Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270873.2
Sequence Length
1617 nt
GC Content
0.4898
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-537.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -566.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 378.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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