Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001271213.2
Sequence Length
1797 nt
GC Content
0.4886
CUCAUUUUCUCUUGCCGCCACCAUGUAAGAAGCGCCUUUCGCCUCCCUCCAUGAUUCUGAGGCCUCCCCAGCCACAUGGUACUUGUAUGCCUAGACAGCGGGCACAGGGCUUGCUGGACACAGAAGGCAAGGACUCAGAGAAUAUCCACCAGAUGAAAGAAUGACUGCAUGAGUAACCUGAUCCUGCCUGAAGAUGGUGCCACUGGUGGCUGUGGUAUCAGGGCCCCGUGCCCAGCUCUUUGCCUGCCUGCUCAGGCUGGGCACUCAGCAGGUCGGCCCCCUUCAGCUGCACACCGGGGCCAGCCAUGCGGCCAGGAACCAUUAUGAGGUGCUGGUGCUGGGUGGGGGCAGUGGCGGAAUCACCAUGGCUGCCCGCAUGAAGAGGAAAGUGGGUGCAGAGAAUGUGGCCAUUGUUGAGCCCAGUGAGAGACAUUUCUACCAGCCAAUCUGGACACUGGUGGGUGCUGGUGCCAAACAAUUGUCCUCAUCUGGUCGUCCCACGGCAAGUGUGAUUCCAUCUGGUGUAGAAUGGAUCAAAGCUAGAGUGACUGAGUUGAACCCAGACAAGAACUGCAUUCACACAGAUGACGACGAGAAGAUCUCCUACCGAUAUCUUAUUAUUGCUCUCGGAAUCCAGCUGGACUAUGAGAAGAUUAAAGGCCUACCUGAAGGUUUCGCUCAUCCCAAAAUAGGGUCGAAUUAUUCAGUUAAGACUGUAGAGAAGACAUGGAAAGCUCUGCAGGACUUCAAAGAGGGCAAUGCCAUCUUCACCUUCCCAAAUACUCCAGUGAAGUGUGCUGGAGCCCCUCAGAAGAUCAUGUACUUAUCAGAAGCCUACUUCAGGAAGACAGGGAAGCGAUCCAAGGCCAAUAUCAUUUUCAACACUUCUCUUGGAGCCAUUUUCGGGGUUAAGAAGUAUGCAGAUGCCCUGCAGGAGAUCAUCCAGGAGCGGAACCUCACUGUUAACUACAAGAAAAACCUCAUUGAAGUCCGAGCCGAUAAACAAGAGGCUGUAUUUGAGAACCUGGACAAACCAGGAGAGACCCAAGUGAUUUCAUAUGAAAUGCUUCAUGUCACACCUCCAAUGAGCCCACCAGAUGUCCUCAAGACCAGUCCUGUGGCUGAUGCUGCUGGUUGGGUGGAUGUGGAUAAAGAAACUCUGCAACACAGGAGGUACCCAAAUGUGUUUGGGAUUGGGGACUGCACCAACCUUCCUACGUCAAAGACCGCUGCUGCAGUAGCUGCCCAGUCAGGAAUACUUGAUAGGACAAUUUCUGUAAUUAUGAAGAAUCAAACACCAACAAAGAAGUAUGAUGGCUACACAUCAUGUCCACUGGUGACCGGCUACAACCGUGUGAUUCUUGCUGAGUUUGACUACAAAGCAGAGCCGCUAGAAACCUUCCCCUUUGAUCAAAGCAAAGAGCGCCUUUCCAUGUAUCUCAUGAAAGCUGACCUGAUGCCUUUCCUGUAUUGGAAUAUGAUGCUAAGGGGUUACUGGGGAGGACCAGCGUUUCUGCGCAAGUUGUUUCAUCUAGGUAUGAGUUAAGGAUGGCUCAGCACUUGCUCAUCUUGGAUGGCUUCUGGGCCAAAACUGCAGUCACUGAAUGACCAAGAGCAGCACGAAGGACUUGGAACCUAUCCUUGUAAAGAGUUCCUUGAUGGGUAAUGGUGACCAAAUGCCUCCCUUUUCAGUACCUUUGAACAGCAACCAUGUGGGCUACUCAUGAUGGGCUUGAUUCUUUGGGAAUAAUAAAAUGAAAUAAUACUUUUAUUUUCUGAAUAAAAGUUUGUCACUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-573.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -605.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 501.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............(((.(((((..(((...((((((((..(((((.............))))).....(((((((.(((((((............((((((((.....))))))))........(((((.(((.((((.(....((...(((............)))...))....)))))))))))))......)))))))...)))))))((((.((..((((..(((((((((.((..((......))..)))))))))))...((((((.((((((...............)))))).))).)))))))..))))))....))))))))..)))..))))).)))(((((((((((((((((((..(((((((((...(((((.((.(((((((.((((((((((.(((((..((((((((.........(((((((((((...)))...)))))))))))))).))..)))))(((((.((((((((((((...))))).(((.((((.(((((((...))).))))))))..)))...((((.((((((.............)))).)).)))).))))))).)))))((.((((((((..(((((......))))).(((((...(((....)))...))))).(((....(((((.((((((((((((..((..(((......)))..))...............((((((((.............))))))))((((((..((.((((...((((.((((((................)))))))).))....))))))..)))).))............)))))))...))))).......(((.....))).)))))...))).........(((((((((((((....)))))))....))))))..((((.....)))))))))))).))..((..((((.(.(((.((...................)).))).)))))..))...........)))))))))).....(((((.....))))).....((((((((((.....(((((....))))))))))((((((..((((..((.....))..))))...((((.((.(((((....))))).))))))(((..((((((.........)))))).))).)))))).((((((....)))))).)))))..))))))).)).)))))..((((((..(.((...(((((....((.((.((((((....)))))).)).))....)))))......(((((((...(((((.....((..(((((((......)))))))))...)))))(((((......))).))))))))))).)..))))))......((((((.((((.(...((((((((((((.......)))))...((.((((.(((.....)))))))))((((((...((..((((......))))......))....))))))..))))))).).)))).))))))....((((((.((...((((((..(..((((..((((((.((.(((((((((..((((((((....)))))...((((.((((.....)))).....)))).((.....((..(((.....)))..)).....)))))..))))))))))).)))......)))..))))..).)))))).))))))))...)))))))))..))....))))...)))))))........................((((((((((...))))))))))..))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{{{{{,,,,((((.(((((..(((...((((((({..(((((.......,.....)))))...,,((((({(,(((((({.,...,,,....((((((((,...,}}}}}|||....,,..((((,{(((.((((.{....((...(((.{.......,..)))...))....})))))))))))).....,|||||||,..}}}})})||||,||,.((((,.((({{((((,{{..((..,...))..}))))))))))...((((((.((((((...............)))))).))).))))))).,))}})}....))))))))..)))..))))).)))|(({(,((,,{{{|{{{{{.,(((((((((..,(((((.((.(((((((....,{,((((((((({,.((((((({.........{((((((((({...}}}.,.|}}}|||||}}}||.}}..}}}}}|,(((.((((((((((((...))))).(((.((({{(((((({...}))},)))))))..)))...((((.((((((.............)))).)).)))).))))))).)))||{{.,,||||....{||,|,|,,..||}}}.(((((...(((.,,.|||,,,||||}........||}}..}}|(,{((((((((((..(((......)))..|{,....,}.,....,.((((((((.............)))))))){,||{{...,((((((.(((.,,((((....(((({((,.((((((.((((((({{((({{{{{{|..,.......{((.(((.{(.((((....)))).))))))))}}}..}}..}))..,))..............))))))).}}}))))..,,))}.))))....)))).,,)))..)))))).,.|||,.,,.}}}..)))))))))))),.{{{.....}}}.,......|||}},,.}}}}}.{{{{..,........)))),,,,}}}}}..(((((.....)))))...,.({{(((((({,,,..{{{{|....))))))))}){{{(((..,,.|||{{||||.,|||}{{,.{.(((,.,..,||||,,,.))}})}))))))|||,,{((({,....,....)))}},.}}},)))))}.(((((,....}))))).}))))..))))))).)).)))))..((({,,,,|.(({{{,{,,|}}}}{{,((.((((((....)))))).)).}}..,.}}}},......((((((({..(((((.....({..(((((((......))))))}}}..,))))){{(((......))).))))))))}}}.),,}}}}}}......((((((.((((.(...((((((((,,(({({...{{|.||..{(.((((,{(((.....)))))))).}}.,||..}||.,{{((.,,,,,}}},..,}}}))..}}))))))..))))))).}.)))).))))))....(((((((((...((((((,,(..((((..((((((.((.(((((((((..((((((((....)))))...((((.((((.....)))).....)))).{{.,{{{(,.,({,..},,)))}})}.......)))..))))))))))).)))......)))..)))),,).}))))).)))))))).,})))))))))..)}},}},)))..,})))))},,}}}},....,,}}}}}.,,,,.((((((((({...))))))))))})))},,,..
Back