Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270453.2
Sequence Length
4225 nt
GC Content
0.5730
AUUUUAUAGAAACGUUUAGUACUCACCAAGGCCCUCAGUGGAACUGGCUGAAAAUAGCAGCAGACUCACUCAGAAAAGAAUUGGAGAGAUCCAUGGCAGGGAAGAGAGAUUAAGGGAAGGUAGAGCGCUUAGGAGAGCUUGAAAACCCAAAGGUGGAGAACAUGCAGCUGACCCUGAACCUGCAGACGGAGAACAAAGGCAGCGUUGUCUCAGGCGGAGAGCUGACAAUUUUCCUGGACGGGCCAACUGUUGAUCUGGGAAAUGUGCCUAAUGGCAGUGCCCUGACAGAUGGAUCACAGCUGCCUUCGAGAGACUCCAGUGGAACAGCAGUAGCUCCAGAGAACCGGCACCAGCCCCCCAGCACAAACUGCUUUGGUGGAAGAUCCCGGACGCACAGACAUUCGGGUGCUUCAGCCAGAACAACCCCAGCAACCGGCGAGCAAAGCCCCGGUGCUCGGAGCCGGCACCGCCAGCCCGUCAAGAACUCAGGCCACAGUGGCUUGGCCAAUGGCACAGUGAAUGAUGAACCCACAACAGCCACUGAUCCCGAAGAACCUUCCGUUGUUGGUGUGACGUCCCCACCUGCUGCACCCUUGAGUGUGACCCCGAAUCCCAACACGACUUCUCUCCCUGCCCCAGCCACACCGGCUGAAGGAGAGGAACCCAGCACUUCGGGUACACAGCAGCUCCCAGCGGCUGCCCAGGCCCCCGACGCUCUGCCUGCUGGAUGGGAACAGCGAGAGCUGCCCAACGGACGUGUCUAUUAUGUUGACCACAAUACCAAGACCACCACCUGGGAGCGGCCCCUUCCUCCAGGCUGGGAAAAACGCACAGAUCCCCGAGGCAGGUUUUACUAUGUGGAUCACAAUACUCGGACCACCACCUGGCAGCGUCCGACCGCGGAGUACGUGCGCAACUAUGAGCAGUGGCAGUCGCAGCGGAAUCAGCUCCAGGGGGCCAUGCAGCACUUCAGCCAAAGAUUCCUCUACCAGUCUUCGAGUGCUUCGACUGACCAUGAUCCCCUGGGCCCCCUCCCUCCUGGCUGGGAGAAGAGACAGGACAAUGGACGGGUGUAUUACGUGAACCAUAACACUCGCACGACCCAGUGGGAGGAUCCCCGGACCCAGGGGAUGAUCCAGGAACCAGCUCUGCCCCCAGGAUGGGAGAUGAAAUACACCAGCGAGGGGGUGCGAUACUUUGUGGACCACAAUACCCGCACCACCACCUUUAAGGAUCCUCGCCCGGGGUUUGAGUCGGGGACGAAGCAAGGUUCCCCUGGUGCUUAUGACCGCAGUUUUCGGUGGAAGUAUCACCAGUUCCGUUUCCUCUGCCAUUCAAAUGCCCUACCUAGCCACGUGAAGAUCAGCGUUUCCAGGCAGACGCUUUUCGAAGAUUCCUUCCAACAGAUCAUGAACAUGAAACCCUAUGACCUGCGCCGCCGGCUCUACAUCAUCAUGCGUGGCGAGGAGGGCCUGGACUAUGGGGGCAUCGCCAGAGAGUGGUUUUUCCUCCUGUCUCAUGAGGUGCUCAACCCUAUGUAUUGUUUAUUUGAAUAUGCCGGAAAGAACAAUUACUGCCUGCAGAUCAACCCCGCCUCCUCCAUCAACCCGGACCACCUCACCUACUUUCGCUUUAUAGGCAGAUUCAUCGCCAUGGCGCUGUACCAUGGAAAGUUCAUCGACACGGGCUUCACCCUCCCUUUCUACAAGCGGAUGCUCAAUAAGAGACCAACCCUGAAAGACCUGGAGUCCAUUGACCCUGAGUUCUACAACUCCAUUGUCUGGAUCAAAGAGAACAACCUGGAAGAAUGUGGCCUGGAGCUGUACUUCAUCCAGGACAUGGAGAUACUGGGCAAGGUGACGACCCACGAGCUGAAGGAGGGCGGCGAGAGCAUCCGGGUCACAGAGGAGAACAAGGAAGAGUACAUCAUGCUGCUGACUGACUGGCGUUUCACCCGAGGCGUGGAAGAGCAGACCAAAGCCUUCCUGGAUGGCUUCAACGAGGUGGCCCCGCUGGAGUGGCUGCGCUACUUUGACGAGAAAGAGCUGGAGCUGAUGCUGUGCGGCAUGCAGGAGAUAGACAUGAGCGACUGGCAGAAGAGCACCAUCUACCGGCACUACACCAAGAACAGCAAGCAGAUCCAGUGGUUCUGGCAGGUGGUGAAGGAGAUGGACAACGAGAAGAGGAUCCGGCUGCUGCAGUUUGUCACCGGUACCUGCCGCCUGCCCGUCGGGGGAUUUGCCGAACUCAUCGGUAGCAACGGACCACAGAAGUUUUGCAUUGACAAAGUUGGCAAGGAAACCUGGCUGCCCAGAAGCCACACCUGCUUCAACCGUCUGGAUCUUCCACCCUACAAGAGCUACGAACAGCUGAGAGAGAAGCUGCUGUAUGCCAUUGAGGAGACCGAGGGCUUUGGACAGGAGUAACCGAGGCCGCCCCUCCCACGCCCCCCAGCGCACAUGUAGUCCUGAGUCCUCCCUGCCUGAGAGGCCACUGGCCCCGCAGCCCUUGGGAGGCCCCCGUGGAUGUGGCCCUGUGUGGGACCACACUGUCAUCUCGCUGCUGGCAGAAAAGCCUGAUCCCAGGAGGCCCUGCAGUUCCCCCGACCCGCGGAUGGCAGUCUGGAAUAAAGCCCCCUAGUUGCCUUUGGCCCCACCUUUGCAAAGUUCCAGAGGGCUGACCCUCUCUGCAAAACUCUCCCCUGUCCUCUAGACCCCACCCUGGGUGUAUGUGAGUGUGCAAGGGAAGGUGUUGCAUCCCCAGGGGCUGCCGCAGAGGCCGGAGACCUCCUGGACUAGUUCGGCGAGGAGACUGGCCACUGGGGGUGGCUGUUCGGGACUGAGAGCGCCAAGGGUCUUUGCCAGCAAAGGAGGUUCUGCCUGUAAUUGAGCCUCUCUGAUGAUGGAGAUGAAGUGAAGGUCUGAGGGAGCGGGCCCUGGGGCGAGGCCAUCUCUGCCUGCCUCCCUAGCAGGCGCCAGCGGUGGAGGCUGAGUCGCAGGACACAUGCCGGCCAGUUAAUUCAUUCUCAGCCAAUGAAGGUUUGUCUAAGCUGCCUGGGUAUCCACGGGACAAAAACAGCAAACUCCCUCAGACUUUGUCCAUGUAUAAACUUGAAGUGGUUGUGUUGUAGGGUUGCAGGUUUUUUGUUACGCUGCUGUCACUUUCUGUCCAGGAGCUGGCACCCCAGGUGUUCUGAGACCUUGAGGGACCCAGACCUUUGGGUCCAAGAGUUUCCCAAACAGCCACGCCUCUCAGGAACCCACCUGGCGGUUCCGUGAGCUCAGGCAGGCCUGACCCGGCGGCACAGCCUGGCAGGGACCUCGUCCCCAAGCCUGGCAGAAUGAGAGGGGUUGAGGUCCCGAGCGCCACUCCUAGCCUUGCCGCCUUCAAUAGAGAAGAAAUCCCUUUGCUAGAUAGGGUCCCCCAGGCAGUCCCCAGUGGCGGGACACAGGGGUCCGGCUGUGGAGCUCCCCUGCCAGCCCCUGGAGCUCCAGGAGGGCCUGUUGGUCCCCUGUUCAGAAUGGAGUGCAGCCCGCCAGCGGAAAGUGUUCAUUCUGCAUAGGUGUGAGGCUUUAUCUGCACACAGGACAUGAAAACCAGCAGAAAGGCCCUGAGCUGCUGCAUAGCCCCAUCUGAUUUCUGCAGUUCCCGCCAGCCUCCAACACGGGGACUCUGCCGUAACUGGAAUCUUCAUAGGUCAUAUUGAAAUCUUCAAGGUGACCAUGCCCCACCGGGGUGCUGGGGCAGUAGUCAUGGCAGACUCCCGGCCUGGGCCCCCAGGAUUCUAGGACCCCCAGGCAGCCCCUUGGACUGGUCCCGGGUGCCUUCCAAGCACAGUCUCCAUGCUCCCAGAUUCUCGACCUUCCCCCGGCCCGGGAGGUGCAGCCUGCGUCUGCCUCUGUCGUGUGUGCUGAUUUGAGUGGCUUAGCUUGCCACAGCGCAGCCUCUUCUGUCCCUUUCAGUCAUUUGCUGUACUUCCCUGUGGCACGUUACCAUGGAAGCCGCUCCAGGGUGGGUCAGGGUGCAAGCUGCUGGUGAGGUUUGGAAGCAUCAGGCUCACGGGUGUUCAUGUGUGUUCGUGCGUGUGUGUGCGUACGUGUAUAUAACUGAAGUGUCUGUACGGAAUGCCCUUUGCUAGCCAUGGGCUGGUCACCAGAUUGUUUUGUAAUGCCCGCCCCUUGCCUCGAUAUUGCCAGUUUCUUGUGCAAUAAACAAUCAGCAGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1603.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1673.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 922.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..................((((((....((..((.....))..)).((((.......)))).(((((((((..........(((((.(.((((((((((((((((.((...((((((.((.((((.(((((((..((((......((((....))).).......))))...)))))....((((((((((.....(((((....)))))((((((.((.((((.((..((((((((.((((......((((((((((((.(((((((....))))((((.(((((((..(((((((((..((((((..(((.((((((.((....((((.(((((((.((..((((.....(((((............(((((((((((((((((.(((((...........((((..(((.....)))..)))).((((.((((.(.((...))))))))))).((((((((..((((((((..(((((((((((((((((...)))))))(((...))).(((((..((.((......)).))..)))))..............((((((((.((((((.((........)).)))))).....(((((..((((((............((((((((......(((((.....)))))..)))))))).........))))))))))).((((((......)))))).....(((((((((((((..(((((((.((((..((((....)))))))).((..((((((((((.(((.(((((((.((..((((((..(..(.(((((((..(((..((....))..))).....))).....)))).)..)..))))))..))))))).)))))....(((((((.((....))..).)))))).((((.....)))).((........))....(((((((((.(((.((((((((((((...))..(((((((((((((...(((....)))....(((.((((.....))))..)))...........(((((.((((.(((((....)))))..(((((((((....((((((((((...............)))))))(((......)))(((..((((((.......))))))..))).(((((((.(((((((((((((((((.(((.(((((((.((.(((((((((((((.....(((((...)))))....))))))....(((...))).)))))))...)))).......((((((........))))))((((((..(((..((((........))))..))).))))))....))))).))).))))))....(((((.(((.(((((((...((..(((((((......)))))))..))((((....))))...(((.(((((............))))).))).(((...))).............))))))).))))))))........)))))))........)))))))))))))))))))))))((((.((((((...(((.(((.........((((...(((.((..((........)).)).)))..))))......((((((.....(((((((....(((.((.......((((...))))..........((((((.......)))))).((((((........))))))..(((((((((((....((.((.(((((.....)))..)).)))))))))....((.(((....)))))(.(((((.....((((((.((((((((....(((.(((.((.((..(....)..)).))...))).))).))))).)))))))))....(((((........).)))).))))).).)))))).)).)))....)))))))....)))))).))))))..)))))).)))).(((((..((..(..(((((((....))))))))..)))))))....(((((.((...)).)))))....)))).))))).)))))))).)))))(((.((((......))))))))))))))))).))))))))).)))....))))))))))..)).))))))).))))).((((((.((..((((((.(((.((((.((...........)).)))))))...))))))..))))))))...........(((..((((..((........))..))))..)))((.....))..))))))))...((((((.....)))))))))))))).......)))))....)))))...))))))..))....)))))).))..(((((.......)))))...))))))))))))))))).....)))))......(((((........))))).(((.((((((((.((.(((.((((((((.((((.((.....))((((.....))))...(((......)))........)))).)))))))).(((((((((.((((...))))..((((((((((((.((((.((((((.((((((((.....))).)))))..(((.....(((((.(((.......((((....))))..)))..)))))......)))))))))..(((((.((((...........)))))))))...))))..................((((((....)))))).(((((.(((.((((.(((((((((.((((......)))).))...))).).))).)))).))).)))))..))))))))))))..(((.((((((...(((((((((....))))).))))...)))))).)))((.(((((((((.((((((.((((((((..((((....((((((...((((((((...........)))))))).......((((.(.(((((((((((((((((((((.(((((((.(((..((((.((.((((.(((((.......)))))...)))).)).))))..))).))))......))).)).......((((((.......)))))).((((((......((((((((...)).)))).))......)))))))))))))))))))..((((.((......))..)))).......((((.((.((((.....)))).)).))))...)))))).).))))...))))))))))..)))))))).))..(((...((((((((....))))))))..)))..)))).))))))))).)).((((((((((........)))))).)))))))))))))((((((((((((((((..((.((((.(((((((((.((((..................)))).)))))))))....))))......))..))))))).....(((.((((......)))).)))....)))))....)))).)))))))))))))..)))..))))))))))).)))))))...))))...)).)))))))))...))))))))).)))))).))).))))..(((((.(((.((((...((((((........))))))....((((((((((...(((((...................)))))..(((...(((((((......................)))))))..)))))))))..)))).((((.((((((((.((((...........((((((.(((((...))))).)))))).(((((((.(.....).))))))).)))).)))))))).))))..(((((....)))))......(((((.(((((......)))))...)))))))))))).))))).))))......)))..)))))))...))))).....))))..)))))))))))))))).)))))).))))))).)))(((((.......(((((.......)))))))))).)))))).)).))))))...........)).).))))))))..........)))))))...).)))))))))))))).)))))).(((((((((((((((.(((.((((...((((((((((..((((((((((..(((((((......)))))))..))))))..))))...)))))...))..)))...))))..))).((((.(((...((((....))))....))).))))...)))))..(((((((((....))).))))))....)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..................{{{{((,,{.{(..((.....))..))}|{||......,||}|.(((((((((..........(((((.{.((((((((((((((({,{({,.((((((.((.((((.(((((((..((((,{....{(({..,,}}}.,....,.|||}}...}}}},...,{{{(((((((.....(((((....)))))((((((.((.((((.({..{(((((((.((((......((((((((((((.{{{((((....))))((((.(((((((..(((((((((..((((((..(((.((((((.((....((((.(((((((.((..((((..,,.{{{{(,,{({,.....}|||{,(((((((((((({(((((.....,....,(((({{,{({{,,.|},..||||.((({{((((.(.((...))))))))))),(|,(({((,.{{|||{||.,{{{{{,,,,,(((((({...}))))))(((...))).(((((..((.((......)).))..))))).....,,,{...}}||{||||||(((({{..,,...,,,}}},,})}}}|..|,{((({..((((({.........,..((((((((.,....(((((.....)))))..)))))))).........)))))),.))).((((((......)))))).{{{{(((((((((((((..(((((((.((((..((((....)))))))).((..((((((((((.((,{(((((({,((..((((((..(.,(.(((((((..(((..((....))..))).....))).....)))).}.})..))))))..))))))).))))}....(((((({.((....))..}.)))))).{(((.....)))}{{(..,,....},,}},(((((((({,(((.{((((((((((,.{{{,..(((((((((((((...{({....}}}..{{(((.{(((,...,}})),,),}..,,.{{{,{{(((((,{((({(((({....}))))..(((((((({....((,(((((((............,,.)))))))(((......))){||,.((((((,....,.))))))..)}},(((((({,(((((((((((((((((.(((.(((((.,.((.(((((({((((((.....(((((...)))))....)))))).,,.{{{...})).,))))))..})|},.......((((((........))))))((((((..(((..((((......,.))))..))).))))))....))))).))).))))))....(((((.(((.((((((({,.((..(((((((......)))))))..))((((....))))...(((.(((((............))))).))).(((...))).........,,..))))))).))))))))........)))))))}.....,|})|}))))}}}))))))))))))((((.((((((...({{.{({...,,....((((...(((.((..((........)).)).)))..)))}....,,((((((.....(((((((...,(((.((,.{((((((({...,||}.,,....,,.((((((.......))))))..,{{{{.,,,....(({|,{{{{{{{((({{((,...((.((.{((((.....)))..}}.))))},,}),...||,|((....|}|}}.,,(({{.....{((((..{{{||||{....{||,||,.(({((,.(,,.,|,,|}.}}.},)}),}))},)))))),)))))))....,)))}..))))).).))}.,),)}}}),)))))}.)).))).,..)))))))....)))))).}))}))..)))))).))))}(((({..{{..|,.(((((((....)))))))||.}}}))))....,{|||,||,.,)},)))),....}}}).))))),))))))))||))))|||.((((......}}))}}))))))))))}.))))))))).)))....))))))))))..)).))))))).))))).((((((.((..((((((.((,{((((.((...........)).)))))))...))))))..)))))))).....,.....,{{..|{(({.((.{{{{...|,..,)))..}))}}.}}..}}}.)))))))).,{((((((.....|||||}|||}}}||,......,))))},,,))))}...)))))),,)}...,)))))),,,..(((((.......)))))...))))))))))))))))).....}}}}}{{{,..(((((........))))).)))}.(((((((.((.(((.((((((((.((((.((.,...,}((((.....))))...(((......)))........)))).)))))))).(((((((((.((((...))))..((((((((((((.{(((.({{{((.{(((((((.....))).))))},,(((,.,..(({((.(((,,.....((((....))))..))),,)))))......}}}}})))),.|||||.{(((,,,...,,...,,,}}}|||...))),........}}...}}}}}|(((((....)))))}.(((({.(((.((((.((({(((,,.(((((,...}))).}).,..))).}.))).)))).))).}))))..))))))))))))..(((.((((((...(((((((({....})))).))))...)))))).)))((.(((((((((.((((((.((((((((..((({...,((((((...((((((((...........)))))))}|,.....((((.(.(((((((((((((((((({((.(((((((.(((..((((.{(.{(((.((({{,,...,,))))),,.)))).)),))))..))).))))......))).)),,.....{{{{{{.......}}))),|((((({......(((((({{...}}.)))).)}......)))))))))))))))))),..{{{{.,,...,,,,...}})),,.....((((.((.((((,...,)))).)).))))..,)))))).).))))...))))))))))..)))))))).))..(((...((((((({....})))))))..)))..)))).))))))))).)).((((((((((,.....,.)))))).)))))))))))))((((((((((((((((..({.((({.(((((((((.((((.....,............)))).)))))))))..,.,,,,..,,,,))..))))))).....(((.((((......)))).)))....))))}...,)))).)))))))))))))}}.,...})))})))))).)))))))...))))...}),)))))))))...))))))))),,))))).))),})))..(((((.(((,(((({{.((((((.{....}.))))))...,||{,((((((...(((((...................)))))..(((...(((((((.,..,,,......}}}......)))))))..))))))))),.}},|.((((.((((((((.((((,,....,,...((((((.(((({...})))).)))))).(((((((.{,....).))))))).)))).)))))))).)))).}(((((....)))))......(((((.(((((.....,)))))...)))))})))))).))))).))))......)))..)))))))...))))).,,..))))..)))))))})))))))).)))))).))))))).}}|((((({......{((((.......))))))))))})))))).)).)))))).,|}},....,}),,.))))))))..........)))))))...).)))))))))))))).})}))).(((((((((((((((..((.,{{,...((({{{{((((((((,((((((..(((((((......)))))))..)))))),,,|},..,}},}},,,))}})))}..}}||||}}..{(((.(({,,.((((....))))...,))).))))}..)))))..(((((((({....})).))))))....)))))))))).
Back