Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001260493.2
Sequence Length
2371 nt
GC Content
0.4365
AUAUUGCGGAGCUGUCUGCGGUGGCGGCGGCGCCUCUCGUCUCCCGCGGGCCAGCGCUCGCACCACCGCUUCUCCCUCCCUGUCGCAGCCGCGCCGCCGCGCAGCGCCCCAGCCACACGCCGGCGGGCAGAAGCCGCCCGCUCUCCGGAAAGUGAUAACAGAAUUCAUUGAAGUGGAGAAUUUUUAAAGAAGGUAACAAAAAGAGAAAGAAAAUGCCGAAACCAAUCAACGUAAGAGUAACUACAAUGGAUGCUGAGCUGGAAUUUGCCAUUCAGCCCAAUACAACUGGCAAACAACUUUUUGACCAGGUGGUGAAAACAGUUGGUUUGCGUGAGGUCUGGUUUUUUGGGCUGCAGUAUGUAGACAGCAAAGGUUAUUCUACAUGGCUUAAACUAAAUAAAAAGGUAACACAGCAGGAUGUUAAAAAAGAGAAUCCUUUACAGUUCAAGUUUAGAGCUAAAUUCUUUCCUGAAGAUGUUUCUGAGGAAUUAAUUCAAGAAAUAACCCAGAGACUCUUCUUCUUGCAAGUUAAAGAAGCCAUCUUAAAUGAUGAGAUAUAUUGCCCGCCAGAAACUGCAGUUCUUUUGGCUUCCUAUGCUGUCCAAGCCAAGUAUGGAGAUUACAAUAAAGAGAUUCAUAAGCCAGGCUACCUGGCUAAUGAUAGACUCCUACCCCAGCGUGUAUUGGAACAACACAAACUAACAAAAGAACAGUGGGAAGAAAGAAUACAGAACUGGCAUGAAGAACAUAGAGGAAUGUUAAGGGAGGAUUCUAUGAUGGAAUACCUGAAGAUUGCACAAGAUCUAGAAAUGUAUGGAGUCAACUAUUUUGAAAUAAAAAAUAAAAAAGGAACUGAAUUGUGGCUAGGUGUUGAUGCUUUGGGUCUGAAUAUUUAUGAGCAUGACGACAAGUUAACACCUAAAAUUGGUUUUCCCUGGAGUGAAAUCAGAAAUAUUUCAUUUAAUGACAAAAAAUUUGUUAUAAAGCCAAUCGACAAAAAGGCACCUGAUUUUGUGUUUUAUGCACCUCGUCUGAGAAUCAAUAAGCGGAUUUUGGCCUUAUGUAUGGGAAACCAUGAACUAUACAUGCGAAGAAGGAAGCCUGAUACUAUUGAAGUACAACAGAUGAAGGCUCAGGCUAGGGAGGAGAAACAUCAGAAGCAGUUGGAAAGGGCACAAUUAGAGAAUGAAAAGAAGAAAAGAGAAAUAGCAGAAAAGGAAAAGGAAAGAAUAGAACGUGAAAAGGAAGAGCUAAUGGAACGUCUAAAACAAAUUGAAGAGCAGACAAUUAAAGCUCAGAAAGAACUAGAAGAACAGACUCGAAAAGCUCUAGAACUGGAUCAAGAACGAAAACGAGCAAAAGAAGAAGCAGAACGACUUGAAAAGGAGCGUCGAGCUGCUGAAGAGGCAAAGUCUGCCAUAGCAAAACAAGCUGCCGACCAGAUGAAGAAUCAGGAGCAGCUAGCAGCAGAACUUGCUGAAUUCACUGCCAAGAUUGCACUUCUAGAGGAAGCCAAGAAGAAAAAGGAAGAGGAAGCUACUGAGUGGCAACACAAAGCUUUUGCAGCCCAGGAAGACUUGGAAAAGACCAAAGAAGAGUUAAAAACUGUGAUGUCUGCCCCCCCUCCACCUCCACCACCACCAGUCAUUCCUCCAACAGAAAACGAACAUGAUGAACACGAUGAGAAUAAUGCUGAAGCUAGUGCUGAAUUAUCAAAUGAAGGGGUAAUGAACCAUAGAAGCGAGGAAGAACGUGUAACCGAAACACAGAAAAAUGAGCGUGUUAAGAAGCAACUUCAGGCAUUAAGUUCAGAAUUAGCCCAAGCCAGAGAUGAAACCAAGAAAACACAAAAUGAUGUUCUUCAUGCUGAGAAUGUUAAAGCAGGCCGUGAUAAGUACAAGACUCUGCGACAGAUUCGACAAGGCAAUACAAAGCAGCGUAUCGAUGAGUUUGAAGCAAUGUGGGGACCCAAACUGUAUGCAUUGUUCCAGAUGCGCUCUUGCCAAAGCAGCAUAAAGCAAAUGUAACCCUUAGGAAGAAGGCUCCCUCCCUCACUAGGGCUACAAAGAAUGCUAGAGUGGAGACAAGAGUCCAGACUCUGAAAUAACCUCCUUUGGACACAGAAGCUACCACUGUUGCUUAUCAGACGCAGCGGGCCCUGGGUUUUUCUGGGGCCUUAAGCAGUGAACCCUGGUCAGCUGGCCUGAGUCCCAACCCAAGCCCAUCACCACAAGCCUCAAGACAGGAAGAUCUCAGUGAAACCUUUCCUCUAAUCCAAGUGACAUCAUUGUCGCAGGUGUUUGUACAUGAAAGCAGAGUGAUGAAGGUGUGUGGGUCCACGGAAGAAGUAAAAAUACAGCACUAGUUCAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-611.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -656.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 448.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((..(((((((..(((((((..(((((.....)))))...)))).))).))))))).((((((((.(((((((.((.((((....)))).))...((((((.(((((..((((((.......))))))((((((...(((((.........)))))....))))))............((((..................))))......(((((((.........(((((..(((..((((((.(((......))))))))))))......((((((((......)))).))))))))).......))))))).))))).)).))))((((((((((((((..(((((((.(((....)))..)))))))(((((..........................(((((((.....((....((((((.((((((.((((...))))..(((((((((((((((.(((((((.((..................))))))))))))))(((((........)))))..((((......))))........(((((((((.((....(((((((((((...(((((((((..........))))))).))...)...........((((.(((((((...))))))).))))..(((((((((.((((..((((((.......(((...((......))....))).........))))))...)))).......(((((......))))).....(((((((((...)))))).)))..(((((......)))))......))).))))))...((((((.......))))))..))))))))))..)).))))(((((((((((...(((.(((.................)))..))))))))))))))..(((((((((.....(((((((((.......))))))))).((((((((...)))))))))))))))))...........((.(((.(((((((((((.....(((.(((((((((((........))))))..((((((((((((...........)))))))))......))).(((((....((.(((.....))).))....)))))))))).))).....)))))).))))).))).))....)))))..............................................)))))))))).)))).)).))))))....)).....))))))).............((((...........))))........(((((((......((((....(.(((.((......)).))).).....))))..........(((((..((((............))))..))))).....((((.....))))...........((((((...((.(((.....))).)).))))))..(((((.....))))).......(((.......))))))))))...)))))..................((((((.....(((....)))..))))))))))))))))))))..((((......))))...((((((....(((((.((((((((..(((((.((.............(((.((((.(((.............................)))...))))))).(((....)))...........)).))))).....(((......((((..(((((((((((.......)))).......((((((((((..((((...)))).)))))...)))))......((....))((....)).......................))))))).))))......)))...))))).))).)).)))....))))))))))))).........((((......((.((((((((........((.(((((((((((........))...))))))))).))))))))))))))))............((((..((((.((((.((((.(.(((...))).).)).)))))).)))).....)))).))).)))))..(((((....))))).........(((..(((((...............(((((.........)))))((((..((((((...((.(((((...(.(((......))).).....))))).))....)))))).))))....(((((.((((((..((((((((..............)))))).....((..((((((....)))))).))(((((........)))))..))..)).)))).)))))))))).)))............)))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,,{(,(((((.,(((((((..(((((((..(((((.....)))))...)))).))).))))))).((((((((.(((((((.((.((((....)))).))...((((((.(((((.,((((((.......))))))|(((((...(((((.........)))))....)))))}............((({..................}))).{{{{{(((..,,,,.......,,|||..(((..((((((.(((......))))))))))))...,..((((((({......)))).)))),})}}....,,.)))))))}))))).)).)))){(((((((((((((..{((((((.(((....)))..))))))|(((((...{{.........|{{......,,.(((((((.....{(....((((((.((((((.((({...})))..(((((((((((((((.(((((((.((..,,.........,.,..))))))))))))))(((((........)))))..((((......)))).,......(((((((((.((....(((((((((({..,((({(((((......,,..))))))),},...,...........((((.(((((((...))))))).))))..(((((((((,((((..((({((.......{{{...,,......,,....})).........}})})}...)))).......(((((......))))).....(((((((({...}))))).)))..(((((......)))))......))).))))))...((((((.......))))))..})))))))))..)).))))(((((((((({,,,({{.((({{.........,..)}.)))..,}})))))))))))..{((((((((.....(((((((((.......))))))))).((((((({...})))))))})))))))}.........,.((.(((.{((((((((((.,.,.(((.((((((({{((........}}}}||.,({{(((((((((...........))))))))),....,,},.,{{((,.{,((.{{{.,,,,}}}.)).,..)))))))))).)))..,..)))))).))))}.))).))....)))))..............................................)))))))))).)))).)).))))))....)).....))))))).............((((...........))))........(({((((....,.{({{....{,(((.({..,...}}.}}}.}.....))}}}.........(((((..((((,{.......,}.))))..))))),,,..((((...,,|||}...,|......((((((...((.(((.....))).)).)))))).,{{||||...}))))}..,,,..{||...,.,})),))))))).,.)))))..................{{{(((.,...{(|....)})..}))))))))))))))))))}..((((......))))...((((((....(((((.((((((((..,,,{{.,..,,,.........,,({((((,.{{................}},},.......,)})...,,,|||,.,(({{{{,||{{{{{......||{||}}|,.....,||.....,(((.,,,,,,,|(({{......,||||.......,,.|||||||..{,,|,..))))},,,.,..,)))))}.,}}}}}...,)),,....}}...................,{{|||||||}.}}}},,,,}}))},..)))))},)).)),}))....))))))))))))).........((({......{(.((((((((........{(.{(((((((({{........}}...,)))))))).}}))))))))))))))..,|{{{{....,||,..((((.((({,(({{,(.(((...))).},)}.)))))).)))).....)))).))).))))}..{((({....))))),.......,({(..(((((......,,.....,,(((((,.....,,.)))))((((..((((({...{(,(((((,,.,{((({..,,..,,})..))})))}),)),,,,)))))).))))....(((((.((((((..((((((((.{{.....))...})))))).....{{..((((((....)))))).}}{{(((........}})))..))..)),,))).)))))))))).))}.}..,,......))))}.,,,}},,...
Back