Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001277068.1

Sequence Length

1630 nt

GC Content

0.3963

GGACAAAAGUGGCUCUCAAUCCAGCACAUGCACAUUGAAGCAAGUUAAAGGAUUUAAUAUGAAGCACAGAAGCAGAUAGUGCCAAAUAGCAAGCAGUAGUUGUUACACAUUUGGUGAGCAGGGCAGCAUUUCCUUCUCCCACUGCUGCUGAGAUGGCAGAAAUUAGUCGAAUUCAGUACGAAAUGGAAUAUACUGAAGGCAUUAGUCAGCGAAUGAGGGUCCCAGAAAAGUUAAAAGUAGCACCGCCAAACGCUGACCUGGAACAAGGAUUCCAAGAAGGAGUUCCAAAUGCUAGUGUGAUAAUGCAAGUUCCGGAGAGGAUUGUUGUAGCAGGAAAUAAUGAAGAUGUUUCAUUUUCAAGACCAGCAGAUCUUGACCUUAUUCAGUCAACUCCCUUUAAACCCCUGGCACUGAAAACACCACCUCGUGUACUUACGCUGAGUGAAAGACCACUAGAUUUUCUGGAUUUAGAAAGACCUCCUACAACCCCUCAAAAUGAAGAAAUCCGAGCAGUUGGCAGACUAAAAAGAGAGCGGUCUAUGAGUGAAAAUGCUGUUCGCCAAAAUGGACAGCUGGUCAGAAAUGAUUCUCUGGCAUACCAGCAGAUCUUGGAUGUGCUGGAUGAAAAUCGCAGACCUGUGUUGCGUGGUGGGUCUGCUGCCGCCACUUCUAAUCCUCAUCAUGACAACGUCAGGUAUGGCAUUUCAAAUAUAGAUACAACCAUUGAAGGAACGUCAGAUGACCUGACUGUUGUAGAUGCAGCUUCACUAAGACGACAGAUAAUCAAACUAAAUAGACGUCUACAACUUCUGGAAGAGGAGAACAAAGAACGUGCUAAAAGAGAAAUGGUCAUGUAUUCAAUUACUGUAGCUUUCUGGCUGCUUAAUAGCUGGCUCUGGUUUCGCCGCUAGAGGUAACAUCAGCCCUCAAAAAUACUGUCUCAACAGCUGGAAAUAUAAAAGAUUUGCAAACUUCUUUGUUUCUGUCUCUGCAUUGUAUGCCAUUUUAUAGUCCACACCCUGAAAAUGUAUUUCUUCCAGAAAGUCUGGAGGAAGGACCUAUAUUUGUAGAAGUAAAGGUAUAUUCUGUCACUCAGCUGUAUUCACGUCUGAGCAGUUCUGCAGUAACACCUGCUUAAAAUUCUCCCUUUGCAUGUUUUGUAAAUAGGCUCCAGUUUUGUUUUUUAAAAGGAAUUUAUUUUUUGCCUCAUCAGUCCACCCAACUGAUUCUGAAUGGGAGAGAGUCUGUAGAGAAUUGAUUCAGAAAAGUGUCUGUGAAAGAAAAACAAUUAUUUUGUCCUGUUUCUCAAACAGUGUUAAGCAGUUUUGUUAAUAGACAUUUUUGCAUCGACACUUCAACAUUAACACUUUCAAAGUCAUGGUCUGGUGCCAGAUUUAAGAAACUCGAACCACCUAAUAUUUCAUAACCUUCUUCAUUAGGUACUUGUACAGAUUAAUUUCUAACAUUGCAGCAGUUUCAUAUGUGUGCAAUAUGUGCAUUCUUUCAUUUUAGUUUUGCACUUGGUUUUCUAUAAAGUACGUUUUUACUCAGUUCAUGCGUGAACAAUUUAAAAAACGACAGAAUAAGGUACAAAUGUAGUGUAUUUAAUAAACUGUCAACCAAAGAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-416.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -446.73

Frequency: 0.0000

Diversity: 419.85

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((...(((.((........)))))((((((...(((.(((((...((((((....(((((....(((((((.(((.(((..((((((........))))))((((((.(((.(((.((((.......)))).))))))..(((((((.((((..(((((((((((......(((((..((((((.......(((((.....(((((((..((..(((.........((((....)))))))..))..)))))))..(((((..(((((((.....)))))))....(((............))).)))))((((..(((((..(((..(((....((((((.....)))))).((((((.(....).)))))))))))).)))))..)))).((((((...(((((((((.....(((....((((....((((((((((((.(((((.((((((((((((((...(((((((((.....((((..(((...............)))..))))((...((....))...)))))))...((((((...((((((((......))))))))..((((((........))))))...((((((.(((...))).)))))).(((((...((..(((((((((((((((((((......................))))))))).))))).)))))...)).))))).............((......))...(((((.....))))).(((((....))))))))))).(((.((((((.............(((....)))...(((((.....)))))((((((((((((((((.........))).))))).....((((..((((((....)))))).)))).((((((((((((......)))))))......)))))...........((((....)))).((.((((.......)))).))....)))))))))))))))))((((...))))((((((.(((........)))))))))...)))))))))))))))))).))....((((.(((((....))))).))))....))).))))))))).)))..))))(((((((((((((((((......)))).......((((((((((((.....)))))).((((.........((((((....)))))).........)))).((((((.......)))))).......))))))..........))))))).))))))...(((.((.((((((....((((.....))))..((((........((((((..((((...((((....))))...))))...))))))........)))))))))).)).)))))).))))))))).))))))...........................)))))))))))..)))))......)))))))))))..)))).))))))).....))))))))).))).))).)))))))))...))))))..))))).))).........(((((((.((((..((((.(((((..............))).))))))..)))).))))))))))))).........)))).............

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((({..,{({({{........,||||{{{{{{,,,{{{,({{((,..{{{{|||{{.{(((({{,,{,,{(((.{({,(({..{{((((...,....}))))){{{{{,.{((.(((.((((.......}))),)))))},,((((({{.((((..(((((((((((.....,(((((..((((((.......(((((.....(((((((..((..(((.........{{{{....}})})))..))..))))))).,(((((..(((((((.....)))))))}...,{{..,,,,....,,))}.)))))((((..(((((..({{..{((....{((((({...,)))))).|(((((.{....}.)))))}}}}}}}.)))))..)))).,{{{{{...(((((((({.....((({...((((....((((((((((((.(((((.((((((((((((((...(((((.,,......{{{,..{((....,,..,..,,,.|||,,||||{{{{,{,....,{{{,{{{({((,,,{{((({...((((((({......})))))))..((((((........))))))...((((((.(((...))).)))))).{{,,,.,,{({.(((((((((((((((((({.......,,}},,}.......,},|}}}}}).))))}.))))}.||||.|}}|}......,......{{......))...(((((.....))))).(((((,|||||}}||}},,,.|||,,,,.,...............,|.}}})),}}}|{{{{...,,|||||{{{{{{{{{{{((({{.........}}).}}}}}.....,,||..((((((....)))))).,,.||{{|({({{,{{{...,,,))))||||.....,,,}},,,,.......((({....)))).{(,((((.....,,|}}}.}}....)))))))}))),))))){{{{.,.}))){{{{{{.||{........})})}}}}),.})))))))))))))))))).))....((((.(((((....))))).))))....))).))))))))).)))..))))(((((((((((((((((......}}||,,....,((((((((((((.....)))))}.((((.........(((({,....}))))).........)))).((((((.......)))))).......)))))))}},}}}},,))))))).)))))){((((((.{((({{{{,...((((.....))))..{{|||...,,,,|(((((.,((((...((((....))))...)))).,.)))))),...}}...)))))))...,}...)))).,)))))))).}}}}}|....................,,,....)))))))))))..))))).}....)))))))))))..)))),)))))))..,,.,)))))))}.,})}))).}}}}}}))}.}}))}))),.})}}|,|||...,,..,.(((((((.((((..((((.(((((..............))).))))))..)))).))))))),)}))}.......,,)))).............