Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001272043.2
Sequence Length
4238 nt
GC Content
0.3740
GCACUGAGCCUAAGCAGCCGGUGAUGGCGGCAGCGGCUGUGGUGGCUGCGGCGGGUCCGGGCCCAUGAGGCGACGAAGGAGGCGGGACGGCUUUUACCCAGCCCCGGACUUCCGAGACAGGGAAGCUGAGGACAUGGCAGGAGUGUUUGACAUAGACCUGGACCAGCCAGAGGACGCGGGCUCUGAGGAUGAGCUGGAGGAGGGGGGUCAGUUAAAUGAAAGCAUGGACCAUGGGGGAGUUGGACCAUAUGAACUUGGCAUGGAACAUUGUGAGAAAUUUGAAAUCUCAGAAACUAGUGUGAACAGAGGGCCAGAAAAAAUCAGACCAGAAUGUUUUGAGCUACUUCGGGUACUUGGUAAAGGGGGCUAUGGAAAGGUUUUUCAAGUACGAAAAGUAACAGGAGCAAAUACUGGGAAAAUAUUUGCCAUGAAGGUGCUUAAAAAGGCAAUGAUAGUAAGAAAUGCUAAAGAUACAGCUCAUACAAAAGCAGAACGGAAUAUUCUGGAGGAAGUAAAGCAUCCCUUCAUCGUGGAUUUAAUUUAUGCCUUUCAGACUGGUGGAAAACUCUACCUCAUCCUUGAGUAUCUCAGUGGAGGAGAACUAUUUAUGCAGUUAGAAAGAGAGGGAAUAUUUAUGGAAGACACUGCCUGCUUUUACUUGGCAGAAAUCUCCAUGGCUUUGGGGCAUUUACAUCAAAAGGGGAUCAUCUACAGAGACCUGAAGCCGGAGAAUAUCAUGCUUAAUCACCAAGGUCAUGUGAAACUAACAGACUUUGGACUAUGCAAAGAAUCUAUUCAUGAUGGAACAGUCACACACACAUUUUGUGGAACAAUAGAAUACAUGGCCCCUGAAAUCUUGAUGAGAAGUGGCCACAAUCGUGCUGUGGAUUGGUGGAGUUUGGGAGCAUUAAUGUAUGACAUGCUGACUGGAGCACCCCCAUUCACUGGGGAGAAUAGAAAGAAAACAAUUGACAAAAUCCUCAAAUGUAAACUCAAUUUGCCUCCCUACCUCACACAAGAAGCCAGAGAUCUGCUUAAAAAGCUGCUGAAAAGAAAUGCUGCUUCUCGUCUGGGAGCUGGUCCUGGGGACGCUGGAGAAGUUCAAGCUCAUCCAUUCUUUAGACACAUUAACUGGGAAGAACUUCUGGCUCGAAAGGUGGAGCCCCCCUUUAAACCUCUGUUGCAAUCUGAAGAGGAUGUAAGUCAGUUUGAUUCCAAGUUUACACGUCAGACACCUGUCGACAGCCCAGAUGACUCAACUCUCAGUGAAAGUGCCAAUCAGGUCUUUCUGGGUUUUACAUAUGUGGCUCCAUCUGUACUUGAAAGUGUGAAAGAAAAGUUUUCCUUUGAACCAAAAAUCCGAUCACCUCGAAGAUUUAUUGGCAGCCCACGAACACCUGUCAGUACUGCUAUGUGCUAAGCUUAACUGGAAGCCUUGGAAUGGGCAUAAGUUGUAUGUCCUACAUUUCAUCAUUGUCCCGGGCCUGCAUUGCACUGGAAAAAAAAAUCGCCACCUGUUCUUACACCAGUAUUUGGUUCAAGACACCAAAUGUCUUCAGCCCAUGGCUGAAGAACAACAGAAGAGAGUCAGGAUAAAAAAUACAUACUGUGGUCGGCAAGGUGAGGGAGAUAGGGAUAUCCAGGGGAAGAGGGUGUUGCUGUGGCCCACUCUCUGUCUAAUCUCUUUACAGCAAAUUGGUAAGAUUUUCAGUUUUACUUCUUUCUACUGUUUCUGCUGUCUACCUUCCUUAUAUUUUUUUCCUCAACAGUUUUAAAAAGAAAAAAAGGUCUAUUUUUUUUUCUCCUAUACUUGGGCUACAUUUUUUGAUUGUAAAAAUAUUUGAUGGCCUUUUGAUGAAUGUCUUCCACAGUAAAGAAAACUUAGUGGCUUAAUUUAGGAAACAUGUUAACAGGACACUAUGUUUUUGAAAUUGUAACAAAAUCUACAUAAAUGAUUUACAGGUUAAAAGAAUAAAAAUAAAGGUAACUUUACCUUUCUUAAAUAUUUCCUGCCUUAAAGAGAGCAUUUCCAUGACUUUAGCUGGUGAAAGGGUUUAAUAUCUGCAGAGCUUUAUAAAAAUAUAUUUCAGUGCAUACUGGUAUAAUAGAUGAUCAUGCAGUUGCAGUUGAGUUGUAUCACCUUUUUUGUUUGUCUUUUAUAAUGUCUUCAGUCUGAGUGUGCAAAGUCAAUUUGUAAUAUUUUGCAACCCUAGGAUUUUUUUAAAUAGAUGCUGCUUGCUAUGUUUUCAAACCUUUUUGAGCCAUAGGAUCCAAGCCAUAAAAUUCUUUAUGCAUGUUGAAUUCAGUCAGAAAAGAGCAAGGCUUUGCUUUUUGAAAUUGCAACUCAAAUGAGAUGGGAUGAAAUCCUAUGACAGUAAGCAAAAACAGAACCAUGAAAAAUGAUUGGACAUACACCUUUUCAAUUGUGGCAAUAAUUGAAAGAAUCGAUAAAAGUUCAUCUUUGGACAGAAAGCCUUUAAAAAAAAAAUCACUCCCUCUUCCCCCUCCUCCCUUAUUGCAGCAGCCUACUGAGAACUUUGACUGUUGCUGGUAAAUUAGAAGCUACAAUAAUAAUUAAGGGCAGAAAUUAUACUUAAAAAGUGCAGAUCCUUGUUCUUUGACAAUUUGUGAUGUCUGAAAAAACAGAACCCGAAAAGCUAUGGUGAUAUGUACAGGCAUUAUUUCAGACUGUAAAUGGCUUGUGAUACUCUUGAUACUUGUUUUCAAAUAUGUUUACUAACUGUAGUGUUGACUGCCUGACCAAAUUCCAGUGAAACUUAUACACCAAAAUAUUCUUCCUAGGUCCUAUUUGCUAGUAACAUGAGCACUGUGAUUGGCUGGCUAUAACCACCCCAGUUAAACCAUUUUCAUAAUUAGUAGUGCCAGCAAUAGUGGCAAACACUGCAACUUUUCUGCAUAAAAAGCAUUAAUUGCACAGCUACCAUCCACACAAAUACAUAGUUUUUCUGACUUCACAUUUAUUAAGUGAAAUUUAUUUCCCAUGCUGUGGAAAGUUUAUUGAGAACUUGUUUCAUAAAUGGAUAUCCCUACUAUGACUGUGAAAACAUGUCAAGUGUCACAUUAGUGUCACAGACAGAAAGCACACACCUAUGCAAUAUGGCUUAUCUAUAUUUAUUUGUAAAAAUCCAAGCAUAGUUUAAAAUAUGAUGUCGAUAUUACUAGUCUUGAGUUUCUAAGAGGGUUCUUUAUGUUAUACCAGGUAAGUGUAUAAAAGAGAUUAAGUGCUUUUUUUUCAUCACUUGAUUAUUUUCUUUAAAAUCAGCUAUUACAGGAUAUUUUUUUAUUUUAUACAUGCUGUUUUUUAAUUAAAAUAUAAUCACUGAAGUUUACUAAUUUGAUUUUAUAAGGUUUGUAGCAUUACAGAAUAACUAAACUGGGAUUUAUAAACCAGCUGUGAUUAACAAUGUAAAGUAUUAAUUAUUGAACUUUGAACCAGAUUUUUAGGAAAAUUAUGUUCUUUUUCCCCCUUUAUGGUCUUAACUAAUUUGAAUCCUUCAAGAAGGAUUUUUCCAUACUAUUUUUUAAGAUAGAAGAUAAUUUGUGGGCAGGGGUGGAGGAUGCAUGUAUGAUACUCCAUAAAUUCAACAUUCUUUACUAUAGGUAAUGAAUGAUUAUAAACAAGAUGCAUCUUAGAUAGUAUUAAUAUACUGAGCCUUGGAUUAUAUAUUUAAUAUAGGACCUAUUUUGAAUAUUCAGUUAAUCAUAUGGUUCCUAGCUUACAAGGGCUAGAUCUAAGAUUAUUCCCAUGAGAAAUGUUGAAUUUAUGAAGAAUAGAUUUUAAGGCUUUGAAAAUGGUUAAUUUCUCAAAAACAUCAAUGUCCAAACAUCUACCUUUUUUCAUAGGAGUAGACACUAGCAAGCUGGACAAACUAUCACAAAAGUAUUUGUCACACAUAACCUGUGGUCUGUUGCUGAUUAAUACAGUACUUUUUCUUGUGUGAUUCUUAACAUUAUAGCACAAGUAUUAUCUCAGUGGAUUAUCCGGAAUAACAUCUGAAAGAUGGGUUCAUCUAUGUUUGUGUUUGCUCUUUAAACUAUUGUUUCUCCUAUCCCAAGUUCGCUUUGCAUCUAUCAGUAAAUAAAAUUCUUCAGCUGCCUUAUUAGGAGUGCUAUGAGGGUAACACCUGUUCUGCUUUUCAUCUUGUAUUUAGUUGACUGUAUUAUUUGAUUUCGGAUUGAAUGAAUGUAAAUAGAAAUUAAAUGCAAAUUUGAAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1075.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1156.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 1117.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((.....(((.(.(((.((.(((((.((....)).))))).))..)))).))).....))))((.((..((((((((((((...((((((...(((((.(((((.......)))))))).)).(((((((((((((((..((((..(((((((((((((((((..(.(((((((((..((((((..(((((((((((.(((......)))....(((..(((((...(((((.(......).)))))..)))))..)))(.(((((.........))))).).(((((.(((..(.(((((((((((....((......))...))))).))).))).)..)))))))).(((((((...(((((((((((((....(((.....)))......(((((((.(.....).)))))))...((((((((((....)))).....(((((.....)))))..(((((((((((.....................((((((((..(((((..(((((......).))))....)))))..))))))))..((((((....))))))((.((((((((...))))).))).))(((((.(((((.((((((((.....((((((((((((.(((((((((((((...........)))))(((((((((......))))).)))).((((((((((..((((((((.(((((((((((((..((.....))..)))).....((((((((.(((.......))))))))))).............((((((...)))))).(((((.((((((((((((((......)))))))...(((((.((....((.....))..)).))))).....))).)))))))))((((((...(((((((...((((...))))(((......)))..(((((.....)))))..............(((.((((........)))).)))..........)).)))))...))).)))...((((.((....))))))...((((.((...........)).)))).(((.(((((((.(((((((((((((..(((((....((((((((((((..((((((((.....((((.(((..........(((((........)))))..........)))..))))...)))))))))))))......)))))))))))).))).....(((.(((....))))))..)))))..))).)).))))))))))..........))))))))).))))(((((((.(((((((.(((..((((.((((((.(((((((((((.((((......)))).......((((((((.....((...(((((((((...........)))))))))...))..((((...((....((((......(((((((((((((.....)))))))...))))))........))))....))...))))(((............)))(((((((((.......((((((((.......))))))))(((((((((...))))))))).........))))).))))................))))))))....(((((((((.(((((....))((((((((((((((..((....)).))))))))......)))))).((((((....(((((((((...)))))))))...............))))))))).))))))))).))))))))....))).))))))..((((((((((......))))))))))..))))..))))))))))........))))))).....))))..))))))))))..))))))))(((((...((((((.(((((.(((...((((........)))).))).))))).))))))...)))))....(((((.........))))).....................(((((((....)))))))..))))))))))))(((((...))).))...........)))))))))))))..))))).....((((((.((............(((.(((((....))))).)))............))..)))))).)))))))))))))))))(((((((....(((((..((((((((...(((((.(((((..((...((((((....))))))....((.((((........)))).))((((((((((..((((((....)))))).)))))....)))))((((((....))))))....((((......)))).(((((((((....)))))))))))..))))))))))..))))(((((((...))))))))))))))))...))))))).(((...........))).........(((((((((((....)))))))))))...........(((((....))))).))))))))))..........)))..)))))))))))))))))))))))).))).)))))...).)..)))))......))))))...(((((...(((((........((((((((..(((.(((((...)))))..)))..)))))))).......)))))...)))))......(((((((((((..(..(((((((((..(((..(((.((((.(((((((...(((.((((((((((..(((((((((.......((((((((..((((((..(((......(((.(.((((..(((((((.......(((....(((((.(((....)))...)))))....))).......))))).))))))).)))......)))..)))))).................(((((....(((((((((........((((.......)))).......)))).)))))...)))))......((((....((((((......((..((.((((((((((((..(((..((((.((((...)))).))))..)))....)))))....)))))))))..))...))))))..)))).)))))))))))))))))....)))))))))).......(((........)))(((((((.....))))))).............)))...))))))).))))))).)))..))))))))).....)..)))).....)))))))..........))))))(((((...(((((((........))))))).....)))))(((((((((..((((((.((((...((.((((((......)))))).))...))))..))))))..)))..))))))...((((((((.(((((..((((((((.(((((((((.((..(((..........)))..)))))))))))...(((.....))).))))))))...))))).))))))))((((..((((((....))))))..)))).(((((((((((..((((....))))....((((((((....)))))))).((((((.(((((((((...)))))))))...)))))).))))).))))))...))))..))))))))(((((((((((((((((........(((((.....)))))......((((.((((((((((((((....)))))(((((...(((((.((((((((.((((...)))).)))))))).....)))))....)))))(((((((....)))))))))))))))))))).....))).))))))))))))))(((((((((((.((..(((.((((...((................)))))).)))..)).)))))...))))))..((((((((((((.((((((.(((((...((((((((((....)))))..((((.....))))((((...(((((.((((((...........((((((................))))))))))))..)))))))))....((((......))))...)))))))))).)).)))).)))))))))))).((((....))))((((((....(((...(((((((........))))............)))...)))..))))))))))))).))))))...)))))))))))))).))((((((((((((..((((.((((.....(((.....))).....)))))))).))))))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,...((((..,,.((({(.(,(.((.(((((.((....)).))))).)).}|})).))).....})))...{,.,((((((((((((...((((((..,(,(((.(((((.......)))))))).)).(((((((((((((((..((((..(((((((((((((((((..(.,((((((((..((((((..((((((((((({(({,,,...}},..,},|,,,||,,((((((((({{.{{,..{,|||||,{|||||.,|,{(.(((((.........))))).),.{{{{|||,.,|,{{(((({{{,,....((,,,{,,||.,{|||||.||{{{{|...{{{{{|(|,..,{((({({.,,.,,||||||||}}}}|||...,}))}.,..||(((,,{,,{{{.,,,.,,}))})},,|,{{{|||||..,,|||||....(((((.....)))))..(((((((((((.,,....(({{...,,.....((((((((..(((((..(((((......}.))))....)))))..))))))))..((((((....))))))((.((((((((...))))).))).)){((((.{(({{.((((({{{{{{..((((((((((((,((((((({(((((...........))))){((((((((......))))).)))}.((((((((((..{((({{{{.(({{{{||{{{((,.((,....}}.,||,|.....((((((((.(((.......)))))))))))..,..}},..,..{(((({...)))))).(((((.((((((({{(((((......)))))}}...{((((.((....((.....)),,)).))))}.....))).)))))))))((((((...(((((((...,{{,...}}}|(((......))),.(((((.....)))))..........,...(((.((((........)))).))).....,....)),}))))...))).)))...((({{((....}}}}}}...,{{(.{(,....,,....)),}}}},{({.((((({(.{((((((((({{{,,(((((....((((((((((((..((((((((.....{(((.(((...,......(((((........))))).....,,...})},.))))...)))))))))))))......))))))))}))),))}.....(((.(((....)))))).,|||||,.}||,}}.}}}}}))})}.,,,},...,}}))))}}),)))}||,{{{{.{(({({{,{|{..({({.{{{{{{.{{{{{,,{{{{,{{{{,,.,,,|}}|,,,,,,,(((({{{{.,,,..}}},|,|{(((((...,.......}}))}|||},.|||..{{{{..,((....{|{{,,}...||{{{|(((((((.....))))))}..,}))}}},,,.,,},}})),...))...}}|}{((............}},{((((((((.,,,,,|{{((((((.......))))))}|(((((((((...))))))))).,.......}}))},})}},.............,,}))}}})),,,|{|(((({(({((((({....|((((((((((((((..((....)).)))))))).,,...,,,,,,.{{{{|{{{.,((((((({....}}}}}}))),,}})}},))).,},)})))))},})))))))},.,,}))))),}},})}.}}}}},..((((((((((,....,))))))))))..}}}}..)}))))})}}.,,,,...,}}}}}},....}))),,))))))))))..))))))))|((((...((((((.(((((.(((...{(((......,.)))).))).))))).))))))...))))|....{((((.........)))))....,,,..............(((((((....)))))))..)))))))))))),,|||...|||,}|,,.}}..}}.,))))))))))))),.))))}....,||||{{,||,,{{{.....||||,,||{{(|||.|||}}||}}}}.,,.,,,,,}})}}}}))}}}))))))))))).,,,,|{{{{{{{|||||||{{..{{{{|{{{.,,(((((.(((((..({,..{{((({....)))))}....{{,((((........})}}.}|((((((((((..((((({....}))))).})))}.,..}}}}}((((({....})))))...,{(({...,..|}},.{{(((((((....)))))))))))..}))))))}}}..))))|||{{{|...))))))))}}))))))},.,}}}}},..{{{.....}}}..,}},,,,.},.,{((((((((((....))))))))))}...........(((((....))))).,,,}))})))..........,,)))))))).,))))))))))))))))).))).)))))...}.)..)))))......))))))...(((((...(((((........((((((((..{((.(((({...}))))..}}}..)))))))).......)))))...)))))...,,,(((((((,,,{.,,..(((((((((..(((..(({{((((.(((((((...(((.((((((((((..(((((((((.......((((((({..((((((..(((,{....(((.(.((((.,({(((((...{{{{(((..,.(((({.(((....)))...})))),...))}...}}}}))))).))))))).)))..,,}.)))..)))))).......,(((({..{((((((((((.,....,))))}.....((((,......|||,......|||..,.,)))...,,,....,,{,........,,.{(({,,...|||{((((.,.....,,)))}}.....,,,.{{{{..||||||||||{{...,,)))))},},}}}}}.}))),.....)))))),,..))))))))))))))))))))))....)))))))))}..,....(((........))){((((((.....))))))}..,,|,,......)))...))))))).))))))).)))..))))))))).,{{{|..,,,,,,,,,)))))))....,,,...)))))),((((...(((((((,.......})))))),,...))))|(((((((((..((((((.((((...,,.((((((......)))))).}}...))))..))))))..)))},}}}))),..((((((((.(((((..((((((((.{{{(((({{.(((,(((..........|||,.,},}}}}}})),,,|||,,,..))),))))))))...))))).))))))))((((..((((((....))))))..)))).((((((((((,..((((....)))}....((((((((....)))))))).{(((((.(((((((((...)))))))))...)))))}.))))).))))))..,))))..)))))))),{(((((((((((((((,,,,...||||{{,....,}},,......{({{.((((((((((((((....)))))(((((.,,(((((.((((((((.((((...)))).)))))))).....))))).,}.)))))(((((((....))))))))))))))))}}}),....)))}}}))))))))))||(((((((((((.{{..(((.((((..,({................,,)))).)))..}}.)))))...))))))},{(((((((((((.((((((.(((((...(((({,,,,,.||,|}}|||,(({{.....}}})||,|,,,{{{({.,{{{||,|,,,.....{((((((.,,..........,..)))))))}}}}}..|}}}}|||,..,,|{{{....,,|))}..,))))}))))).)).)))).)))))))))))}.{(((....)))}((((((....{{(,..(((((((........))))............))).,,}},..))))))))))))).))))))...))))))))))))||,,,((((((((((((..((((.(((({(.{{(({....,)))}.}}.)}}})))).))))))))))))....,......
Back