Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001277205.2
Sequence Length
2498 nt
GC Content
0.5901
GCUCUGGCUCCUCUGGGUUCCAGGGACGCUGGGGCCGGAGCUGCUGCCGCCGUCUACACGGUCCCCUCAUUUGACGGGUUCGCCUCCUAGCAGCGCCUGGGCGAGUGACAUCUGGGCCGGACCAGCUGGUGCUGCGCGGCGCAGACUUCUGCCAGAACAUUGCACGCGACAGUUUCAGGCACAGAACUGACUGGCAGCAGGGGCUGCUCCACGAGUGGGAAUUUGCUCCAGCACUUCACGGACUGCAAGCGAGGCACUUGCUAACUCUUGGAUAACAAGACCUCUGCCAGAAGAACCAUGGCUUUGGAAGGCGGAGUUCAGGCUGAGGAGAUGGGUGCGGUCCUCAGUGAGCCCCUGCCUCCCUGAACAUAGGAAACCCACCUGGGCAGCCAUGGAAUGGGACAAUGGCACAGGCCAGGCUCUGGGCUUGCCACCCACCACCUGUGUCUACCGCGAGAACUUCAAGCAACUGCUGCUGCCACCUGUGUAUUCGGCGGUGCUGGCGGCUGGCCUGCCGCUGAACAUCUGUGUCAUUACCCAGAUCUGCACGUCCCGCCGGGCCCUGACCCGCACGGCCGUGUACACCCUAAACCUUGCUCUGGCUGACCUGCUAUAUGCCUGCUCCCUGCCCCUGCUCAUCUACAACUAUGCCCAAGGUGAUCACUGGCCCUUUGGCGACUUCGCCUGCCGCCUGGUCCGCUUCCUCUUCUAUGCCAACCUGCACGGCAGCAUCCUCUUCCUCACCUGCAUCAGCUUCCAGCGCUACCUGGGCAUCUGCCACCCGCUGGCCCCCUGGCACAAACGUGGGGGCCGCCGGGCUGCCUGGCUAGUGUGUGUAGCCGUGUGGCUGGCCGUGACAACCCAGUGCCUGCCCACAGCCAUCUUCGCUGCCACAGGCAUCCAGCGUAACCGCACUGUCUGCUAUGACCUCAGCCCGCCUGCCCUGGCCACCCACUAUAUGCCCUAUGGCAUGGCUCUCACUGUCAUCGGCUUCCUGCUGCCCUUUGCUGCCCUGCUGGCCUGCUACUGUCUCCUGGCCUGCCGCCUGUGCCGCCAGGAUGGCCCGGCAGAGCCUGUGGCCCAGGAGCGGCGUGGCAAGGCGGCCCGCAUGGCCGUGGUGGUGGCUGCUGCCUUUGCCAUCAGCUUCCUGCCUUUUCACAUCACCAAGACAGCCUACCUGGCAGUGCGCUCGACGCCGGGCGUCCCCUGCACUGUAUUGGAGGCCUUUGCAGCGGCCUACAAAGGCACGCGGCCGUUUGCCAGUGCCAACAGCGUGCUGGACCCCAUCCUCUUCUACUUCACCCAGAAGAAGUUCCGCCGGCGACCACAUGAGCUCCUACAGAAACUCACAGCCAAAUGGCAGAGGCAGGGUCGCUGAGUCCUCCAGGUCCUGGGCAGCCUUCAUAUUUGCCAUUGUGUCCGGGGCACCAGGAGCCCCACCAACCCCAAACCAUGCGGAGAAUUAGAGUUCAGCUCAGCUGGGCAUGGAGUUAAGAUCCCUCACAGGACCCAGAAGCUCACCAAAAACUAUUUCUUCAGCCCCUUCUCUGGCCCAGACCCUGUGGGCAUGGAGAUGGACAGACCUGGGCCUGGCUCUUGAGAGGUCCCAGUCAGCCAUGGAGAGCUGGGGAAACCACAUUAAGGUGCUCACAAAAAUACAGUGUGACGUGUACUGUCAUCAAGGGGUAUGCUCCAUGCUUUGAGUCACCAAUGAAGCGGGUGAGGGAAGAUGAGAGGGGGAGGUGAGAGCUUCUGGGAAGGGGCAUUUGAGCUGGGUUUUGAGGGAUGAUUAUGAGCUCUCUGGAGAGGAGUGAUAUUCCAUUUAUUUAGAAAGCCUUUACUGACACCUUGUGCUCAGGCCUGUGUUGGUUCUGGGGCCCUAGAAGAACCAGUCCUAGCCCUGGUCCAUACGGGCUCCCAACUGCUGGAAGUACAGACUGGCACAGCAACAUCAGGGUUGUGACAGAGGGAAGCAUGGCUGGGGGGAGGGGGUACACAGACAGUGCCCAUGACCCAGUCCAAGGAGUCAGGAAAGAGCUCUCUGAGGAGGGAGCAUCUGAGCCAGAUGUUGAGGGCUGAGUGGGAACUUGGCAAGCAGAAGUGGGGAGCACUUUAAUGCAACCCAGGUAUGCUCCAUGCAUAUCCAGCUGGGCCAGCCUCGUGCUGGGCUCUGCCCUGGGCAGACAGGCAGAGGGCCAGAGCAGAGGACACAUGGCCUUGCGUGUGUGAAAGCUGAGAAAAUGGGAGCUGUGCUUCAGCUACCCUCCAGACAAGGGCAAGAGUUAGCCAGAUGCUCCAGGCAGUGGGAAGCCAAUGGAGGGAUUAAGCGGCGGAAGCUUCUUAGAAGAGGCAGGGGGCGAAGUGCAGUGGCUCAUGCCUGUAAUCUCAGCAAUUUGGGAGGCCAAGGAAGGAGGAAUGCUUGAGCCCAAGAGUUUUAGACCAGCCUGGGCAACACAGUAAGACCCUGUUUCUACAAAAAAAUAUAAAAAAUAGCCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1019.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1061.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 631.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.((((...))))))).))))))))..((((((((((((((((....)))))(((.((....)).)))((((((((((.((((((((.((((.((((((((((((((.(((..(((.((.((.(.(((((((((...((.((((((.((..(((.(((.(((((..((((((((..((..(((((((.(((.((.(.(((..((((((((......)))..)))))...)))).)).((((((...))))))...(((((.....))))))))))))))).))..((((((((..((.((((((.((((..((((((((..((....)).)))))))))))).)).)))).)).............(((....))).))))))))..((((....(((((.((.((((...)))).)))))))))))....))))))))...((..((...))..))))))).)))))).....((((((.((((.((((.(((((..(((((((.((((...(((((.((....)).)))))...)).))...).))))))))).)).)))).)))).)))))).........)).)))))).)).)))).....))).)).)...)).)).)))..)))........)))).))))).))))).))))...)))).))..))((((((...(((..((............))..)))....))))))...(((((((.((.(((.(((..((((((..((((.(((((((((((....((((.((((((((((.......)).)))))))).)))).((((((((.((((...((.((.(((.(((.(((..((......))..))).)))))).)).))...)))))))..)))))....(((....)))..((((((.......((((((((..((((.((((((.((((((....(((((..((((((((((.(((((((...((((.((((.((((((..(((((((....((((((...(((.(((((((...(((((((.((((((((...))))..)))).))...))))))))))))))).(((((((((((((...(((.((....)).)))...)))))).)))))))((((.((((((((((.........((((...((((.((..((((((((...(((((...)))))...))))))))...)))))).))))..(((((((....)))).))).((((((((((((((((....).))))))).........((((((.........))))))(((((....((...))....)))))..................))))))))))))))))))..)))).......))))))..)))))))...((((........))))...)))))).))))))))((.((..((((...((((((.........((((...))))..((((((((((.((((..((((((((..(((((((...(((((............(((((..(((((((((...(((..(((((((((((((...((((.......((((((((..(....)..))).))))).((((........))))((....)).))))...)))))))))..........((((((.....))))))...((((....))))..(((((...........)))))))))..))).....)))))))))..).))))((((((....))))))...))))))))))))))))))))........(((.((((((..(((((...))))).....)))))).)))......)))).))..))))))))((((((((.((..(((((((..(((...........)))))))))).))))))))))((((.....(((......))).(((.((((((.........)))))).))).)))).))))))...))))..)))).......))))))).((.((((((.......)).))))))..((((((((((....))))))).)))))))))..)))).)))))..)))))).((((((...(((((((((.....))))))..)))...))))))((((.....)))).((((((((((.....)))).))))))(((((((.((......))))))))))))))).)))).))(((((((......)))))))....)))))).....((((((((.....))))).)))..))))))..(((........))))))))).))))).))))))))))..))).))))).((((.(((....))).))))))))))).))))))))))).))))))))))..(((.....((((((....)))))))))...(((((.(((..((((((.(((((.(.(((.......)))))))))..)).))))....))).)))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({((((((,((((...})))))}.}))))))),.(((((((((({(((((....))))){((,((....)).)))((((((((((.({((((((.((((.((((((((((((((.{{{..{{(,((.(({({(((((((((...((,|{,{||.....||.}|||.||||.|}||{{.(((..,,..}||||(((((((((((((((..({((((({....,,}}}..}}}}}...)))..))}((({(({{,,,}||,...(((((.....))))),,||.(((({,....{(({(({{..{{.{(((((.((((..((((((((..((....)}.)))))))))))).}).)))),|({,....,}}}...(((....))).))))))))..{(((....(((((.((.((((...)))).))))))))))),,,,}}}}}}},...||,,|,...,,.,|||.,,,,)))))},....((((((.((((.((((.(((((..(((((({{({((...(((((.({....}).)))))...)).),...),})))))))).)).)))).)))).)))))).......,.)),)))))).)).,}))....,)))})),....))}))})))..,,,........)))),,)))).))))).))))...)))).))..{|((((((...(((..((............))..))).,..))))))}..{((((((.{(.(((.(((..((((((..((((.(((((((((((,...((((.((((((((,{.......)}.)))))))).)))).((((((((.((((.,.({.((.(((.(((.(((..((......))..))).)))))).)).)}...))))))).,}))))....(((....))).,((((((.......((((((((..((((.((((((.((((((..,.(((((..((((((((((.(((((((...{(((((((({({((((.,(((((((,{{{(((((({{{({(.(((((((...(((((((.((((((({...})))..)))).))...))))))))))))})).}||||||||||||{{(((({(,.,{{{{{{,{{{{}|||}|,.,|}},(((((.((((((((({............,.,.((({.{{.,((((((((...(((((...)))))...)))))))).,,|}||||{...,..{{|||||.,,.,|||{|}}{((,,...|||,||||}....}.|||||||.......,.((((((.........)))))).}....,}}))),.,....{(((.{,.....},..)))}..(((....)))})))))))))..)))))......,})|||{{|||||}}...((,,..,,....,}))}}})))))}.)))}))))||}||,.{{{{...||||||}}.......,,{({{{||,|.}||||||{{{{|{{{,..((((((((..(((((((,.,(((((............{({{{..(((((((((...(((..(((({((((((((...((((,.,.,,.{(((((((..(....}..))).))))),|,||}.,...},)))}({....)).)}}}...))))))))}.....,,,,{((({{{.,,,|}))}}....|{||}}},))))}}|||{{{..,,.....,)),})))))..))).....)))))))))..).)))}((((((....))))))...})))))))))))))))))))........(((,((((((,,(((((...})))).}},.}))))).}))|,,..{||||,||..}))|))))((((((({{((..(((((((.,{((..,......,.}},))))))).)))))))))){|{{.....(((......))).(((.((((((..{....}.)))))).))),))),,)))}}).,|)})}..})})||.....))))))).((.((((((.......)).))))))..((((((((((....))))))).))))))))}.,)))),))))),.)))))).{(((((...(((((((((.....))))))..)))...)))))|((((.....)))),{((((({(((....})}}}.))))),((((((({((......))))))))))))))).)))).))(((((((......)))))))....)))))).....((((((((.....))))).)))..)))))}.}{((........))))))))).))))).))))))))))..))).))))).((((.(((....))).))))))))))),))))))))))}.))))))))))..|||{,....,,||}}...||||}},,)}},(((((.(((..((((((.(((({,(.(({.......}))))))))..}}.))))....))).)))))...................,},,...
Back