Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001276310.2
Sequence Length
2344 nt
GC Content
0.6361
ACACCGCUGCGGCCUCGGGGACCACCCUUUGCGACGCCCGCGCCACCUGCUCUGGCCAGAAAAGCCACUGCCCUUUGCGCCGCGGGGUCUGGAUGGGGGAGGGGCGACUGCGAUCCCCAAACCCUCCGGAGACCAGAGGGCUCCGCCCCUCCCGCCCCUCCACCUCCCGCGGGGCGGACCCACCGCCUUCGAAGCCUACAAGGAGAAGAUGAAGGAGCUGUCGGUGCUGUCGCUCAUCUGCUCCUGCUUCUACACACAGCCGCACCCCAAUACCGUCUACCAGUACGGGGACAUGGAGGUGAAGCAGCUGGACAAGCGGGCCUCAGGCCAGAGCUUCGAGGUCAUCCUCAAGUCCCCUUCUGACCUGUCCCCAGAGAGCCCUAUGCUCUCCUCCCCACCCAAGAAGAAGGACACCUCCCUGGAGGAGCUGCAAAAGCGGCUGGAGGCAGCCGAGGAGCGGAGGAAGACGCAGGAGGCGCAGGUGCUGAAGCAGCUGGCGGAGCGGCGCGAGCACGAGCGCGAGGUGCUGCACAAGGCGCUGGAGGAGAAUAACAACUUCAGCCGCCAGGCGGAGGAGAAGCUCAACUACAAGAUGGAGCUCAGCAAGGAGAUCCGCGAGGCACACCUGGCCGCACUGCGCGAGCGGCUGCGCGAGAAGGAGCUGCACGCGGCCGAGGUGCGCAGGAACAAGGAGCAGCGAGAAGAGAUGUCGGGCUAAGGGCCCGGGACGGGCGGCGCCCAUCCUGCGACAGAACACGUUCGGGUUUUGGUUUUGUUUCGUUCACCUCUGUCUAGAUGCAACUUUUGUUCCUCCUCCCCCACCCCCGCCCCCAGCUUCAUGCUUCUCUUCCGCACUCAGCCGCCCUGCCCUGUCCUCGUGGUGAGUCGCUGACCACGGCUUCCCCUGCAGGAGCCGCCGGGCGUGAGACGCGGUCCCUCGGUGCAGACACCAGGCCGGGCGCGGCUGGGUCCCCCGGGGGCCCUGUGAGAGAGGUGGCGGUGACCGUGGUAAACCCAGGGCGGUGGCGUGGGAUCACGGGUCCUUACGCUGGGCUGUCUGGUCAGCACGUGCAGGUCAGGGCAGGUCCUCUGAGCCGGCGCCCCUGGCCAGCAGGCGAGGCUACAGUACCUGCUGUCUUUCCAGGGGGAAGGGGCUCCCCAUGAGGGAGGGGCGACGGGGGAGGGGGGUGAUGGUGCCUGGGAGCCUGCGUGUGCAGCCGGUGCUUGUUGAACUGGCAGGCGGGUGGGUGGGGGCUGCAGCUUUCCUUAAUGUGGUUGCACAGGGGUCCUCUGAGACCACCUGGCGUGAGGUGGACACCCUGGGCCUUCCUGGAAGCCUGCAGUUGGGGGCCUGCCCUGAGUCUGCUGGGGAGUGGGCAUUCUCUGCCAGGGACCCAUGAGCAGGCUGCAUGGUCUAGAGGUUGUGGGCAGCAUGGACAGUCCCCCACUCAGAAGUGCAAGAGUUCCAAAGAGCCUCUGGCCCAGGCCCCUCCCCACCAGGGCUUUGCAGAUGUCCUUGAAAGACCCACCCUAGAGCCCUUUGGAGUGCUGGCCCCUCCUGUGCCCUCUGCCCUGGUGGAAGCGGCAGCCACAAGUCCUCCUCAGGGAGCCCCAAGGGGGAUUUUGUGGGACCGCUGCCCACAGAUCCAGGUGUUGGAAGGGCAGCGGGUAAGGUUCCCAAGCCAGCCCCAACACCCUUCCCACUUGGCACCCAGAGGGGGCUGUGGGUGGAGGCCUGACUCCAGGCCUCUCCUGCCCACACCCUCUGGGCUGAGUUCCUUCUUUCCCUUGGACGCCCAGUGCUGGCCUUGGAGGACGGUCAGCUGGAGGAUGGCGGUGGGGGAGGCUGUCUUUGUACCACUGCAGCAUCCCCCACUUCUCCACGGAAGCCCCAUCCCAAAGCUGCUGCCUGGCCCCUUGCUGUAAAGUGUGAAGGGGGCGGCUGAGUUCUCUUAGGACCCAGAGCCAGGGCCCUCAACUUCCAUCCUGCGGGAGGCCUUGGCCGGGCACUGCCAGUGUCUUCCAGAGUCACACCCAGGGACCACGGGAGGAUCCUGACCCCUGCAGGGCUCAGGGGUCAGCAGGGACCCACUGCCCCAUCUCCCUCUCCCCACCAAGACAGCCCCAGAAGGAGCAGCCAGCUGGGAUGGGAACCCAAGGCUGUCCACAUCUGGCUUUUGUGGGACUCAGAAAGGGAAGCAGAACUGAGGGCUGGGAUAUUCCUCAUGGUGGCAGCGCUCAUAGCGAAAGCCUACUGUAAUAUGCACCCAUCUCAUCCACGUAGUAAAGUGAACUUAAAAAUUCAAUCAAAUGAACAAUUAAAUAAACACCUGUGUGUUUAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1092.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1133.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 570.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((..(((.....))).........(((((.((((((((.(((.((((..((((.((((.........((((((((..((((.((((((((((((..((.(....)))..(((((.((...)).)))))...)))))))))).))..))))..))))))))(((((.....)))))...(((((.....(((((.((((((.(((((.......))).))..)))))).))))))))))........((..(((((((...((((((...)).)))).....))).))))..)).((((.(((.((((((((((((((...((((.((((....))))))))((((((((..(((((((((.((((((.....))))))..((((..((........))....(((((((((...(((.....)))(((((....))))).....(((........)))..(((((((((((((((.(((.((((((...(((((((..((......))...)))))))....((((((((((...........)))))).))))..(((((((((((((.............(((.(((......))).)))((.(((....))).))((((((((....)))).))))......(((((((...((((..(.((((.(.((((((((((.(((...(((((((.((.((((((...))))))(((.((((...)))).)))((.((((((((.((.........)))))))))).))..)).)))).)))...)))...))))))))))...)...)))))))))...)))))))..)))))))))))))..((((..(.(((((((((.(((....(((.((.((((((((.((((((.......))))))(((.((((((((.(((.(((((((((((....)))).(((((....)))))(((((((...))))))).......)))).))).))).(((((((...((((.(.(...).).)))))))))))...)))))))).)))....)))))))))).)))))).))))))))).)..))))))))))....((.(((....))).))))).)))))))))).))))))))))))))..))))(((((.....)))))))).))))))))))))))......).))))))).)))))).))).))))))))))))......))))))))))))))))))))))))))))).((((((.((((((..((.((((((((......)))).))))))((((((((((((...(((((.((((((..(((((((...((((((((((((((.((((((((((((((((((...(((((((....(((((.((((((((..((.(((((((((((.(((((((((...(((...)))..((((....))))..(((((((....))).))))(((....)))..........(((((((((.....(((.......)))......)))))))))((((.(.((((((....(((.(((((.(((((((.((((.(((((...((((((((((((((..(((...))).))))))).)))))))..)))))..))))...((((.....))))))))))).)))))))).......))))))))))).......(((((..(((.(((....))))))))))).(((((((((....))))))))).))))))))).))))))))))).)).)))..((((((.(((...(((.(((.((((.(((((((((((((((((...((((((.(((((((((.(((((............))))).)))))))(((((....)))))))))))))...))))).(((((((((((((.(((((..(((.(((((((((((((..(((((...)))))....))))...)))))...)))))))..)))))))))....)))))))))..)))...))))))))).)))))))...))).))).))))))..((((.......))))))))).))))).))))))))))))).))))...(((((.(((((((.(((..((((..(((.(((.(((((...((((.......)))).))))))))...))))))))))))))).....)).)))))))))).))).))))).)))....)))))).....)))).)))..))).))).))))).))).........)))))))))))))))....))).))).((((...((((......))))...)))).(((((((....)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((((,,(((,....))),........(((((.((((((((.((,{((((..{(({,((((,.....,..((((((((..((((.((((((((((((..,{.{....,},..(((((.((...)).)))))...)))))))))).)),.))))..))))))))(((((.....)))))...(((((.....(((((.((((((.{{(((.......))).))..)))))).))))))))))........((..(((((((...(((({{...,}.)))).....))).))))..)).((((.(((.((((((((((((((,..((((.((((....))))}}}}((((((((..(((((((((.((((((.....))))))..((((..((........||...,(((((((({{,{(((((....))||||(,.{{|,||||....((({,,,..,,,||,.{{{{{{(((((((((.,{|,{|{((({{.(((((((..((......))...)))))))....((((((((((..,.....,..))))))}}))).{({((((((({(((,,.........,,(((|((,.,...{|,|.,}}{{,((({.{{|||{||(((.,{{{{{,.|(((((,(,......}.}}))}).})))))),,}})).)){(((((((({.(((...(((((((.,{.((((((...))))))(((.((((...)))).))),(,((((((((.({.....,...,}))))))),.)),.}}.)))).)))...)))..})}}))))))),)))}.,,..,.)))),...}))))),)))})))))))))).{((((..{.(((((((((.(((,{{{,((,((,(((({(((,{{((((,...{{{||,|||,(({((,({({({(,({(((((((((({....},}}.{||||},.,}))))|{|||||}}}),)))))}}},.,,)}})})))})))}|{(({{,...{(((,{{(,,,{||,|||||||}},)))})))))))).})),}}}))))))}))),,}}))).))))))))).}..)))))}))))}}}||{.({(,,,,}}}.}}},,.)}}}}))))))))))))))))))))..))))(((((.....)))))))).)))))))))))))),....,}.))))))).)))))).))).))))})))))}},}}...))))))))))))))))))))))))))))).,,,{{,.((((((..((.((((((((......)))).))))))(((((((((,,,...(((((.((((((..(((((((...(((((((({(((((.((((((((((((((((((...(((((((....(((((.((((((((..((.(((((((((((.(((((((((,,.(((,{.{{...((((....})))..,||{|{|....|||||}||(({..,((||,...,,..},|||||}|||,.},,|||}.},...,,,,{{{{{|{|||{{{|{(((.(,(({(((....{{{,{||{{.{{({{((,((((.(((((...((((((((((((((..(((...))).)))))))))))))))..)))))..)))),,.,((((,,,.,|||||||}}}.||||,,||,......)))}))))},...}}}}}}}}}}}})),,|}}}}}))),,))}}))))|((((((((....)))))))),.))))))))).))))))))))).)).))){{{{((((.(((...(((.(((.((((.(((((((((((,(((((...((((((.(((((((((.(((({....,...,,..))))).)))))))(((((....)))))))))))))...))))),|{{((({(((((((({....,|||.,|}))))|)}}(((.(((({...})}}}.|}}.(((((((((|{{...,,,,.,...,.)))})))))))))})))|,..,,,..,))))))))).)))))))...))).))).))))))}.((((.,....,))))))))).))))).))))))))))))).))))...(((((.(((((((.(((,.{(({.,(((.(({,(((((...((((.......)))).))))))))...))))))))))))))).....)).)))))))))),,)).))))).)))....)))))).....)))).)))..))).))).))))).|||,...,},,.)))))))))))))))....,,).}},.,,,,...{(({......}))}...,,,,.(((((((....)))))))...
Back