Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001272082.4
Sequence Length
1789 nt
GC Content
0.5752
GUGCUUCCUGUGGCUGACGUCAUCUGGAGGAGAUUUGCUUUCUUUUUCUCCAAAAGGGGAGGAAAUUGAAACUGAGUGGCCCACGAUGGGAAGAGGGGAAAGCCCAGGGGUACAGGAGGCCUCUGGGUGAAGGCAGAGGCUAACAUGGGGUUCGGAGCGACCUUGGCCGUUGGCCUGACCAUCUUUGUGCUGUCUGUCGUCACUAUCAUCAUCUGCUUCACCUGCUCCUGCUGCUGCCUUUACAAGACGUGCCGCCGACCACGUCCGGUUGUCACCACCACCACAUCCACCACUGUGGUGCAUGCCCCUUAUCCUCAGCCUCCAAGUGUGCCGCCCAGCUACCCUGGACCAAGCUACCAGGGCUACCACACCAUGCCGCCUCAGCCAGGGAUGCCAGCAGCACCCUACCCAAUGCAGUACCCACCACCUUACCCAGCCCAGCCCAUGGGCCCACCGGCCUACCACGAGACCCUGGCUGGAGGAGCAGCCGCGCCCUACCCCGCCAGCCAGCCUCCUUACAACCCGGCCUACAUGGAUGCCCCGAAGGCGGCCCUCUGAGCAUUCCCUGGCCUCUCUGGCUGCCACUUGGUUAUGUUGUGUGUGUGCGUGAGUGGUGUGCAGGCGCGGUUCCUUACGCCCCAUGUGUGCUGUGUGUGUCCAGGCACGGUUCCUUACGCCCCAUGUGUGCUGUGUGUGUCCUGCCUGUAUAUGUGGCUUCCUCUGAUGCUGACAAGGUGGGGAACAAUCCUUGCCAGAGUGGGCUGGGACCAGACUUUGUUCUCUUCCUCACCUGAAAUUAUGCUUCCUAAAAUCUCAAGCCAAACUCAAAGAAUGGGGUGGUGGGGGGCACCCUGUGAGGUGGCCCCUGAGAGGUGGGGGCCUCUCCAGGGCACAUCUGGAGUUCUUCUCCAGCUUACCCUAGGGUGACCAAGUAGGGCCUGUCACACCAGGGUGGCGCAGCUUUCUGUGUGAUGCAGAUGUGUCCUGGUUUCGGCAGCGUAGCCAGCUGCUGCUUGAGGCCAUGGCUCGUCCCCGGAGUUGGGGGUACCCGUUGCAGAGCCAGGGACAUGAUGCAGGCGAAGCUUGGGAUCUGGCCAAGUUGGACUUUGAUCCUUUGGGCAGAUGUCCCAUUGCUCCCUGGAGCCUGUCAUGCCUGUUGGGGAUCAGGCAGCCUCCUGAUGCCAGAACACCUCAGGCAGAGCCCUACUCAGCUGUACCUGUCUGCCUGGACUGUCCCCUGUCCCCGCAUCUCCCCUGGGACCAGCUGGAGGGCCACAUGCACACACAGCCUAGCUGCCCCCAGGGAGCUCUGCUGCCCUUGCUGGCCCUGCCCUUCCCACAGGUGAGCAGGGCUCCUGUCCACCAGCACACUCAGUUCUCUUCCCUGCAGUGUUUUCAUUUUAUUUUAGCCAAACAUUUUGCCUGUUUUCUGUUUCAAACAUGAUAGUUGAUAUGAGACUGAAACCCCUGGGUUGUGGAGGGAAAUUGGCUCAGAGAUGGACAACCUGGCAACUGUGAGUCCCUGCUUCCCGACACCAGCCUCAUGGAAUAUGCAACAACUCCUGUACCCCAGUCCACGGUGUUCUGGCAGCAGGGACACCUGGGCCAAUGGGCCAUCUGGACCAAAGGUGGGGUGUGGGGCCCUGGAUGGCAGCUCUGGCCCAGACAUGAAUACCUCGUGUUCCUCCUCCCUCUAUUACUGUUUCACCAGAGCUGUCUUAGCUCAAAUCUGUUGUGUUUCUGAGUCUAGGGUCUGUACACUUGUUUAUAAUAAAUGCAAUCGUUUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-698.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -732.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 388.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.(((((....)))))..))))).((((.((((((.((((((((......))))))))..))))(((.(((((.(((..(((((.((((((.....((((((((.......))))))))((((((((((.(((.......((((..((((((.....((((...))))...........(((.((.....)).)))..........))))))))))......))).))))))))))..((((((........)))))).(((....)))..(((((((........)))))))....)))))).))).))........))).))))).)))..((((((((((((((((((((((((.(((((((.(((.((.......((((.(((.....))))))).......)).)))....(((((((..((((....((((((.((((((((((........(((...(((((((((((.((......)))))......)))))))).)))........))))....(((((.((((....(((..(((((((((((.((((((((((.....))))(((....)))........((((((..(((..(((((((((((((((........))).((((((((((.(.(((.(..((.(((((((.....((((.....))))))))))).))..))))).))))))))))..................(((((((((((((((((.(((......))).)))).......)))).....))))))))).......(((((((((..((((((..(..........)..))))))..)))))))))(((((.((((.(((((((.......)))))))))))))))).....((((((.....)))))).(((((....)))))((.....))))))).))))))).((.((.((((((..(((((((.((((..((.((((((((((((((((((........)))))).)))))))..((((.(((((.((((.((((((..((((..((((.((....((((.(.(.((((.((.((.(((((((((.(((((..(((......)))))))).))))..)))))..)))))))).).).))))..)))))))))).((((((......))))))..(((.(((..(((((((((....(((......)))....)))))))))..)))...))).)))).)).))))...))))).))))..)))))))..)))))))))))...)))))))))).((((((((((((..(((((..(((...))).....)).)))..))))))))))))...)))..))))))(((((.(((.((.(((..((((((...........(((.((((...)))).)))...........))))))..)))..))...))))))))((((....))))....))))))....))))))))..)).)..))))))).))))).(((((((((.((.((((((.......(((....((((........))))..)))......))))))..)).)))))))))...)))))).))))))...))))....))))))))))))))))))))))..(((((((((((..(((((((((.....)))))).................))).....))))))))))).))))).................)).))))))))).......................)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...({(((.({(((,,..}}|||,.}}}||.{((((({((((.((((((((......))))))))..)))}{{|,||{{|,{{{},||(((.((((((...{{((((((((.......))))))))||((((((((.(((......,((((..((((((.....((((...)))).(({.,.....|{|..|...,,}).}},..........})))))})))......))).))))))))}}..((((((........)))))).{||.,..,}}..(((((((........)))))))....)))))).)))})),,,..{{,|||,||}}}.}}}..((((((((((({({,.((((((((.(((((((.(((.((....,..((((.(((.....))))))).......)).)))....(((((((..((((....((((((.(((((({{((,,......(((...(((((((({((.({......}}}))...,,.)))))))).)))........}})),,..(((((.((((....(((..(((((((((((.{(((((((((.....))))((({{,.|||,,,,,...{,{,{,{|{{||{|||||{||,{{|||{,...,,||))),||||((((((((.(((,{,.((((((.((.....{((((..{{...,}),.))))}.}.)))))))).}}}{(((((.{(....}}.))},}}}(((((((((({{{((((.(((......))).)))).......}})}}},.}})))))))).......(((((((((..((((((..{..........}..))))))..)))))))))(((((.((((.((((((({.....})))))))))))))))).....((((((.....))))))..,(((((.(((((((...{,...},,}))))).)))))))((.((((((..(((((((.((((..((.((((((((((((((((((......,,}))))),,))))))..((((.(((((.((((.(({(((.,(.,,..((((.{{,,{{((((,(.{.((((.(,{((.(((((((((.(((({..(((......)))})))).))))..)))))..)))))))}.,,},)))),})))}|||,{(.((((((......)))))).)).,,|||..{((((((((....(((......)))....))))))))).})))..,,,)))))).)).))))...))))).)))),.))))))),.)))))))))))...)))))),},|,((((((((((((..(({{(.,(({...},,....,)),)))..)))))))))))),..)))))))))))((((,,(((.,,.{{(,,((((((...........{{{.{|||,,.,})),}||,,..,.{,,..}}}}}},.)))..))...))))))))|{{{...,))}}},)})))))}....))))))))..)).)..))))))).))))).(((((((((.((.((((((.......(((....((((........))))..)))......))))))}.)).)))))))))...)))))).))))))...))))....))))))))))))))))))))))..(((((((((((...{(((({((,,,,.}}))))},................}),,...))))))))))).||{(.,,.....,}}}.}},..)).))))))))),.}}}}}}}}}........,,,,}}}},}..,.,..
Back