Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001271832.2
Sequence Length
2553 nt
GC Content
0.5942
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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1111.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1157.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 622.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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