Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001271605.3
Sequence Length
1561 nt
GC Content
0.6963
GAGCGCGCGAGCCGGGCCCGGAGCGCACGCCGCCGCCGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCCGAGCCGCCGCAUUGCUGCUGCUGCUGCCGCCGCCGCCCCGCGCCCGGCCCGCGGCCCCCAAUAUGGUGCAGCCGCCAGCGCCGCCGCCCGUGCCGCCGCCGCCGCCCGCGGGCCCCGCCGCCGCCCUCGGGCGCCCGCAGCGCGGCAGCCGCAGGUGGGGGGCCGCGGCCCGGGCCUGAGCUGCCCCCCGCCCGGCCUCGGCGCGGCGCCCUCCCCGCGGGGCUGCCGGCGAGGGGCCCUCUCGCCGCUGAGGUGGAGCCGCGGGCCCCGCCGCCGCCGCUCCUGCCCCCUCCCUCCCUCCUCCCCUCCCCCUCCCCUCCGGUCCUGUCUCCAGCGGGAGCGCGAGACGCUGGUCAGGCUCCGCGGCGCAGCUCGAAAAGGAAUAAUCGCCCCCGAUUGACUGAAAUUCCUCCGGAGCCGGCGCCGCGGCCGCCCGCGCCCGAGACCGCGCUCCGGGGCCGCGUCCUCCUCUCCUCCGGAAAACGCUCGCGACCCAGGGCCGCCGGCGGCCGCGACUCUGCUGUGUCGAUCGCCUGAGUCCGUUUUCACCGUUUGCGGGAUCUGGAACCGAGUUACAUGCAUGUCCAGUGGGGGCAGGUUUAAUUUUGACGACGGAGGGUCCUACUGUGGAGGCUGGGAGGACGGCAAGGCGCACGGCCAUGGCGUCUGCACCGGCCCCAAGGGCCAAGGCGAAUACACCGGCUCGUGGAGCCACGGCUUCGAGGUGCUGGGCGUCUACACCUGGCCCAGCGGCAACACGUACCAGGGCACCUGGGCGCAGGGCAAGCGCCACGGCAUCGGCCUGGAGAGCAAGGGGAAGUGGGUGUACAAGGGCGAGUGGACGCACGGAUUCAAGGGGCGCUACGGGGUGCGGGAGUGCGCGGGCAACGGGGCCAAAUACGAAGGGACCUGGAGCAACGGGCUGCAGGACGGCUACGGGACCGAGACCUACUCGGACGGAGGUGGUUGGACGCGGACUAGCGCUGUCGAAGCAGGCUGCUGGAGGGAGGAGGGAGGCCCAUCUGCUCAGUGAGAGCCCAGGAAUCUCGUCUUUCAGUGGCUGCAUCGUUUUCACCAUUAGUUGAGGGAAUCGAUCUGUGCCUUCAUUCUAAGAUGCCACCGCAUUCGGGGCAGAGCCGGGGCCGGAAGCCAGGGAGCUGCCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGUAAGAUGGUUUCUGUGCAGGGAACCUUGGCCGGCUCUGCAGCUGCCCGCCUGCCUGGACUCUCCGAUAUCCACUCCUCAGUGCACCUGACACGCAUGGAGCCGGUCCUUUCCUGGAAGCCAGACCCCAAACAAACUGGCUUCCCCGACCAGUCCACUCCCAUGUGGGAGCUUAUCCUCAGAGGCACUGGGUCCUCUGCCUCCCUCGGGCGGCUCGCCUGUUUCAGGCAUGGAUGCCUGGGAAGGGAGUGAGACGCAGCAAUGACUUGUGCUUCUGCCGAGAAUAAAAAUCCUGAGCGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-758.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -784.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 484.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((.(((..(((....)))..))).)))).((((..(((..((((((.(((...(((((((((..(((....)))(((.(((.(((((((.(((((((((((((.(((((((((((.....(((((........)))))..((((..(((.((.(((((.((..((((((((((..........)))).)))))).))))))).)).)))))))))))))))))).))))))..(((..((...(((((((....))).)))).)).)))...))))))).))(((((((((...)))))))))....)))))))).)))(((((((...(((((((((((((((((.(((((((.(.((((((..(.((((.(((((.((((((.....)))))).)).))).(((((((((((..(((((((((.((((....(((((((((((....))))).......))))))...))))..))))))))).((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((..((((((......(((((.(..(((((.((((.(((((.((.(((((.((.((....)).))..)))))))......))))).))))..)))))..))))))............((((((((.(..(((..........)))....).))))))))))))))..)))))))))(((.(((((.((....))))))))))..)))))))..(((((..((.(....).)))))))..)))))..))).)))).))))).)))))......))))).))))))......(((.(((((...))))))))...(((....)))..(((....))).)))).)..)))))).).)))......))))...((((.(((.(........)..))))))))))).))))))))).))))....))))))).............((((.(((.....))).)))).))))).)))).(((((.....))))).))).)))))))))..))))....(((((...((.((.(((((((.((((((((((((.(((((.........(.(((((.(((((..............((((..(((((..........((((.((((((.((......)).))))))..)))))))))..)))).....((((((...((((((((...(((((((...(.((((((((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).)))(((.....)))..))))).).)))))))))))))))...)))))).....))))).))))))..............(((((..((((..(((((((((..((.(...((..(((((((((............)))))))))..))...).)).)).)))))))(((.....)))))))..)))))))))))))).)))))))).))))))).))...(((((((((....))))))))).((.((.(((.(((((.......)))))))))).))...........))...))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((.(({{(((.{((.(((...({.((.((.{(....)).)).}),)}}))))).)))}},|(((((((((.((((((((,,(((((((((((.((((((.(((((((((((....{(((((........)))))},((((..(((.((.(((({{((..((((((((((..,....,..)))).)))))).))))))).)).))}))))))))))))))).))))))((((((((,{{{{{(({(,{((((((({{((({((({......))))).))}|(((((((...))))))))))))))))}).)).},,(((((((..{(((((((((((((((((.{{({(((,,,,(((((.{({((,,{((((({{(({(({{{..|||,,,.)),)))}|{{{({{{.(((((((((((((.((((....(((((((((((....))))),......})))))...))))..))))|(((((((((.((((((,.(..(({({(((((((,.(,(,..,{|...,}|}})))....}|.|)))..},.)))||)).)))))))))|,,,,.(((((({...{{((({,,.{(({{{.{{,{{{,,.,))),,|||||..|||,||.,,,.,,.}}},|,,||}}|,))})}|......})).)))))}.|{((({....(((.((((((|.(((((.((.(((.....))).)).))))).,.)))))))))}))))).}}}}}}..,)}})))),)}))))))).}))}|....(((((((((((,,,...((((((((((..((..,........}.))..)))))).))))...,))))).)))))))))}),)))).)..))))),}).))).,....)))).,.((((.(((.(........,,,))))))))))).))))))))).))))}}..))))))).........))).((((.(((.....))).)))).))))).)))}.(((((.....))))).))).)))))}}))..)))).,.}))|(({{...,)),|((((((.(((((((({{((,((((({..,{{,{..,((({(,{((((,,...,{{({{.{{(((({.((((((.{{{{..({.....|},,))}}.}}},,,|,|||||,},,|,,,}|||{,.|||}...,}|||||{,,.{{||{||||..{((((({...,.|||{{|((.((.((.((.{{.||.}}.)).)),)).))}))}),}|||}}}},)))}.))}||{|,}}}}|||||||||||,,,}}}}}},..}})}|||,}}})),}............,{((({..{{|{..{{{{{||||,,||,|..,||,,(((((((((............)))))))))..}}...}.}}.|||||}}}})|||,....}}))))}.,)))}))))}))))).)))))))).))))))|({(((.(((((((((....)))))))))},)).))}},..))))))))}.{{{|,||....}))})}..............)))).
Back