Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270928.2
Sequence Length
4416 nt
GC Content
0.4198
AACUGAAAAUCCACAAGACAGAAUAGCCAGAUCUCAGAGGAGCCUGGCUAAGCAAAACCCUGCAGAACGGCUGCCUAAUUUACAGCAACCAUGAGGAAAGGCCACUUAAGGAUGCAGCAAGAAGGAGCCAUCUGCAAUCCAGGAAGAAAUUCCUUGCCAGGAACCAAAUUGGUUGUCACCUUCAUCUAGGACUUCUAGCCUCGAGAACUUACAAAUGGUGAUGAUCAUCAGGUCAAGGAUAGUCUGGAGCAAUUGAGAUGUCACUUUACAUGGGAGUUAUCCAUUGAUGACGAUGAAAUGCCUGAUUUAGAAAACAGAGUCUUGGAUCAGAUUGAAUUCCUAGACACCAAAUACAGUGUGGGAAUACACAACCUACUAGCCUAUGUGAAACACCUGAAAGGCCAGAAUGAGGAAGCCCUGAAGAGCUUAAAAGAAGCUGAAAACUUAAUGCAGGAAGAACAUGACAACCAAGCAAAUGUGAGGAGUCUGGUGACCUGGGGCAACUUUGCCUGGAUGUAUUACCACAUGGGCAGACUGGCAGAAGCCCAGACUUACCUGGACAAGGUGGAGAACAUUUGCAAGAAGCUUUCAAAUCCCUUCCGCUAUAGAAUGGAGUGUCCAGAAAUAGACUGUGAGGAAGGAUGGGCCUUGCUGAAGUGUGGAGGAAAAAAUUAUGAACGGGCCAAGGCCUGCUUUGAAAAGGUGCUUGAAGUGGACCCUGAAAACCCUGAAUCCAGCGCUGGGUAUGCGAUCUCUGCCUAUCGCCUGGAUGGCUUUAAAUUAGCCACAAAAAAUCACAAGCCAUUUUCUUUGCUUCCCCUAAGGCAGGCUGUCCGCUUAAAUCCAGACAAUGGAUAUAUUAAGGUUCUCCUUGCCCUGAAGCUUCAGGAUGAAGGACAGGAAGCUGAAGGAGAAAAGUACAUUGAAGAAGCUCUAGCCAACAUGUCCUCACAGACCUAUGUCUUUCGAUAUGCAGCCAAGUUUUACCGAAGAAAAGGCUCUGUGGAUAAAGCUCUUGAGUUAUUAAAAAAGGCCUUGCAGGAAACACCCACUUCUGUCUUACUGCAUCACCAGAUAGGGCUUUGCUACAAGGCACAAAUGAUCCAAAUCAAGGAGGCUACAAAAGGGCAGCCUAGAGGGCAGAACAGAGAAAAGCUAGACAAAAUGAUAAGAUCAGCCAUAUUUCAUUUUGAAUCUGCAGUGGAAAAAAAGCCCACAUUUGAGGUGGCUCAUCUAGACCUGGCAAGAAUGUAUAUAGAAGCAGGCAAUCACAGAAAAGCUGAAGAGAAUUUUCAAAAAUUGUUAUGCAUGAAACCAGUGGUAGAAGAAACAAUGCAAGACAUACAUUUCCACUAUGGUCGGUUUCAGGAAUUUCAAAAGAAAUCUGACGUCAAUGCAAUUAUCCAUUAUUUAAAAGCUAUAAAAAUAGAACAGGCAUCAUUAACAAGGGAUAAAAGUAUCAAUUCUUUGAAGAAAUUGGUUUUAAGGAAACUUCGGAGAAAGGCAUUAGAUCUGGAAAGCUUGAGCCUCCUUGGGUUCGUCUACAAAUUGGAAGGAAAUAUGAAUGAAGCCCUGGAGUACUAUGAGCGGGCCCUGAGACUGGCUGCUGACUUUGAGAACUCUGUGAGACAAGGUCCUUAGGCACCCAGAUAUCAGCCACUUUCACAUUUCAUUUCAUUUUAUGCUAACAUUUACUAAUCAUCUUUUCUGCUUACUGUUUUCAGAAACAUUAUAAUUCACUGUAAUGAUGUAAUUCUUGAAUAAUAAAUCUGACAAAAUAUUAGUUGUGUUCAACAAUUAGUGAAACAGAAUGUGUGUAUGCAUGUAAGAAAGAGAAAUCAUUUGUAUGAGUGCUAUGUAGUAGAGAAAAAAUGUUAGUUAACUUUGUAGGAAAUAAAACAUUGGACUUACACUAAAUGUUUAAUUCAUUCAUUUUAUUGUGAAAUAAAAAUAAAAUCCUUAGCUCCUCCACCAACUGAACAGACCCUCUUGGCCAAGGAGACCCCAGAAACCUUAAAAACUAAGUUUCCCAACCAUGACAAGAUGAGAGAUCAUUCACACCUCAUUAUAUUCCCUCCCUUGCUAACUGCCAUUGGACUUUUUCCACUGAGUUAAACAGAAACCCAUGGAAAACAAAGAACAGAAGACUCACUCCUUGGCUGACUUCACCUAGCUCACUCCACGUAGCGCCACAGCCAGACUCCCCUCCCCUCUUGCGGUUUCCACAUGACAACUGAUCAGCCUUCCCUCCUGAUAAGUGACCACUGCCCACAGACUGGUUCUGGCCAGUCCAUGGAGGCUGCACACAGGGUGCCUCUAUGUCCUUUGUUUCACCUUUUGAUAUAGAAAGGCUAAUUUUGCUGUAUUUUAAUGUUAAGUCUCCACCACAGAGUGAACACAGAAUGCAUGUGACAUACAUGUUUACAUACCACUAUUGUGUGACUGCCCCUCAUGAAUAUUCAUAGCCCCCCAUAACCUGUUAACUAUGUGUGUCUAGCCAAUCCACCAACCAUAAAACUUCUGUAAUACCCUCCCUUCCUCCAAGAGCCUGCUUUUGGUUGCUGUGGUAGGCUCUGCUUCCCAGGCUGCAGGUUGCAGGAGAGGAGGCUGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCUCAGCACUUCGAUGGGACGAGGCAGGCAGAUCACCUGAACCCAGGAGUUCGAGAGCAGCCUUGGCAAUGGCAAAACCAACCGUCUCUACAAAAAAUGCAAAAACUUAGCUGGGUGUGGUGGCAUGCACCUGUAGCUUCAGUUCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGUGAGUGGACUGCUGGAGCCAGGGAGUUCGAGGCUGCAGUGUCGAGAUCUUGCCACUGCACUCCAUUCUGGAUGAUAGAACGAGACCCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAGUUCUCUCCAAUUGUAUAUAGCUUGUGAUUUUAUGUCAACACUAUCAAUAAAUAGCUUUCAGUGCAAGAAACCAAAAAUACUGUAAUAAACAGGCACAUAUUCUUCCCAAACCUCAUGCAGUUUACAAUCUAGUGAGAGACACAGAUAGCAGUACAGAGUCAAUUAAAGGUUAGUUUUCUUCAUGAAGAUGUUUUAAUUUUAAUUCAAUGUGAAAGGGUUCCAAGGAGUUUAUCUUGUUUUAUGCCAUUUUAUUUGAAGCACUACUUACUAAGUCAUUUGCUGAUAUUAAUCUAGUUAAAUCAAGAAAUAUUACAUGAAAAUGUUGCUAAAUCAGAGAUCAUGGGUAACAAUCACCUUUGAUUAUGAAUAAUCAUAUUUUAUUGAAAGGCAAGGCACAACAAAUAAUAAGAAGGAAAAAAUAAAUAAGCAAUGUUAUUGAUCUUUCAUUCUGUAUAUGUUUUGGGGGGAAUAUACUAGUUUCUUUUAGUGGCUGUAACAAAUUACCACAAACUUGGUGACUUAAAAUUUCACAGAUUUACUCUUUCUUACAGUUCUGGAGGUCAGAAGUCUGAAAUGGGUUUCAAUGAGCCAAAGUCAAGGUAUUGAUGACGCUACACUCCUCCGGAGGCUCUAGGCAGAUAGCCUUUUCCAGCUUCCAGAGGCUGCCUGAAUUCUUUCAUCCAUCUUAAAAACCAACAGUGUAGUAGCCUCAAAUCUCUCUCUCUGCUUCCUUCUUCACAUCUCCUUCUCUCCUCUGACUCUUUUGCCUCUUUCUUCUAAGGACGCACCAGGUCCACCUGCAUAAUCCAGAAUAAUUGCCCCAUCCGCAAAUCCUUAAUUUAAUAACAUCUGCAAAGUCCCUUUUGCUAUGUAAAGUAGCAUGUUCACAGGUUCUGGAGACUUGGCCAUGGAUACGAUUGCGGGGGGGGCAUUAUUCUUACCACAGAGCACCCCAAGAAAAUCUCCAAAUUUUGGGCUUCCAAUCCAUUUUGCUUCAAUUAUUUAAUAUUUUUACUCCUUCCAGUAGAUACUGAUUUCAUCCAUUGCCCUUAAGAAGGUAGGACAGAGAUUAUGGCACAUCUCACAUUAAAUGCUAUAUUUUCGUUGGAAAUACAUUUUUUGCUUCAACUUUUAUUUUAAAUUCAAGGGUACAUGUGCAGGAUGUUCAGGUUUGUUACACAGGUAAACGUGUGCCAUGGCGGUUUGCUGAACAGAUCAUCCCAUCACCAACAGAUCAUCCCAUUGAGAGGUGAAGCCGGCUGGGCUUCUGGGUUGGGUGGGGACUUGGAGAACUUUUCUGUCUAGCUAAAGUAUUGUAAAAUGGACCAGUCAACACUCUGUAAAAUGGACCAAUCAGCUCUCUGUAAAAUGGACCAAUCAGCAGGAUGUGGGUGGGGCCAAGUAAGGGAAUAAAAGCAGGCCACCCGAGCUGGCAGCGGCAACCCGCUCGGGUCCCCUUCCAUGCUGUGGAAGUUUUGUUCUUUCGCUCUUUCAAUAAAUCUUGCUGCUGCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1194.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1277.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 1102.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...............(((((((((((((((..(((....))).)))))))..........((((((..((((.(((..((....(((.((.((((.........)))).)).)))...))..))))))).)))))).(((.(((((......))).)).))).(((....((((.((((((..((((((((..(((((((......((((...(((((.(((((((....(((...((((.(((((.(((((......(((((...((((((...((((((....))))))..........((((((((((........)).))))))))..((.(((((((.((..........)).))))))).))..........((((.(((((...(((((((((((.((((((.((((((((.(((.(((((.....))))).........(((((((....((..(((..((..((....))..)).)))..))(((((((.((...(((((((..((((......)))))))))))..((((((((.((((......))))....(((((((...(((((.(((...))).)))))...))))))).((((..((((.....((((..(((.(((((((((((((((((..((((....(((((................(((((....)))))((((((...((..(..(((((((..((((.....(((..((((((((.((((((.........)))))).)).))))))((((.......)))).........((((((((.(((((((((.(((.(((..(((...((((((......(((((.....)))))....(((((....))))).(((((....))))).....))))))...)))..))).)))............((((((...((...((((((.....((((....))))...))))))..))..))))))..))))))))))))).))))(((((..(....)..))))).....))).....))))......))))))).(((((((((......))).))))))..((((....)))).....)..))...))))))...)))))....)))))))))...((((((..(((((...((.(((((((((((................))))))))..))))).((((.........))))((((((((((((((((..((((((.(((....))).........(((((....((((..((((.(((((((............(((((.((((((((..((((((((..((((..(((.....)))...))))..)))).(((((((((.............)))).)))))....((((..((((((...........(((..............)))............))))))..))))...((((((((((..................)))))))))).(((.....((((((...(((((((.((((..((.(((((...((.(((.......))).)).))))).))..)))).......(((((.((........)))))))(((((((....(((...))).))))))))))))))..))))))....)))............))))...)))))))))))))...........))))))).)))).)))).((((((((((((((.((.....)).)))))))..))).)))).......((((((....((((((((((.....))))))))))...((((((...........(((((((((((((((((...((.((((((..(((.((((.(((....((((((.(((..((....))..)))..))))))...)))..)))).)))....)))))).))......((((((((.................(((((...((((..(........)..))))...))))).((((.(((((.(((.....))))))))((((.(((((((.((((((((((((...(((.((..((((.((((.(((((((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((..(((((.(((((............((((((((....((((...((((((((((((((...((((..(((((((((..(((((.((.(.(((..((((((.((((.........((..(((((.((((.............(((((((((((.....(((((((....)))))))..((((((..(.....((((((..((((((((....(......)....))))))))..(((((.....((((((((((..((((.(.(((.......))).).)))).)))))))).))((((((((((((.(((...(((......)))..........((((....))))..............))).))).)))))))))))))).................((....))..))))))..)..))))))((((((((((...(....)...))))))))))((((((....(((((...)))))....)))))).))))))).))))((((....(((((.........)))))..)))))))).)))))..))))))))))))...))).).)).).))))..))))..............................((((.(((((((((((......)))))))..))))..))))...)))))...))))))).))))))(((((((((..(((...(((((...(((..(((((((.(((....))).)))))))))).....((((.((..((((((((.....)))).............)))))))))).((((((..((((((((((.....))).)))............))))....)))))).............((((.....))))..........)))))....)))..))))))))).((((.(((.....)))))))..........)))))....))))..))))))))))))).....)))))...))))))))).)).))))))).)))))))))))..(((((.((((.((....(((.....((((..((((...))))....)))).....)))....)))))).))))).......((..(((((((.......(((..(((((.((((.......)))).))))).)))......)))))))..))...)))))))...............)).))))...))))...))...)))...)))))))))))).))).))))..))))))))....((((((......))))))...........((((((......))))))......))))))))))))).))))))))))))))))))...)))))).)))))....))))))..)))))))...(((((....)))))...((((((((((((.(((((((..((((.....)))).....))))))).)))).((..((((....))))..))..............)))))))).))))))))).))))).)))))))))))))))))))))..))))))))))))...))))))))((((......))))..)).)))))))..))))))).....((((((((.(((((.(((((((.((............((((..((((((....)))))).))))...(((.((((....((((((.....))))))..))))..)))))))))))).)))))))))))))...............................))).))))))))....))))))))))..........................((((....))))....(((((..(((((((..(((..(((((..((((.(((((((..............))))))).))))((((((..............)))))).....)))))..))))))))))........))))))))))))...))))).))))...))))))...)))))..)))))...))))).))))....)))....))))))))))))...))))......))))))).)))))))).)))))).))))))).......))))))))(((...((((........(((.(((.(((.((.(((((....(((.(((....((.....))....))).)))....))))).))))).)))..)))(((.(((((((((((...((..((((((((.((.........)).)))))))).))(((((((...)))))))))))))))))).)))..............))))...)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...............((((((({(((((((..(((...,))}.))))))}..........((((((..((((.(((..((..,.(((.((.((((.........)))).)).))).,.})..))))))).)))))).,{{{((((,...}}})),,}},))}.(((....{(((.((((((..((((((((..(((((((......((((...(((((.(((((((....(((...((((.(((((.((((({((..{((,(({,{({((((({.(((({{...,)))}}).,,,......((((((((((........))},)))))))..{(.(((((((.((..........)),))))))).}}..........{|||,|||||,..(((((({{((,{((((((.((((((((.{{,.(((((.....))))).........(((((((....{(..(((..((..((....))..)).))).,}}(((((((.((...(((((((,.{(((......)}}}))))))},.((({{{,|,||||..,..,||||,{,.(((((((...(((((.(((...})).)))))...})))))}.,,,..,{{{,,,}}}}|....,,.|{||{((((((({.|{{{|||||.{{{({{{((((({........,,,.(((((...(((((((((({....((,((..(((((((....(({.........((((((((.((((((.,.......)))))).))}})))))((((.......))))........}}}....)))))))....))}}},..)))))))))))))))),|||.(((((.....))))).....,{{.((((((((,.(((({..,,||}}}..,)))},,,})}},)}{{{(((({...,,....{(((((((((((((,.....(((((((((((((((...(({{{((.{{.((......))..},.))))))..))).)))))),....(((((((((...,,,.......((((((.((.(((..(((...((((..............))))..))).))).)).)))))).....,,,,.....))))),.}))).....})))))}.))))))((((((..(((((...((.(((((((((((................))))))))..))))).((((.........))))((((((((((((((((..(((((({.,.{{,,{{{{{,,....{((,{{,...{(((..((((.(((((((.........{{.(((((.((((((((((((({({{({.(,,...{({.....},,...}}}},}}}}}}||,{{{{(({({..((((....|}}}|||||,{{|.((((..((((((.....,,,,..(((..............)))....,,},....))))))..))))...((((((((((...,,.....,.,,,,..)))))))))}.|||.,,,,|{{|{|,,.{{{((((.((((..(({(({((,,.|,.|{{,,.....}}}.||,|}}}}|}}|.}}}}.......{{{|{|{{,,,,..,,||}||||(((((((....(({...}}}.)))))))}}}}))),.))))}}.,,,)))...}}}...,,,}.,,...,)))))))))))),}}........))))))).)))).)))).{((((({(((((((.{{.....)).)))))))..)))},))}.......((((......((((((((((.....))))))))))...}})}.|}}.}}}}})))|((((((((((((((((...{{.{(((((,,,{{.{(((.{{{....{(((({.{{{..({....))..}}}..}})))}...,}}..}))}.}})}...)))))).)),.,...(((((({{.................(((((...((((..(........}..))))...))))).{{{(.({{(,.(((...,,||||||||((({.(((((((.((((((((((((.,.(((.((.,((((.(({{.({(((((((((((.((.((((((((((((((.(((((((((..(((((.(((((,...........{(((((((.,,.({(({{.(((((({{{{{,(({..({{,..{{|{{(({{,,((({(,((,(,{{{..(((({(,((({{{{{,........{{,((,((((,.(((({{{{...(({((((({((,,,..(((((((....))))))){{(((((({,{{....,|||||}}||||||{,.,,,{,.,,,.,...,)),)))))..|(({{...,,((((((((((..((({.{.(((.......})),}.}))).}))))))).||((((((((((({.(({...(((....}})}).......,,.((((....))))}}............})}.})).))))))))),}|||.................,{...,||..,..,|,.{{,.,,,||,((((((((((...(....}.,.)))))))))){{{{{{,|||{{{,{,|||}|})|,}.}|||}|.}}}}})},))}){|||||..|||||}}.......})))).,,))})))),}}}}},,|}}}}})))))).,,))),),)),}}}))}..})))..........,,.............},...|,,|,|||||||||||}}.}}.,}},}},{{||||..},,,..}))))),}})))))}}))))))}|||||||||.,|||...|||||}|,{,|||||{,||{,|||..,,|||.}||||}}.{{{,...||||.{{.{((((((((.....)))).............))))),}},,.{(({,.{{((,,{{((((.....)))}.}}}}}}..,,....,}},..,,}})}}}}}...........((((.....)))),.........,}}}}....|}}.,))}}}}}}}.{{{{.|||,,...))))))},,,......)))))).,,,)})),.))))))))))))).....)))))...))))))))).)).)))))))}}))))))))))..(((((.((((.{{....{((.....((((..((({...})))....)))).....}))....)})))).))))).......((,.{{{||||.,.....(((..(((((.((((.......)))).))))).)))....,|}}}}}}}..)),..)))))))...............)}.))}}...}},},,.}}...))).,.)))))))))))).))).))))..}))))))),,..,{{|{||},,,.,,})}}|,}},......{(((({......)))))}.,,...})))))))))))).)))))))))))}.|{{{{,..,})))),.))),...}))))))..)))))))...(((({....})}}),,,((((((((((((.(((((((..((((.....)))).....))))))).)))).{{..((((....))))..}}..............)))))))).})))))))).))))).))))))..))))))))}.)))))))),,)))))),,}.))))})))|||||,,,,.,))},.)).)))))))..))))))).....(((((((,{(((((.{(((((({((............((((..((((({....,))))).))))...{{{.((((....((((((.....)))))),.))))..)}})}))))))}.))))))))))))).......,,.........,....,}}.....})}.))))))))....))))))))))...............,{{{{{.....,|||}}}.,,}|....((((({{(((((((..{(({{(((({..((((.(((((((..............))))))).))))((((((,,.........,,.)))))),,,,,)))),..}},))))))).,,,....)))))}))))))...}}})).}}))...,}}))).)}),,))},)))))...))))).))))....)))....))))))))))))...))))......))))))).)))))))).)))))).))))))).......)))))))){((...{{((,,{.....(((.(((.((,{((.(((((..,.(((.(((..,,({...,,)}....))).))).,..))))).))))).)))..))}(((.(((((((((((...((..((((((((.((.........)).)))))))).}){((((((...)))))))))))))))))).))).,,,},,,,...,,}))),..}},..
Back