Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270507.2
Sequence Length
4641 nt
GC Content
0.4921
GCAGUCUGCAGUCUUCGUGGCGGGCCAAGCGAGCUUGGAGCCCGCGGGGGCGGAGCGGUGAGAGCGGCCGCCAAGAGAGAUCACACCCCCAGCCGACCCUGCCAGCGAGCGAGCCCGACCCCAGGCGUCCAUGGAGCGUCGCCUCCGCCCGGUCCCUGCCCCGACCCCCGCCUGCGGCGCGCUCCUGCCUUGACCAGGACUUGGGACUUUGCGAAAGGAUCGCGGGGCCCGGAGAGGUAACCGCCGCGCCUCCCGGAGAGGUGUUGGAGAGCACAAUGGCUGAACAAGUCCUUCCUCAGGCUUUGUAUUUGAGCAAUAUGCGGAAAGCUGUGAAGAUACGGGAGAGAACUCCAGAAGACAUUUUUAAACCUACUAAUGGGAUCAUUCAUCAUUUUAAAACCAUGCACCGAUACACACUGGAAAUGUUCAGAACUUGCCAGUUUUGUCCUCAGUUUCGGGAGAUCAUCCACAAAGCCCUCAUCGACAGAAACAUCCAGGCCACCCUGGAAAGCCAGAAGAAACUCAACUGGUGUCGAGAAGUCCGGAAGCUUGUGGCGCUGAAAACGAACGGUGACGGCAAUUGCCUCAUGCAUGCCACUUCUCAGUACAUGUGGGGCGUUCAGGACACAGACUUGGUACUGAGGAAGGCGCUGUUCAGCACGCUCAAGGAAACAGACACACGCAACUUUAAAUUCCGCUGGCAACUGGAGUCUCUCAAAUCUCAGGAAUUUGUUGAAACGGGGCUUUGCUAUGAUACUCGGAACUGGAAUGAUGAAUGGGACAAUCUUAUCAAAAUGGCUUCCACAGACACACCCAUGGCCCGAAGUGGACUUCAGUACAACUCACUGGAAGAAAUACACAUAUUUGUCCUUUGCAACAUCCUCAGAAGGCCAAUCAUUGUCAUUUCAGACAAAAUGCUAAGAAGUUUGGAAUCAGGUUCCAAUUUCGCCCCUUUGAAAGUGGGUGGAAUUUACUUGCCUCUCCACUGGCCUGCCCAGGAAUGCUACAGAUACCCCAUUGUUCUCGGCUAUGACAGCCAUCAUUUUGUACCCUUGGUGACCCUGAAGGACAGUGGGCCUGAAAUCCGAGCUGUUCCACUUGUUAACAGAGACCGGGGAAGAUUUGAAGACUUAAAAGUUCACUUUUUGACAGAUCCUGAAAAUGAGAUGAAGGAGAAGCUCUUAAAAGAGUACUUAAUGGUGAUAGAAAUCCCCGUCCAAGGCUGGGACCAUGGCACAACUCAUCUCAUCAAUGCCGCAAAGUUGGAUGAAGCUAACUUACCAAAAGAAAUCAAUCUGGUAGAUGAUUACUUUGAACUUGUUCAGCAUGAGUACAAGAAAUGGCAGGAAAACAGCGAGCAGGGGAGGAGAGAGGGGCACGCCCAGAAUCCCAUGGAACCUUCCGUGCCCCAGCUUUCUCUCAUGGAUGUAAAAUGUGAAACGCCCAACUGCCCCUUCUUCAUGUCUGUGAACACCCAGCCUUUAUGCCAUGAGUGCUCAGAGAGGCGGCAAAAGAAUCAAAACAAACUCCCAAAGCUGAACUCCAAGCCGGGCCCUGAGGGGCUCCCUGGCAUGGCGCUCGGGGCCUCUCGGGGAGAAGCCUAUGAGCCCUUGGCGUGGAACCCUGAGGAGUCCACUGGGGGGCCUCAUUCGGCCCCACCGACAGCACCCAGCCCUUUUCUGUUCAGUGAGACCACUGCCAUGAAGUGCAGGAGCCCCGGCUGCCCCUUCACACUGAAUGUGCAGCACAACGGAUUUUGUGAACGUUGCCACAACGCCCGGCAACUUCACGCCAGCCACGCCCCAGACCACACAAGGCACUUGGAUCCCGGGAAGUGCCAAGCCUGCCUCCAGGAUGUUACCAGGACAUUUAAUGGGAUCUGCAGUACUUGCUUCAAAAGGACUACAGCAGAGGCCUCCUCCAGCCUCAGCACCAGCCUCCCUCCUUCCUGUCACCAGCGUUCCAAGUCAGAUCCCUCGCGGCUCGUCCGGAGCCCCUCCCCGCAUUCUUGCCACAGAGCUGGAAACGACGCCCCUGCUGGCUGCCUGUCUCAAGCUGCACGGACUCCUGGGGACAGGACGGGGACGAGCAAGUGCAGAAAAGCCGGCUGCGUGUAUUUUGGGACUCCAGAAAACAAGGGCUUUUGCACACUGUGUUUCAUCGAGUACAGAGAAAACAAACAUUUUGCUGCUGCCUCAGGGAAAGUCAGUCCCACAGCGUCCAGGUUCCAGAACACCAUUCCGUGCCUGGGGAGGGAAUGCGGCACCCUUGGAAGCACCAUGUUUGAAGGAUACUGCCAGAAGUGUUUCAUUGAAGCUCAGAAUCAGAGAUUUCAUGAGGCCAAAAGGACAGAAGAGCAACUGAGAUCGAGCCAGCGCAGAGAUGUGCCUCGAACCACACAAAGCACCUCAAGGCCCAAGUGCGCCCGGGCCUCCUGCAAGAACAUCCUGGCCUGCCGCAGCGAGGAGCUCUGCAUGGAGUGUCAGCAUCCCAACCAGAGGAUGGGCCCUGGGGCCCACCGGGGUGAGCCUGCCCCCGAAGACCCCCCCAAGCAGCGUUGCCGGGCCCCCGCCUGUGAUCAUUUUGGCAAUGCCAAGUGCAACGGCUACUGCAACGAAUGCUUUCAGUUCAAGCAGAUGUAUGGCUAACCGGAAACAGGUGGGUCACCUCCUGCAAGAAGUGGGGCCUCGAGCUGUCAGUCAUCAUGGUGCUAUCCUCUGAACCCCUCAGCUGCCACUGCAACAGUGGGCUUAAGGGUGUCUGAGCAGGAGAGGAAAGAUAAGCUCUUCGUGGUGCCCACGAUGCUCAGGUUUGGUAACCCGGGAGUGUUCCCAGGUGGCCUUAGAAAGCAAAGCUUGUAACUGGCAAGGGAUGAUGUCAGAUUCAGCCCAAGGUUCCUCCUCUCCUACCAAGCAGGAGGCCAGGAACUUCUUUGGACUUGGAAGGUGUGCGGGGACUGGCCGAGGCCCCUGCACCCUGCGCAUCAGGACUGCUUCAUCGUCUUGGCUGAGAAAGGGAAAAGACACACAAGUCGCGUGGGUUGGAGAAGCCAGAGCCAUUCCACCUCCCCUCCCCCAGCAUCUCUCAGAGAUGUGAAGCCAGAUCCUCAUGGCAGCGAGGCCCUCUGCAAGAAGCUCAAGGAAGCUCAGGGAAAAUGGACGUAUUCAGAGAGUGUUUGUAGUUCAUGGUUUUUCCCUACCUGCCCGGUUCCUUUCCUGAGGACCCGGCAGAAAUGCAGAACCAUCCAUGGACUGUGAUUCUGAGGCUGCUGAGACUGAACAUGUUCACAUUGACAGAAAAACAAGCUGCUCUUUAUAAUAUGCACCUUUUAAAAAAUUAGAAUAUUUUACUGGGAAGACGUGUAACUCUUUGGGUUAUUACUGUCUUUACUUCUAAAGAAGUUAGCUUGAACUGAGGAGUAAAAGUGUGUACAUAUAUAAUAUACCCUUACAUUAUGUAUGAGGGAUUUUUUUAAAUUAUAUUGAAAUGCUGCCCUAGAAGUACAAUAGGAAGGCUAAAUAAUAAUAACCUGUUUUCUGGUUGUUGUUGGGGCAUGAGCUUGUGUAUACACUGCUUGCAUAAACUCAACCAGCUGCCUUUUUAAAGGGAGCUCUAGUCCUUUUUGUGUAAUUCACUUUAUUUAUUUUAUUACAAACUUCAAGAUUAUUUAAGUGAAGAUAUUUCUUCAGCUCUGGGGAAAAUGCCACAGUGUUCUCCUGAGAGAACAUCCUUGCUUUGAGUCAGGCUGUGGGCAAGUUCCUGACCACAGGGAGUAAAUUGGCCUCUUUGAUACACUUUUGCUUGCCUCCCCAGGAAAGAAGGAAUUGCAUCCAAGGUAUACAUACAUAUUCAUCGAUGUUUCGUGCUUCUCCUUAUGAAACUCCAGCUAUGUAAUAAAAAACUAUACUCUGUGUUCUGUUAAUGCCUCUGAGUGUCCUACCUCCUUGGAGAUGAGAUAGGGAAGGAGCAGGGAUGAGACUGGCAAUGGUCACAGGGAAAGAUGUGGCCUUUUGUGAUGGUUUUAUUUUCUGUUAACACUGUGUCCUGGGGGGGCUGGGAAGUCCCCUGCAUCCCAUGGUACCCUGGUAUUGGGACAGCAAAAGCCAGUAACCAUGAGUAUGAGGAAAUCUCUUUCUGUUGCUGGCUUACAGUUUCUCUGUGUGCUUUGUGGUUGCUGUCAUAUUUGCUCUAGAAGAAAAAAAAAAAAGGAGGGGAAAUGCAUUUUCCCCAGAGAUAAAGGCUGCCAUUUUGGGGGUCUGUACUUAUGGCCUGAAAAUAUUUGUGAUCCAUAACUCUACACAGCCUUUACUCAUACUAUUAGGCACACUUUCCCCUUAGAGCCCCCUAAGUUUUUCCCAGACGAAUCUUUAUAAUUUCUUUCCAAAGAUACCAAAUAAACUUCAGUGUUUUCAUCUAAUUCUCUUAAAGUUGAUAUCUUAAUAUUUUGUGUUGAUCAUUAUUUCCAUUCUUAAUGUGAAAAAAAGUAAUUAUUUAUACUUAUUAUAAAAAGUAUUUGAAAUUUGCACAUUUAAUUGUCCCUAAUAGAAAGCCACCUAUUCUUUGUUGGAUUUCUUCAAGUUUUUCUAAAUAAAUGUAACUUUUCACAAGAGUCAACAUUAAAAAAUAAAUUAUUUAAGAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1516.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1608.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 1264.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((...........((((((((((....))))..))))))((((((((((((((((.(((((((((....((((..((((....(((......))).......((...(((((..(((((.((((((((.(((((((...((...((((........))))..))...)))))))..(((((.......)))))...(((.((((((((.....)))))))))))((((((((((.......((((.(..(((.(((((((.((((.((((..(((((...(((((..(.((.((((.(((((((..(((....((.....)))))..)))))))((((....)))).((((.((((((....((((....)))).(((((((((((((..............((((...(((((....(((...)))...)))))..))))..((((((((((..(((((...(((((((((..((((((((....((((((....))))))..(((((..((...))..)))))...(((((.(((((..(((.((((.(((((.........((((.(((....)))))))(((((((..((((((((((.......(.(((...))).).......)))))))))).)))).))))))))..((....(........)....))...........)))).)))..))))).).))))............))))))))...)))))))))..))))).)))))))))))))))))))))))............)))))).))))...............)))).)).).))))))))))...........................)))).)))).)))))))))).).))))......(((((......)))))...(((....))).((((((...))))))((((((((((((...))).)))))))))....))))))))))...(((((.(((((((..(((.(.(((..(((((((((((.((((.....)))).(((.....((((...))))....))))))))))))))......))).)))).....(((.((((((((((((.((((((...(((....(((...((((..(((((((...(((((((.............)))).....)))..)))))))))))...)))....))).))))))...(((((((((.....((((................))))...(((((((......)))))))....((((.(((((.(((...)))))))).)))).....((((((((((((.....((((..(((((....((((((..((.((((((((...((((((((...((..(((...)))..))..))))))))...)))))))).))..)))....)))...........)))))..))))))))))...)))))))))))))))...((((.(.(.(((((...((((..(...................(((...(((........))).)))(((((((((((.(((.(((.....))).)))))))))))))).)..)))).))))))).))))(((((..((...))..)))))(((((((((......)))))).)))......(((.((((((((((((((((((....))))).......(((((((.(((.(((((((((((((((((((..((((...)))).)))....)))))).((((((.........))))))..((((((..(((....(((((((......))(((((((.(((((((...(((((((((((..(((((((((((.....)))))))..))))....(((.....)))......(((.((...((.(((((........))))).))...))))).((((..((((((((...(((((((..((.((....)).))(((((.....))))).(((((((((....))).....((((.((.(((..(((......)))....))).)).))))(((((((....(((((((.((((((((((..((..(((((((..((((.......(((.((((((....)))))).)))..)))))))))))....(((((..((.......))..)))))....((((.(((......))).))))))..)))))....)))))..)))))....))....)))))))..)))))))))))))(((((((((((((((((((((..(((..(((((((((....(.(((((((.(((((((.......))).))))))))))))....)).))).........((.(.(((((...(((((....)))))))))).)))..........(((.((((((..(((.((((((((((((((((.((.(.((((.((........)).))))).)))))).))).......(((((........))))))))))..)))).)))(((((.(......))))))...........(((((.(((((((((((....))))).........((((...))))(((((....)).)))))))))..))))).((.(((..((((..(..(((((.(((.......))).))))).)..))))..))).)))))))).))).))))..))).))))))))).))).((((.....))))...((((((...))))))....)))))))))))).))))))))).......(((...((((((...)))))).)))))))))))))).)))))))......)))))))(((.....((((...))))......)))..(((.(((........))).))).((((((((..((((((.......))))))..)))))))).)))))...)))..)))))).)))).).))))).))).)))))))(((((.(((.((((((((((((.((((((.((((.(..((((....(((......)))..(((((.(((...........))).)))))...))))..).))))........))))))))))).))).)))).))))))).)......(((.((((.((....((((.((((((((....(((((((.(((((..........((((((((((...(((.....(((((.(((.((((....))))))).))))).......)))....))))))))))....(((.((....)).)))))))).)))))))(((((((((((..((((((((...(((((((.(((((((((((..(((((......))))).(((((((((((((((((((...)))))).))).))))).(((((....)))))...........(((((((((((((((((.((((((((((.((....)).))))))))))((((....((((((......)))))).....)))).(((.((((.(((((((((((..(((((((((((........))))))))))).((..((((.(((((((.........))))))).)))).))((((.((((....)))).)))).))).)))))))))))).))).....................((((.((.....)).))))(((((....)))))..((((.((((.(((((....))))).)))).)))).(((.(((.(((...))).))).)))((.(((.((((((....)))))).)....)).))......)))))))))))))..)))))))))...))))))...)))))...((((((....((((........))))...))))))....)))))))....))))).....................))).))))))))))).)))))))).))))..)).)))).)))...))))))))))).)).)))((((((((.((((.(((((((........)))))))..))))...))))))))))))))))))))..)))))))))).)))))(((.....)))......)))))).)))))))..)))))...))..(((((((((((...(((...(((.....))).))).)))))))))))..........))))..))))))))))))).))))...))))))..................((((((((((((..........(((.((((((((((((...)))(((((.........)))))........(((((...))))).......))))))))))))..........)))...)))))))))...))))))...........)))))...((((.((((((........((((((.(((..((((......))))...................))).))))))..((((((((((((((............(((...((((((((...((((......((((((........)))))).......))))(((((((.(((...((...(((((.(((.(........).))).)))))...))......))).)))))))...)))))))))))))))))))...))))))))))))..))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.{{{{|,.,,.,,,.{,((((((((((....))))}.})))))((((((((((((((((.(((((((((.,{((({(,.,{{,....{,(,.,...|||...|,,.((...(((((..(((((.({((({(({(((,((({.,.({..((((........))))..,))..),)))))}}}}},|,.....{{{||{{.,(((.((((((((.....))))))))}||((,(((((,........||||}}},|(({(((((((,(((({((((((((((..{(((({(((((((.((((((((...{{.((,..,{(,((,,,((((({..,,,,..((((....)))).((({.{{{{||....((({....}))).,((((((((((({..............({{{...(((((..,.(({...})),..))))),,)))}..((((((((((..(((((...(((((((((..((((((((....((((((....))))))..(((((..({...}}..)))))...((({,.(((((..(((.((((,(((({.......|||{(,.(((,..,||},,,,|||||||..((((((((((.,{(,..,,,,....,,).),.,,...)))))))))).)})},|}}})})).,||,...|....,.,.,....,,...........)))).)))..))))).).))}}...,,....,..))))))))...)))))))))..))))).))))))))))))))))))))))|,.....,.},},,,,))),)))))}}}}.....,}}}}}}},,}|,|{||||||||||.......,,}||},,,.,,.....,,,})}),}}}}{||,,,||||,.|.||||{{....(((((......))))}...{{,....}}}.((((,,.{{{|,,,{((((((((((({...})).)))))))))}...,})))),))),.})))}}.|,,}||}.}}},.|||,,..(((((((((((,((((.....)))).,{{.....{{{{...))))....})}))))))))))).,,}...,}.}}))},,})}|}}|||{,||||}|.}}|||||}}}}||}..,(((...,||||{{((({({..{({.,,||}..,,.}}}.},{|{{{{{{((,|,.....{{{(((({.,(((|,{{.|,..,,.},},..(((((((((....,((((................))))}..(((((((......)))))))..{,((((.(((({,(((...)))))))).)))),....((((((((((((.....((((..(((((....,,,{{{..({.(((((((({(.((((((((...((..(((...)))..))..))))))))..})))))))).}}..}}}....,||....}},....)))))..))))))))))...)))))))))))))))..,|||}}}}}}||||,..{(((({(({{{{{.{{{{{,...,,,,(((..,(((..{{{{.{|||.|||(((((((((((.(((.(((.....))).)))))))))))))).,..|||,.,}}||,}.})))(((((.,((...)).,))))){((((((((......)))))).))}...,{.{{{.{|,,((((((({{(((((....|,||((({((,.(((((((.(((.(((((((((({,(({{{||,,,|{|||,}.,...|,....,(((((.((((((.........))))))))))){(({(,{(,,{,{{,,..,....(((((((((((((((((((...(((((((((((..{(({{((((((.....))))))}..})))..,{({((,.,{|,}......||{,||.,.|{.(((((........))))).||...,))}|,,,(({{((((((({...(((((((..({.{(....}).}}(((((.....))))),(((((((((....))).....{((({((.,{(,,(({,.....))},,,.,}}.}}.))))(((((((.,.{((({{{{.((((((((((.,((,.((((({,,{((((.......(((.((((((....)))))).))).,))))))))))).,{{(((((,.{{,,,.,,,)},.}}}},....,{||.||{...,,.)}},)}}}}}..)))))....)))))..}))))}}........)))))))..)))))))))))))(((((((((((((((((((((..(((..((({(((((....{.((((((,,(((((((.......))).)))))))))))}....)).)))....,,...{{.{.(((((...(((((....)))))))))).},.......||..(((.((((((..(((.(((((((((((((((,,((.,.((((.((.,,...,,)).)))),.)))))).))),......(((((,.....,.)))))}))))..)))).))){((((,{.....,})))}}.......,...{((((.((((({,{({{,.,,{{{|{{...,,{{(((((...))))}}|||..,}}}|.,,))))))..))))).((.(((..((((..|..{((({.(((,....,.))).))))).,..))))..))).)))))))).))).))))..))).))))))))).))).((((.....))))..,((((((...)))))),}..)))))))))})}})))))})))}..,...(((...((((((...)))))).)))))))))))))).)))))))....},))))))}})))}...{{((...))})},..||})}..(((.{((........))).))).{(((((((..((((((.......))))))..)))))))},,}})}.}.}}}..)))))).)))).},))))).))).))))))){(((,.,,,,|||{((((((((.((((({.,{(({({.,(((....(((......))),.{,(((.((({,..{{....}),,,)))))},,))}),,).},,,.,,}},},)))))))))))},)).}}})}))))))).}.||...((({((.{.{({{..,,,.,})||(((({{{{(((((,{.,,(((,...,,,||}{,||||||,,.,}|||}}}..(((((.((.(((((....)))))}),)))))...})}})),,}..}},||||||||...(((.((....)).))),},,),),)))))|||||||||||,,,((((((({{{{{{{......,,.{{{{,{,,,,.,{,,,.,.,}}}}.,,||(((((((((((((((...))))))},)).))))),,{{{{,,,,))))}.}}}}}}..{{(((((({{,,((((((({(((({{{{{,.,.{{{{{|,|},,}))}))||||....((((({......}))))).,,{,||||{(,,.,(({{({(((((((,,..,{{{{{{{{{{.},,,,},})))))}})))|||}.,,{|,{||||||}}}}}}..,|||||||,}}},,|,((((.((((....)))).)))).,,),},},)))))))),|||{(({.,...{,{{,............}}}}}.....))))|||{,...,))))))}{{{{|({{{.,,{{{,...|||||{||,,.,)))}}}},}||.|}}}.}))).,))))|}||}|,,,||{|||.,,,)}))||||....,,..,,,)))))).,,)))))))},}))))}},,}....,,,|{{,..{{{||...{((({......}}}},....|}}}}|||||))))))}})),,,,,.,..))))))){{,.,.......,,},,..)))))))),))))))))))),|||{||||.,||,||||.,,,.,.},)))))}))){|((({(((((((((.((((.(((((((........)))))))..))))...)))))))))))))))).})}}},,)))))))|{|||||||,.}}}}))}.,}.,,}))))).)))))))..)))))...))..(((((((((((...(((...(((,...,))).}}),))))))))))).,,|,.,,,))})),,)}}.))))))))).))))...))))))..................((((((((({{{..,,,,,,,.(((.((((((((({{{,,,|}}(((((.........))))).,,,,,..,{(((...,,,,,....,,.)))))))))))).........,))}...}))))))))...))))))...,.......}}})),.,((((.{,{{,,,..,....||||{{.,,,..,,{{....,.}}}}............,,..,,,}}},}}}}||,,,,{({{((((((({...........,({{...{((((({{...((((.,.,,.((((((........))))))..,,,,.))))(((((({.,{|...,,...(((({.(((.(........).))).}))))...,}......,}}.)))))))...})))))))))))))))))).,,}},,,}}}}))),,))))...
Back