Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001261397.2
Sequence Length
1679 nt
GC Content
0.5581
AGACCGACUAGGGGACUGGGAGCGGGCGGCGCGGCCAUGGCGGGCUGCUGCGCCGCGCUGGCGGCCUUCCUGUUCGAGUACGACACGCCGCGCAUCGUGCUCAUCCGCAGCCGCAAAGUGGGGCUCAUGAACCGCGCCGUGCAACUGCUCAUCCUGGCCUACGUCAUCGGGUGGGUGUUUGUGUGGGAAAAGGGCUACCAGGAAACUGACUCCGUGGUCAGCUCCGUUACGACCAAGGUCAAGGGCGUGGCUGUGACCAACACUUCUAAACUUGGAUUCCGGAUCUGGGAUGUGGCGGAUUAUGUGAUACCAGCUCAGGAGGAAAACUCCCUCUUCGUCAUGACCAACGUGAUCCUCACCAUGAACCAGACACAGGGCCUGUGCCCCGAGAUUCCAGAUGCGACCACUGUGUGUAAAUCAGAUGCCAGCUGUACUGCCGGCUCUGCCGGCACCCACAGCAACGGAGUCUCAACAGGCAGACCUGCUUUUUUAAAGGCUGCAGAAAACUUCACUCUUUUGGUUAAGAACAACAUCUGGUAUCCCAAAUUUAAUUUCAGCAAGAGGAAUAUCCUUCCCAACAUCACCACUACUUACCUCAAGUCGUGCAUUUAUGAUGCUAAAACAGAUCCCUUCUGCCCCAUAUUCCGUCUUGGCAAAAUAGUGGAGAACGCAGGACACAGUUUCCAGGACAUGGCCGUGGAGGGAGGCAUCAUGGGCAUCCAGGUCAACUGGGACUGCAACCUGGACAGAGCCGCCUCCCUCUGCUUGCCCAGGUACUCCUUCCGCCGCCUCGAUACACGGGACGUUGAGCACAACGUAUCUCCUGGCUACAAUUUCAGGUUUGCCAAGUACUACAGAGACCUGGCUGGCAACGAGCAGCGCACGCUCAUCAAGGCCUAUGGCAUCCGCUUCGACAUCAUUGUGUUUGGGAAGGCAGGGAAAUUUGACAUCAUCCCCACUAUGAUCAACAUCGGCUCUGGCCUGGCACUGCUAGGCAUGGCGACCGUGCUGUGUGACAUCAUAGUCCUCUACUGCAUGAAGAAAAGACUCUACUAUCGGGAGAAGAAAUAUAAAUAUGUGGAAGAUUACGAGCAGGGUCUUGCUAGUGAGCUGGACCAGUGAGGCCUACCCCACACCUGGGCUCUCCACAGCCCCAUCAAAGAACAGAGAGGAGGAGGAGGGAGAAAUGGCCACCACAUCACCCCAGAGAAAUUUCUGGAAUCUGAUUGAGUCUCCACUCCACAAGCACUCAGGGUUCCCCAGCAGCUCCUGUGUGUUGUGUGCAGGAUCUGUUUGCCCACUCGGCCCAGGAGGUCAGCAGUCUGUUCUUGGCUGGGUCAACUCUGCUUUUCCCGCAACCUGGGGUUGUCGGGGGAGCGCUGGCCCGACGCAGUGGCACUGCUGUGGCUUUCAGGGCUGGAGCUGGCUUUGCUCAGAAGCCUCCUGUCUCCAGCUCUCUCCAGGACAGGCCCAGUCCUCUGAGGCACGGCGGCUCUGUUCAAGCACUUUAUGCGGCAGGGGAGGCCGCCUGGCUGCAGUCACUAGACUUGUAGCAGGCCUGGGCUGCAGGCUUCCCCCCGACCAUUCCCUGCAGCCAUGCGGCAGAGCUGGCAUUUCUCCUCAGAGAAGCGCUGUGCUAAGGUGAUCGAGGACCAGACAUUAAAGCGUGAUUUUCUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-630.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -661.57
Frequency: 0.0000
Diversity: 464.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((..((((....)))).((((((((..((((((......))))))..)))).))))((((((((((((....((((((((..((...))..)))))))).......((((((....((((((..(((((.((((((((((((.((((((((((((....))))..)))))))))))..((((((((((((((((((((((.......))).)))).)))).......((((..(((((((((((.((((((((((............(((((.....(..(((((..(((((.(((((((((.....((...(((((((.......)))))).)...))....)))))))))...)))))..)))))..).((((....)))).(.(((.(((((((......((((.(((.....((((.((.(((((..(((((((...)))))))...)))))...)).))))..))).))))..((((.............))))..........((((......))))....))))))).))).).................(((((...))))).....(((((.(((.((((.....)))).)))......)))))...(((((((((((((((.(((.(((....(((((..(....((((((((.((((((.((...((..((((((...(((.((((((((((..(((.(((((((((((((....((......)))))))))(((((........)))))..))))))))).)))))))))).)))(((.....))).((((((....))))))...))))))..)).......((((.((((.......(((((.((.((((......((((.......)))).....))))...(((....))).....(((((.(((...((((.((((((....))))...)).))))))).))))).......)))))))(((((((...))))))).)))))))))).))))))(((......)))))))))))......)..))))).....))).))))))))............(((((.((((.(((.((((((((.(((....))).))))).(((.((((...((((....)))).(((((.(..((((.((........))..)).))..)..)))))...))))..)))......((((((....))))))...))).))))))))))))..(((((((((.(((((((.......))).)))).))))).))))..))))))))))(((.....)))))))).))))).)))))))))))))))).)))).......)))))))))))..(((((.(((((.((((((.(((((...((((((((...)))))...(((((((((((((......)))))))....))))))....))).))))).))))))..))))).))))).........))))))).))...)))))))).)))..)))))).))))))))))))..(((((((((....))).))))))..(((..(((((((((.................)))))))))....)))..(((((((.((((((....)))))).)))).)))..)))....(((((.((..(......)..)).)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
........(((((((((((({(((((((((((((,({{{((((,,..)}))|||,|||||{|{{|,,.,{{{,..((((((((..{(...})..))))))))....},||||||,.,|}}.}}|,}}}}..))))|||||,|.,||||||.{{((((((,.,,...,{(((((((({...(((((((({..(((.(((((({.....(((((((((((({(({.{(((..(((,...}}}..,}})).)))||||})}.............,((((.(((((.(((((..(((((.(((((((((.....{{...,((((((.......)))))).}...}}....)))))))))...))))}..))))){{{{(,,,}}}}),,)}).)).))))},,,,|..,.,{{||||,....}},,,,,..(((((..(((((((...)))))))...))))).}))))))).......((((.(((..........))))))).{,....,,,..{{{{..,...}}}}......,)))))).)))..........,,.....{{(({...})))))))}})},,,.,((.((((.....)))).))(((({...)))))..(((((((((((((((.(((.{{{....(((((..{....((((((((.((((((.((...((..((((((...(((.((((((((((..(((.(((((((((((((....{{.....,}})))))))(((((........)))))..))))))))).)))))))))).))),{{.....}||,((((((....)))))).,.))))))..)).......(({{(((((.......(((((.({,{(((,.....{{{|,,,....)))).....}}}}..,{{{.,,,}|,..,{,((,,,.|||,,.{|||.|{|{((,,..,,}}....,.))))}}|.|||||...,,,,))))}))(((((((...))))))).}))))))))).))))))(((......)))))))))))..,...}..))))).....})).))))))))............(((({{((((.(((.((((((((.(((....))).))))).(((.((((...((({....}))),(((((.(..((((.((........)),.)).)).,),,)))}}...))))..)))......((((({....})))))...))).))))))))))))..(((((((((.(((((((.....,.))).)))).)))))})),}..)))))))))))))))))))),,,,),)))))))}}||{{{|{{{|||,|((((((....,(({{{{(((((((((...))))).)))))))))).))))))|.((((((....,,)))))).,....((((((((((,.((((((.....))))))....}.))))))))))..))}))))))})))))))))))}.|({{{({(({(((((||,..{{{.....}|||{|.{{|{{{|||({({,(((((((((....)))},)))))}}|}{{{.....}})))))}}}),,,.,,..,,}}}||||,,.}}}}))})}))},{{.,(((((....))))})})))))))|{{((,{{{{(.(.,.,...........).))})).)))}..
Back