Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001272049.2
Sequence Length
2064 nt
GC Content
0.5727
GCUCUGGGAGUACGACAUGGCGCGCGAGCUGCGGGCGCUGCUGCUGUGGGGCCGCCGCCUGCGGCCUUUGCUGCGGGCGCCGGCGCUGGCGGCCGUGCCGGGAGGUUCCACUUCCAAACAUGAGUUCCAGGCCGAGACAAAGAAGCUUUUGGACAUUGUUGCCCGGUCCCUGUACUCAGAAAAAGAGGUGUUUAUACGGGAGCUGAUCUCCAAUGCCAGCGAUGCCUUGGAAAAACUGCGUCACAAACUGGUGUCUGACGGCCAAGCACUGCCAGAAAUGGAGAUUCACUUGCAGACCAAUGCCGAGAAAGGCACCAUCACCAUCCAGGAUACUGGUAUCGGGAUGACACAGGAAGAGCUGGUGUCCAACCUGGGGACGAUUGCCAGAUCGGGGUCAAAGGCCUUCCUGGAUGCUCUGCAGAACCAGGCUGAGGCCAGCAGCAAGAUCAUCGGCCAGUUUGGAGUGGGUUUCUACUCAGCUUUCAUGGUGGCUGACAGAGUGGAGGUCUAUUCCCGCUCGGCAGCCCCGGGGAGCCUGGGUUACCAGUGGCUUUCAGAUGGUUCUGGAGUGUUUGAAAUCGCCGAAGCUUCGGGAGUUAGAACCGGGACAAAAAUCAUCAUCCACCUGAAAUCCGACUGCAAGGAGUUUUCCAGCGAGGCCCGGGUGCGAGAUGUGGUAACGAAGUACAGCAACUUCGUCAGCUUCCCCUUGUACUUGAAUGGAAGGCGGAUGAACACCUUGCAGGCCAUCUGGAUGAUGGACCCCAAGGAUGUCCGUGAGUGGCAACAUGAGGAGUUCUACCGCUACGUCGCGCAGGCUCACGACAAGCCCCGCUACACCCUGCACUAUAAGACGGACGCACCGCUCAACAUCCGCAGCAUCUUCUACGUGCCCGACAUGAAACCGUCCAUGUUUGAUGUGAGCCGGGAGCUGGGCUCCAGCGUUGCACUGUACAGCCGCAAAGUCCUCAUCCAGACCAAGGCCACGGACAUCCUGCCCAAGUGGCUGCGCUUCAUCCGAGGUGUGGUGGACAGUGAGGACAUUCCCCUGAACCUCAGCCGGGAGCUGCUGCAGGAGAGCGCACUCAUCAGGAAACUCCGGGACGUUUUACAGCAGAGGCUGAUCAAAUUCUUCAUUGACCAGAGUAAAAAAGAUGCUGAGAAGUAUGCAAAGUUUUUUGAAGAUUACGGCCUGUUCAUGCGGGAGGGCAUUGUGACCGCCACCGAGCAGGAGGUCAAGGAGGACAUAGCAAAGCUGCUGCGCUACGAGUCCUCGGCGCUGCCCUCCGGGCAGCUAACCAGCCUCUCAGAAUACGCCAGCCGCAUGCGGGCCGGCACCCGCAACAUCUACUACCUGUGCGCCCCCAACCGUCACCUGGCAGAGCACUCACCCUACUAUGAGGCCAUGAAGAAGAAAGACACAGAGGUUCUCUUCUGCUUUGAGCAGUUUGAUGAGCUCACCCUGCUGCACCUUCGUGAGUUUGACAAGAAGAAGCUGAUCUCUGUGGAGACGGACAUAGUCGUGGAUCACUACAAGGAGGAGAAGUUUGAGGACAGGUCCCCAGCCGCCGAGUGCCUAUCAGAGAAGGAGACGGAGGAGCUCAUGGCCUGGAUGAGAAAUGUGCUGGGGUCGCGUGUCACCAACGUGAAGGUGACCCUCCGACUGGACACCCACCCUGCCAUGGUCACCGUGCUGGAGAUGGGGGCUGCCCGCCACUUCCUGCGCAUGCAGCAGCUGGCCAAGACCCAGGAGGAGCGCGCACAGCUCCUGCAGCCCACGCUGGAGAUCAACCCCAGGCACGCGCUCAUCAAGAAGCUGAAUCAGCUGCGCGCAAGCGAGCCUGGCCUGGCUCAGCUGCUGGUGGAUCAGAUAUACGAGAACGCCAUGAUUGCUGCUGGACUUGUUGACGACCCUAGGGCCAUGGUGGGCCGCUUGAAUGAGCUGCUUGUCAAGGCCCUGGAGCGACACUGACAGCCAGGGGGCCAGAAGGACUGACACCACAGAUGACAGCCCCACCUCCUUGAGCUUUAUUUACCUAAAUUUAAAGGUAUUUCUUAACCCGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-799.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -830.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 362.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((..((.((((((.(((.(((.((.((((((((.((...((((((((.....)))))))).)).)).)))))).))))).))))))))).))((((((...))))))........((((((((((..(((((..........(((((((.(((...(((((((((((((.......))).......)))))).((((...........))))(((((...(......).))))).....(((((.((((((...((((((((.(((((...(((((((((((((((((.((.((((......)))).((((.((((((((....)))).)).))))))...(((((((.(((..(((((...((((.((...)).))))....))).))..))))))))))..)).))))))...(((((((..((((...............))))))))))))))))))))))(((((((((((.(((.(((((.(.((((((.((.....)))))))).)))))))))))))).)))))).((((.((.....))..)))))))))))))))))...((.((((....))))))))))))))))).........(((((((((..((........((((((((.(((((((.((....((((((((((((..(.(((.(((((((......)))))))..))).)..))))))))))...))...))))).)))).))))))))..))..))))))))))))).))).)))))))(((((((((.....((.....))....))))).))))((((.((((...((((((((((((..(((((..........(((.....))).(((((((((((((((((((((.(((....(((........))).(((((((((....(((((.((((((((((((((((((((((((...(((((...((((((((((..(((..((((((((.((...)).))..))))))(((((((....)))))))))))))...)))))))..(((((((...((..(((...((((((((((((.(.((((((((.((((((((((..(.(((.((((.(((((....(((.((((........)))).)))...........))))))))))).).)..)))))))))).))...(((((((..(((((((...(((....(((((.((........)).)))))..((((((.((((...((....))))))...))))))((((((((((...)))))))......)))...........)))..))))))))))))))((....))..............)))))).)))....((.((((((((((((((.....((....(.(((((((((..........((((((((((..(((((..(((((((((..(((.....)))..))))).(((....))).......)))).)))))..))))))))))..(((.......)))((((....))))..((.(((...(((....)))...)))))..((.(((..(.(((........))))..))).))...))))))))).)...))....)))))((((((((.(.((((....))))).)))))))).....(((....)))..)))))).))).)).((((.((((.((((((...))).))).)))).)))).)))))))))))))..))...)))).)))))).))))))....))))....))))))))).......((((((.((.((((.......(((((...)))))((......)))))).))))))))))))))).)))))..))))))))))))))))......)).)))))).)))..))))))......)))))...)))))))..)))))..)))))))))))))..)).))))))))....(((.....)))(((((........(((......)))......)))))..))))).))))......(((((........))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((((..((.((((((.(((.(((.((.((((((((.((...((((((((.....)))))))}.)).))))))))).))))).))))))))).))((((((...}))))).....,,.((((((((((..(((((.,..,,,,.,(((((((.(((,,,((({(((({((((.......}}},,,....}}}}}|,({((..{,,,.,,|{|||}(((((..,{......,.))))).....{{{{{,{(({{{,,,((((((((.(((((..,(((((((((((((((((.({.((((......)))).((((.((((((((....)))).)).))))))...(((((((.(((..(({((...((((.({...}).))))....})).))..))))))))))..}).))))))...(((((((..((((...............)))))))))))}))))))))))|((((((((((.(((.(((((.(.((((((.((.....)))))))).})))))))))))))}|)))),.,(((.{{|...,))..)))))))))))))))))...{{.((((....)))))))))))}))))),........(((((((((..{(........((((((((.(((((((.((....((((((((((((..(.(((.(((((((......)))))))..))).)..))))))))))...))...))))).)))).))))))))..}}..))))))))))}}}.))).)))))))((({(((((.....((,,.,|,,....)))}).)))}((({{((((...((((((((((((..(((((........,.(((.....))),(((((((((((((((((.,,,.((({,..((({{{.....,,.}|||||{{{{,|,.(((((,{((((((((((((((({(,.((((...{{,{{...((((((((((..{((..((((((((.{,...,},),..))))))(((((((....))))))))))))}..,)))))))..{{{((((...{{..(((|,.{(((((((((((.(.((((((((.((((((((((..(.{{{.((((.(((((....(((.((((........)))).)))...........)))))))))}}.}.)..)))))))))).))...(((((((..(((((((...(((....(((((.((........)).)))))..((((((.((((...((....))))))...))))))((((((((((...)))))))......)))...........)))..))))))))))))))((....))..............))))))}}))....((.((((((((((((((,,,.,(,....,.(((((((((..........((((((((((..((((({((...||||,.,((..{{{{|||{.,,|,,.,......)))})}}},.)))).)))))..))))))))))..(((.......)))((((....))))..((.(((...(((....)))...)))))..((.(((..{.(((........)))}..))).))..,))))))))),).,}))....)))))((((((((.(.((((....))))).)))))))).....{((....))}..)))))).))).)).((((.((((.((({((...})).))).)))).)))).)))))))))))))..})...)))),|||||,.,....)))}})))))..,)))))))))......}||{|||.|{,(({|.......(((((...)))))}}}}|,..||||||{,,,,,,))))),))),)||||{.,||,,,,,,,,)),.,}}}},.)),}))))).)))..))))))......)))))...)))))))..)))))..)))))))))))))..)))))))))))..,,(((.....)))(((((........(((......))).}....)))))..))))).))))......(((((........))))).............
Back