Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001271610.2
Sequence Length
1394 nt
GC Content
0.6162
GCCCACAACCAAGAUGGCUGAGGAGAGGGCGGAAGUGUCCGCACGUCGGGCCUCCGAGGCUUCUCUUUCUCCCCUGGCGGUCCGGCUCUCGAUGGUGGCGUGACGGGGGCGGGGGUGGCGGCGCGUUCUCCUCGGUUGGGAGGGAACCAGCCCGCGAACCCAGGCCGGGAGGGGGGUUCGGCCUGGGGGGGAAGGGACUGACAUGUCUCUCGAAGACCCCUUUUUUGUAGUCCGAGGCGAGGUGCAGAAGGCGGUGAACACGGCCCGCGGGCUGUACCAGCGCUGGUGCGAGCUCCUGCAGGAAAGCGCGGCGGUCGGACGCGAGGAGCUGGACUGGACGACCAAUGAGCUGCGGAAUGGCCUGCGCAGCAUCGAGUGGGACCUCGAGGACCUGGAAGAGACCAUCGGUAUAGUGGAAGCCAACCCAGGCAAGUUCAAGCUCCCAGCCGGGGACCUGCAGGAGAGAAAGGUGUUCGUGGAGCGGAUGCGAGAGGCAGUCCAGGAAAUGAAGGACCAUAUGGUCAGCCCAACAGCCGUAGCAUUUUUGGAGAGGAAUAACAGAGAGAUACUCGCAGGCAAGCCAGCUGCCCAGAAGUCACCCAGCGACCUGCUGGAUGCCAGCGCAGUCUCGGCCACAUCUCGCUACAUCGAGGAGCAGCAGGCCACACAGCAGCUGAUCAUGGAUGAACAGGAUCAACAGCUGGAGAUGGUGUCUGGGAGCAUCCAGGUUCUGAAGCACAUGUCCGGCCGCGUUGGAGAAGAGCUGGACGAGCAGGGCAUCAUGCUGGAUGCCUUCGCCCAAGAGAUGGACCACACCCAGUCCCGCAUGGACGGGGUCCUCAGGAAGUUGGCCAAAGUAUCCCACAUGACGAGUGGUGAGUCCCCUCAGGGGAGGGGUCAGUCCUGGUGGGGGCAGGUUGUAGGUGGUACCCUCUCCCCGUGACCCCUGACCUUCUCGUUCCCAGACCGCCGACAGUGGUGUGCCAUCGCCGUGCUAGUGGGGGUGCUUCUCCUCGUUCUCAUCUUACUAUUCUCUCUCUGACCCCAGCCCUCCCUGGCAGGCUGGUCCCUUAAGCCUGGGGAGCCACCAAGCACUUUGGAGCUGGCCUCGCCCCCUAGGAGGAGAGGGUCCCUCCUGGGUAGCUGGAGAGUAGAGGGUCCCGCCUGGGGAGCUGUCCCCAUGGCUCUCCCCUAGAGCCAGUGGGACCCUUCAGGACCCUGGGCUGGAACCACCACCACUGGUCCUGUCUCAAGUGCACUUAGGGGGUGGUGGAGGCAGGGACACCUGAGACACACCUGUCUCCAUUUCCAGUUCCAGGACCCCAAAGCCAUUUGCCCCUGUGCCUUAUACACGUGCCAACCUGGAAAUAAAAUGUCAGCCUUUUUUAUACGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-593.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -618.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 338.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((.((((((.(.....(((((....)))))..((((((((.((.(((.............))))).))))))))..((.(.(((((((((..(((.(((((((((((((.(.(((((((..((((..((((((.((((((.((...(((((((((((.......)))))))))))(((((.(((.(((....(.((((((((.(((.((((((((((((((..(((..(((((((...((((.(.......)))))...))))))).(((((..((((......))))....))))).(((......)))..(((((((((((((....)).....((((((.(......).)))))).(((((......)))))..((((((......)))..))).........(((......))).))))).))))))..)))..))).)))))))))))...))).)))).)))))((((((....(((.((...((........((((....))))..))..)).)))...))))))(((((((((((((..(((((((.((((((.((((..(((((.(.......(((.......)))).))))).)))).))).)))...(((........)))....(((((((.((((..((.((((((((((((((.((......)).))))...))))((.((((((((((((((((....(((((......(((..((((((((...........).)))))))(.((((((((((......)))))))).)).)..((((.((((((((((...((((((..((((..((((..(.....)..))))......((((((.......)))).))(.((((((....)))))).).))))..))))))...))).....))))).)).))))...)))......)))))....))))))))))((((......)))).)))))).))..))).)))))..)))).))))))).)))).)))...))))).))))))))...))))))))))).)).)))))))))))).)))).)))))))).))......(((((((((((((((.((((...)).)).))))...((((((((((.(((.((((...(((((((((((.((((((....))))))(((((((.....))))))))))))))))))(((((((...((.(((.....)))))...))))))))))).)))..)))))))))).((((((((((((...............)))))))))))).)))))))))))........)))....)))))))).)))....)))..))).)))).)).......).)))))).))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........{(((.((((((.(,,,,,(((((....))))).,((((((((.(({{((............,),))).))))))))}}||..{((({(((((..(((.(((((((((((((.(.(((((((..((((..(((((,,((((((..(((((((...((....}}.)))))))(((.(((((((..(((.((({{.(((((((((,,.(((,(((((((((({(((..{((..(((((((...((((,,....,.,|}}))...))))))).{{{{|,,||||..{{{{{|||{{..,,|,|{(({.{{{..}})},(((((((((((((....)).....((((((.(......).)))))).{((({.,,...)}}}}...(((((..,...{{{{,,,,...}}}}..,||...))}))}.})))),}))))),.)))}.),,))))))))))}}...}}}||||||}}.))||||||}}}}})))}},,}},....,...((((....)))).,|,...,.}},...}),,,.{((((((((((((..(((((((.{{{{((.(({{.,((((({{{...,..{,{..,,,|{},,..))))).)))).)}),))},,.|||.....,,.))}....(((((((.((((..((.((((((((((((((.((......)).))))}..,))|((.((((((((((((((((....(((((.....,(,{.,((((((({.,......,..).)))))))|.{{((((((((......)))))))).}},|..((({.((((({({(({.{((({{{..(|||{|(((,{{,.{{.....,,))..,}.,||||{(,,.....}))),),|,{(((||..}})|||||{|{}}}}..}|||||{.,||,.,,,.},}}),)),)})),,,))),},}},)))))....))))))))))((((,....})))).)))))).)),}))).)))))..)))).))))))).)))).)))...))))).)))))))}.)))..))))))).))).)))))))))))).)))).)))))))).))......{(((((((((({{{(,((((,,,||,||.}}}}..,||||||((((.(({.((((...(((((((((((.((((((....))))))(((((((.....))))))))))))))))))(((((((..,((.(((.....)))))...))))))))))).)))..)))))))))),}(((((((((((...............)))))))))))..))))))))))}........))),...)))))))).)))....))))})))).}},.,,.......,.)))))).)))}........
Back