Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270399.2
Sequence Length
2232 nt
GC Content
0.5430
GCAGGUUCUCUUACAUCGACCGCCUAAGAGUCGCGCUGUAAGAAGCAACAACCUCUCCUCUUCGUCUCCGCCAUCAGCUCGGCAGUCGCGAAGCAGCAACCAUGGUGAGAAUCGGCUUCGGCUCUUUGUGGCCGUUGGGUGGAGUCAGCGCCCCCAGGCUCUACUUGGAAAACCUUUAAGCUCUUUUCUUUCGUAAGCUCUCUGGGCGAGGGUGGUGGUAUGUUUUGUGAGGUUUAGCUUAGCCCCAAAUCCUCAAGCCCCGCCGCCGCCGCAGUGCGGGUGCAGGAACCGGGCCAGUACUGCGCCCAGGGCGCAGCAGAGCGCUGGGGAGGAACAAAGGCGGCGCCUAGGCGCCUGUGUUAUCCGAGAGACUUUCGGGGGCCGCGGGCAGCCCGUCUGCCGCGACCGAGGGGUCUGGGGCGUCCCGGCUGGGCCCCGUGUCUGUGCGCACGGUUUCGCUGAUGCUGAGGGGCCACUUUCUGUCUCGCGUUGUUCUCUGGGGACCGGGAGAGGAGGAGGCACCCAAAAAGAGCGGGGGCGUUGGGCGAGCUGGGGGACGUGGGAGGGGGAACGGGAACAAAGCGCAGCCUAGGGUUAGCGUGGGAAGACCCUCCGCGGUCUUUGGCGUUUUGGAAAGAUACCCACACAUUCCCGGGAAAACAUGCGUGAGUGCAUCUCCAUCCACGUUGGCCAGGCUGGUGUCCAGAUUGGCAAUGCCUGCUGGGAGCUCUACUGCCUGGAACACGGCAUCCAGCCCGAUGGCCAGAUGCCAAGUGACAAGACCAUUGGGGGAGGAGAUGAUUCCUUCAACACCUUCUUCAGUGAGACGGGGGCUGGCAAGCAUGUGCCCCGGGCAGUGUUUGUAGACUUGGAACCCACAGUCAUUGAUGAAGUUCGCACUGGCACCUACCGCCAGCUCUUCCACCCUGAGCAACUUAUCACAGGCAAAGAAGAUGCUGCCAAUAACUAUGCCCGAGGGCACUACACCAUUGGCAAGGAGAUCAUUGACCUCGUGUUGGACCGAAUUCGCAAGCUGGCCGACCAGUGCACGGGUCUCCAGGGCUUCUUGGUUUUCCACAGCUUUGGUGGGGGAACUGGUUCUGGGUUCACCUCGCUGCUCAUGGAACGUCUCUCAGUUGAUUAUGGCAAGAAGUCCAAGCUGGAGUUCUCUAUUUACCCGGCGCCCCAGGUUUCCACAGCUGUAGUUGAGCCCUACAACUCCAUCCUCACCACCCACACCACCCUGGAGCACUCUGAUUGUGCCUUCAUGGUAGACAAUGAGGCCAUCUAUGACAUCUGUCGUAGAAACCUCGAUAUUGAGCGUCCAACCUAUACUAACCUGAAUAGGUUAAUAGGUCAAAUUGUGUCCUCCAUCACUGCUUCCCUGAGAUUUGAUGGAGCCCUGAAUGUUGACCUGACAGAAUUCCAGACCAACCUGGUGCCCUAUCCCCGCAUCCACUUCCCUCUGGCCACAUAUGCCCCUGUCAUCUCUGCUGAGAAAGCCUACCAUGAACAGCUUUCUGUAGCAGAGAUCACCAAUGCUUGCUUUGAGCCAGCCAACCAGAUGGUGAAAUGUGACCCUCGCCAUGGUAAAUACAUGGCUUGCUGCCUGUUGUACCGUGGUGACGUGGUUCCCAAAGAUGUCAAUGCUGCCAUUGCCACCAUCAAGACCAAGCGUACCAUCCAGUUUGUGGAUUGGUGCCCCACUGGCUUCAAGGUUGGCAUCAACUACCAGCCUCCCACUGUGGUGCCUGGUGGAGACCUGGCCAAGGUACAGAGAGCUGUGUGCAUGCUGAGCAACACCACAGCCAUUGCUGAGGCCUGGGCUCGCCUGGACCACAAGUUUGACCUGAUGUAUGCCAAACGUGCCUUUGUUCACUGGUACGUUGGGGAGGGGAUGGAGGAAGGUGAGUUUUCAGAGGCCCGUGAGGACAUGGCUGCCCUUGAGAAGGAUUAUGAGGAGGUUGGUGUGGAUUCUGUUGAAGGAGAGGGUGAGGAAGAAGGAGAGGAAUACUAAAGUUAAAACGUCACAAAGGUGCUGCUUUUACAGGGAAGCUUAUUCUGUUUUAAACAUUGAAAAGUUGUGGUCUGAUCAGUUAAUUUGUAUGUAGCAGUGUAUGCUCUCAUAUACAAUUACUGACCUAUGCUCUAAAACAUGAAUGCUUUGUUACAGACCCAAGCUGUCCAUUUCUGUGAUGGGUUUUGAAUAAAGUAUUCCCUGUCUUAAAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-863.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -905.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 471.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...(((((((.(((((......).))))...)))))))((((....((((((((((((.((..(((..((.(((((((.(((((((((.(((.....((((....))))......)))))))))))).))))))).))....)))...(((((.....)))))...........((((((((((((.....(((((..(((.(.(((((((((.(((..(((((.(((((((((((((.......(((...((((.((((.(((((((((((.(((.(.......).))).))))))))(((((.((........)).)))))....((((.(((((.(.....).))))).))))..((.(((..(((((((..((.((((((.....)))))).))..))))))).))).)))))...)))).)))).((((((......))))))...((((........((((((.((((((.(((((.(((.((....)).)))))))).)))))).))).)))......))))(((((((((((..((((((((((((((((((((((........((((((((..((((.(.....).))))((((((......))))))..))))))))........))).)...)))))((...((((((.((.((((.((((((......((((((..((..((((.((((...(((...)))...((.(((((.((((((((((..((((((.((((((((..((((.....)))).((......))((((((((((((.(.(((.....))).).))))))))))))......))))))).).)).))))..))))))))))......(((((((...))).))))........))))).))))))))))..))))))))(((((...((((............))))....)))))...(((((((.....((((....)))).......))))))).)))))))))).))..))))))...))..(((((...(((((....)))))...)))))..(((((....)))))...((((.(((...((((((((((((.......))))).))))))))))..)))))))))))))))))....((((..((((.((((...)))).))))))))...))))))))))))))........)))).))))))))).)))))...))).).))))))))....).))).)))))..(((.((((((((.....)))..))))).)))...((((((((....)))))))).((((((....)))).))..(((((((.(......).)))))))...((((((((((..(..((((((((...(((....)))...))))))))..)..))).)))))))((((((((.(((.((((((((.....(((.(((.(.(((((.(((((((.((((.((((........((.(((((((((((((((((............))))))).)))))))))).))..(((((.((((((((((((.......(((((((......((((((((((((((((...(((.(((.....))))))..))))))))))).).))))...........(((((....))))).)))))))..........((((((((((.....)))).))))))....))))).))))))).))))).......(((..((..((((((((.((.((((.((.(((((((..((((....(.((((((((..(((...))).)).)))))))..))))..)))).))))))))).))))))).)))..)).)))))))..))))((((((((..........))))))))))))))))))))).))))))....(((((((.((((((((....)))))..))).)))))))...........)))))))).))))))))))))))))))))))))).)))).))))))))...........(((((((.(((....))).)).)))))((((..(((((.(((((((...))))..))))))))....)))).(((((....((((((((((((.....))))...))))))))..)))))....)))).........((((((((((((..(((((((.((...........))..)))))))..)))))))))))))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((...,,,,,,{.{(((({{....|{||,,{.{|||||||{(({....((((((((((((.(({(((((..,.{{,{(((.{{(((((((.(((.....{(((....}))).,....)))))))))))),)}}}|||||||,,.{,{{{,.,,||},}},||||{,....,,....|{{((((((((({,...(((({..(((.(.(((((((((.(((..(((((.(((((((((((((.......(((...((((.((((,(((((((((((.(((.(.......).))).))))))),(((((.((.,......)).))))),.,,{{{{.{{(((,(,....|,)||||,||},.||{,({(..{||||||,.{{,||||||.,,,.}}}))),)),,||}}},)}))},}))))...)))).)))).((((((......))))))...((((....,,..((((((.((((((.(((((.(((.({....,).)))))))).)))))).))).)))......))))(((((((((((..((((((((((((({(((((({....(.((((...{({((((((..((((((((((((((((((......))))))),,.,...(((,..,.{{{,|{{.{{{,,..,,|,....|||,}}}.})).,}.))),.)))))))))))))))))|}}|((((.,.(((...))).}))))|.||..((((((((((..((((((.{(((((((..((((.....)))).,,......,}((((((((((((.(.(((.....))).).))))))))))))......))))))).,.)).))))..))))))))))......(((((((...))).)))).........)))).).(((((.......)))))))))))).|({((((((......(((((((((.({...{.((((((((...,,((((....)))).,,....))))))},).}..)).))).))).))).,(((((......(,..{((((....)))))})..,)))))|(((((((...(((....))).)))))))|((((((((((.,...,.))))).)))))))))))).)).)))))))))))))....{(((..((((.((({...}))).)))))))}...))))))))))),)),,,.....)))).))))))))).)))))...))).},))))))))....},}}},||}||,{.,,.,,{|||{(,,||.))}...}}}}||||...((((((((....)))))))).,||||{....}))).))..(((((((.(......).)))))))...((((((({((..{..((((((((...(((....)))...))))))))..}..))}.))))))){((((((,{(((.((((((((....{({{.(((.(.(((((.(((((((.{(((.{{{{..,,,...((.(((((((((((((((((............))))))).)))))))))).))..(((((.((((((((((((.......(((((((...,{.((((((((((((((((...(((.(((.....))))))..))))))))))).).))))..,......{.(((((....))))),)))))))........,.((((((((((.....)))),})))))....)))))}})))))).))))).......(((..((..((((((((.((.((({{((.(({((((..((({..{.{.((((((((..(((...))).)),})))))}.}))))..)))).))})))))).)))))))},))..)).)))}}))..)))}((((((((..........))))))))))))))))))))).)))})),,..(((((((.((((((((....)))))..))).)))))))...........)))))))).))))))))))))))))))))))})).)))),,))))))).........,,.....,,.(((....)))})))))}}}}}},).,})}}.,,{{{({,,.|}},..}},.,},,))}}}}.|.(((({.{({((((((({((((.....))))..,)))))}))))))))).,.,,|........},,((((((((((((.{(((((((.((.,.........))..))))))),})))))))))))))))))..........
Back