Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001277066.2
Sequence Length
1590 nt
GC Content
0.4283
AGAAGGGGCCAGCCCGCGCCUUUCGCGCUUCUGCCCUGGCCCUCUGCGGGCCGCUCCGCCGGUGCUGUCCCUGGGCGCCUCCGUGCUCUCAGCCAACCACCUCUGAGAGCGCCCACUCGAGCGCCCCGGGAGCCAGAGGGCGGGGGUCCUCGCCGGGACCCUCCUGUGGGCCCAGGGGGUGAGCAGGGCAGCAUUUCCUUCUCCCACUGCUGCUGAGAUGGCAGAAAUUAGUCGAAUUCAGUACGAAAUGGAAUAUACUGAAGGCAUUAGUCAGCGAAUGAGGGUCCCAGAAAAGUUAAAAGUAGCACCGCCAAACGCUGACCUGGAACAAGGAUUCCAAGAAGGAGUUCCAAAUGCUAGUGUGAUAAUGCAAGUUCCGGAGAGGAUUGUUGUAGCAGGAAAUAAUGAAGAUGUUUCAUUUUCAAGACCAGCAGAUCUUGACCUUAUUCAGUCAACUCCCUUUAAACCCCUGGCACUGAAAACACCACCUCGUGUACUUACGCUGAGUGAAAGACCACUAGAUUUUCUGGAUUUAGAAAGACCUCCUACAACCCCUCAAAAUGAAGAAAUCCGAGCAGUUGGCAGACUAAAAAGAGAGCGGUCUAUGAGUGAAAAUGCUGUUCGCCAAAAUGGACAGCUGGUCAGAAAUGAUUCUCUGUAUGGCAUUUCAAAUAUAGAUACAACCAUUGAAGGAACGUCAGAUGACCUGACUGUUGUAGAUGCAGCUUCACUAAGACGACAGAUAAUCAAACUAAAUAGACGUCUACAACUUCUGGAAGAGGAGAACAAAGAACGUGCUAAAAGAGAAAUGGUCAUGUAUUCAAUUACUGUAGCUUUCUGGCUGCUUAAUAGCUGGCUCUGGUUUCGCCGCUAGAGGUAACAUCAGCCCUCAAAAAUACUGUCUCAACAGCUGGAAAUAUAAAAGAUUUGCAAACUUCUUUGUUUCUGUCUCUGCAUUGUAUGCCAUUUUAUAGUCCACACCCUGAAAAUGUAUUUCUUCCAGAAAGUCUGGAGGAAGGACCUAUAUUUGUAGAAGUAAAGGUAUAUUCUGUCACUCAGCUGUAUUCACGUCUGAGCAGUUCUGCAGUAACACCUGCUUAAAAUUCUCCCUUUGCAUGUUUUGUAAAUAGGCUCCAGUUUUGUUUUUUAAAAGGAAUUUAUUUUUUGCCUCAUCAGUCCACCCAACUGAUUCUGAAUGGGAGAGAGUCUGUAGAGAAUUGAUUCAGAAAAGUGUCUGUGAAAGAAAAACAAUUAUUUUGUCCUGUUUCUCAAACAGUGUUAAGCAGUUUUGUUAAUAGACAUUUUUGCAUCGACACUUCAACAUUAACACUUUCAAAGUCAUGGUCUGGUGCCAGAUUUAAGAAACUCGAACCACCUAAUAUUUCAUAACCUUCUUCAUUAGGUACUUGUACAGAUUAAUUUCUAACAUUGCAGCAGUUUCAUAUGUGUGCAAUAUGUGCAUUCUUUCAUUUUAGUUUUGCACUUGGUUUUCUAUAAAGUACGUUUUUACUCAGUUCAUGCGUGAACAAUUUAAAAAACGACAGAAUAAGGUACAAAUGUAGUGUAUUUAAUAAACUGUCAACCAAAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-453.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -481.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 361.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((....)))((((.....))))..((((((((((((((((.((.((((.(((((....(((((((.((((((.((.((((((((((..........))))))))))......)))))))).))))..)))..)))))(((((((....)))))))....)))).))))))))))...))))))))......)))))...((((((((...((((..(((((((((((......(((((..((((((.......(((((.....(((((((..((..(((.........((((....)))))))..))..)))))))..(((((..(((((((.....)))))))....(((............))).)))))((((..(((((..(((..(((....((((((.....)))))).((((((.(....).)))))))))))).)))))..)))).((((((...(((((((((.....(((....((((....((((((((((((.(((((.((((((((((((((...(((((((((.....((((..(((...............)))..))))((...((....))...)))))))...((((((...((((((((......)))))))).(((((....))))).(((((((..........))))))).....((......))...(((((.....))))).(((((....))))))))))).(((.((((((.............(((....)))...(((((.....)))))((((((((((((((((.........))).))))).....((((..((((((....)))))).)))).((((((((((((......)))))))......)))))...........((((....)))).((.((((.......)))).))....)))))))))))))))))((((...))))((((((.(((........)))))))))...)))))))))))))))))).))....((((.(((((....))))).))))....))).))))))))).)))..))))(((((((((((((((((......)))).......((((((((((((.....)))))).((((.........((((((....)))))).........)))).((((((.......)))))).......))))))..........))))))).))))))...(((.((.((((((....((((.....))))..((((........((((((..((((...((((....))))...))))...))))))........)))))))))).)).)))))).))))))))).))))))...........................)))))))))))..)))))......)))))))))))..))))))))))))..(((((((.....)))))))..((((((.....((((((((((((................((((((.((((..((((.(((((..............))).))))))..)))).))))))))))))......))))))......))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((((....}}}((((.....))))..((((((((((((((((.((.((((.(((((....(((((((.(((((({({.((((((((((..........))))))))))......)})))))).))))..)))..)))))(((((((....)))))))....)))).))))))))))...)))))))).....}))))}...{{{(((((,,.((((..(((((((((((.....,(((((..((((((.......(((((.....(((((((..((..(((.........{{{{....}})})))..))..))))))).,(((((..(((((((.....)))))))}...,{{..,,,,....,,))}.)))))((((..(((((..({{..{((....{((((({...,)))))).|(((((.{....}.)))))}}}}}}}.)))))..)))).,{{{{{...(((((((({.....((({...((((....((((((((((((.(((((.((((((((((((((...(((((.,,......{{,,..{((....,,..,..,,,.|||,,||||{{{{,{,....,{{{{{{|({({,,,(((((,...((((((({......}))))))).{((((....}}}}|,((({{(({{....,{..,}}}})}.....{{......))...(((((.....))))).(((((,,,,|}}}}|}},,,.|||,,,,.,...............,|.})))),}}}|{{{{...,,|||||{{{{{{{{{{|{{{||....,,...}}},}}}||......,||,.((((({....))))))....||{{|({(||,||{...,,,)))}|||{.....,,,}},,,,.......((((....)))).{(,((((......,}}}}.}}....)))))))}))),))))){{{{...}))){{{{{{.||{........})})}}}}),.})))))))))))))))))).))....((((.(((((....))))).))))....))).))))))))).)))..))))(((((((((((((((((......}}||,,....,((((((((((((.....)))))}.((((.........(((({,....}))))).........)))).((((((.......)))))).......)))))))}},}}}},,))))))).)))))){((((((.{((({{{{,...((((.....))))..{{|||...,,,,|(((((.,((((...((((....))))...)))).,.)))))),...}}...)))))))...,}...)))).,)))))))).}}}}}|....................,,,....)))))))))))..))))).}....)))))))))))..))))}))))))).......,,{{{{,|.,}|||||..{{........||,.|}}}}}{(((({....,...,.{{{((((,(({{..((((.,{{{|,,,,..........))|,|||}}|..||||,|}}}}}}.)}))},,...,,,))),,}}}})),,,.
Back