Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270395.2
Sequence Length
1598 nt
GC Content
0.3335
AAUUAUCCGCACAGGCUCUAGAACUUGGUUUCUUGAAGAAGUUGUAGGAAAGAAAGUUUAUCAGAAUUUUUUAAACCUGUCUCAGAAAUAACAACAUAUUUUAAUCAGAGAUUUGCUGAAGCUUCAGAGAUCACCUGCCAAACACAGGCUGAACCUGACAGCAUGUCACACCAGGAUGUUGCUAUGAGGACAGAUUCAUCAAAAAUGACUGACGUGGAGUCUGGGGUCGCCAAUUUUGCAUCUUCAGCAAGGGCAGGCCGCCGGAAUGCCUUACCAGACAUCCAGAGUUCAGCUGCCACAGACGGAACCUCAGAUUUGCCCCUCAAACUGGAGGCUCUCUCCGUGAAGGAAGAUGCAAAAGAGAAAGAUGAAAAAACAACACAAGACCAAUUGGAAAAGCCUCAAAAUGAAGAAAAAUGAAGGCUCAUAAUCUAUCAAGAGUGCUGAAUUUCUGCAUGUUGAAAGACUUAGUGGUUCUGUUUUCUUGAGACAUUUAAUCUGGUGGUAACUGUGGUAACAUUGCAGCCCUAAGCAGCAUGUGUAUAUUAGAUAAUUGUGUUGUGAUGCUACUCACUUUGAUUGCAAUGAUGAUGUCCAAGGUAAGCUAUUAAAAGGCAGGUUACUUCCAAAUCGCACUGAAGGAAAAGGUUAAGAAUAAUACAUGAUCACAGAAAUGCAUACCACUGUCUGUAAACCCAACAAAAUUCACUGUUCUCUUUUGGAUUUAUUUAGCCUGAUGUAUUUUUAAUUCAAUUUUUAUGGUGAUGGGCAAAUCAUUCUUGGUAAAUGUAAAUCAAACAUGAUUGAUUUAAAACUUCAUGGAAUUUGUAGAAAAUUAUGGACAUUUUUGGUGAGAAAGAACAAUAGUCAAAACUCACAUGGAUAGAGUGUGUUUGUUUUUUGCCAAAAAUGCCCCAGACUUUUUCCCAAACCUCAAAAACGUCUUGGAAAAAUUGUAAAAGUUUGAUAACAGAAACAUCUUUAGGAUAUUUUUGUCUGACAUAUUUUGCUUCUAGUAUGUGCCUACUGUGAUUUUUUUCAUGUGGAAAAUGCAAAAUUUGUAACAAAAUGGUUAUAUGGAACAUGCCUAUUAAAUGAAUUUUACUAUCUUCCCUAACUUUGGUCUGUGUAUGUGUGUGUGUUUUACUUUAAUAUGAAUUAUACAAAAUACUAGUUGUUUUACACUCUCUUUUCUUAUUCUUAGGGCUUUUGUGUAUGUCUGACUUGUUUUUAAAUAACUUCCUCAGCAAUGCAGACCUUAAUUUUUAUAUUUUUUUAAAGUAGCUAACAUAGCAGUAGGCACUUAAGCAUUUAGUCAAUGAUAUUGGUAGAAAUAGUAAAAUACAUCCUUUAAAUAUAUAUCUAAGCAUAUAUUUUAAAAGGAGCAAAAAUAAAACCAAAGUGUUAGUAAAUUUUGAUUUAUUAGAUAUUUUAGAAAAAUAAUAGAAUUCUGAAGUUUUAAAAAUGUCAGUAAUUAAUUUAUUUUCAUUUUCAGAAAUAUAUGCAUGCAGUUAUGUUUUAUUUGAUUGUUGACUUAGGCUAUGUCUGUAUACAGUAACCAAAUAAACUCUUUCACUAUUAAAGAGAUUUCUUACUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-355.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -388.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 454.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((..((((((((.(((((............))))).))))..(((((((((....)))))))))....(((.....((((((......))))))...))).(((.(((((.....((((.(.(((((((.......)))).))).)))))))))).)))...((((((((((....(((((((((((((.(((........)))(((((((((((((((((((...(((((.......)))))))).)))).))))......(((((((.......((((((.((((...))).).))).))).(((((((((.(((...(((((.....)))))((((.(((((((((..((.(..((((((..........(((......)))....(((((((.............)).)))))....(((((..(((((.(((((((((......(((...((((..(((((((((((...((((.((((((..(((..(((((....((((((.(((((((((.....((((..(((.((...)).))).))))))))))))).))).)))....)))))...)))))))))))))((((.((..........)).))))((((...((.....)).))))..(((((.(.......).)))))))))).......))))))))))...)))......)))))))..)).))))).)))))))))))..)))..)))))))))..))))..........))).)))))))))....)))))))...((((((((......))))))))..)))))))))))))))).(((((...(((.(((((((((((((((((((((.((.((.(..(......)..).)).))))))).))))))))))))))))..)))....))))).....)))))..))))))))))..(((((.....)))))....(((((((.((((...)))).)))))))...(((((((........)))))))))))...((((......)))))))))...(((((...)))))..........((((((((.((((((((.(((((.((.(((((((.........((((((((.(((...(((..((((((((((((....(((.(((.((.((....(((((.((((((((((.......(((((....))))).....))))).(((((..(((((................)))))..))))).....................((((.(((.((......)).)))))))))))).)))))...))))))).))).....))))))))))))(((((((((((((........))))))))..))))).)))...)))..))))))))..)))))))..)).)))))(((((.(((((((((...........))))))))))))))....((((((((((((................((((((((.((.....))))))))))..)))))))))))).))))).)))))))))))((((((..((((...((((((.......)))))))))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,,({(((((,,(((,(({{{..{{,,..||,,|}}}}.||||..(((((((((....))))))))}...}|||},,,,((((({......}}}}}}...|||,(((.(((((....,((((.(.(((((((.......)))).))).)))))))))).}))...((((((((((....((((({((({{((,({{....}}},}},{{((((((((((((({(((...(((((.......))))))}}.)))}.}}))....},{{{|||||,.,,,,((((((.((((...))).).)))}})).(((((((((.(({..,,{(((({{.|||||,,,,,}||{||{,{{..{{,{..,,.{{,..........{{,..,,..,})}...||||||{,..{{{,.,{{,{||.|||||...{(((((..(((((.(((((((((.,{...(((...((((..(((((((((((..,((((.((((((..{((..(((((....((((((.(((((((((.,,,,{{{{,.,,{||...,}),}},.,})}))))))))).))).)))....)))))...))}))))))))))((((,((.,.....}},}).)))){(((...((....,)}.)))}..(((((.,.......,.)))))))))),......))))))))))...)))....,,)))))))..)).))))).))))))}}},.}})))..,,}))))))..)))}.,,,....,.))).)))))))))..}}}})))},...((((((((......))))))))...}})))})))))}}}}.(((((...{((.(((((((((((((((({(((,{((.((.,..(......)..,.)).))))))).)))))))))))))))).,)))....))))).....)))))..)))))))))).....,,,,||||}}}},,,.(((((((.((((...)))).)))))))...{{{{{||,,,,..,.))}})))}}({({.((((......)))))))),...{{{{,...,)}}}......,{|{(((((((,,((((((((.{(((({((.(((((((.........((((((((.{{{,,.{,(,{{(((((((((((.,..(((.((,,((.((....(((((.(((({{{{{{.......{{{{{....})))|.....))))}.({(((,.{{(((........,......,))))).,))))),..,...............,,||{{.(((.{(......)).)))))}}})))).}))))...})}}))).))).....)))))))))))|((((({(({((((,,......))))))}),.)))))}})}...}}}..)))))))),.))))))).,}}.))))){{{{(.(((((((({.........,.}})))}}}}||},|||||(||{{{({,,...)))))..}}}}}}..||||||,,.{{,.{{{{|||}}},,,,,,)))))))}},,.))))).)))))))))},{{{{||,,|{{{...((((((.......))))))}))}.))}))).
Back