Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001261398.2
Sequence Length
1511 nt
GC Content
0.5672
AGACCGACUAGGGGACUGGGAGCGGGCGGCGCGGCCAUGGCGGGCUGCUGCGCCGCGCUGGCGGCCUUCCUGUUCGAGUACGACACGCCGCGCAUCGUGCUCAUCCGCAGCCGCAAAGUGGGGCUCAUGAACCGCGCCGUGCAACUGCUCAUCCUGGCCUACGUCAUCGGGUGGGUGUUUGUGUGGGAAAAGGGCUACCAGGAAACUGACUCCGUGGUCAGCUCCGUUACGACCAAGGUCAAGGGCGUGGCUGUGACCAACACUUCUAAACUUGGAUUCCGGAUCUGGGAUGUGGCGGAUUAUGUGAUACCAGCUCAGGAGGAAAACUCCCUCUUCGUCAUGACCAACGUGAUCCUCACCAUGAACCAGACACAGGGCCUGUGCCCCGAGAUUCCAGAUGCGACCACUGUGUGUAAAUCAGAUGCCAGCUGUACUGCCGGCUCUGCCGGCACCCACAGCAACGGAGUCUCAACAGGCAGGUGCGUAGCUUUCAACGGGUCUGUCAAGACGUGUGAGGUGGCGGCCUGGUGCCCGGUGGAGGAUGACACACACGUGCCACAACCUGCUUUUUUAAAGGCUGCAGAAAACUUCACUCUUUUGGUUAAGAACAACAUCUGGUAUCCCAAAUUUAAUUUCAGCAAGAGGAAUAUCCUUCCCAACAUCACCACUACUUACCUCAAGUCGUGCAUUUAUGAUGCUAAAACAGAUCCCUUCUGCCCCAUAUUCCGUCUUGGCAAAAUAGUGGAGAACGCAGGACACAGUUUCCAGGACAUGGCCGUGGAGGGAGGCAUCAUGGGCAUCCAGGUCAACUGGGACUGCAACCUGGACAGAGCCGCCUCCCUCUGCUUGCCCAGGUACUCCUUCCGCCGCCUCGAUACACGGGACGUUGAGCACAACGUAUCUCCUGGCUACAAUUUCAGGUUUGCCAAGUACUACAGAGACCUGGCUGGCAACGAGCAGCGCACGCUCAUCAAGGCCUAUGGCAUCCGCUUCGACAUCAUUGUGUUUGGGAAGGCAGGGAAAUUUGACAUCACCCCAGAGAAAUUUCUGGAAUCUGAUUGAGUCUCCACUCCACAAGCACUCAGGGUUCCCCAGCAGCUCCUGUGUGUUGUGUGCAGGAUCUGUUUGCCCACUCGGCCCAGGAGGUCAGCAGUCUGUUCUUGGCUGGGUCAACUCUGCUUUUCCCGCAACCUGGGGUUGUCGGGGGAGCGCUGGCCCGACGCAGUGGCACUGCUGUGGCUUUCAGGGCUGGAGCUGGCUUUGCUCAGAAGCCUCCUGUCUCCAGCUCUCUCCAGGACAGGCCCAGUCCUCUGAGGCACGGCGGCUCUGUUCAAGCACUUUAUGCGGCAGGGGAGGCCGCCUGGCUGCAGUCACUAGACUUGUAGCAGGCCUGGGCUGCAGGCUUCCCCCCGACCAUUCCCUGCAGCCAUGCGGCAGAGCUGGCAUUUCUCCUCAGAGAAGCGCUGUGCUAAGGUGAUCGAGGACCAGACAUUAAAGCGUGAUUUUCUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-580.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -607.85
Frequency: 0.0000
Diversity: 479.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((..((((....)))).((((((((..((((((......))))))..)))).))))((((((((((((....((((((((..((...))..)))))))).......((((((....((((((..(((((.((((((((((((.((((((((((((....))))..)))))))))))..((((((((((((((((((((((.......))).)))).)))).......((((..(((((((((((.((((((((((..(..........(((((.(((((.(((((..(((((.(((((((((.....((...(((((((.......)))))).)...))....)))))))))...)))))..)))))(((((...)))))..))).)).))))).((.(.((...(((.(((((.(((((.((.(((((..(((((((...)))))))...)))))...((((.(((((((((.((((((((.(..(((((((.((((....))))((((((((((((((...((((((.((.(.(((........((((.((((...((((............((((......(((((((.((((((((......)))...(((....))).............((((((((((((.........(((((.(((.((((.....)))).)))......)))))......((((.....))))....))))))).))))).))))).)))))))...))))...........))))...))))))))(((((((((......(((.(((((((....((......)))))))))....))))))))))))..))).))).))))))....)))))))))).))))......)))))))..).)))))))))))).........((((((((((((.((....(((....))))))))))..((((.......)))).(((((.(((.((.(.(((.(....(((....)))....)))).).)))))...))))).......((((((....)))))))))))))))))).))))....(((((((((.(((((((.......))).)))).))))).))))..)))))))))))).)))..))).)))..))))).)))))))))))))))).)))).......)))))))))))..(((((.(((((.((((((.(((((...((((((((...)))))...(((((((((((((......)))))))....))))))....))).))))).))))))..))))).))))).........))))))).))...)))))))).)))..)))))).))))))))))))..(((((((((....))).))))))..(((..(((((((((.................)))))))))....)))..(((((((.((((((....)))))).)))).)))..)))....(((((.((..(......)..)).)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
........{{(((((.(((.,({((({(((((((({...{{{|,,,})}}))))}))))((((((((((((....((((((((..{(...})..)))))))).......((((((.,,,{{,(((..(((((.{((((((((,{{.((((((((((((....))))..))))))))}},..((((((((((((((((((((((.......))).)))).)))),.,,...((((..(((((((((((.((((((((((..,.,,,,.....{((((.(((((.(((((..(((((.(((((((((.....{{...,((((((.......)))))).}...}}....)))))))))...))))}..))))){{{{(,,,}}}}),,))).)).))))}.{(({.{{.{{((,{((....,((((.((.(((((..(((((((...)))))))...)))))...)),}))),.}||,|}||||||||.{{,,{{,(((.((((....)))),|||||||||||{,{{{((,(((.(({(((((.,{.{{{.,,,|}|{|{,..|||((,,,....,,}}|{((.{,...{{{{{{(.{({{{{{,||{{........{((....))}........,,,.,||.(((((,.,|}}}}.....{{{{{.(((.((((.....)))).))).,,...})))),..,,,((((,,,..}}||,,..,,.,,,,,}}}})|)}}}}.}|||}}|..{}|||....,.{,..{||||{..,|||,|||(((((((,,{{{.{{((({(((((((....{{.....,},))))))){{{{|,,,,,,,,))))},,)})))}))),))}}}})))),)))||,..,,,}||,{|||||,,..)})))),}})))))|..,,....|||||{{({({{|{{....,,{,,.,}}}|||||},..{{{|,|,....)))).,,.,,|{|,.||}|.{{{,|,.,|{{{,...,))}}|,|}}}.}|}}|||,.,|||||.,,,,..((((({....}))))).,.,))})))})}}))).}},((({{((((.(((((((.....}.))).)))).)))))})),).,)))))))))),}))))}.)))))))).))))},)))))))))))))))).)))),,,....}))))))))))..(((((.(((((.((((((.(((((.,.((((((((...})))),},|{{{,,,,(((({{{{{..{{||||,....)))))).,..))).))))).))))))..))))).)))))......,..)))))))},}...)))))))),))}..)))))).))))))))))))..(((((((((....)))},))))){((((((.....))))))}.,}),)..})}})))))|,,{{{,,|||||,.{||||{{.{(((((....))))})|))),|))|..(({,.,,,.,.},},..|.,....})})}.,,.}},...
Back