Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001272067.2
Sequence Length
2266 nt
GC Content
0.5944
GCCAGUUUCUAGCUCAGUCCUGGCCCACUGCGCCAGCGCUGAGCCUGCCAGGGCUGGGGCUGGGGAUCACCUUGGGAUGAUGGUGUCAGUCCCAGGGGGCAGGAGAUCGAGUGUCCUCUGAGCUGGCGACUGGGCCUGUAGAAGGGAACCGGCAUUUGUGGAGUGUCUACUGAGUGCCAAGGUCUGCGCUGGGCACUGUCCUCGCACCGCCUCACCUAGUCCUCACGUAGCCCUCGGGCAAGUGAGGAUCCGCCGGGACUGCGGCUGGGAGGGAUGGCUGUGGCUGUCCCCCAGCCCACACAGUAGGCGCUCAGUGUCAGGGUGCAUAUUCCCGGGGACGCCCUCCAGGCCUGAGAGCUGGGGGCCGCCGCCGCCCCCCAUGCAUCCGCACGUGGUGAGGUGUGUAUGGCUUCCCGUGGACUCAGCCUCUUCCCCGAGUCCUGUCCAGAUUUCUGCUGUGGUACCUGUGAUGACCAAUACUGCUGCUCUGACGUGCUGAAGAAAUUUGUGUGGAGCGAGGAAAGGUGUGCUGUGCCUGAGGCCAGCGUGCCUGCCAGUGUAGAGCCGGUGGAGCAGCUGGGCUCGGCGCUGAGGUUUCGCCCUGGCUACAACGACCCCAUGUCAGGGUUCGGAGCGACCUUGGCCGUUGGCCUGACCAUCUUUGUGCUGUCUGUCGUCACUAUCAUCAUCUGCUUCACCUGCUCCUGCUGCUGCCUUUACAAGACGUGCCGCCGACCACGUCCGGUUGUCACCACCACCACAUCCACCACUGUGGUGCAUGCCCCUUAUCCUCAGCCUCCAAGUGUGCCGCCCAGCUACCCUGGACCAAGCUACCAGGGCUACCACACCAUGCCGCCUCAGCCAGGGAUGCCAGCAGCACCCUACCCAAUGCAGUACCCACCACCUUACCCAGCCCAGCCCAUGGGCCCACCGGCCUACCACGAGACCCUGGCUGGAGGAGCAGCCGCGCCCUACCCCGCCAGCCAGCCUCCUUACAACCCGGCCUACAUGGAUGCCCCGAAGGCGGCCCUCUGAGCAUUCCCUGGCCUCUCUGGCUGCCACUUGGUUAUGUUGUGUGUGUGCGUGAGUGGUGUGCAGGCGCGGUUCCUUACGCCCCAUGUGUGCUGUGUGUGUCCAGGCACGGUUCCUUACGCCCCAUGUGUGCUGUGUGUGUCCUGCCUGUAUAUGUGGCUUCCUCUGAUGCUGACAAGGUGGGGAACAAUCCUUGCCAGAGUGGGCUGGGACCAGACUUUGUUCUCUUCCUCACCUGAAAUUAUGCUUCCUAAAAUCUCAAGCCAAACUCAAAGAAUGGGGUGGUGGGGGGCACCCUGUGAGGUGGCCCCUGAGAGGUGGGGGCCUCUCCAGGGCACAUCUGGAGUUCUUCUCCAGCUUACCCUAGGGUGACCAAGUAGGGCCUGUCACACCAGGGUGGCGCAGCUUUCUGUGUGAUGCAGAUGUGUCCUGGUUUCGGCAGCGUAGCCAGCUGCUGCUUGAGGCCAUGGCUCGUCCCCGGAGUUGGGGGUACCCGUUGCAGAGCCAGGGACAUGAUGCAGGCGAAGCUUGGGAUCUGGCCAAGUUGGACUUUGAUCCUUUGGGCAGAUGUCCCAUUGCUCCCUGGAGCCUGUCAUGCCUGUUGGGGAUCAGGCAGCCUCCUGAUGCCAGAACACCUCAGGCAGAGCCCUACUCAGCUGUACCUGUCUGCCUGGACUGUCCCCUGUCCCCGCAUCUCCCCUGGGACCAGCUGGAGGGCCACAUGCACACACAGCCUAGCUGCCCCCAGGGAGCUCUGCUGCCCUUGCUGGCCCUGCCCUUCCCACAGGUGAGCAGGGCUCCUGUCCACCAGCACACUCAGUUCUCUUCCCUGCAGUGUUUUCAUUUUAUUUUAGCCAAACAUUUUGCCUGUUUUCUGUUUCAAACAUGAUAGUUGAUAUGAGACUGAAACCCCUGGGUUGUGGAGGGAAAUUGGCUCAGAGAUGGACAACCUGGCAACUGUGAGUCCCUGCUUCCCGACACCAGCCUCAUGGAAUAUGCAACAACUCCUGUACCCCAGUCCACGGUGUUCUGGCAGCAGGGACACCUGGGCCAAUGGGCCAUCUGGACCAAAGGUGGGGUGUGGGGCCCUGGAUGGCAGCUCUGGCCCAGACAUGAAUACCUCGUGUUCCUCCUCCCUCUAUUACUGUUUCACCAGAGCUGUCUUAGCUCAAAUCUGUUGUGUUUCUGAGUCUAGGGUCUGUACACUUGUUUAUAAUAAAUGCAAUCGUUUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-937.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -979.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 469.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.....(..(((((((.(((((.......))))).)))))))..)....))).((((((((((((..((((((((((((...)))).))))))))(((.((((...(.((((((((...((.(((......))).))....(((((...((((((...((((((((((((.(((...((((.((((..((((...)))).))))..))))......((((((((...(((....)))..))))))))((....)).....(((((((..(((((((....))))))))))))))))).)))))))))))).......))))))...))))))))))))))))))..)))........((((((.......))))))((((((.(((((.((((((.((((((.((((....))))((((((............))))))....(((....)))..(((((....(((((((((.....(.(((((((.(((.............)))..))))).)).).((((((((((.(((...)))))))))))))..(((((((((((.((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((..............))))))))...))..)))))))).))))))))...........(((.((.....)).)))......)).)))))))))).))).)))).)))).........((((((........)))))).))))))))).))))))))))))))))))))))))))))......))))))))))))(((((((((.(.......((((((((((((((((((((((((.(((((((.(((.((.......((((.(((.....))))))).......)).)))....(((((((..((((....((((((.((((((((((........(((...(((((((((((.((......)))))......)))))))).)))........))))....(((((.((((....(((..(((((((((((.((((((((((.....))))(((....)))........((((((..(((..(((((((((((((((........))).((((((((((.(.(((.(..((.(((((((.....((((.....))))))))))).))..))))).))))))))))..................(((((((((((((((((.(((......))).)))).......)))).....))))))))).......(((((((((..((((((..(..........)..))))))..)))))))))(((((.((((.(((((((.......)))))))))))))))).....((((((.....)))))).(((((....)))))((.....))))))).))))))).((.((.((((((..(((((((.((((..((.((((((((((((((((((........)))))).)))))))..((((.(((((.((((.((((((..((((..((((.((....((((.(.(.((((.((.((.(((((((((.(((((..(((......)))))))).))))..)))))..)))))))).).).))))..)))))))))).((((((......))))))..(((.(((..(((((((((....(((......)))....)))))))))..)))...))).)))).)).))))...))))).))))..)))))))..)))))))))))...)))))))))).((((((((((((..(((((..(((...))).....)).)))..))))))))))))...)))..))))))(((((.(((.((.(((..((((((...........(((.((((...)))).)))...........))))))..)))..))...))))))))((((....))))....))))))....))))))))..)).)..))))))).))))).(((((((((.((.((((((.......(((....((((........))))..)))......))))))..)).)))))))))...)))))).))))))...))))....))))))))))))))))))))))..(((((((((((..(((((((((.....)))))).................))).....))))))))))).))))).................)).)))))))))).))))))))).......((((((....))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(({{...,..(((((((.(((((.....,.))))).)))))))..}...|||||(((({{(((({{..((((((((((((...)))},))))))))(((,((({,,...,|}}}))}}..}}}(((..,{(((((((..,..(((,,..{((((((({{((,{{|||||{|||||||.((((.{(((..((((...)))).)))}..})}}......((((((((...(((....)))..)))))))){{.{,|||||{(.(((((({.{(((((((....))))))))))))))},..}}))})||||||.....,,))))))...}))))|||}...))))}))))))),.,.)))((((((.,.....))))))((((((.(((((.((((((.((((((.((((....))))((((((.{........,.))))))....(((....)))..(((((....(((((((((.....{.,((((((.(({.............})),})))))},},..(((({(((((.(((...))))))))})))){.(((((((((((.((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((..............))))))))..,)}..})))))))}})))))))|{{{.......{{{..|...,,,}.}},......)).)))))))))).)))},))).)))),,.......((((((........)))))).))))))))).)))))))))))))))))))))))))))),,},..}}))))))))),(((((((((.,...,{..(((((((((({{{{,.((((((((.(((((((.(((.((....,..((((.(((.....))))))).......)).)))....(((((((..((((....((((((.(((((({{((,,......(((...(((((((({((.({......}}}))...,,.)))))))).)))........}})),,..(((((.((((....(((..(((((((((((.{(((((((((.....))))((({{,.|||,,,,,...{,{,{,{|{{||{|||||{||,{{|||{,...,,||))),||||((((((((.(((,{,.((((((.((.....{((((..{{...,}),.))))}.}.)))))))).}}}{(((((.{(....}}.))},}}}(((((((((({{{((((.(((......))).)))).......}})}}},.}})))))))).......(((((((((..((((((..{..........}..))))))..)))))))))(((((.((((.((((((({.....})))))))))))))))).....((((((.....))))))..,(((((.(((((((...{,...},,}))))).)))))))((.((((((..(((((((.((((..((.((((((((((((((((((......,,}))))),,))))))..((((.(((((.((((.(({(((.,(.,,..((((.{{,,{{((((,(.{.((((.(,{((.(((((((((.(((({..(((......)))})))).))))..)))))..)))))))}.,,},)))),})))}|||,{(.((((((......)))))).)).,,|||..{((((((((....(((......)))....))))))))).})))..,,,)))))).)).))))...))))).)))),.))))))),.)))))))))))...)))))),},|,((((((((((((..(({{(.,(({...},,....,)),)))..)))))))))))),..)))))))))))((((,,(((.,,.{{(,,((((((...........{{{.{|||,,.,})),}||,,..,.{,,..}}}}}},.)))..))...))))))))|{{{...,))}}},)})))))}....))))))))..)).)..))))))).))))).(((((((((.((.((((((.......(((....((((........))))..)))......))))))}.)).)))))))))...)))))).))))))...))))....))))))))))))))))))))))..(((((((((((...{(((({((,,,,.}}))))},................}),,...))))))))))).||((.,,.....,}}}.}},..)).)))))))))),)))))))))........,,,{{....,,,))),.
Back