Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270454.2
Sequence Length
4487 nt
GC Content
0.5737
GCGGGCGGUGGAAGGCGGAAGUAGGAGAGGAGUUCGGCGCCGCUUCUGUGGCCACGGCAGCUUCACGGUGAUGAUAUGGCAUCUGCCAGCUCUAGCCGGGCAGGAGUGGCCCUGCCUUUUGAGAAGUCUCAGCUCACUUUGAAAGUGGUGUCCGCAAAGCCCAAGGUGCAUAAUCGUCAACCUCGAAUUAACUCCUACGUGGAGGUGGCGGUGGAUGGACUCCCCAGUGAGACCAAGAAGACUGGGAAGCGCAUUGGGAGCUCUGAGCUUCUCUGGAAUGAGAUCAUCAUUUUGAAUGUCACGGCACAGAGUCAUUUAGAUUUAAAGGUCUGGAGCUGCCAUACCUUGAGAAAUGAACUGCUAGGCACCGCAUCUGUCAACCUCUCCAACGUCUUGAAGAACAAUGGGGGCAAAAUGGAGAACAUGCAGCUGACCCUGAACCUGCAGACGGAGAACAAAGGCAGCGUUGUCUCAGGCGGAGAGCUGACAAUUUUCCUGGACGGGCCAACUGUUGAUCUGGGAAAUGUGCCUAAUGGCAGUGCCCUGACAGAUGGAUCACAGCUGCCUUCGAGAGACUCCAGUGGAACAGCAGUAGCUCCAGAGAACCGGCACCAGCCCCCCAGCACAAACUGCUUUGGUGGAAGAUCCCGGACGCACAGACAUUCGGGUGCUUCAGCCAGAACAACCCCAGCAACCGGCGAGCAAAGCCCCGGUGCUCGGAGCCGGCACCGCCAGCCCGUCAAGAACUCAGGCCACAGUGGCUUGGCCAAUGGCACAGUGAAUGAUGAACCCACAACAGCCACUGAUCCCGAAGAACCUUCCGUUGUUGGUGUGACGUCCCCACCUGCUGCACCCUUGAGUGUGACCCCGAAUCCCAACACGACUUCUCUCCCUGCCCCAGCCACACCGGCUGAAGGAGAGGAACCCAGCACUUCGGGUACACAGCAGCUCCCAGCGGCUGCCCAGGCCCCCGACGCUCUGCCUGCUGGAUGGGAACAGCGAGAGCUGCCCAACGGACGUGUCUAUUAUGUUGACCACAAUACCAAGACCACCACCUGGGAGCGGCCCCUUCCUCCAGGCUGGGAAAAACGCACAGAUCCCCGAGGCAGGUUUUACUAUGUGGAUCACAAUACUCGGACCACCACCUGGCAGCGUCCGACCGCGGAGUACGUGCGCAACUAUGAGCAGUGGCAGUCGCAGCGGAAUCAGCUCCAGGGGGCCAUGCAGCACUUCAGCCAAAGAUUCCUCUACCAGUCUUCGAGUGCUUCGACUGACCAUGAUCCCCUGGGCCCCCUCCCUCCUGGCUGGGAGAAGAGACAGGACAAUGGACGGGUGUAUUACGUGAACCAUAACACUCGCACGACCCAGUGGGAGGAUCCCCGGACCCAGGGGAUGAUCCAGGAACCAGCUCUGCCCCCAGGAUGGGAGAUGAAAUACACCAGCGAGGGGGUGCGAUACUUUGUGGACCACAAUACCCGCACCACCACCUUUAAGGAUCCUCGCCCGGGGUUUGAGUCGGGGACGAAGCAAGGUUCCCCUGGUGCUUAUGACCGCAGUUUUCGGUGGAAGUAUCACCAGUUCCGUUUCCUCUGCCAUUCAAAUGCCCUACCUAGCCACGUGAAGAUCAGCGUUUCCAGGCAGACGCUUUUCGAAGAUUCCUUCCAACAGAUCAUGAACAUGAAACCCUAUGACCUGCGCCGCCGGCUCUACAUCAUCAUGCGUGGCGAGGAGGGCCUGGACUAUGGGGGCAUCGCCAGAGAGUGGUUUUUCCUCCUGUCUCAUGAGGUGCUCAACCCUAUGUAUUGUUUAUUUGAAUAUGCCGGAAAGAACAAUUACUGCCUGCAGAUCAACCCCGCCUCCUCCAUCAACCCGGACCACCUCACCUACUUUCGCUUUAUAGGCAGAUUCAUCGCCAUGGCGCUGUACCAUGGAAAGUUCAUCGACACGGGCUUCACCCUCCCUUUCUACAAGCGGAUGCUCAAUAAGAGACCAACCCUGAAAGACCUGGAGUCCAUUGACCCUGAGUUCUACAACUCCAUUGUCUGGAUCAAAGAGAACAACCUGGAAGAAUGUGGCCUGGAGCUGUACUUCAUCCAGGACAUGGAGAUACUGGGCAAGGUGACGACCCACGAGCUGAAGGAGGGCGGCGAGAGCAUCCGGGUCACAGAGGAGAACAAGGAAGAGUACAUCAUGCUGCUGACUGACUGGCGUUUCACCCGAGGCGUGGAAGAGCAGACCAAAGCCUUCCUGGAUGGCUUCAACGAGGUGGCCCCGCUGGAGUGGCUGCGCUACUUUGACGAGAAAGAGCUGGAGCUGAUGCUGUGCGGCAUGCAGGAGAUAGACAUGAGCGACUGGCAGAAGAGCACCAUCUACCGGCACUACACCAAGAACAGCAAGCAGAUCCAGUGGUUCUGGCAGGUGGUGAAGGAGAUGGACAACGAGAAGAGGAUCCGGCUGCUGCAGUUUGUCACCGGUACCUGCCGCCUGCCCGUCGGGGGAUUUGCCGAACUCAUCGGUAGCAACGGACCACAGAAGUUUUGCAUUGACAAAGUUGGCAAGGAAACCUGGCUGCCCAGAAGCCACACCUGCUUCAACCGUCUGGAUCUUCCACCCUACAAGAGCUACGAACAGCUGAGAGAGAAGCUGCUGUAUGCCAUUGAGGAGACCGAGGGCUUUGGACAGGAGUAACCGAGGCCGCCCCUCCCACGCCCCCCAGCGCACAUGUAGUCCUGAGUCCUCCCUGCCUGAGAGGCCACUGGCCCCGCAGCCCUUGGGAGGCCCCCGUGGAUGUGGCCCUGUGUGGGACCACACUGUCAUCUCGCUGCUGGCAGAAAAGCCUGAUCCCAGGAGGCCCUGCAGUUCCCCCGACCCGCGGAUGGCAGUCUGGAAUAAAGCCCCCUAGUUGCCUUUGGCCCCACCUUUGCAAAGUUCCAGAGGGCUGACCCUCUCUGCAAAACUCUCCCCUGUCCUCUAGACCCCACCCUGGGUGUAUGUGAGUGUGCAAGGGAAGGUGUUGCAUCCCCAGGGGCUGCCGCAGAGGCCGGAGACCUCCUGGACUAGUUCGGCGAGGAGACUGGCCACUGGGGGUGGCUGUUCGGGACUGAGAGCGCCAAGGGUCUUUGCCAGCAAAGGAGGUUCUGCCUGUAAUUGAGCCUCUCUGAUGAUGGAGAUGAAGUGAAGGUCUGAGGGAGCGGGCCCUGGGGCGAGGCCAUCUCUGCCUGCCUCCCUAGCAGGCGCCAGCGGUGGAGGCUGAGUCGCAGGACACAUGCCGGCCAGUUAAUUCAUUCUCAGCCAAUGAAGGUUUGUCUAAGCUGCCUGGGUAUCCACGGGACAAAAACAGCAAACUCCCUCAGACUUUGUCCAUGUAUAAACUUGAAGUGGUUGUGUUGUAGGGUUGCAGGUUUUUUGUUACGCUGCUGUCACUUUCUGUCCAGGAGCUGGCACCCCAGGUGUUCUGAGACCUUGAGGGACCCAGACCUUUGGGUCCAAGAGUUUCCCAAACAGCCACGCCUCUCAGGAACCCACCUGGCGGUUCCGUGAGCUCAGGCAGGCCUGACCCGGCGGCACAGCCUGGCAGGGACCUCGUCCCCAAGCCUGGCAGAAUGAGAGGGGUUGAGGUCCCGAGCGCCACUCCUAGCCUUGCCGCCUUCAAUAGAGAAGAAAUCCCUUUGCUAGAUAGGGUCCCCCAGGCAGUCCCCAGUGGCGGGACACAGGGGUCCGGCUGUGGAGCUCCCCUGCCAGCCCCUGGAGCUCCAGGAGGGCCUGUUGGUCCCCUGUUCAGAAUGGAGUGCAGCCCGCCAGCGGAAAGUGUUCAUUCUGCAUAGGUGUGAGGCUUUAUCUGCACACAGGACAUGAAAACCAGCAGAAAGGCCCUGAGCUGCUGCAUAGCCCCAUCUGAUUUCUGCAGUUCCCGCCAGCCUCCAACACGGGGACUCUGCCGUAACUGGAAUCUUCAUAGGUCAUAUUGAAAUCUUCAAGGUGACCAUGCCCCACCGGGGUGCUGGGGCAGUAGUCAUGGCAGACUCCCGGCCUGGGCCCCCAGGAUUCUAGGACCCCCAGGCAGCCCCUUGGACUGGUCCCGGGUGCCUUCCAAGCACAGUCUCCAUGCUCCCAGAUUCUCGACCUUCCCCCGGCCCGGGAGGUGCAGCCUGCGUCUGCCUCUGUCGUGUGUGCUGAUUUGAGUGGCUUAGCUUGCCACAGCGCAGCCUCUUCUGUCCCUUUCAGUCAUUUGCUGUACUUCCCUGUGGCACGUUACCAUGGAAGCCGCUCCAGGGUGGGUCAGGGUGCAAGCUGCUGGUGAGGUUUGGAAGCAUCAGGCUCACGGGUGUUCAUGUGUGUUCGUGCGUGUGUGUGCGUACGUGUAUAUAACUGAAGUGUCUGUACGGAAUGCCCUUUGCUAGCCAUGGGCUGGUCACCAGAUUGUUUUGUAAUGCCCGCCCCUUGCCUCGAUAUUGCCAGUUUCUUGUGCAAUAAACAAUCAGCAGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1711.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1789.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 1021.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((((((((((.((.(((((((........(((((....)))))...((((((((((((((...((..((((....))))..))..))))((((((......))))))....((((((.((((((((.........((((...)))).....((((.((((...(((((((.((((.................)))))))))))..........((((((............))))))..)))).))))))))..)))))))))).(((((((.....))))))).........(((...(((((.....)))))....))))))))))))).....((((.(.(((...(((...)))...))).).))))))))))).)).))....((((...((((((((...((((((...(((((((..((((((((((((....(.....)....)))).))....))))).)...))))).))......((((.((((..((((((.((((.(((.....((((....))))...))).))(((((((......(((((((((..(((.((((((.((....((((.(((((((.((..((((.....(((((............(((((((((((((((((.(((((...........((((..(((.....)))..)))).((((.((((.(.((...))))))))))).((((((((..((((((((..(((((((((((((((((...)))))))(((...))).(((((..((.((......)).))..)))))..............((((((((.((((((.((........)).)))))).....(((((..((((((............((((((((......(((((.....)))))..)))))))).........))))))))))).((((((......)))))).....(((((((((((((..(((((((.((((..((((....)))))))).((..((((((((((.(((.(((((((.((..((((((..(..(.(((((((..(((..((....))..))).....))).....)))).)..)..))))))..))))))).)))))....(((((((.((....))..).)))))).((((.....)))).((........))....(((((((((.(((.((((((((((((...))..(((((((((((((...(((....)))....(((.((((.....))))..)))...........(((((.((((.(((((....)))))..(((((((((....((((((((((...............)))))))(((......)))(((..((((((.......))))))..))).(((((((.(((((((((((((((((.(((.(((((((.((.(((((((((((((.....(((((...)))))....))))))....(((...))).)))))))...)))).......((((((........))))))((((((..(((..((((........))))..))).))))))....))))).))).))))))....(((((.(((.(((((((...((..(((((((......)))))))..))((((....))))...(((.(((((............))))).))).(((...))).............))))))).))))))))........)))))))........)))))))))))))))))))))))((((.((((((...(((.(((.........((((...(((.((..((........)).)).)))..))))......((((((.....(((((((....(((.((.......((((...))))..........((((((.......)))))).((((((........))))))..(((((((((((....((.((.(((((.....)))..)).)))))))))....((.(((....)))))(.(((((.....((((((.((((((((....(((.(((.((.((..(....)..)).))...))).))).))))).)))))))))....(((((........).)))).))))).).)))))).)).)))....)))))))....)))))).))))))..)))))).)))).(((((..((..(..(((((((....))))))))..)))))))....(((((.((...)).)))))....)))).))))).)))))))).)))))(((.((((......))))))))))))))))).))))))))).)))....))))))))))..)).))))))).))))).((((((.((..((((((.(((.((((.((...........)).)))))))...))))))..))))))))...........(((..((((..((........))..))))..)))((.....))..))))))))...((((((.....)))))))))))))).......)))))....)))))...))))))..))....)))))).))..(((((.......)))))...))))))))))))))))).....)))))......(((((........))))).(((.((((((((.((.(((.((((((((.((((.((.....))((((.....))))...(((......)))........)))).)))))))).(((((((((.((((...))))..((((((((((((.((((.((((((.((((((((.....))).)))))..(((.....(((((.(((.......((((....))))..)))..)))))......)))))))))..(((((.((((...........)))))))))...))))..................((((((....)))))).(((((.(((.((((.(((((((((.((((......)))).))...))).).))).)))).))).)))))..))))))))))))..(((.((((((...(((((((((....))))).))))...)))))).)))((.(((((((((.((((((.((((((((..((((....((((((...((((((((...........)))))))).......((((.(.(((((((((((((((((((((.(((((((.(((..((((.((.((((.(((((.......)))))...)))).)).))))..))).))))......))).)).......((((((.......)))))).((((((......((((((((...)).)))).))......)))))))))))))))))))..((((.((......))..)))).......((((.((.((((.....)))).)).))))...)))))).).))))...))))))))))..)))))))).))..(((...((((((((....))))))))..)))..)))).))))))))).)).((((((((((........)))))).)))))))))))))((((((((((((((((..((.((((.(((((((((.((((..................)))).)))))))))....))))......))..))))))).....(((.((((......)))).)))....)))))....)))).)))))))))))))..)))..))))))))))).)))))))...))))...)).)))))))))((((.(((((....)))))))))........)))).))))).((((.((((((........))))))...))))...((((((.(((((...................)))))))))))(((.((....)).)))..)))))))...)).)))))))))))))).........(.((((.((((((((.((((...........((((((.(((((...))))).)))))).(((((((.(.....).))))))).)))).)))))))).)))).)(((((....)))))...((.(((((.(((((......)))))...))))).))((((.......))))..))))))))))))))..)))))).)))))).)).))))).....((((.((((..((((((.(((................((((((((((((.((((((((.(((((.....(((.......)))......)))))......)))))))).)))).......))))))))))))))))).)))).))))(((((((((((((((.(((.((((...((((((((((..((((((((((..(((((((......)))))))..))))))..))))...)))))...))..)))...))))..))).((((.(((...((((....))))....))).))))...)))))..(((((((((....))).))))))....)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.(((((({(((.((.(((((((,,..,{(.(((((..,,||}}||..(((({{((((,(((,{,((,.((((....)))).,||..}|||((((((......)))))),...((((((.((((({{({({,....,|||{...}}}}...,(((({.((((...((((((,{((((.,.............,.)))))))))))..,,,..,,.((((((............))))))..)))).)))))})},,}))))))))).||,,,||,|||}))))),)|||||}}..}}},,})||{|||||,||{|,.,,|||}|||}}}}})),.,,,||{{.|.|||,..{||..,))},,,})},).}}},))))))).)).}),.,.{(((...((((((((...((((((...(((,((({.,,..({{,{((({{{,{{,,.....,{{{{{{{||{|{|||(({{{,{|||||,||.|{{{{(((({{((({...{{|||,,||||||,,,..((((....)))),,.}}}.|{{{{..||{{{{{{|,,|(((((..(((.((((((.((....((((.(((((((.((..((((..,,.{{(((,,{({,.....}|||,,(((((((((((({(((((.....,....,(((({{,{({{,,.|},..||||.((({{((((.(.((...))))))))))),(|,(({((,.{{|||{||.,{{{{{,,,,,(((((({...}))))))(((...))).(((((..((.((......)).))..))))).....,,,{...}}||{||||||(((({{..,,...,,,}}},,})}}}|..|,{((({..((((({.........,..((((((((.,....(((((.....)))))..)))))))).........)))))),.))).((((((......)))))).{{{{(((((((((((((..(((((((.((((..((((....)))))))).((..((((((((((.((,{(((((({,((..((((((..(.,(.(((((((..(((..((....))..))).....))).....)))).}.})..))))))..))))))).))))}....(((((({.((....))..}.)))))).{(((.....)))}{{(..,,....},,}},(((((((({,(((.{((((((((((,.{{{,..(((((((((((((...{({....}}}..{{(((.{(((,...,}})),,),}..,,.{{{,{{(((((,{((({(((({....}))))..(((((((({....((,(((((((............,,.)))))))(((......))){||,.((((((,....,.))))))..)}},(((((({,(((((((((((((((((.(((.(((((.,.((.(((((({((((((.....(((((...)))))....)))))).,,.{{{...})).,))))))..})|},.......((((((........))))))((((((..(((..((((......,.))))..))).))))))....))))).))).))))))....(((((.(((.((((((({,.((..(((((((......)))))))..))((((....))))...(((.(((((............))))).))).(((...))).........,,..))))))).))))))))........)))))))}.....,|})|}))))}}}))))))))))))((((.((((((...({{.{({...,,....((((...(((.((..((........)).)).)))..)))}....,,((((((.....(((((((...,(((.((,.{((((((({...,||}.,,....,,.((((((.......))))))..,{{{{.,,,....(({|,{{{{{{{((({{((,...((.((.{((((.....)))..}}.))))},,}),...||,|((....|}|}}.,,(({{.....{((((..{{{||||{....{||,||,.(({((,.(,,.,|,,|}.}}.},)}),}))},)))))),)))))))....,)))}..))))).).))}.,),)}}}),)))))}.)).))).,..)))))))....)))))).}))}))..)))))).))))}(((({..{{..|,.(((((((....)))))))||.}}}))))....,{|||,||,.,)},)))),....}}}).))))),))))))))||))))|||.((((......}}))}}))))))))))}.))))))))).)))....))))))))))..)).))))))).))))).((((((.((..((((((.((,{((((.((...........)).)))))))...))))))..)))))))).....,.....,{{..|{(({.((.{{{{...|,..,)))..}))}}.}}..}}}.)))))))).,{((((((.....|||||}|||}}}||,......,))))},,,))))}...)))))),,)}...,)))))),,,..(((((.......)))))...))))))))))))))))).....}}}}}{{{,..(((((........))))).)))}.(((((((.((.(((.((((((((.((((.((.,...,}((((.....))))...(((......)))........)))).)))))))).(((((((((.((((...))))..((((((((((((.((((.((((((.((((((((.....))).))))},,(((,.,..(((((.(((.......((((....))))..))),.)))))......)}})))))),.|||||.((((,,,...,,...,,,}},|||...))),........}}...}}}}}|(((((....)))))}.(((((.(((.((((.((({(((,,.(((((,...,))).)).,..))).}.))).)))).))).)))))..))))))))))))..(((.((((((...(((((((((....})))).))))...)))))).)))((.(((((((((.((((((.((((((((..((({...,((((((...((((((((...........)))))))}|,.....((((.(.(((((((((((((((((({((.(((((((.(((..((((.{(.{(((.((({{,,...,,))))),,.)))).)),))))..))).))))......))).)),,.....{{{{{{.......}}))),|((((({......(((((({{...}}.)))).)}......)))))))))))))))))),..{{{{.,,...,,,,...}})),,.....((((.((.((((,...,)))).)).))))..,)))))).).))))...))))))))))..)))))))).))..(((...((((((({....})))))))..)))..)))).))))))))).)).((((((((((,.....,.)))))).)))))))))))))((((((((((((((((..({,((({.(((((((((.((((.....,............)))).)))))))))..,.,,,,..,,,,))..))))))).....(((.((((......)))).)))....))))}...,)))).)))))))))))))}}.....})))))))))).)))))))...))))...}),))))))))),,{|}|||||}}..)))))})))}{((({.{((,((((((({((((.((((((.,....}.))))))...)))).|.((((((.(((((.................,.))))))))))),...,,.)))))},....}},)))),..}}}))))))),,)})))}...,....{,((((.((((((((.((((,,....,,...((((((.(((({...})))).)))))).(((((((.{,....).))))))).)))).)))))))).)))),|(((((,...|}}|}...||.||{{{,|||||}.,,,{|},||,..}}))).))||||.......))),..))))))))))))))..)))))).)))))).)),,)))){,{{{((((.{,||,,,|||||}||,....,,.{((({{{,.((((((((((((.((((((((.(((((.....(((.......)))......)))))......)))))))).)))}......,)))))))),}|||||||,||,}.||||(((,{(((((((((({{({..,,..}}||}},.,((((((((.((((((..(((((((......))))))).,)))))),{.,,...,},.}},,.))))))))...|((((((...))))))}}}}|||,..},))))}}.,))))))))...},,,,..(((((((({....})).))))))...,))))))))),.
Back