Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270532.2
Sequence Length
1507 nt
GC Content
0.4287
CGCUUCCCUUACUGAGCUUGCUGAGCUCCGGGGCCCGCGGAGCUCGCGCCAGGCUCCUGGGAAAGGACGGGGAGUGUUACCGGGGAGCAGCUGCUCCAUUGUGCCUCGAGGCCCCGAUCGGGCUAGGCCGACGGCCUCCCUCCCUUCACCUUUCCUCUCCUGGCGGGGUUCGGCGGCGGGCGAGUGACUGCGGCCACGCCUGAAAGGCGACUCUCCUGAUUCAAGAUGACCAACGAAGAACCUCUUCCCAAGAAGGUUCGAUUGAGUGAAACAGACUUCAAAGUUAUGGCAAGAGAUGAGUUAAUUCUAAGAUGGAAACAAUAUGAAGCAUAUGUACAAGCUUUGGAGGGCAAGUACACAGAUCUUAACUCUAAUGAUGUAACUGGCCUAAGAGAGUCUGAAGAAAAACUAAAGCAACAACAGCAGGAGUCUGCACGCAGGGAAAACAUCCUUGUAAUGCGACUAGCAACCAAGGAACAAGAGAUGCAAGAGUGUACUACUCAAAUCCAGUACCUCAAGCAAGUCCAGCAGCCGAGCGUUGCCCAACUGAGAUCAACAAUGGUAGACCCAGCGAUCAACUUGUUUUUCCUAAAAAUGAAAGGUGAACUGGAACAGACUAAAGACAAACUGGAACAAGCCCAAAAUGAACUGAGUGCCUGGAAGUUUACGCCUGAUAGAGGCCUGAUGGCGUCGGACUAUUCCGAAGAAGUGGCCACCUCCGAAAAAUUCCCCUUCUAGAACAUGUAGACACUUGAGAAAUGUUUCUGUUUGAAGAAAAUAGAGGGAGAAACAGAAGUCUUAAGUCUGUGGCACACUGUGUCUUCAGACAGUUUGAAGGAAUGAAAACCUAGAGAUUUUAAAUCAUGAAUUGAACAUGUAAAAUUCCAGUAAAAUGUAAAAACGGAAUAUGCAUCGCUCUUAACCUUGAGCAUAGUGACUUAGAGACACUGUGUAUCAGUUUUGCCAAUAAGACUGUGGACUUCAUGAUUGUUGUUGAACUUCUGGGUCAAAACUCAAAUGAGGUGAAUUUUGCCUUUAAAGGGUUUAUUUGCUGAGAACCAACUUUCAAUAGUCAUGAGAGAAUCAAAUAAUAGAUGUCCGUACAAGUAGCGCAUAUAUUUAACCAUUUAGUUUGGGGCUCUAUAUUACUUGCUUGAGCCUUAAUCAAUGUGGUUUUAUUCAAUGGUUUGUUCUUUGAAUGGUUGCAAAAACUGUAGAUAAUCUUACUGAGGACUGUACAAACAUGAAGGUGUGGUAUCAAACUUCAGGUUGAAACUGUUUGAAGCAUUAUAAACAUUCAUUUCACAACUAGAUUGUAUAAGGAUAUUAGCUGUGAUGAGACUCACUGCAUUAUUUUUUUUAGUGAAUUUUAUGAAAUCCCCGUUCCAUUCAACAGGCACAUGUUUAAAAGAGCUUUGUCGUUGGUGUUAAUGGGGGAAUGUGUUCCUUCAUUGUAUUUGGGCCUUUUGUAUUGCACUCUUGAUAUUAAAUUAAAUGUGCCUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-431.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -462.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 320.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.....(((((((((((((((((.(...).))))))))).).)))))))..))))).(((((((((..........(((((....)))))..((((((..((((((..(.((((......)))))))))))..(((.((((((((((....(((..((((((..(((.((((........)))).))))).))))..))).((((((((((.((((..........(((.(((((((((...))).))))))..)))..)))).))).((((((((((...(((.(......(((..(((((...)))))..)))......)...)))...))))))))))(((.((((((((..............)).))).))).)))...)))))))........................((((....))))....((((((((((((((((...(((.....)))..))))))....((..(((..(((.(((((..........))))))))..)))..))..(((((.....)))))........((((.....(((.....)))..))))....))))))))))......))))))))))..)))(((((((.(((((...(((.......(((........(((((((.(((.(.((((.((((...(((....)))..))))(((((....)))))(((((.((.................))))))).)))).).))).))))).)).......(((((((.....)))))))))).....)))..))))).)))))))))))))..(((.(((((((((((((.((...........(((.((.((((.((((((..(..(((((((((..(((((.((...........))))))).))))).((((........))))((((((.((...)).))))))....((((((((....)))))))).((((((((((((((((((((...((((.(((..((((((....(((((((...)))))))....))))))....))).)))).))))....))))))))))))...(((........)))))))........(((.(((..((..((((((.....(((((((((..............))))))))).....))))))..))...)))))).))))..)..))))))..)))).)).))).........((((((..(((((..((((....)))).))).))..)))))).)).))))))))))))))))...............((((.(((((((.......))).)))).))))((((((.((((((.(........).)))))).))))))....)))))))))..((((..(((((((((((((((((((....((((..(((.((((((((((((....))))))))))).....).)))...)).))....)))))....))))))...)))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((.....(((((((((((((((((.(...).))))))))).),}))))))..))))).(((((((((,{,{,.....(((((....)))))..{{((((..{(((((.,.,(((({{.,{{||,,,)))))}..(((.((((((((((,{(,{.,(((((.(((((((.((((((......{|||{||}.,((({...))))((((((((((.((((......,{,,,,..(((((((({...})),,)))))..))).})))}.))).((((((((((.,,(({.....,..{{,..{(((,...})))}.,.,{{{{...)}),))).,.))))))))))(((.(((((({{..............}).)))}})).)))...)))))))........................{{{{..,.}))).}}}||{,,..,,.((((((...(((.....)))..))))))........(((..(((.(((((..........))))))))..))).}))}.)).))))))).))))}.....)}|{,,..,..{((,.,..}}}.,|}}}...,)))}||,,........))))))))))..))){{{{{{{.,{{{{...,(({.....,,|||....,..,||,|,|,|||..}|}}}}.|||},,}.|.)}}))},.))),(((((....)))))...{{{((|{{,....,.....,||.,||{(((.,...,.}||||({{{((((..{{|||{{||||........}}})))},))),))...})))),)))}})))))})),,(((.(((((((((((((.(({{........}||({(({,,,({(((((({,{,.{{,,(((({..(((((.{{...........}}))))).))))}.((((........}}||((((((.({...}).))))))}}..((((((((....)))))))),((((((((((((((((({{(...((((.(({,{((((((....(((((({...}))))))....)))))}..,,))).)))).}}},...}))))))))))))...{((........)))))))}...,,|.|}}},,,.,,|..{(((((...{.(((((((((..............))))))))).}...))))))..}}}}|}})))}}),))}}),.||||||,,|..},})})}}....,,...((((((..(((((..((((....)))).))).))..)))))).,).))))))))))))))))....,,,,},,...,((((.(((((((.,...,.))).)))).))))|{((((.((((((.{........}.)))))).)))))}....))))))))),.((((..((((((((((((((((((({..{{.{,..(((.((((((((((({....})))))))))).....).)))...,},}..)}.}))))....))))))...)))))))))))).
Back