUCCGACACUCUGCUGCUGACCUGGAGCAACCCGUAUCCCCCUGACAAUUACCUGUAUAAUCAUCUCACCUAUGCAGUCAACAUUUGGAGUGAAAACGACCCGGCAGAUAAUCUAUAACGUGACCUACCUAGAACCCUCCCUCCGCAUCGCAGCCAGCACCCUGAAGUCUGGGAUUUCCUACAGGGCACGGGUGAGGGCCUGGGCUCAGUGCUAUAACACCACCUGGAGUGAGUGGAGCCCCAGCACCAAGUGGCACAACUCCUACAGGGAGCCCUUCGAGCAGCACCUCCUGCUGGGCGUCAGCGUUUCCUGCAUUGUCAUCCUGGCCGUCUGCCUGUUGUGCUAUGUCAGCAUCACCAAGAUUAAGAAAGAAUGGUGGGAUCAGAUUCCCAACCCAGCCCGCAGCCGCCUCGUGGCUAUAAUAAUCCAGGAUGCUCAGGGGUCACAGUGGGAGAAGCGGUCCCGAGGCCAGGAACCAGCCAAGUGCCCACACUGGAAGAAUUGUCUUACCAAGCUCUUGCCCUGUUUUCUGGAGCACAACAUGAAAAGGGAUGAAGAUCCUCACAAGGCUGCCAAAGAGAUGCCUUUCCAGGGCUCUGGAAAAUCAGCAUGGUGCCCAGUGGAGAUCAGCAAGACAGUCCUCUGGCCAGAGAGCAUCAGCGUGGUGCGAUGUGUGGAGUUGUUUGAGGCCCCGGUGGAGUGUGAGGAGGAGGAGGAGGUAGAGGAAGAAAAAGGGAGCUUCUGUGCAUCGCCUGAGAGCAGCAGGGAUGACUUCCAGGAGGGAAGGGAGGGCAUUGUGGCCCGGCUAACAGAGAGCCUGUUCCUGGACCUGCUCGGAGAGGAGAAUGGGGGCUUUUGCCAGCAGGACAUGGGGGAGUCAUGCCUUCUUCCACCUUCGGGAAGUACGAGUGCUCACAUGCCCUGGGAUGAGUUCCCAAGUGCAGGGCCCAAGGAGGCACCUCCCUGGGGCAAGGAGCAGCCUCUCCACCUGGAGCCAAGUCCUCCUGCCAGCCCGACCCAGAGUCCAGACAACCUGACUUGCACAGAGACGCCCCUCGUCAUCGCAGGCAACCCUGCUUACCGCAGCUUCAGCAACUCCCUGAGCCAGUCACCGUGUCCCAGAGAGCUGGGUCCAGACCCACUGCUGGCCAGACACCUGGAGGAAGUAGAACCCGAGAUGCCCUGUGUCCCCCAGCUCUCUGAGCCAACCACUGUGCCCCAACCUGAGCCAGAAACCUGGGAGCAGAUCCUCCGCCGAAAUGUCCUCCAGCAUGGGGCAGCUGCAGCCCCCGUCUCGGCCCCCACCAGUGGCUAUCAGGAGUUUGUACAUGCGGUGGAGCAGGGUGGCACCCAGGCCAGUGCGGUGGUGGGCUUGGGUCCCCCAGGAGAGGCUGGUUACAAGGCCUUCUCAAGCCUGCUUGCCAGCAGUGCUGUGUCCCCAGAGAAAUGUGGGUUUGGGGCUAGCAGUGGGGAAGAGGGGUAUAAGCCUUUCCAAGACCUCAUUCCUGGCUGCCCUGGGGACCCUGCCCCAGUCCCUGUCCCCUUGUUCACCUUUGGACUGGACAGGGAGCCACCUCGCAGUCCGCAGAGCUCACAUCUCCCAAGCAGCUCCCCAGAGCACCUGGGUCUGGAGCCGGGGGAAAAGGUAGAGGACAUGCCAAAGCCCCCACUUCCCCAGGAGCAGGCCACAGACCCCCUUGUGGACAGCCUGGGCAGUGGCAUUGUCUACUCAGCCCUUACCUGCCACCUGUGCGGCCACCUGAAACAGUGUCAUGGCCAGGAGGAUGGUGGCCAGACCCCUGUCAUGGCCAGUCCUUGCUGUGGCUGCUGCUGUGGAGACAGGUCCUCGCCCCCUACAACCCCCCUGAGGGCCCCAGACCCCUCUCCAGGUGGGGUUCCACUGGAGGCCAGUCUGUGUCCGGCCUCCCUGGCACCCUCGGGCAUCUCAGAGAAGAGUAAAUCCUCAUCAUCCUUCCAUCCUGCCCCUGGCAAUGCUCAGAGCUCAAGCCAGACCCCCAAAAUCGUGAACUUUGUCUCCGUGGGACCCACAUACAUGAGGGUCUCUUAGGUGCAUGUCCUCUUGUUGCUGAGUCUGCAGAUGAGGACUAGGGCUUAUCCAUGCCUGGGAAAUGCCACCUCCUGGAAGGCAGCCAGGCUGGCAGAUUUCCAAAAGACUUGAAGAACCAUGGUAUGAAGGUGAUUGGCCCCACUGACGUUGGCCUAACACUGGGCUGCAGAGACUGGACCCCGCCCAGCAUUGGGCUGGGCUCGCCACAUCCCAUGAGAGUAGAGGGCACUGGGUCGCCGUGCCCCACGGCAGGCCCCUGCAGGAAAACUGAGGCCCUUGGGCACCUCGACUUGUGAACGAGUUGUUGGCUGCUCCCUCCACAGCUUCUGCAGCAGACUGUCCCUGUUGUAACUGCCCAAGGCAUGUUUUGCCCACCAGAUCAUGGCCCACGUGGAGGCCCACCUGCCUCUGUCUCACUGAACUAGAAGCCGAGCCUAGAAACUAACACAGCCAUCAAGGGAAUGACUUGGGCGGCCUUGGGAAAUCGAUGAGAAAUUGAACUUCAGGGAGGGUGGUCAUUGCCUAGAGGUGCUCAUUCAUUUAACAGAGCUUCCUUAGGUUGAUGCUGGAGGCAGAAUCCCGGCUGUCAAGGGGUGUUCAGUUAAGGGGAGCAACAGAGGACAUGAAAAAUUGCUAUGACUAAAGCAGGGACAAUUUGCUGCCAAACACCCAUGCCCAGCUGUAUGGCUGGGGGCUCCUCGUAUGCAUGGAACCCCCAGAAUAAAUAUGCUCAGCCACCCUGUGGGCCGGGCAAUCCAGACAGCAGGCAUAAGGCACCAGUUACCCUGCAUGUUGGCCCAGACCUCAGGUGCUAGGGAAGGCGGGAACCUUGGGUUGAGUAAUGCUCGUCUGUGUGUUUUAGUUUCAUCACCUGUUAUCUGUGUUUGCUGAGGAGAGUGGAACAGAAGGGGUGGAGUUUUGUAUAAAUAAAGUUUCUUUGUCUCUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1393.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1454.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 702.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((.((((((.((((((((....(((((((((((.(.((((.((...(.((((((.....)))))).)...)))))))))))))))))).((((((((...(((....((((((((((((...(((((((.((((((((((((((((((......)))))(((...)))....((((((.((((((((.(((((((((((...((((((((.(((.((((.(((..((((((((((.((((...)))).)))..((((.(((((((((((((((((((.(((((.((((......((.((((((.(...).)))))).))..)))).)))))))))((((((((.((....))...)))).)))).)))))))((((((((((...(((.(..(((((......)))))...(((((((((((...((((...........))))....))))))....)).)))).)))....))))))).)))((((((.(((...((((((((........(((((((...........)))))))........(((.((.......)))))(((((...(((......(..(((((((.....(((((.(((...((((((((..(((((((.....((((....)))).....)).)))))..)))..((((((.(((......)))..((((.((.((((...(((.(........).)))...)))))).))))))))))............((((.(((((((.((((((.(((((((((((.(((((((((((...(.(((((.((((.....((((((.....(((((.........(((((((......)))).)))........((((((...))))))....)))))...))))))(((((((....(((((....(((((.((.......)).))).))......)))))..(((((((....)))).))).)))))))((((..((((((........)).)))))))).....((((.((((..(((.((((....(((...(((((((....))))))))))....)))))))..)))).)))))))).))))).)...)))))))...((....))..))))))))))).)))).)).)))).).)))))))))))))))...)))))))))))))).)..).......)))...))))).((((.((((.......)))))))).....)))).)))).))).((((......))))((((.......)))))))))).........)))))))).))))..))))))).)))..))))....))))))).))))....))))))))..)))..))))).)))))))))..((((.(((((.....))))).).))).(.((((.((((....)))).)))).)...((.((((((((((....(((.((((((((.((.(((.((.((((.....)))(((.....))).(((((...((((((.....)))).)))))))..(((((((((((((((....((..((((((.(((...((((((.(((...((((((((((((.((((........))))((((....)))).((........))...(((((...))))).))))))))))))..........(.(((((((..(((...))).....)))).))).)......(((((.(((...........(((((.......)))))))).)))))...)))..)))))).)))))))))))....)))))).)))))))))(((......))).).))))))).)))))))).)))....)))))))))).))..)))))))))...((((((((....))))).))))))).)))))))......((((....((((((.(((((((..(((((((....))))))).....))))))).))))))))))(((((......))))).(((((((((....(((((....))))).)))))))))))))))).))))))))...))))))))((.((((((..(((.(((..(((((((((((((((.((((((((....((((.......))))....)))))..((((.(((.(((((.((((((........((((.(((...(((((((((......)))))..))))....)))))))......(((((..(((.......))))))))..((((((..(((((((((....))).)))))))))))).))))))))))).))).)))).((.((((((((((((((((((((((.(((.((((..(((....))).((((((((.((((((.(..((((((((((.((...(((.....)))......((((..(((((.((.(((......))).)).........((((((..(((((...(((...)))....)))))............(((..(((((.(((((((((((((.((....)).))))....(((((.(..((((((...((((.......))))..))))))..).)))))..((((((((((((.(((((...(((((.......))))).)))))..))))))..................))))))..(((((..((((..((....)).)))).......(((.(.(((...))).).)))(((((((.....))))))))))))....)))))).))))))))..))).(((((((((((...)))))).)))))..))))))...)))))))))(((((((...(((((((....)))))))..(((((.........)))))..((((((((.......))))))))..)))))))((((.....)))).)))))))..)))))..))))))).))))))))..((((((((......((((..((...)))))).........((((.(((((((.(((((((....(..(((((((...(((((.....)))))..)))))))..)..))))))).))).((((.((((............))))..))))....)))))))))))))))).....)))).))).)))).)))..))..))))).))....)))))).))...................((((((.....(((.((((........(((((..(((((.((((((((((.(((..........))).)))))))........(((((.(((........))).)))))..))).))))).)))))..)))).)))...)))))).....)))))))))).)))))))).)))..)))......))))))..)).....)).)))))).)))))).)))((((((.(((....(((((.((((((......))))))))))))))))))))...........((((((...)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{{{{((({(((((({,,,,,|||}...(((((((((((.(.((((.((...(.(({((({....)))))).)...)))))))))))))))))).((((((((...(((....((((((((((((...(((((((.((((((((((((((((((......)))))(((...)))....((((((.((((((((.(((((((((((.{.((((((((.(((.((((.(((..((((((((((.((((...)))).)))..((((.(((((((((((((((((((.(((((.((((..,,..((.((((((.{...).)))))).)),,)))).)))))))))((((((((.{,....,,...))))}}))).)))))))((((((((((.{,((({{..(((((......)))))..,{|||{((((((...((((.,,...,}...))))....))))))....}|||}},,})),.,.))))))).))}((((((.(((...((((((((........(((((((...........)))))))........{((.((.......))))}(((((...(((......{..(((((((.....(((((((((,{.((({,(((..((((({{...({((((....))),,,}}.)}.)))))..)))..((((((.(((......)))..((((.,(.((((.,.(((.{........).))).}.))))),.))))))))))..,,|||..{,,((((.(((((((.((((((.(((({(((((((..((((((((,{{,,,{{((((((((.....|||||{,{,..|{{{,........,(((((((......))))|.,),,,{{,.,((({((...)})))}....,,}}},,}))}))},,,}})},.,,}}|||}}..,||||}|}}.}}})}))}|||{||...{{{|,|,|.{((({(((,,,,||||.}},.{{{,,,||{{{.{((((((,.,,....}}.}}},}|||,,...{|||,|(((..(((.{(({....,,(|,.(((((((....))))))),,}..,,)))))))..)))).)))}.}})})))})}..})),,)))).).||}|,.}}.)))))))))))}.)))).))))))).))))))))))))})))},),)))))})))))))).)..}.......)))...))))),((((.((((.......)))))))).....)))).)))).))).((((......))))((((.......)))))))))).,,......)))))))).))))..))))))).)))..))))....))))))).))))..,.))))))))..))).,))))).))))))))),.((({,(((((.....))))).).))).(.((((.((((....)))).)))).)...((.((((((((((....(((.((((((((.((.(((.((..{{{.....||}(((.....))),||(((...((((((.....)))).))}}}})}.(((((((((((((((....{{{.(((((({(((...((((((.(((...((((((((((((.((((........))))((((....)))).({..,,,,...,...{{{{{.,.))))).)))))))))))).|........,|{(((({{..(((.|,{{|....}})|{{{,,....}}},{{{{{.,{{,.,,.,})..)|||||,,,,,..||},}.},.}))))...)))..)))))).))))))))))),...))))))}}))))))))(((......))).}.))))))).)))))))).)))....)))))))))).))..)))))))))...((((((((....))))).))))))).)))))))......,{||..,.((((((.(((((((..(((((((....))))))).....))))))).))))))}))|(((((......)))))}(((((((((....(((((....))))).)))))))))))))))).)))))))},..))))))))...||||||}.(((.(((..(((((((((((((((.((((((((....((((.......))))....)))))..{(((.(((.(((({{((((((.....{..((((.(((...(((((((((,...,,)}))}..))))....)))))))..}.,.{({({.|{{|..}}}.})}}))))),,|(((((..(((((((((....))).)))))))))))}.))))))))))).))).)))).({.(((((((((((((((((({(((,(((.((((..,({,..,|||,((((((((.((((((.(,.((((((((((,(,,.{(((.....))).,....((((,.(((((.((.(((......))).)).........((((((..(((((...(((...)))....)))))............(((..(((((.(((((((((({{{.((,,,.,}.|||||{.{(((((.{..((((((.,.((((.......)))},.))))))..|{||,,,..,,,|||{(((((.(((((...(((((.......))))).)))))..)))))}....}}}}},,},.})..})))))..((((,..((((,.{{....}}.)))).,.,,||(((.(.(((...))).).))}(((((((.....)))))))}}}}}...})))))).))))))))..))).(((((((((((...)))))).)))))..))))))...)))))}}}|(((((((,..(((((((....)))))))..|((((.........)))),..((((((((.......))))))))..}))))))|{({.....})))}},})))},.))))),.})))))).))))))))..((((((((......{{{{..|{...}})))).........{{({{{{({(({.{{{{{||,,|,|,,|{||||{...(((((.....)))))..})))))),,).,))))}}},|||.((((.((((............))))..)))),}}}})}})}}|)))))))}.....)))).))).)))).)))..))..))))).))....)))))).}}............,,,....((((((..,{.(((.((((........(((((..(((((.((((((((((.(((..........))).)))))))........(((((.(((,,...,,,))).)))))..))).))))).)))))..)))).))),}.))))))..,,,)))))))))).)))))))).)))..)))}}}},.|,}|||.,||{,...))})),)),.}|||||,|,|{{{.{(((((.,..{((((.{{{(((......)))))))))))||)))))|||,,,,,,....||||||...)}}}}},,,,,..
Back