Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270508.2
Sequence Length
4665 nt
GC Content
0.4935
GCAGUCUGCAGUCUUCGUGGCGGGCCAAGCGAGCUUGGAGCCCGCGGGGGCGGAGCGGUGAGAGCGGCCGCCAAGAGAGAUCACACCCCCAGCCGACCCUGCCAGCGAGCGAGCCCGACCCCAGGCGUCCAUGGAGCGUCGCCUCCGCCCGGUCCCUGCCCCGACCCCCGCCUGCGGCGCGCUCCUGCCUUGACCAGGACUUGGGACUUUGCGAAAGGAUCGCGGGGCCCGGAGAGGUAACCGCCGCGCCUCCCGGAGAGGUAACCGCCGCGCCUCCCGGAGAGGUGUUGGAGAGCACAAUGGCUGAACAAGUCCUUCCUCAGGCUUUGUAUUUGAGCAAUAUGCGGAAAGCUGUGAAGAUACGGGAGAGAACUCCAGAAGACAUUUUUAAACCUACUAAUGGGAUCAUUCAUCAUUUUAAAACCAUGCACCGAUACACACUGGAAAUGUUCAGAACUUGCCAGUUUUGUCCUCAGUUUCGGGAGAUCAUCCACAAAGCCCUCAUCGACAGAAACAUCCAGGCCACCCUGGAAAGCCAGAAGAAACUCAACUGGUGUCGAGAAGUCCGGAAGCUUGUGGCGCUGAAAACGAACGGUGACGGCAAUUGCCUCAUGCAUGCCACUUCUCAGUACAUGUGGGGCGUUCAGGACACAGACUUGGUACUGAGGAAGGCGCUGUUCAGCACGCUCAAGGAAACAGACACACGCAACUUUAAAUUCCGCUGGCAACUGGAGUCUCUCAAAUCUCAGGAAUUUGUUGAAACGGGGCUUUGCUAUGAUACUCGGAACUGGAAUGAUGAAUGGGACAAUCUUAUCAAAAUGGCUUCCACAGACACACCCAUGGCCCGAAGUGGACUUCAGUACAACUCACUGGAAGAAAUACACAUAUUUGUCCUUUGCAACAUCCUCAGAAGGCCAAUCAUUGUCAUUUCAGACAAAAUGCUAAGAAGUUUGGAAUCAGGUUCCAAUUUCGCCCCUUUGAAAGUGGGUGGAAUUUACUUGCCUCUCCACUGGCCUGCCCAGGAAUGCUACAGAUACCCCAUUGUUCUCGGCUAUGACAGCCAUCAUUUUGUACCCUUGGUGACCCUGAAGGACAGUGGGCCUGAAAUCCGAGCUGUUCCACUUGUUAACAGAGACCGGGGAAGAUUUGAAGACUUAAAAGUUCACUUUUUGACAGAUCCUGAAAAUGAGAUGAAGGAGAAGCUCUUAAAAGAGUACUUAAUGGUGAUAGAAAUCCCCGUCCAAGGCUGGGACCAUGGCACAACUCAUCUCAUCAAUGCCGCAAAGUUGGAUGAAGCUAACUUACCAAAAGAAAUCAAUCUGGUAGAUGAUUACUUUGAACUUGUUCAGCAUGAGUACAAGAAAUGGCAGGAAAACAGCGAGCAGGGGAGGAGAGAGGGGCACGCCCAGAAUCCCAUGGAACCUUCCGUGCCCCAGCUUUCUCUCAUGGAUGUAAAAUGUGAAACGCCCAACUGCCCCUUCUUCAUGUCUGUGAACACCCAGCCUUUAUGCCAUGAGUGCUCAGAGAGGCGGCAAAAGAAUCAAAACAAACUCCCAAAGCUGAACUCCAAGCCGGGCCCUGAGGGGCUCCCUGGCAUGGCGCUCGGGGCCUCUCGGGGAGAAGCCUAUGAGCCCUUGGCGUGGAACCCUGAGGAGUCCACUGGGGGGCCUCAUUCGGCCCCACCGACAGCACCCAGCCCUUUUCUGUUCAGUGAGACCACUGCCAUGAAGUGCAGGAGCCCCGGCUGCCCCUUCACACUGAAUGUGCAGCACAACGGAUUUUGUGAACGUUGCCACAACGCCCGGCAACUUCACGCCAGCCACGCCCCAGACCACACAAGGCACUUGGAUCCCGGGAAGUGCCAAGCCUGCCUCCAGGAUGUUACCAGGACAUUUAAUGGGAUCUGCAGUACUUGCUUCAAAAGGACUACAGCAGAGGCCUCCUCCAGCCUCAGCACCAGCCUCCCUCCUUCCUGUCACCAGCGUUCCAAGUCAGAUCCCUCGCGGCUCGUCCGGAGCCCCUCCCCGCAUUCUUGCCACAGAGCUGGAAACGACGCCCCUGCUGGCUGCCUGUCUCAAGCUGCACGGACUCCUGGGGACAGGACGGGGACGAGCAAGUGCAGAAAAGCCGGCUGCGUGUAUUUUGGGACUCCAGAAAACAAGGGCUUUUGCACACUGUGUUUCAUCGAGUACAGAGAAAACAAACAUUUUGCUGCUGCCUCAGGGAAAGUCAGUCCCACAGCGUCCAGGUUCCAGAACACCAUUCCGUGCCUGGGGAGGGAAUGCGGCACCCUUGGAAGCACCAUGUUUGAAGGAUACUGCCAGAAGUGUUUCAUUGAAGCUCAGAAUCAGAGAUUUCAUGAGGCCAAAAGGACAGAAGAGCAACUGAGAUCGAGCCAGCGCAGAGAUGUGCCUCGAACCACACAAAGCACCUCAAGGCCCAAGUGCGCCCGGGCCUCCUGCAAGAACAUCCUGGCCUGCCGCAGCGAGGAGCUCUGCAUGGAGUGUCAGCAUCCCAACCAGAGGAUGGGCCCUGGGGCCCACCGGGGUGAGCCUGCCCCCGAAGACCCCCCCAAGCAGCGUUGCCGGGCCCCCGCCUGUGAUCAUUUUGGCAAUGCCAAGUGCAACGGCUACUGCAACGAAUGCUUUCAGUUCAAGCAGAUGUAUGGCUAACCGGAAACAGGUGGGUCACCUCCUGCAAGAAGUGGGGCCUCGAGCUGUCAGUCAUCAUGGUGCUAUCCUCUGAACCCCUCAGCUGCCACUGCAACAGUGGGCUUAAGGGUGUCUGAGCAGGAGAGGAAAGAUAAGCUCUUCGUGGUGCCCACGAUGCUCAGGUUUGGUAACCCGGGAGUGUUCCCAGGUGGCCUUAGAAAGCAAAGCUUGUAACUGGCAAGGGAUGAUGUCAGAUUCAGCCCAAGGUUCCUCCUCUCCUACCAAGCAGGAGGCCAGGAACUUCUUUGGACUUGGAAGGUGUGCGGGGACUGGCCGAGGCCCCUGCACCCUGCGCAUCAGGACUGCUUCAUCGUCUUGGCUGAGAAAGGGAAAAGACACACAAGUCGCGUGGGUUGGAGAAGCCAGAGCCAUUCCACCUCCCCUCCCCCAGCAUCUCUCAGAGAUGUGAAGCCAGAUCCUCAUGGCAGCGAGGCCCUCUGCAAGAAGCUCAAGGAAGCUCAGGGAAAAUGGACGUAUUCAGAGAGUGUUUGUAGUUCAUGGUUUUUCCCUACCUGCCCGGUUCCUUUCCUGAGGACCCGGCAGAAAUGCAGAACCAUCCAUGGACUGUGAUUCUGAGGCUGCUGAGACUGAACAUGUUCACAUUGACAGAAAAACAAGCUGCUCUUUAUAAUAUGCACCUUUUAAAAAAUUAGAAUAUUUUACUGGGAAGACGUGUAACUCUUUGGGUUAUUACUGUCUUUACUUCUAAAGAAGUUAGCUUGAACUGAGGAGUAAAAGUGUGUACAUAUAUAAUAUACCCUUACAUUAUGUAUGAGGGAUUUUUUUAAAUUAUAUUGAAAUGCUGCCCUAGAAGUACAAUAGGAAGGCUAAAUAAUAAUAACCUGUUUUCUGGUUGUUGUUGGGGCAUGAGCUUGUGUAUACACUGCUUGCAUAAACUCAACCAGCUGCCUUUUUAAAGGGAGCUCUAGUCCUUUUUGUGUAAUUCACUUUAUUUAUUUUAUUACAAACUUCAAGAUUAUUUAAGUGAAGAUAUUUCUUCAGCUCUGGGGAAAAUGCCACAGUGUUCUCCUGAGAGAACAUCCUUGCUUUGAGUCAGGCUGUGGGCAAGUUCCUGACCACAGGGAGUAAAUUGGCCUCUUUGAUACACUUUUGCUUGCCUCCCCAGGAAAGAAGGAAUUGCAUCCAAGGUAUACAUACAUAUUCAUCGAUGUUUCGUGCUUCUCCUUAUGAAACUCCAGCUAUGUAAUAAAAAACUAUACUCUGUGUUCUGUUAAUGCCUCUGAGUGUCCUACCUCCUUGGAGAUGAGAUAGGGAAGGAGCAGGGAUGAGACUGGCAAUGGUCACAGGGAAAGAUGUGGCCUUUUGUGAUGGUUUUAUUUUCUGUUAACACUGUGUCCUGGGGGGGCUGGGAAGUCCCCUGCAUCCCAUGGUACCCUGGUAUUGGGACAGCAAAAGCCAGUAACCAUGAGUAUGAGGAAAUCUCUUUCUGUUGCUGGCUUACAGUUUCUCUGUGUGCUUUGUGGUUGCUGUCAUAUUUGCUCUAGAAGAAAAAAAAAAAAGGAGGGGAAAUGCAUUUUCCCCAGAGAUAAAGGCUGCCAUUUUGGGGGUCUGUACUUAUGGCCUGAAAAUAUUUGUGAUCCAUAACUCUACACAGCCUUUACUCAUACUAUUAGGCACACUUUCCCCUUAGAGCCCCCUAAGUUUUUCCCAGACGAAUCUUUAUAAUUUCUUUCCAAAGAUACCAAAUAAACUUCAGUGUUUUCAUCUAAUUCUCUUAAAGUUGAUAUCUUAAUAUUUUGUGUUGAUCAUUAUUUCCAUUCUUAAUGUGAAAAAAAGUAAUUAUUUAUACUUAUUAUAAAAAGUAUUUGAAAUUUGCACAUUUAAUUGUCCCUAAUAGAAAGCCACCUAUUCUUUGUUGGAUUUCUUCAAGUUUUUCUAAAUAAAUGUAACUUUUCACAAGAGUCAACAUUAAAAAAUAAAUUAUUUAAGAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1532.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1623.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 1194.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((...........((((((((((....))))..))))))((((((((((((((((.(((((((((....((((..((((....(((......))).......((...(((((..(((((.((((((((.((...(((((.(((.((((((((((((..((...(((((.((((((((...(((((((..((((((((((.((((((((.....))))))))))(((........)))(((((((((((((.(((((.........))))))))).)))))).)))..(((......)))...))))))))..((((((((((((((((..(((....((.....)))))..)))))).((((....))))................((((....)))).(((((((((((((..............((((...(((((....(((...)))...)))))..))))..((((((((((..(((((...(((((((((..((((((((....((((((....))))))..(((((..((...))..)))))...(((((.(((((..(((.((((.(((((.........((((.(((....)))))))(((((((..((((((((((.......(.(((...))).).......)))))))))).)))).))))))))..((....(........)....))...........)))).)))..))))).).))))............))))))))...)))))))))..))))).)))))))))))))))))))))))....(((((.((((((((((((((.........((((.(((.((.(((((..((((((.......))))))((((.......(((((((.....(((...((((....((((((....(((((......)))))...(((....))).((((...((((...(((((((((((((...))).)))))))))).....)))).)))).))))))....)))).))).)))))))........)))).((((.....))))..............((((.((((.....((((.(((((.((((..((((((((.((((.((((((..(((.((.(.(..((((..((((..........))))..))))..).).)))))..)))))).....)))).)))))......(((((((((.((((.(((.............(((((((((.....((((................))))...(((((((......)))))))....((((.(((((.(((...)))))))).)))).....((((((((((((.....((((..(((((....((((((..((.((((((((...((((((((...((..(((...)))..))..))))))))...)))))))).))..)))....)))...........)))))..))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))...(((((((((..(((((...........(((...(((........))).)))(((((((((((.(((.(((.....))).))))))))))))))....((....(((((((((..(((((..((...))..)))))(((((((((......)))))).)))...((((.((((((((((((((.(((((....)))))......(.((((((...(((((((((.(.((((...)))).).))))).....((....((((((.((((((.........))))))))))))....))..................(((((((..........)))))))...((((....))))(((((.....)))))....)))).)))))).)((((((((....(((.((...((.(((((........))))).))...)))))..((((.(((((((.((((.(.(((..((.((....)).))(((((.....))))).......(((..((((..((((((((((..............))))))..))))..)))).)))..)))..))))).))))))).))))..)))))))))))))))))..))))).)))).((((((....))))))..)))))))))..))......(((((..((.......))..)))))...)))))..)))))))))..)))...)))).)))))...)))).))))))))....))))).)).)))))))(((((.........)))))))))))..))).)))))))))).(((((....(.(((((((.(((((((.......))).))))))))))))....)).))).)))))..))))).(((((...(((((....))))))))))...............)))))))...))))))))))))).(((...(((((..(((((((((.(.((((.((((((((.((..((((.((.((.((((((...((((((((((..((.((((..(..(((((.(......))))))..)..))))....(((((.(((..((((((((((((((.....((((((....((((..((((.(.(((..((.((((((....))).)))))))).).))))))))...))))))))))))))..(((.((......)).)))))))))))))))))..........))..)))))))))).((((((.(((..((((((...)))))))))..)))).))(((((((((((((..........))))))((((...))))..)))))))........(((.((((....)))).))).(((.....((((...))))......)))..)))))).)).))..))))...)).))))))))))..........)).).)))))))))..))))).)))...))..)).).)))))))))))).)))))....((..(((((.(((.((((((((((((.((((((.((((.(..((((....(((......)))..(((((.(((...........))).)))))...))))..).))))........))))))))))).))).)))).))))))).)..))..(((.((((.((....((((.((((((((....(((((((.(((((..........((((((((((...(((.....(((((.(((.((((....))))))).))))).......)))....))))))))))....(((.((....)).)))))))).)))))))(((((((((((..((((((((...(((((((.(((((((((((..(((((......))))).(((((((((((((((((((...)))))).))).))))).(((((....)))))...........(((((((((((((((((.((((((((((.((....)).))))))))))((((....((((((......)))))).....)))).(((.((((.(((((((((((..(((((((((((........))))))))))).((..((((.(((((((.........))))))).)))).))((((.((((....)))).)))).))).)))))))))))).))).....................((((.((.....)).))))(((((....)))))..((((.((((.(((((....))))).)))).)))).(((.(((.(((...))).))).)))((.(((.((((((....)))))).)....)).))......)))))))))))))..)))))))))...))))))...)))))...((((((....((((........))))...))))))....)))))))....))))).....................))).))))))))))).)))))))).))))..)).)))).)))...((((.((....(((((((((((((((.((((.(((((((........)))))))..))))...))))))).))))))))....)).))))...((((((((....))))))))))...)))))).)))))))..)))))...))..(((((((((((...(((...(((.....))).))).)))))))))))..........))))..))))))))))))).))))...))))))..................((((((((((((..........(((.((((((((((((...)))(((((.........)))))........(((((...))))).......))))))))))))..........)))...)))))))))...))))))...........)))))...((((.((((((........((((((.(((..((((......))))...................))).))))))..((((((((((((((............(((...((((((((...((((......((((((........)))))).......))))(((((((.(((...((...(((((.(((.(........).))).)))))...))......))).)))))))...)))))))))))))))))))...))))))))))))..))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.{{{{|}.,..,,,,,,((((((((((....))))}.})))))((((((((((((((((.(((((((((.,{((({(,.{{{,....,,(,.,...|,}...,,,.((...(((((..(((((.(((((((({(((,((({.,.({..((((........))))..,)}..),)))))||}}}.||.....((((((({((((.((((((((.....))))))))))))}(((((((.,,.({(((((((((((.(((((.........))))))))).))))))}}))(((((((((((((((..((((({{((((((.((((((((...{{.((,.,,{(.((,.,{(((({..,,,...((((....)))).((({.{{{{{|....((({....}))).,((((((((((({..............({{{...(((((..,.(({...})),..))))),,)))}..((((((((((..(((((...(((((((((..((((((((....((((((....))))))..(((((..({...}}..)))))...((({,.(((((..(((.((((,((((,.......|||{(,.(((,..,||},,,,|||||||..((((((((((.,{({..,,,,....},).),.,,...)))))))))).)})}}}}}})})).,||,...|....,.,.,....},...........)))).)))..))))).).))}}...,,....,..))))))))...)))))))))..))))).))))))))))))))))))))))|,,....,.,,,,,}}))).)))))}}}}.....}}}}|||}.||{{({({{,{{((({.......}}}||},,,,{{,....,},|||}||...({{...((((..|.{(((({....{((((......))))}...{{,....}}}.((((..,((((...(((((((((((({...})).))))))))))...,,)}}}.)))}.)))))).,..)))).)))..|||,,..(((((((((((,((((.....)))).,{{.....{{{{...))))....})}))))))))))).}}}...,},}}))},,)))})}},,,.)))))).))))))))))))))..,{({....}}}}{{{({,{{..(({...}))..}}.})}.}}{(((((((((.{......((((((((,,((((,((,{......,.,,..(((((((((....,((((................))))}..(((((((......)))))))..{,((((.(((({,(((...)))))))).)))),....((((((((((((.....((((..(((((....,,,{{{..({.(((((((({(.((((((((...((..(((...)))..))..))))))))..})))))))).}}..}}}....,||....}},....)))))..))))))))))...))))))))))))))),,,))))))))))))).,.(((((((((((((.((((({...,{{{(((,.{(((..((((.((((.((((((((((((((.(((.(((.....))).))))))))))))))....{{{,..,,||,,.,)))(((((.{((...)).,))))){((((((((......)))))).))}...{{.,,,,||..((((((({,(((((....{,({(((((({.(((((((.(((.(((((((((({,(({{{||,,,|{|||,}.,...|,....,(((((.((((((.........))))))))))){(({(,{(,,{,{,,,..,....(((((((((((((((((((...(((((((((((..{(({{((((((.....))))))}..})))..,{({((,.{{|}}......||{,||.,.|{.(((((........))))).||...,))}|,,,(({{(((((((,...(((((((..({.{(....}).}}(((((.....))))),(((((((((....))).....{((({((.,{(,,(({,..,,.))},,,.,}}.}}.))))(((((({...{(({{{{{.((((((((((.,((,.((((({{,{((((.......(((.((((((....)))))).))).,))))))))))).,{{(((((,.{{,,,.,,,)},.}}}},....{{||.||{.,.,,.)}},)}}}}}..)))))....)))))..}))))}}........)))))))..)))))))))))))(((((((((((((((((((((..(((..((({(((((....{.((((((,,(((((((.......))).)))))))))))}....)).)))....,,...{{.{.(((((...(((((....)))))))))).},.......||..(((.((((((..({(.(((((((((((((((,,((.,.((((.((.{,...,})).))))}.)))))).))),......((((({.....,.)))))}))))..}))).))){((((,{.....,})))}}.......,...{((((.((((({,{({{,.,,{{{|{{...,,{{(((((...))))}}|||..,}}}|.,,))))))..))))).((.(((..((((..|..{((({.(((,....,.))).))))}.,..))))..))).)))))))).))).))))..))).))))))))).))).((((.....))))..,((((((...)))))),}..)))))))))})}})))))})))}..,...(((...((((((...)))))).)))))))))))))).)))))))....},))))))}})))}...{{((...))})},..||})}..(((.{((........))).))).{(((((((..((((((.......))))))..)))))))},,}})}.}.}}}..)))))).)))).},))))).))).))))))){(((,.,,,,|||{((((((((.((((({.,{(({({.,(((....(((......))),.{,(((.((({,..{{....}),,,)))))},,))}),,).},,,.,,}},},)))))))))))},)).}}})}))))))).}.||...((((({.{.{(({....,.})))}(((((((((((((,{,,,((({...,,}|}},,}|||||,,.,}}}}}}}..(((((.((.(((((....)))))}),)))))...})}))).}}..,,,|||||||{...(((.((....)).))).,,,)}).))))))))))))))))}}.(((((((({{{{{{......,..{{{,,{,,,,.,{.,,.,.,}}}}...|}{((((((((((((((...))))))},)).)))))},{{{,,,,}))))},}})}}}..{((((((({{..((((((((((((,,,,,,.,.{(({{{,|,..}))}})}))}....{(((({......}))))).{{{{|(((((....(((((,(((((((,...,,,,,,{{,,,.}}}}}}},)))))},)))}||}..,||},||||||}}}}}}..,|||||||,,,,,,|.((((.((((....)))).))))..,)},,,,))))))))}|||{(((.,...({{{{............}}))}.....)))))}|{,...,))))))}{{|{|||{{.,,{{|,...|||||{||,,.,)))}}}},))).)))).))))..)))){|||},,,,||{{||.,,,)}))|||}....,,...,,))))))...)))))))},))))),|..,......,,{{,..{{{|{...{((({......}}}},....}))))}}}},)))))))))).........))))))){{,.,,......,,},,..)))))))).....))))))).((((({{{.{(({((({.....,,}.})))),)))(((((((((((((((.((((.(((((((........)))))))..))))...)))))))))))))))).)))))..))))))){{||||{,,,.}}}}))).,,.,,)))))).)))))))..)))))...))..(((((((((((...(((...(((,...,))).}}),)))))))))))..,|,.,,,))})),,)}}.))))))))).))))...))))))..................((((((((((((....,.....(((.((((((((({{{,,,|}}(((((.........))))).,,,,,..,{(((...,,,,,....,,.))))))))))))..........))}...)))))))))...))))))...,.......}}))),.,((((.{{{({{,..,....||||{{.,,,..,,{{....,.|}}}............,,..,,,}}},}}}}||,,,,{(({((((((({...........,(({...{(((((({...((((.,.,,.((((((........))))))..,,,,.))))(((((((.{{{...,,...(((({.(((.(........).))).}))))...,}......,}}.)))))))...})))))))))))))))))).,}}},,,}}}}))),,))))...
Back