Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001267699.2
Sequence Length
1519 nt
GC Content
0.4095
CCCUUUUGGCUCUCUGACCAGCACCAUGGCGGUUGGCAAGAACAAGCGCCUUACGAAAGGCGGCAAAAAGGGAGCCAAGAAGAAAGUGGUUGAUCCAUUUUCUAAGAAAGAUUGGUAUGAUGUGAAAGCACCUGCUAUGUUCAAUAUAAGAAAUAUUGGAAAGACGCUCGUCACCAGGACCCAAGGAACCAACAAUGAUUGAAGCUCACGUUGAUGUCAAGACUACCGAUGGUUACUUGCUUCGUCUGUUCUGUGUUGGUUUUACUAAAAAACGCAACAAUCAGAUACGGAAGACCUCUUAUGCUCAGCACCAACAGGUCCGCCAAAUCCGGAAGAAGAUGAUGGAAAUCAUGACCCGAGAGGUGCAGACAAAUGACUUGAAAGAAGUGGUCAAUAAAUUGUAAGUGUUUCUUUGCUUCCUCACACAACACAACCUUGAGUAUUGGAUUAUUCCUGAGAUGAGAGAACGCAUAUGAGACAAGGUAAAGGUCUGUUGAAAUCCUGUCUGUGAAUCCUUCUAGCUAUAUCUCUUUAAGUGAAAGAGUGUUAAGUACUCAGUAAAUAUGAUUAUUAUUACUAUUAUUAUUUGAGUCAGAGUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUCGAGUGCAGUAUUGUGAUCCUCCUUGGCUCACUGUAACCACUGCUUCCUGGGUUCAAGCAGUUCUUGAGCCUCAGCCUCCUGAGUAUCUGGGAAUACAGGGGACUGCCACCAUACCCAGCUAAUUUUUUUAAAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCAUCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACUUCAGGUGAUCUGCCAGUACUCUAAAUGAUAACAGUUUUUUCGUGUUUAUUUAUUUUGAAUGAAGCUGUCUCACAGUAGAUGGAGUUGAAGGACAGGAAAUGUUUUUCCCCUACUUGGAAAAUACACUGAAUAAGUUGAGUGGGGUGGGAUGUGCCUGGAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGUGGUAGGAUUGUUUGAGCCCAGGAGUUUGAGGCCAGCCUGGGCAAUAUAGGGAGACCCUGUCCCAAAAAAUAAAAAAUAUACGUAUAUAUAUAUACACACACAAAGAAAAAAUACACUGAAUAGACAAAACCUUUCAUGAUUAAUGAUGCACGGGAAUAAGUGAUGAAAAAAGUUUCGGUCCCAGAUGAUGGCCAGUGAUAACAACAUUUUUCUGAUGUUCCCAUGCAAUAUACAGUUAGCUAAGAGGGUGUAAUGGAAAAAGCAUAAGGCUUGGACUCAGAAGACUCUACUAACUUUGCCACUAGCUAGCUAUGUAAUUCAGAUCAUCUAUCCUUUACAUGUGAAAGGUAAAUAAUGGCUUAUCUUAACAGGAGGAUUUAUGCAGGUUAAAUGAGGUAGGUGUUAUGUGUAGGUUUAUUCCAAGGCUUCUCUACUUUUAAAGGAAAUGGCUUAUAUCUGAGAACUAGGACUUUUAGAAAAAAAUUUACUGUUACUGGUUUGCAGGAUUCCAGACAGCAUUGGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-460.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -487.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 367.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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