Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270691.2
Sequence Length
2254 nt
GC Content
0.6056
ACACAGGCCGCGGCGGCUGGCUCGGGCCCCUACGGUCCCGGCGGCGGCUGGAGGAGGAAGCCAGGCGGCUGGCGGAGGAGGAGAGACGGAGGAGGCCGAGACCGGAGCGCCGCUCGCCGCAGACUUACUUCCCCGGCUCAGCAGGGAAAGGUUCCUAGAAGGUGAGCGCGGACGGUAUGCAAAGUUGUGAAUCCAGUGGUGACAGUGCGGAUGACCCUCUCAGUCGCGGCCUACGGAGAAGGGGACAGCCUCGUGUGGUGGUGAUCGGCGCCGGCUUGGCUGGCCUGGCUGCAGCCAAAGCACUUCUUGAGCAGGGUUUCACGGAUGUCACUGUGCUUGAGGCUUCCAGCCACAUCGGAGGCCGUGUGCAGAGUGUGAAACUUGGACACGCCACCUUUGAGCUGGGAGCCACCUGGAUCCAUGGCUCCCAUGGGAACCCUAUCUAUCAUCUAGCAGAAGCCAACGGCCUCCUGGAAGAGACAACCGAUGGGGAACGCAGCGUGGGCCGCAUCAGCCUCUAUUCCAAGAAUGGCGUGGCCUGCUACCUUACCAACCACGGCCGCAGGAUCCCCAAGGACGUGGUUGAGGAAUUCAGCGAUUUAUACAACGAGGUCUAUAACUUGACCCAGGAGUUCUUCCGGCACGAUAAACCAGUCAAUGCUGAAAGUCAAAAUAGCGUGGGGGUGUUCACCCGAGAGGAGGUGCGUAACCGCAUCAGGAAUGACCCUGACGACCCAGAGGCUACCAAGCGCCUGAAGCUCGCCAUGAUCCAGCAGUACCUGAAGGUGGAGAGCUGUGAGAGCAGCUCACACAGCAUGGACGAGGUGUCCCUGAGCGCCUUCGGGGAGUGGACCGAGAUCCCCGGCGCUCACCACAUCAUCCCCUCGGGCUUCAUGCGGGUUGUGGAGCUGCUGGCGGAGGGCAUCCCUGCCCACGUCAUCCAGCUAGGGAAACCUGUCCGCUGCAUUCACUGGGACCAGGCCUCAGCCCGCCCCAGAGGCCCUGAGAUUGAGCCCCGGGGUGAGGGCGACCACAAUCACGACACUGGGGAGGGUGGCCAGGGUGGAGAGGAGCCCCGGGGGGGCAGGUGGGAUGAGGAUGAGCAGUGGUCGGUGGUGGUGGAGUGCGAGGACUGUGAGCUGAUCCCGGCGGACCAUGUGAUUGUGACCGUGUCGCUAGGUGUGCUAAAGAGGCAGUACACCAGUUUCUUCCGGCCAGGCCUGCCCACAGAGAAGGUGGCUGCCAUCCACCGCCUGGGCAUUGGCACCACCGACAAGAUCUUUCUGGAAUUCGAGGAGCCCUUCUGGGGCCCUGAGUGCAACAGCCUACAGUUUGUGUGGGAGGACGAAGCAGAGAGCCACACCCUCACCUACCCACCUGAGCUCUGGUACCGCAAGAUCUGCGGCUUUGAUGUCCUCUACCCGCCUGAGCGCUACGGCCAUGUGCUGAGCGGCUGGAUCUGCGGGGAGGAGGCCCUCGUCAUGGAGAAGUGUGAUGACGAGGCAGUGGCCGAGAUCUGCACGGAGAUGCUGCGUCAGUUCACAGGGAACCCCAACAUUCCAAAACCUCGGCGAAUCUUGCGCUCGGCCUGGGGCAGCAACCCUUACUUCCGCGGCUCCUAUUCAUACACGCAGGUGGGCUCCAGCGGGGCGGAUGUGGAGAAGCUGGCCAAGCCCCUGCCGUACACAGAGAGCUCAAAGACAGCGCAUGGAAGCUCCACAAAGCAGCAGCCUGGUCACCUUUUCUCUUCCAAGUGCCCAGAACAGCCCCUGGAUGCUAACAGGGGCGCCGUAAAGCCCAUGCAGGUGCUGUUUUCCGGUGAGGCCACCCACCGCAAGUACUAUUCCACCACCCACGGUGCUCUGCUGUCCGGCCAGCGUGAGGCUGCCCGCCUCAUUGAGAUGUACCGAGACCUCUUCCAGCAGGGGACCUGAGGGCUGUCCUCGCUGCUGAGAAGAGCCACUAACUCGUGACCUCCAGCCUGCCCCUUGCUGCCGUGUGCUCCUGCCUUCCUGAUCCUCUGUAGAAAGGAUUUUUAUCUUCUGUAGAGCUAGCCGCCCUGACUGCCUUCAGACCUGGCCCUGUAGCUUUUCUUUUUCUCCAGGCUGGGCCGUGAGCAGGUGGGCCGUUGAGUUACCUCUGUGCUGGAUCCCGUGCCCCCACUUGCCUACCCUCUGUCCUGCCUUGUUAUUGUAAGUGCCUUCAAUACUUUGCAUUUUGGGAUAAUAAAAAAGGCUCCCUCCCCUGCCCCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-942.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -981.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 489.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((..((..(((.((((((..((....))..)).)))).)))..))..)))..))))))(((((.(((((((.((((((((((((.(((((((...(((.(((((((...(((((..(((((..((...)).)))))))))).......))))))))))..))))..(((....((.(.(((((((((((((...((((....(((.((...((((((((((((((((((((((.(((...((((..((((...((((((((((...))))))...))))..))))..)))).......(((((((..(((((......))))).....((((((((((....(((((((.(((((.((.(((.....))))).)))))...)))))))))))))))))..(((((((.(((((....(((((...)))))........((((((..((((.((.((((.(((((.(((.....((((.((..(((...)))..)).))))....))).))))).))..))))))))))))))(((...((((((((.((...((....))..)).)))))))))))...................(..((((........))))..)((((((((.(((((.(((......)))..))))).))).........(((.(((((((((..((....)).((((((....))))))..)))).))))).)))...(((..(((....)))..))).)))))))))))))))))(((...((((((((((...((((((.(((...))).))))))..(((...(((((...((((((((...(((((...........)))))))))))))..))))).))).((((((((((..((((((((.(((((((.(((((..(((((....))))).)))))..))))).......(((((((.............))).)))))).))))))))....))))))).)))......(((((((((((((....))....))))..).))))))(((((((((((((.((..(((((((.(((((((((((((.(((.(...(((((.(((((..((((((((...(((((((((.((((((((((((..(((((..((.((((((((((((...)))))..((((((((........)))))))).........((((((..(((.(((.(((((..(((((.(((((....((....))....))))))))))..).........(((..((((.(((.(((((...))))))))))))....)))((((((.....))))))((((((...(((((.((((....((((..........))))...)))).(((((.....)))))))))).))))))(((.((((.(.(((((.........))))).))))).))).)))).))).)))..(((.(((((((.(.......).))))))))))..)))))).)))).))).))...))))).))))))))))))((((........))))....))))(((...(((.(.(..((((..(((((.((....(((.((.(((((..(((........(((....))).(((((...))))))))))))))))))...))...))))).))))..).))))..)))..((((((((((((((..(((..((...((....))((((.(((..............))).))))....(((((((........)))))))...))..)))))))))....)))))))).(((((.((...)))))))...)))))...))))))))..(((((((((((((......))))(((((((.....)))))))..))).))))))....(((((((((((((((((.........)))).).)))))).)))))))))))..)))))...)))).)))))))))).....))).).)))))).)).)))))...(((((((((..((((....)))))))))))))...))))))))..))))))))))..)))))))))).)))..)))))))))))..).))))))))))...)).)))))))...)))))).....))))))).)))))).....)))))))..))))))))))(((((.(((((((((((((............))))))....)))))))..)))))..))))).))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((({,,|}}||,{({({(((({,..,|}.}}))}}||.|||,{|,|{{||.{|||,{||||,,((((({(((((.({(,,{(,((,(((((,{((((...(({{(((((((...{{{{,.,(((((..((...)).))))}}))),.......))))))))))..))))..(({....}}}{.(((((((((((((...((((...,(((.((,..((((((((({,(((((((((((.{{((((((((.(((((....((((((((({.(({{(((((((.({({(|....,,.,..,(((((((.(((..((....})..))).)))))))((((((((((..,,{{(({((.{((((.({{(((.....))))).)))))},.))}}))}))))))))))..(((((({{(((((,{{,,{(((..,|||||,.......((((((..((({,({{((((.(((((.(((...,.((((.((..(((...)))..)).)))).}..))).})))).))..)))))))))))))){{{...((((((((.((...((....))..)).))))))))}}|,,{{{,,,,..........,,.((((........)))),.|{{||,|||,|((({.(((......)))..))))).,,,........,{{{.{((({{{{{.,{{....)).((((((....)))))),,|}}}.}}))),)}}...{{{.,(({....})),,)))..},}})))))))))))){,{...|}}..|(((..(((((((....))))))).))).||.,((((.{(((.((((((((((((...(((((...........)))))))))))),(((((..,,{({{.,,,{{..,..)}))),)))))(((((.(((((..(((((....))))).)))))..)))))})))).)))))))))}))),....}}))).))))))).,))))((((((.(.(((.{.......).)))},))))))..)))).))...))))).)))).)))}(((((((((((((.((..((((((,,(((((((((((((.(({.{.{,(((((.(((((..{(((((((,{,(((((((((.((((((((((((..(((((..((.(((({{,(((((...)))))..((((((((........))))))))........,((((((..(((.(((.(((({..(((((.(((((....((....)),...))))))))))..}.,{{....}||{..((((.(((.(((((...))))))))))))....|||((((((.....)))))}{(((((...(((((.((((....((((..........))))...)))).(((((.....)))))))))).)))))|(({.((({,(.(((((.........))))).))))).))),)))).))).)))..({(((((((((.{.......}.))))))))))..)))))).))}).))).))...))))).))))))))))))((((........))))....))))|((...{({{(.(..((((..(((((.({....{{{.,,{(((({,{{((........{{{....))),((({{.,,))))}|}}}}}))}|||}.,,}|...))))).)))}..}.}}}},,|||..,{({(((((({(((..{{|,,,,...}|,}..}}((((.(({,,,...........))).))))....(((((((........)))))))||.},..}))))))))..,.))))))}}.(((((.({...)))))))...))))),,,)))))))),.(((((((((((((......))))(((((((.....)))))))..))).))))))....(((((((((((((((((..,......))))}}.)))))).)))))))))))..)))))..})))).)))))))))).....))).).)))))).)).}))))...(((((((((..((((....)))))))))))))...))))))))..|,({{..,,,....))).,,}..}}}..))))))))))).}}.)))))))))),..)).})}))))...)))))).....))))))),,)).))}}}}.))),)))..))))))))))||||(((((((.(((((((............))))))}).)))))))....,)))).)))))}),)))}}...
Back