Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001258455.1

Sequence Length

2525 nt

GC Content

0.5727

CCAGGCGGGCACCACGGCAGGGGCUGAGCUACCCUCAUGGAAGGGAGAGGACCGUACCGGAUCUACGACCCUGGGGGCAGCGUGCCCUCAGGAGAGGCAUCCGCAGCUUUUGAGCGCCUAGUGAAGGAGAAUUCCCGGCUGAAGGAAAAAAUGCAAGGGAUAAAGAUGUUAGGGGAGCUUUUGGAAGAGUCCCAGAUGGAAGCGACCAGGCUCCGGCAGAAGGCAGAGGAGCUAGUGAAGGACAACGAGCUGCUCCCACCACCUUCUCCCUCCUUGGGCUCCUUCGACCCCCUGGCUGAGCUCACAGGAAAGGACUCAAAUGUCACAGCAUCUCCCACAGCCCCUGCAUGCCCCAGUGACAAGCCAGCACCAGUCCAGAAGCCUCCAUCCAGUGGCACCUCCUCUGAAUUUGAAGUGGUCACUCCUGAGGAGCAGAAUUCACCAGAGAGCAGCAGCCAUGCCAAUGCGAUGGCGCUGGGCCCCCUGCCCCGUGAGGACGGCAACCUGAUGCUGCACCUGCAGCGCCUGGAGACCACGCUGAGUGUGUGUGCCGAGGAGCCGGACCACGGCCAGCUCUUCACCCACCUGGGCCGCAUGGCCCUGGAGUUCAACCGACUGGCAUCCAAGGUGCACAAGAAUGAGCAGCGCACCUCCAUUCUGCAGACCCUGUGUGAGCAGCUUCGGAAGGAGAACGAGGCUCUGAAGGCCAAGUUGGAUAAGGGCCUGGAACAGCGGGAUCAGGCUGCCGAGAGGCUGCGGGAGGAAAAUUUGGAGCUCAAGAAGUUGUUGAUGAGCAAUGGCAACAAAGAGGGUGCGUCUGGGCGGCCAGGCUCACCGAAGAUGGAAGGGACAGGCAAGAAGGCAGUGGCUGGACAGCAGCAGGCUAGUGUGACGGCAGGUAAGGUCCCAGAGGUGGUGGCCUUGGGCGCAGCCGAGAAGAAGGUGAAGAUGCUGGAGCAGCAGCGCAGUGAGCUGCUGGAAGUGAACAAGCAGUGGGACCAGCAUUUCCGGUCCAUGAAGCAGCAGUAUGAGCAGAAGAUCACUGAGCUGCGUCAGAAGCUGGCUGAUUUGCAGAAGCAGGUGACUGACCUGGAGGCCGAGCGGGAGCAGAAGCAGCGUGACUUUGACCGCAAGCUCCUCCUGGCCAAGUCCAAGAUUGAAAUGGAGGAGACCGACAAGGAGCAGCUGACAGCAGAGGCCAAGGAGCUGCGCCAAAAGGUCAAGUACCUGCAGGAUCAGCUGAGCCCACUCACCCGACAGCGUGAGUACCAGGAAAAGGAGAUCCAGCGGCUCAACAAGGCCCUGGAGGAAGCACUGAGCAUCCAAACCCCGCCAUCAUCUCCACCAACAGCAUUUGGGAGCCCAGAAGGAGCAGGGGCCCUCCUAAGGAAACAGGAGCUGGUCACGCAGAAUGAGUUGCUGAAACAGCAGGUGAAGAUCUUCGAGGAGGACUUCCAGAGGGAGCGCAGUGAUCGUGAGCGCAUGAAUGAGGAGAAGGAAGAGCUGAAGAAGCAAGUGGAGAAGCUGCAGGCCCAGGUCACCCUGUCAAAUGCCCAGCUAAAAGCAUUCAAAGAUGAGGAGAAGGCAAGAGAAGCCCUCAGACAGCAGAAGAGGAAAGCAAAGCCGGAAUACACCUGGCGUCUACCCUGUGGAGGGGUUCGAAAUCCAAAUCAGAGCUCCCAAGUGAUGGACCCUCCCACAGCCAGGCCUACAGAACCAGAGUCUCCAAAAAAUGACCGUGAGGGGCCUCAGUGAGACCAGAUUGUGUCAUUUGGCUCCACCUUCAUCUUGCAGAGCCAGCUGAUCUCAGAUUGCCAAGAAACUAGAAGCCACUUGCACGGUGUGGCCAGAGCCUCAGCUGGAUGAGAGGCUGAGAUGGGUGGCCAGCUUGUACACCAGUCCCUGAACUGAGCUGUUUACAGGACUGGGGAGGCUCCACCCAGAAGGCUUUCAUUUGUACUCUGCUGGGAGUGACUGGGAAAAACUCCUUCCCUGCUGCUGAGUGGAGAGAGGCCUCAUCCGGCUUUGACCCACCAUCCGUUGCAGAAGCCUCCAGGAGCAGCAAUCCUAAGAGUGGGAGGCAGCCAAGACCCCCUUCCUUCAAAACCUCCCGGAAGUGGUUUCAGGCCCUCUAGUUGCCAUGACCAAUUUGUGUGUGUGUUUAAUUUUUGCUUCAAGCUCUGUAGCAGGACCUGCCCCACGCACACCCCUACCCCUCUGUGAGGAGCUGUGGGAAGUGUGGGUUUGUCUCCAGAACAGAAGAGAAUGAUGGAUAUUCUGGCUCUGGGGCCCUCUCCACCACCACUCACAGUAGCCUUGCUGAAGCCAUCACAGAUGGGAGAAGGCCAUGCCAGCCACGUCCGCCGAGGGGCGCCAGCCUGAAGCUGCCAGGCCCUGAGGUUCAGACCCUGGACCCCAUAGCUGGAGGCCUGUGGUGCCAGAAGCCCAGAUUAGGGUGGCUGUCCAUCCCUGGAUAGCUAUUUGCACGAAUCAUGGACAUAAAUCCAAGUUGAAGAAGAUCAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-974.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1010.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 671.14

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((((((((((((((((((.(((((((.((((......))))...((((((...))).))).....((((((((((...))))))))))((.(((....((((((((((.(((((...((((((((...((..((((((((((....(((((.(((....(((((((...((((((..(((..(..(((.....)))..)..)))))))))((.((((((....(((((.(((...(.....)..)))))))).....)))))).))(((((((((((..(((......)))..))))))).))))...(((......)))..))))))).......))).)))))..((((((.((...((((((..(((.((((((((((((((((((.((.(.(((((((........(.((((.((((((((((......((((((.......(((.(((((((....)).))))))))(((((((.((((((((.((..(((((.((((((.((((..((((((....(((((....(((((....((((((((..((((((((....(((..((((((..........(((((....))))).))))))...))).))))).)))..))))))))........)))))...)))))..))))))...((((....))))((((....))))..(.(((((((.....(((...)))...))))))).)....)))).)))))).))))).....))))))).......(((((.((((..((((((((((.((.((....)).........((((.((((((....)))))).))))((.(((((..(((((..((....(.(((((.((((.....))))..))).)).)....))..))(((((((((....))).))))))((((.((((.((...........(((((((((..(((((((.......)))))))...((......)).......)))))))))(((((...(((.(((((....(((........)))....))))).)))...)))))(((.....)))..(((((((..((((((...(((...((((..(.((..((...))..)).)..))))...(((((((....(((........)))....))))))).((.....)).((((((....((....)).....)))))))))...))))))..)))))))....)).)))).))))((((((.(....).)))))).((.......))...(((((.((((......)))))))))(((.((.....)).)))...)))..))))).))..)).))))))).)))..)))))))))....))))))))))((((........))))((((.(((.((((......)))))))..)))).))))))..))))).))))))))).)))))))).).)).....(((((....))))).(((((....((....((((.....((((((((...(((((..(((.((((....))))......))))))))....(((.((..((((.((......((((((((((.((((...........))))........(((((.......)))))((((...((((((.(((((((.........((((...........))))))))))).))))))..)))).........((..(((..........)))..)).((((((..(((((.((......)).))))).))))))..)))).))))))........)).))))..)).)))..............)))))))).))))....))....))))))))))))).))))))....(((((((..(((((.....(((((((.(((((......)))))..)))))))..))))))))))))(((....))).)))).))).))))))..)).))))))......)))))).((((.((.((((((.(.((((((......))))))..)))))..)).)).))))..((((((((((.......)))).......))))))))))..)).....))))))))...((((.((((.((((((.((((((.((((((((.......))))).(((((((((......(((((((.((.....)).))))))).......))))))))).....(((.(((((((((.((((((((..(((((((...(.(((((((.(((((..............)))))..))))))).)...)))).)))..))))))))(((...)))....)).))))))).)))))).)))).))..)))))).))))..)))))))))))....))))))))...)))))..))))))).)))))..(((((....))).)).))))))))))....((((......))))(((((((((....)))))))))...)))........((((......)))).(((((......))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

...{((.(((((((((((((((((((.{({.((((,...,.||||,|.(({(((...))).))).....((((((((({...}))))))))).{.{((,{{,{(((({,,,{{(({((,...{{|||{{..,{{,.|||||..|||....{|||{.(((....{((((((...((((((..(((..(..(((.....)))..)..)))))))))((.((((((..{.(((((.(((...(.....)..)))))))).....)))))).))(((((((((((..{({......}))..))))))).))))...(((......))).,))))))),,,.,,,))),)))}},,((((((.{{...((((({..{((,((({((((((((({((({(({..,{((((((........{,((((.(((((({{((,.....{||{{|,,.,,,((((.(((((((....)),})))))))|((({,{{{|||((((.,{..{||{{.(({({(,((((..{{||||}|..{||,|,}}}|(({{,,,,{(((((({,{((((({((.,..,{|}},||||}}}.....,,.(((((....))))),))}|||,,.,|}.}}}||,||}..)))))})}....},,,),))),,,||||}|||||}||...((((....))))||||}},,))))..{,|||||||,..,,|{,.,,)))...|||||||,|..,,||}}.}|||||,||||}...,,)}}}|||,,,....{((((.((((..{(((((((({.{{|||..||||..|,.,...((((.((((((....)))))).))))...,,.{{,,(((((..((......||{,{{((((.....}}})|||||,.|||,,{,|,.,||,{{|||||{,,,,|||,||||||(({{,.{{|||,|,.,..(((..,((((((((..(((((((.......)))))))...,{,.....,},,|.,,.||}}}}}}}|{||{||{(,.,((((({,{,((,{{....{,||||||.|||}|.||,...({{{((((((({.,....(((((({.{((((((...(((...((((..,,{({,((...,},.})})..))))...(((((((....{,(,{{...,,))}....))))))).((.....)).((((((....((....)).....)))))))))...)))))}.}))))))).})))))))),}))||((((((.{....).)))))).{{.,.....||...(((((.((((......)))))))))(((.((.....)).)))...}},.}}}}}}}))))}.,||}}}}}.})),,}})}}}))}....))})))))}|((((........))))((((.(((.((({......})))))}..)))).)}))}}..))))}.}))))))))}))}))}),}}}{||||||||,{..||.}}||...((((.(((((..((((((((((.((((.(((....((((.((((((...((((...((({.{{((...,,.....))}}|{,....}},(((((,(((.......||((((...........))))...,,...(((((.......))))){{{{...((((((.(((((((,.........{{,..,,,.....,}}})))))))).))))))..}}))}}............)))))......)))).)))).))))))))))....)))..)))).)).))))))))..))))).)))){||{,||{{||{||,|{{.,,}}}}.............(((((.........)))))..,,)}}}}})))))|||,|||}||....(((((((..(((((.....(((((((.(((((......)))))..))))))),.))))))))))))..|,.,}))),)}}}.})),)))}||,,||.}}}}}}....,}))))}}.||||}}}},.||||,..{{{|||,,.,,,))))}),.)))))}..),))})))}.,|||||{,{(,{{.{{..||||,....,}))),)).)))..,...)}))))),))....||||,|(((.((((((.((((((.(((,((({.......}}}},.(((((((((......(((((((.((.....)).))))))).......))))))))).....{((,(((((((((.((((((((..(((((((...(.(((((((.(((((..............)))))..))))))),....})))}}))..)))))))){{{...}}}....)).))))))).)))))).)))).))..)))))).)))|,,}}})))))}})))))}}.})))))||))))},.(((((((...))))))),|,..,,))).)))})))))))))....|||{.,,,..||||(((((((((....)))))))))},,,,}....,,,.((((......)))).(((((......))))).