Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001271972.2
Sequence Length
2525 nt
GC Content
0.4709
CUCUCGAGUCACUCCGGCGCAGUGUUGGGACUGUCUGGGUAUCGGAAAGCAAGCCUACGUUGCUCACUAUUACGUAUAAUCCUUUUCUUUUCAAGAUGCCUGAGGAAGUGCACCAUGGAGAGGAGGAGGUGGAGACUUUUGCCUUUCAGGCAGAAAUUGCCCAACUCAUGUCCCUCAUCAUCAAUACCUUCUAUUCCAACAAGGAGAUUUUCCUUCGGGAGUUGAUCUCUAAUGCUUCUGAUGCCUUGGACAAGAUUCGCUAUGAGAGCCUGACAGACCCUUCGAAGUUGGACAGUGGUAAAGAGCUGAAAAUUGACAUCAUCCCCAACCCUCAGGAACGUACCCUGACUUUGGUAGACACAGGCAUUGGCAUGACCAAAGCUGAUCUCAUAAAUAAUUUGGGAACCAUUGCCAAGUCUGGUACUAAAGCAUUCAUGGAGGCUCUUCAGUUUGGUGUUGGCUUUUAUUCUGCCUACUUGGUGGCAGAGAAAGUGGUUGUGAUCACAAAGCACAACGAUGAUGAACAGUAUGCUUGGGAGUCUUCUGCUGGAGGUUCCUUCACUGUGCGUGCUGACCAUGGUGAGCCCAUUGGCAGGGGUACCAAAGUGAUCCUCCAUCUUAAAGAAGAUCAGACAGAGUACCUAGAAGAGAGGCGGGUCAAAGAAGUAGUGAAGAAGCAUUCUCAGUUCAUAGGCUAUCCCAUCACCCUUUAUUUGGAGAAGGAACGAGAGAAGGAAAUUAGUGAUGAUGAGGCAGAGGAAGAGAAAGGUGAGAAAGAAGAGGAAGAUAAAGAUGAUGAAGAAAAACCCAAGAUCGAAGAUGUGGGUUCAGAUGAGGAGGAUGACAGCGGUAAGGAUAAGAAGAAGAAAACUAAGAAGAUCAAAGAGAAAUACAUUGAUCAGGAAGAACUAAACAAGACCAAGCCUAUUUGGACCAGAAACCCUGAUGACAUCACCCAAGAGGAGUAUGGAGAAUUCUACAAGAGCCUCACUAAUGACUGGGAAGACCACUUGGCAGUCAAGCACUUUUCUGUAGAAGGUCAGUUGGAAUUCAGGGCAUUGCUAUUUAUUCCUCGUCGGGCUCCCUUUGACCUUUUUGAGAACAAGAAGAAAAAGAACAACAUCAAACUCUAUGUCCGCCGUGUGUUCAUCAUGGACAGCUGUGAUGAGUUGAUACCAGAGUAUCUCAAUUUUAUCCGUGGUGUGGUUGACUCUGAGGAUCUGCCCCUGAACAUCUCCCGAGAAAUGCUCCAGCAGAGCAAAAUCUUGAAAGUCAUUCGCAAAAACAUUGUUAAGAAGUGCCUUGAGCUCUUCUCUGAGCUGGCAGAAGACAAGGAGAAUUACAAGAAAUUCUAUGAGGCAUUCUCUAAAAAUCUCAAGCUUGGAAUCCACGAAGACUCCACUAACCGCCGCCGCCUGUCUGAGCUGCUGCGCUAUCAUACCUCCCAGUCUGGAGAUGAGAUGACAUCUCUGUCAGAGUAUGUUUCUCGCAUGAAGGAGACACAGAAGUCCAUCUAUUACAUCACUGGUGAGAGCAAAGAGCAGGUGGCCAACUCAGCUUUUGUGGAGCGAGUGCGGAAACGGGGCUUCGAGGUGGUAUAUAUGACCGAGCCCAUUGACGAGUACUGUGUGCAGCAGCUCAAGGAAUUUGAUGGGAAGAGCCUGGUCUCAGUUACCAAGGAGGGUCUGGAGCUGCCUGAGGAUGAGGAGGAGAAGAAGAAGAUGGAAGAGAGCAAGGCAAAGUUUGAGAACCUCUGCAAGCUCAUGAAAGAAAUCUUAGAUAAGAAGGUUGAGAAGGUGACAAUCUCCAAUAGACUUGUGUCUUCACCUUGCUGCAUUGUGACCAGCACCUACGGCUGGACAGCCAAUAUGGAGCGGAUCAUGAAAGCCCAGGCACUUCGGGACAACUCCACCAUGGGCUAUAUGAUGGCCAAAAAGCACCUGGAGAUCAACCCUGACCACCCCAUUGUGGAGACGCUGCGGCAGAAGGCUGAGGCCGACAAGAAUGAUAAGGCAGUUAAGGACCUGGUGGUGCUGCUGUUUGAAACCGCCCUGCUAUCUUCUGGCUUUUCCCUUGAGGAUCCCCAGACCCACUCCAACCGCAUCUAUCGCAUGAUCAAGCUAGGUCUAGGUAUUGAUGAAGAUGAAGUGGCAGCAGAGGAACCCAAUGCUGCAGUUCCUGAUGAGAUCCCCCCUCUCGAGGGCGAUGAGGAUGCGUCUCGCAUGGAAGAAGUCGAUUAGGUUAGGAGUUCAUAGUUGGAAAACUUGUGCCCUUGUAUAGUGUCCCCAUGGGCUCCCACUGCAGCCUCGAGUGCCCCUGUCCCACCUGGCUCCCCCUGCUGGUGUCUAGUGUUUUUUUCCCUCUCCUGUCCUUGUGUUGAAGGCAGUAAACUAAGGGUGUCAAGCCCCAUUCCCUCUCUACUCUUGACAGCAGGAUUGGAUGUUGUGUAUUGUGGUUUAUUUUAUUUUCUUCAUUUUGUUCUGAAAUUAAAGUAUGCAAAAUAAAGAAUAUGCCGUUUUUAUACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-746.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -794.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 952.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...(((((((((.(((((......)))))))))(((..((..(((((.......)))))..))..))).......((((((((((((....(((((.....)).))).....))))))))))))(((.((.((((((((...)))))))).))..))).(((.((..(((((((((((.((((((((.(((......(((((((((((....))))..)))))))...(((.((..(((((((..(((..((((....(((.(.((...)).).))))))).)))..))).)))).))))).....((((.(((((((.((((((((((((.......)))))(((((((..((.(((((.(((((((..(((((.................)))))..)....))))))))))))))))))))......(((((...)))))....)).)))))(((((..((((((........)))))))))))..((((((.........)))))))))))))..)))).....(((((((((...((((((((((.(((((((((((.(.(((.((((((.....))).)))))).))))).....((((((.((.((((..((....((.....))....))..))))..)).)))))).......))))))).))).))).))))....))))..)))))....(((((.......)))))...)))))))))....)).)))))))))))))))).........)))))....).))))....(((((((((.........((((((..(((...))).)))))).....((((.(((((.(((((..((((((((((.(((((((((......((((((.(.......).))))))((......))........((((......))))..(((.....)))..(((((.......((((....((((((((.........((((((....((((((..(((....)))..)))))).....((((((((...((.((((..(((.(((((((((((.((..............(((((((((((...(((((((....)))))))..))))..((((.(((.((....((((((..(((....)))..))))))...))..)))))))....(((((....((((((.((((...)))).))))))))))).)))...))))..(((...((..(((((..(((((.....)))))...)))))..))...)))((((.....))))..)).))))))))))).)))...)))).)).)))))))).....((((((......)))))).))))))))))))))....)))).....((((.((......)).)))).........(((((((((((..(((((...))........((((((((.....(((((((((((.(((.((((....(((((.....))))).....)))).))).)).)))))....))))))))).))))))..))).)))))))).....((((....(.(((((.((((.(((...(((((((((((((.(((............(((((...(((((.((.((.((....)).)).)).))))))))))...(((((((((...........(((((((((((.(...(((.(((....(((((((....(((((((.......((((.(((...((((((((...))).)))))((((((....((((((.......))))))...(((((((...........((((....)))))))))))(((.(((..((.(((((.......))))).))......))).)))...))))))..(((..(((.((((.......((((((.(((((.....((((..(((.........)))..))))...........))))).))))))..((....)).)))))))..)))..............(((((((..((.(((....))).)))))))))......))).)))))))))))..)))))))))).)))...)))))))))..))).((..(((((.(((((..(((.((......)).)))..)).))))))))..)).((((((..((...))..))))))..((((((.((((((.(..(((((((....))).))))..).)))))))).))))......))))))))).(((((((((....(((..(((.((((....))))))).)))..)))))))))...))).)))))))).)))))..))))).)).))))))...)))))))))....)))))))))..)))..))))))).))))).((........))..((((.....))))))))))))).((((.....((((((........)))))).....)))).......(((.(((((.(((((((.((........))...))))))).))))).))).)))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{({(,,.{{{{,((((.(((((......)))))))))|{{.,|{..(((((.,....,)))))..}}..}}},,...,,((((((((((((,.{.(((((.....)).))).}.,|||}|||}}||||{{{.,|,(((((((({{,,||||},,.})}}),..(((.({,,(((((((((((.{{((((((.{((,.....(((({{{{(((,,..)))}..}}}}}}}.,,{({{{{,,{((((({{{{.,{{{(((((,{{,{{({((,.,,{{,,{{{{,,,{{||{.||{{|||...||}},,....||,.,|||||{.|||||,,(((((.......)))))(((((((,.{(.(((((.(((((({,.(((((.....,...........)))))..,.,,.))))))))))))))))))))......,|{{{|,|}}}}|,,.,}},}}}}|(((({.,((((((........)))))))))))|.((((((.........))))))})}}}}}..||||{{||,,((((({(({{.,,,}}))}}))}}{{{{{{{|}||,|||,|))}|}}},{{|}...))),,{{{|{|{....(((((,{(,.,,,,...|}.}}||}....),}}}}))..}}}}..)),))))),.....}}}})}}}},}}},})}||.}}|},.}})},.}}|||.,..{{,,,...,}}.)),)),..})}))))))....,,.)))))))))))))))),..,,}}},))))),,..},,|||{{{,((({{{{(({,,,.....((((((..(((...))).)))))).,{{.((((.(((((.(((((,,{(((((({({.({{({{{{{......((((((.{.......}.)))))),(,.....},......,.(((({....,}}))..(((....,}|}.,{,,.,,,.,||.{,{(,{,.((((({{({{,...,||((((({,...((((((..{((....}}|..)))))},,,,,,{{{{{||,||(({((((..(((.{,((((((,,..||....|||||,.{{,(({{{{|{{{|,,.(((((((....)))))))....,|,.,.,{,{,..,{....{||{{{,.{{{|,|||||,{||||,}.,,}}|||||||||{{{(,,,.|}},,,||,,|.||||,{||||},||||||||||}|||.,,|||}}..{{,...{{..(((((..(((((.....)))))...)))))..)),,,))}|{{,.....||||,..|,|||||||}|||{|||...||))|)}.}}}||,},...,,((((((......}))))).})}))})))))))}....||||,,,|||{({.{{......)}.))),,,..,{{,.{{{{(((|||(..(((|{{|{{{..,,,|.,{(({,,||,,}||{{{{{{{{{{{|||||{{{|,...|||{{|||,|}}|||..,,,}}||,|||.}}|||}}}..,.|,,,,}})),)}}}||..}}||}})))))}..,,,{{((,,,.|.|{{{|.{||{.||{.|,(((((((((((((,(({....,{||||||(((((,,,{{{{{,({,{|,||,},,)),)},}}.,}}})})))}..,.{{{|||||,,,..|,||,.{{,{{{((({{.{,,.(((.{((....||{(({{.||.{{{{{,{{|,,|,,|{({.{{|..|{{{|{{{|..,}}),)|}))}|,.,.,,,...{{{{......,},}||||,|{{{{{,,..,}}}}....,,,({{{{|}||||||||{((({((,{(({.(((((.,....,))))).,,,{|{..|||{,|}|{.{{{,|,..|||||||}.|||}|{|,,..,|||,,..,|(((({{...})}}}}.....}..}}))),}.))).,,.,}}}},}.)))).}))),.}))}})))))},,))).}))))}),))})).,,,...{((((((..((.(((....))).)))))))))......)))}))))})))))),.)))))))))).)))..,,)))))}}},||}|{,{..(((({,((,{,.,(((.,,...,},),.)))..})})),,)})).,}}|((((((..((...))..))))))..((((((.((((((.{..(((((((....))).))))..}.)))))))).)))}....,,.,,,,}},,.(((((((((.{..(((..(({{((((....))))))).)))..))))))))).}})}}.)))))))).))))),,)})))}}).))))),...)))))))))).}}))))))))),.))),,))))))),})))).{{........}}..((((.....))))))))))))),||{{,,,,,{{{{{|,,,....,)))))).,,..)))},.,,,,,||}}|||||}{|{{(((.{{........}}...})}})}}.,}}}}.,,,,})}}})))}.,.
Back