Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001260494.2
Sequence Length
4021 nt
GC Content
0.3725
AUAUUGCGGAGCUGUCUGCGGUGGCGGCGGCGCCUCUCGUCUCCCGCGGGCCAGCGCUCGCACCACCGCUUCUCCCUCCCUGUCGCAGCCGCGCCGCCGCGCAGCGCCCCAGCCACACGCCGGCGGGCAGAAGCCGCCCGCUCUCCGGAAAGUGAUAACAGAAUUCAUUGAAGUGGAGAAUUUUUAAAGAAGGUAACAAAAAGAGAAAGAAAAUGCCGAAACCAAUCAACGUAAGAGUAACUACAAUGGAUGCUGAGCUGGAAUUUGCCAUUCAGCCCAAUACAACUGGCAAACAACUUUUUGACCAGUGUAUUGGAACAACACAAACUAACAAAAGAACAGUGGGAAGAAAGAAUACAGAACUGGCAUGAAGAACAUAGAGGAAUGUUAAGGGAGGAUUCUAUGAUGGAAUACCUGAAGAUUGCACAAGAUCUAGAAAUGUAUGGAGUCAACUAUUUUGAAAUAAAAAAUAAAAAAGGAACUGAAUUGUGGCUAGGUGUUGAUGCUUUGGGUCUGAAUAUUUAUGAGCAUGACGACAAGUUAACACCUAAAAUUGGUUUUCCCUGGAGUGAAAUCAGAAAUAUUUCAUUUAAUGACAAAAAAUUUGUUAUAAAGCCAAUCGACAAAAAGGCACCUGAUUUUGUGUUUUAUGCACCUCGUCUGAGAAUCAAUAAGCGGAUUUUGGCCUUAUGUAUGGGAAACCAUGAACUAUACAUGCGAAGAAGGAAGCCUGAUACUAUUGAAGUACAACAGAUGAAGGCUCAGGCUAGGGAGGAGAAACAUCAGAAGCAGUUGGAAAGGGCACAAUUAGAGAAUGAAAAGAAGAAAAGAGAAAUAGCAGAAAAGGAAAAGGAAAGAAUAGAACGUGAAAAGGAAGAGCUAAUGGAACGUCUAAAACAAAUUGAAGAGCAGACAAUUAAAGCUCAGAAAGAACUAGAAGAACAGACUCGAAAAGCUCUAGAACUGGAUCAAGAACGAAAACGAGCAAAAGAAGAAGCAGAACGACUUGAAAAGGAGCGUCGAGCUGCUGAAGAGGCAAAGUCUGCCAUAGCAAAACAAGCUGCCGACCAGAUGAAGAAUCAGGAGCAGCUAGCAGCAGAACUUGCUGAAUUCACUGCCAAGAUUGCACUUCUAGAGGAAGCCAAGAAGAAAAAGGAAGAGGAAGCUACUGAGUGGCAACACAAAGCUUUUGCAGCCCAGGAAGACUUGGAAAAGACCAAAGAAGAGUUAAAAACUGUGAUGUCUGCCCCCCCUCCACCUCCACCACCACCAGUCAUUCCUCCAACAGAAAACGAACAUGAUGAACACGAUGAGAAUAAUGCUGAAGCUAGUGCUGAAUUAUCAAAUGAAGGGGUAAUGAACCAUAGAAGCGAGGAAGAACGUGUAACCGAAACACAGAAAAAUGAGCGUGUUAAGAAGCAACUUCAGGCAUUAAGUUCAGAAUUAGCCCAAGCCAGAGAUGAAACCAAGAAAACACAAAAUGAUGUUCUUCAUGCUGAGAAUGUUAAAGCAGGCCGUGAUAAGUACAAGACUCUGCGACAGAUUCGACAAGGCAAUACAAAGCAGCGUAUCGAUGAGUUUGAAGCAAUGUGAGAGCUGUUAUUUUGCAUAUAUGUUCUUCAUAAGCUGAACCACCAACAGAGAAAAGCAGGCCUUUGCAGAUAUGAUGGAAUGCAUCCCACCUUGCCAAAGCACUUACACCAGUUUGACUGUGCUAGCUAAAAGACAAAUUUAAGGGGAGCUCUUCAACAUUAAGGCAGUAUGAUAUCAUGCUUGGUUUUCUUUUUUCUUUUGGUCCAGGGAAUGGAGAAUGGUGUUCCAUUGCCUCUUUUCACAUUUUUUUUCUUUUUCUUUUUUUUUUCUGUUGAAGAUUAACACUAAUUAUCACGUCUGACAAAUGUGUAUGUGUGGUUUCAGUUCUGUGUACAUUUUAAAGGAUAAUGGUGAACAUUUUAAUGGGUUUCCCUUGCCCUUUCCAUAUUUAACCUAUUUCCACAUUCUCUCUCACUCACAUUUUCUCAGUGUGCCCUUCUCUUAUCUGCCAUGUCCAUAGCCAUAAUUCCACCAUCAUACAGAUCAGGCAGUGUUUAAAAUGAUGGUAGGUAGCACAGUGGACAGUCUUUGAUCAUCAUGUAGAAUAUGGCUAUGAAUCAGGAAAGAGAUUAGAACAUUUAAUAAUGUAUGUACAGCUGGUGCUUAGUUUUUUUUUAAUCUAAAUUUAAUUACCUUAUUGGAUAUUUGAUAUUUGGUUAUUUAAUCACAGUCAUCUUUAACAGCUUACACUGAUUGGUGUUUUAUCUCCUGUGAUCCUUUGAUGGCUUUUUUUGCCUACCAUUUCACAGAGGUUUAGACAGCAGUAGUAGCUCCCUAGGAGAGUUUACUGAUGAAACAGCCUCUGCAAGAUUUUAAAAGUUUUGUUCUUUUAUAGACUGAUUUAGAAAAACAAAUGAUUAGUUAAAAAAAGAAAAUAUACAUUUGUUGGUAACUAAUGUUAUUUUUUAAAACCUGGACCUUUUCUGGAAGGGCAGCAUAUAAAAACAUCAGUCCCGAGGAGGGGACAACAAUACUACCUCACUACUACAUCUGUGAUGACUGGUUGUUCAAACACAAUGGAGUGUGUAAGGUAUAUGUUUUAUAAUUCAUAACCAUAGCCUCGAUCAUCAAGAAAUACUUUCGAAAUUUCAUUUUCCUUCAGAAUAUCUUAAGAGUGCUAAAUUUUUAACUGCCUUUUUGUCGAGUCAAACUGUGGGAUUCUGAUUUGUAUUAAAAUUGUAAGCUCCUCACUGGUAUACUAUCAUCCUGGAGGGGUGUUGUAUGGCUGAGCAAGAGAGAGAGAGAAUGAGAGAGAGACUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUACUCUGUGUGUGUAUGAGAGAGAGAAAUGCUAACCUUGUAGCAUGUGAAGAAUGUCUGUACCUUGAUACGAUAGUUACAUAAUCAGUAUAUUUGGUUUCUAGAUCACUGUGCUUAUUUUGUUUCAAUCUCUGACUAAAAAUACUUAAAUUUGGUUUGUUAAUUCUUAUUUUAGAAAUUAUAAUUUUAGUUUAUAUUAAUUUCGGUUAUAGCUUACUGAAGAAAUCUUUCCAGUUAGAAGGAGGUUCUAAUAUUCACAUGUUCUAAUACUUUGUUUAUUGUAAAACAGCUAAAUUUGGAGAUACGUAAAGCCUUGUUUUCUCUGUGUGGUUCAGCUACUUUCCAUUUGGUAUUACACAGUCAAAUUUACAUUUAUCUAUUAAAAUUGCCAUUUUAUUAAACAUUUUCAUGCACAGUAGAUUCAAGUUGUGUCUGAAAAUAUCUCUUGUGCUUUUUUGAUUUUGCUGACUUUAAAAGGAUUAAUCUGGGCAGACAUUAUGUAAAAGAAAGGUUGCGUUUAAUAUAUUUUUUGAACUUUGUAGGACAAAACAUAGCUGGUUAACCUUGAAGUGACUGUUGUACCAUGGUUGUGCACAUGCUUCAGAAUCCUAUGGAAGAGAAUAUUCCUACUUGCAGUACAUCAAAGGAAUGGAUGGUGGACCCUACUAUUCAUGUUUUGAGACAUAAAUGUUCACUUUAAAGCAAUUGCAUAAUAGAUAAAAACCUGAACUUUCAUUGGAUUUUUGUUAAUUUUCCUCAUUUUGAAUUAUGUGCACUACCAUAGCUACAUCAGUUUGAUACAGUAUUGAAAAAUUAUCAGUUAUAUUUUGCUGUUUAUGAUCUAUUUGUAGAUUAGGAUUAAAAUGGAUUUAAUCCAUUUUUAAGGCUGUGUGAAUUUUUCUAAACAAGAACCAUUUGCAAUAUGGAUUUCUUAGAGAUUAAACCAAUUAUAACUUAUUAGCAGUCGCGAGCACAUGUUCAUAUAGUCAAUGUAAAAAUACACUAAUGAGUAUUUGGUAAAUCCCAGUAGGCUUUUACCAUUAGCAUAAUUUUGUGUUGUACAAUUAAGUUACAAUUACAUCUCUAAUUUUGGAUAAUAUUCAUUGGUUAACAAUAAAGUGACAAAAGCUCAUGCCUUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-995.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1077.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 901.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((((.(((((((..(((((((..(((((.....)))))...)))).))).)))))))(((((.(((.((.((......((.(.((((.((((((((((..((....((.(((((.......))))).))((((((...(((((.........)))))....))))))((((((...))))))..................((((((......(((...(((........)))....)))((((((.(((......)))))))))((((((((.((((((((......)))).)))))))))))).....(((...((......))....)))...................))))))....(((((......))))).....((((.....((((((.(((((...(((((......)))))......((..(((((..((.(((((((.(((((.........((((.((.(....(((((((((((((((...(((.(((.................)))..)))))))))))))...(((((((((.....(((((((((.......))))))))).((((((((...)))))))))))))))))(((((((((((((...(((...((((.....))))...)))(.((((((........)))))).).(.(((((((((...........))))))))).)..((((((((..(((.......((((((.....((((((((((..((.((((.(((((((.(((((((.((((..((((((((((((...((((((((......(((...(((((.((((((((((((((((((((((((.((((.((((((((..((.((.(((((((((((..............((((...........)))).........(((((.(((((.(((.....((((........................)))).........(((((..((((............))))..))))).....((((.....))))...........((((((...((.(((.....))).)).))))))..(((((.....)))))...((((.(((.....(((.(((((.(.(....)).))))).........((((((...((((.((((.........((....))...(((((....)))))...((((......(.((((...)))).)...)))).....................))))))))..)))))).((((.........(((((.(((((..((.........(((...((((((.(((((((......(((((..((..............(((.(......).)))......(((((............))))).....))..))))).......))))))).))))))...)))((....))..................))..))))).))))).......))))...)))))).))))..........((..(((..((((((((((...((........))...)).....))))))))..)))..))..)))))))).))))).......(((((((((...(((....(((((.(((((((((.(((((...((....(((.((((..((.((((.....((...(((((...((......))...))))).)).................))))))..)))).)))....))((((((....)))))).))))).))))))))).))))).)))...)))))))))))))))))))))))))))))))).))))..))).)))))))))))))))))))))(((((..((((.((((((((((.(..(((....)))..)))))))...))))..))))..)))))...(((....(((............((((.......))))............)))....)))...))))))))......))))))))...))))))))).)))...))))......((((((((((.(((......(((...(((((((.(.((((((...((.((........)))).)))))).).)))))))...)))..))))))))))))).....(((((((((((((.(((((....)))))..((((.....)))))))))))))))))...((((((((((.((((.....)).)).)))).)))))).......(((((((........((((.(...........).)))).......)))))))..)))))))..))))))).))))))......((((((((....((.((((((...((((...))))...)))))).))....))))))))((((((((...))))))))(((((((...((((((((.............))))))))...)))))))..(((((((((.((((((((....)))))((((((....(((..(((((....))))).)))....)))))).....(((((......)))))((((((......((((..........))))......))))))......)))..))))))))).(((.((((..........)))))))..)))))...)))))......)))))).......))).))))))))........((((((((.....)))))))).)))))))))))))))))).....).)).))))..))))).))))))).))..)))))..)).))))).)))))))))))).)))))))))).)))).).))....)).)).)))...)))))...(((((((((.((((((.((((..(((..(((.((.((((.(.(.......).).))))((((((.((((((..((((((((((((((.((((((......)))(((.(..(((.(((.((((((..(((((....))))).)))))).))).)))..).)))(((((((.........((((((....((((...((((......))))...))))....)))))).......((((((........))))))(((....))).))))))).))).))))).....)))))))))..........(((((..((((((..((.((.((((((((((.(((((.......(((..(((((((((((((...........)))).)))))))))..))))))))...))))).))))).))))..)))))))))))(((((((.(((((((........))))))).)))))))...((((.(((.....((..((((((.(..((((.....))))..).))))))))....))).))))))))))))))))........(((((..((....))..))))).((((.(((((...........(((((.(((((.(((((.(((((((((.((((((((.....((((((....((((((..(((........)))))))))(((((((((...))))))))).((((((((((((....))))....))))))))...........(((((((((((((....)))..)).))))))))..))))))..)))))))).))))))))).))))).).)))).)))))(.(((((((.(((((((.....((((........))))....(((((((....)))))))((((((((.....)))))))).))))))).))))))).)...(((((((...(((.((((.......)))).))).)))))))...))))).)))).)).)))..)))..)))).))))))...)))))))))...(((....)))((((((((((((((((((((..((....))..)))))))............((((((((((......).))))).))))..((((....)))).)))))))))))))............)))...))))).)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((((((.(((((((..(((((((..(((((.....)))))...)))).))).))))))){((((.(((.((.{(.({{{{(({,.,,||}((((((((((..((,...((.(((((((.....}})))}))((((((...(((((.........)))))....)))))).,{{{,......|||..................{{|||,.......{{...{{{.......,}}}..,,},,((((((.(((......)))))))))(((((((,,((((((((......)))).)))))))))))).....{{{...,,......,,....))}...................})))}}....{((((......)))))...,.{{{|,,},,((((((.(((((,..(((((......)))))......{{..(((((..((.(((((((.((({{.........{(((,((.{....(((((((((((((({,,,({{.((({{.........,..}}.)))..,}}))))))))))}..{((((((((.....(((((((((.......))))))))).((((((({...})))))))})))))))|(((((((((((((...({{...((((.....)))).,,}},.}||{{{{......,.}}}}}}.||,.{((((((((...........))))))))).,..((((((((..(((.....((((((((.....((((((((((..(({,,((((((,((((((((((,.{(((,,{{{{((((((((...((((((((....{.,({..{(((((.{(((((((((((((((((((((((.((((.((((((((,.{(.((.(((((((((,({,............((((...........))))........,,.,,,{,.,,,.{{{,....{{(((,,,.,{,,,||,|||.,,....}}}||.........(((((..((((,{.......,}.))))..))))).....((((.....))))...{{,.....((((((...((.(((.....))).)).)))))).|(((({|..,||}}}}..,{{{({((,...,,{{{.(((((.,.||..,||.}}}}}.....{,..((((((...((((.((((.........((,...}}...{{(((....}}}||...((((......(.((((...}))).)..,))))........,,...........))))))))..))))))...,,.........(((((.({{({..,{.........(((...((((((.(((((({......(((((,{{{......,}......((,.{......|{|||...,..{||||..........,|}}}}}.....}}..))))).......})))))).))))))...))){{....}}..................,},.))))).))))),||.,,,||||...|||||},|||,....,.,..,,|}}|||..{{{{{|{{,,...{{..,.....}},},,,.,,,.})))))))..))}..}},,|,})}})}.}})))}.,...,|||||||,,..,||,....,,{,,.{{{{{{{{|,{|{{{..|((....(((.((((..((.((((.,,{{((...(((((...({......,}...))))).)}...,,.......,,,,))))}))..)))).)))....))||{{{{....)))))),))))),))))))))),)))))|)})....)))))..)))))))))))))))))))))))).}))),.))))))))))))))))))))))))}(((((..((((.((((((((((.(..(((....)))..)))))))...))))..))))..)))))...(((....(((............((((.......))))............)))..,.)))...))))))}),..,..))))))))...))))))))|{|||{.{|||,...,,.((((((((({,(((.{{{(({((...(({(({{.,.||{{{,..,||,||,}.,...,||,,,|||}||.}.,}))}))}}.,))).))))))))))))).|||}}|.}}||||..,,.(((((....))))).,(((.{(({{||||{,,({,,,,...{{{,{|{{((((((.{{((.....)).)}.}}||.,}}||||}}...}),,),}),}},......)}))))}}}}}}.)))))))))).)))))).,},.....||||(..{||.,,{||},.{|...,,,((((((((....((.((((((...((((...))))...)))))).))....})))))))((((((({...})))))))|((((((...((((((((.............))))))))...))))))|{{{{.{{{{,.{{|.,,|||.,}})))))}|,,,,....{{{,,{{{{{..,,))))),})),,..,))),.}}},,(((((......))))),{{,,{{.(((((,(({(({.(((.((((.((((.....),))}..))))))).}))),)}.)))))}}}}}}.........,,,.))..)))))...)))))......))))))))}....))).))))))))........{(((((((.....)))))))}.)))))))))))))))))).....).)).))))..))))).))))))).))..)))))..)}.))))).)))))))}}))).)))))))))).,)))}).)).,}.)}),),))),..,,,,,...(((((((((.,(((((((,(({(,,({{{{(,({.((((.(.(.......}.).))}}((((((.((((((,.(((((((((({{((,((,{,{......}},(((.(..(((.(((.((((((..(((((....))))).)))))).))).)))..).))){({((((,,,...,...{{{{|||||{{{{.{,{{({......)))),}|}}}},,,.}}}},,......,{(((((........)))))){,,...,||,.})}}))).))).))))}....}))))))))).........{(((((..((((((..((..,.(((({(((((.(((((.....,,,,|..(((((((((|,{{,,.........,)))})))))))))..}}})))))...))))).}}})},},))..)))))))))))|((((((.((((((,........,}))))).))))))}...{(({.{((..,..((,,((((((.(..((((.....))))..).))))))})..,.))).)))))))))))))))}........{((((..((....))..))))}.|||,.{(({{,,,|,,..,|,{((((.((((,,(((((.(((((((((.((((((((.....((((((....,{{{{{..,((.,,,...,|||||}}|((((((((((...))))))))))|{{||||{((({....}))}....}}}}))),...,,......(((((((((((((....})}..)).))))))))..))))))..)))))))).))))))))).))))).).)))).))))}(.(((((((.(((((((.....((((........))))....(((((((....)))))))((((((((.....)))))))).))))))).))))))).)...{(((({,...{((,((((.......)))).,))}))))))}...}}))}.,,,,.,,.}))..)))..)))}.))))))}..)))))))))...(({....}))((((((((((((((((((((..((....))..)))))))...,{,,,....|||||(((((......),,)))},.}}|..(({{....}))).)))))))))))))..,,......,,))),..})))).)))......
Back