Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278186.2
Sequence Length
4172 nt
GC Content
0.3792
AGUCUCUUCCCCAACUCUCCCCACCCCUGGUGCUCUCCGCCCCGCUUGCCUCCCGUUCUUCCCCGCCCGCUCCAUCCGGGUCGCUGACGGCUGUCUCUGGACUGGACAGCAGUGGCGUCCGCUUUUCUCUAAGGAACCCGAUAAGAACUCCAUUUUCUGUUGAUGUGGAGACAUAGGGUACCUCCAACUUUCCGGGGUUUCAGAAGAGAAUUUUUUAUUGAAACUGGAAGACCAAAAUAAUUACAAGCAUGUUGUGCUGGGGAAAUGCAUCCUUUGGGCAGCUAGGUUUGGGUGGAAUUGAUGAAGAAAUUGUACUAGAGCCCAGAAAAAGUGACUUCUUUAUAAAUAAAAGGGUCCGAGAUGUAGGAUGUGGACUCAGACAUACUGUGUUUGUUCUGGAUGAUGGAACAGUGUACACAUGUGGAUGUAAUGAUCUAGGACAGCUAGGUCAUGAAAAAUCCAGAAAGAAACCAGAAAUAUUAAAAGUUUGUCAGAUAUCCAGAUUGUACAGGUUGCUUGUGGUUACUAUCAUUCACUUGCACUUUCUAAAGCAAGUGAAGUCUUCUGUUGGGGACAGAAUAAAUAUGGCCAAUUGGGUUUAGGUACUGACUGUAAAAAGCAAACUUCACCGCAGCUGCUUAAGUCUUUGCUUGGAAUCCCUUUCAUGCAAGUUGCAGCAGGAGGAGCCCAUAGUUUUGUACUCACCCUUUCUGGAGCUAUCUUUGGAUGGGGACGCAACAAGUUUGGUCAGCUAGGUCUUAAUGAUGAAAAUGGAAGGUGGAGUGUUUACUUUUGGAGCUGGAGGGUAUGGUCAGUUGGGCCAUAAUUCUACCAGUCAUGAAAUAAACCCAAGGAAAGUUUUUGAACUUAUGGGAAGCAUUGUCACUGAGAUUGCUUGUGGACGGCAGCACACUUCUGCUUUUGUUCCUUCAUCAGGACGAAUUUACUCUUUUGGGCUUGGUGGUAAUGGGCAGCUGGGAACCGGUUCAACAAGCAACAGGAAAAGCCCCUUUACUGUAAAAGGAAAUUGGUACCCCUAUAAUGGGCAGUGUCUACCAGAUAUUGAUUCUGAAGAAUAUUUCUGUGUAAAAAGAAUUUUCUCAGGGGGAGAUCAAAGCUUUUCACAUUACUCUAGUCCCCAGAACUGUGGGCCACCAGAUGACUUCAGAUGUCCCAAUCCGACAAAGCAGAUCUGGACAGUGAAUGAAGCUCUAAUUCAGAAAUGGCUGAGCUAUCCUUCUGGAAGGUUUCCUGUGGAGAUAGCCAAUGAGAUAGAUGGAACGUUUUCUUCCUCUGGUUGCCUAAAUGGAAGUUUUUUAGCUGUUAGCAAUGAUGAUCACUAUAGAACAGGUACCAGAUUUUCAGGGGUUGAUAUGAAUGCUGCUAGGCUUUUAUUCCACAAACUUAUACAACCUGAUCAUCCGCAGAUAUCUCAGCAGGUGGCAGCUAGUUUGGAAAAGAAUCUUAUUCCUAAACUGACUAGCUCCUUACCUGAUGUUGAAGCAUUGAGGUUUUAUCUUACUCUACCAGAAUGUCCCCUGAUGAGUGAUUCCAACAAUUUCACAACAAUAGCAAUUCCCUUUGGUACAGCUCUUGUGAACCUAGAAAAGGCACCACUGAAAGUACUUGAAAACUGGUGGUCAGUACUUGAACCUCCACUAUUCCUCAAGAUAGUAGAACUUUUUAAGGAAGUUGUGGUACAUCUUUUGAAACUCUACAAGAUCGGUAUUCCCCCUUCUGAAAGAAGAAUUUUCAACAGUUUUCUUCAUACUGCAUUAAAGGUUUUAGAAAUACUACAUAGGGUAAAUGAGAAAAUGGGACAGAUUAUACAGUAUGAUAAAUUUUAUAUACAUGAAGUACAAGAAUUGAUAGACAUAAGAAAUGAUUAUAUCAACUGGGUCCAACAGCAGGCCUAUGGAAUGUUGGCAGAUAUCCCUGUUACAAUCUGUACAUAUCCAUUUGUAUUUGAUGCCCAAGCAAAAACUACUCUGUUACAGACCGAUGCAGUCUUACAGAUGCAGAUGGCUAUUGAUCAGGCCCACAGGCAGAAUGUCUCCUCUCUUUUUCUCCCAGUGAUUGAAUCUGUGAAUCCCUGCUUAAUUCUAGUGGUGCGUAGAGAAAAUAUUGUAGGAGAUGCAAUGGAAGUCCUUAGGAAAACAAAGAACAUAGAUUACAAGAAGCCACUCAAGGUUAUAUUUGUUGGAGAAGAUGCUGUGGAUGCAGGAGGGGUGCGCAAAGAAUUUUUCUUGCUCAUCAUGAGGGAAUUAUUGGAUCCUAAAUACGGCAUGUUUAGGUAUUAUGAAGAUUCCAGGCUCAUUUGGUUUUCUGAUAAGACAUUUGAAGACAGUGAUUUGUUCCAUUUGAUUGGUGUUAUCUGUGGCUUAGCAAUUUAUAAUUGUACCAUUGUGGACCUCCAUUUUCCUUUGGCUUUAUAUAAGAAACUACUGAAAAAGAAGCCAUCCUUGGAUGAUUUGAAAGAACUAAUGCCUGAUGUUGGGAGAAGCAUGCAACAGUUACUGGAUUAUCCAGAAGAUGACAUAGAGGAAACAUUUUGUCUUAAUUUUACGAUCACAGUUGAAAACUUUGGUGCAACAGAAGUGAAAGAGCUGGUUCUAAAUGGUGCAGACACAGCUGUUAACAAACAAAAUCGGCAAGAGUUUGUCGAUGCUUAUGUGGAUUACAUAUUCAAUAAAUCAGUGGCUUCCUUAUUUGAUGCUUUUCAUGCGGGCUUUCAUAAGGUCUGUGGAGGAAAAGUCCUUCUGCUCUUUCAGCCUAAUGAACUACAAGCAAUGGUCAUUGGAAAUACAAAUUAUGAUUGGAAGGAACUGGAAAAGAAUACAGAAUACAAAGGGGAAUAUUGGGCAGAACAUCCUACGAUAAAAAUUUUUUGGGAAGUAUUUCACGAAUUACCAUUGGAAAAGAAGAAACAGUUUCUGUUAUUUUUGACAGGUAGUGAUCGCAUUCCUAUUCUUGGUAUGAAGAGUCUGAAACUAGUCAUCCAGUCCACAGGAGGUGGUGAGGAGUAUCUCCCAGUUUCCCAUACUUGUUUUAAUCUUCUGGAUCUUCCAAAAUAUACAGAAAAAGAAACUCUACGCUCUAAACUGAUCCAAGCUAUUGAUCACAAUGAAGGCUUCAGUUUAAUAUAACUUUGGAGUUAUAACUAUUCAGUUUAGUGCAAAAGCAUUAAACUAUUUGUGUUUUUCUUGUGGUGAUGAAUUCAGCAAGGUGACAGAGGUACUAUUAUAAUUCUUACUUGCAGAAUGUUCAAUCUACGAGUGUUCAUGGAAGCCAAAAAAUAUUAAAGGAAAAUGAACAAACUGUUAAUAUUAUUGUACAGAACCAUGGAUUUUUUUUGACCAUCUUCUAAUAAACAUAGCAAGUAUUAUGAAUACAUUAAAGUUUUACUAACAUGAAUUUUAAGAGUUUGCAUAUUUCAGAAAUGAUCUGGUGUGAGUGCAUGGAAAUAUUGCUUAAUUUUUCUUCAAUCAUUGAGUGAAAAACCUUUAACUUUGGCCUGCAAUAGUCAUUUGAUUAUUUUUUCAUUUUGUAAAUAAUGUUAAGUUUUGUAAUAAAAUAGUUAUGUUCUGAUACCAGUACAGUUUCUAUGGUUGUAAUUGAACUUGAACAGACUUUUAAAGGUUAAAAAUUAUGAUUUAAAUCUUACUCUGAGACUCUAUAAAAAGAAAAAAAAGGUAGCAUGGUGGAAACACUAUCUUUUCUUUUUUGCUAGAAUAAGUGUCUUUGUGCAAACCUAAAUCACAGAUAGGGAAUAUACUACAUAACCUGCAGUUCUUUUCUUUGUGAAUCCUGACACACUGAUAGAUGGGGGAUUGUCGAUCAGAGAACUUAUUAAUAUUUAGUACUGGAAGAACUCUGUCUCCACAGUUGCCAGUAAUAAAAAGAAACAUUGGCUACUAUGAGCACCAAUCACUGGGUUAUAGCUUUCAAAAUUAUUGAUGCUGCAGUGCUUUAGAGCUAUUUCCUUGAAUUUAAGAAACAAAUCUUAACAGUUUUAUGGUGCUGAUGCUUAGUUGUCUCAUGCCAUUAAAUUGUAAAAGUGAGUUGAUGCAAUACAUGUGACUUUCUGCUAUAAUGCAAAUAUUUAUUUUUUAAAUUUAUUUUAAAAUGCCGUGAAAACUGUUUAAUAAAGAUUUAUUGUUUUAAUAUUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1082.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1167.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 1066.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...................((((....((((((((...((((.....(((....(((((((((((((((.......)))))((((.((.((((((.(......))))))).)))))).(((..........(((.((((........((((((..((....)).)))))).....)))).))).........)))((((((((.((((....)))).))))))))(((((((.....((((((((((((.(((((.(.(((((......))))).).)))))..(((((.((((.((((........)))).)))).)))))........(.(((((.((((....)))).))))))....((((.(((.((((.((.((((.(((((((((((((((.....))))))))...)))).(.(((((...(((((((((.....))))))))).....))))).)....................))).)))).))..)))).))).))))...))))))))))))......(((((((((..........))))))))))))))))...))))).)))))......))).....))))...((((((((.(((....((((..............))))((((((((((.((((((((((.....((((...)))).(((((((((.((((.(((((((((...((((.(((((((....))))))).))))........(((((((((((....(((.....))).....((((..((((((((((((.(((((..((((((((((((((((.....)))))).))))).)))))..)))))))))).......(((((....)))))((((((((((((((((((((.((((..(((((((((.((((......)))).)))))...((((((((.((((........))))..)))))))).....(((((((((((((((((((........((((..((((...)))).)))).((((((((.(((.....(((((((((.((((((((...))))))))...((((.(((...((((........))))..)))))))(((((..........................))))).......((((((((.(((((((((((..(((((..(((.(......).)))..))))).))))...(((((....(((....)))..))))).(((....)))..((((((...)))))).((((((....(((((((((((....(((((((((((.((((........(((((.(((..((((.......))))..))).))))))))))))))....(((((.((((..(((((.(((....))).)))))..)).........))..))))).(((((((((.(((((((.(((((((.((((((((.(.....((((...)))).....).))))))))))..))))).)).((((((......))))))..((((((...(((........)))..)))))).((((((((....................((((.(((...((((((((((..(((....(.((((((((((((((((((((....(((((((((.....)))....))))))....)))))...(((((..((((.(((((.((......)).))))).)))).))))).(((..((......))..)))....((((((............))))))..((((((((...(((((............((((((((..........((((............((((((......)))))).(((.((((((((...((((((..(((.....)))....)))))).((((((........))))))((((((((..((((((............)))))))))).)))).)))))))).))))))).........))))))))...))))))))))))).((((((((.((...((((........))))(((.((.((((..............)))).)).)))..)).)))))))).....))))...))).)))))))).)...((...(((((((.....)))))))....))(((.(.....).)))....))).))))))).))).))).))))......))))))))..)))))))))))))).))))))((((.((((.(((...))))))).))))(((((((((((.((.(((((((((((.....)))))))).)))..)).))))))...)))))...((((((.(((.....))).)))))).......))))))))))))))))))))))))))))))))((((((...)))))).)))))))))....))).))))))))((((((.....((......))......))))))(((.(((((((((((...((((((..(((...(((((......))))))))..)))).)))))))))))))..)))((((.((.(....).)).))))....((((((..((...((((...((....)).)))).)).))))))))))))))))).....((....)).)))))))).........((((.(((.((((........)))).))).)))).))))..))))...))))))))..........))))))))))))(((((((((...)))))))))((((((....)))))).(((.....)))(((((((.(((.......))))))))))...............((((((((..(((((..(((....((((((.....(((((.((((((.(((((.((((...............((((((.....((((....((((..((..(((((...(((((...))))).)))))..)))))))))).....))))))...((((.((((..(((.....)))..)))))))).((((.....))))..)))))).)))))))))))))).....))))))..)))))))).)))))))).................)))))))..))))..)))).)))))))((((....))))...((((((((((......))))..((((((((((......((((((((((....))))))))))((((.((((..((((((..(((.....))))))))).)))).))))....))))))))))((((((.(((........))).))))))......))))))....((((((((((.............)).))))))))...))))))))).)))).))))))))).((((((((...............(((((...)))))..((((((((.........))))))))((.(((((((((....((((((...(((((((.((.((((((...((((((..(((((..(..........((((((((((...((((...((((........)))).))))....))))))))))..........)..)))))..))))))......)))))).)).)))))))....))))))..((((((((((.(((((..............)))))...)))))))))).............(((((.((......((..((((((((.((.((((((....))))))))..)))))))).))......)).))))))))))))))))...(((((((.(((((((.................)))))))..))))))).............)).)))))))))))).)))).))))).)))))...))).))))))))(((.((......)))))..(((.((((((.............)))))).)))..)))))))).....))))..((((((((..(((.(((((......))))).)))))))))))....((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((.((......)).))).))...((((((..((((((((((...((((......((........)).....))))...))))))))))..)))))).........)))))).)))))))).....)))))))....)))))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,.(((((..(({.(((.((((..((((({((({...((((.(,.(((.{((((,{(((((,,(((((.......))))}((((.((.((((((,{......))))))).)))))),|||..........{((.((((........((((((..((....)).)))))).....)))).))),,....,..|})|(((((((,((({....)))).}))))))})))))},,..........,.(((({...)))))}))))...)),..}...))))}))}))),.}))),))).}}}..}}}}}.}}}...,..,||||{{{.....{.((({{{(((......,)),))))),....((((.(((.((((.((.((((.((({{{{{(((((((,....||}}}}}}...}))),{.(((((...(((((((((.....))))))))).....))))).}......,,,,,,........))).)))).))..)))).))).))))((,|(((((((({........(((((((((..........))))))))){{{{{(,,,.}}}))||||.......,{{(({{,.((((((((((((((((,,,....,|||,{{{{,,,.{{,{{{||,.,||..,|||||(((((((.{{{{{{,||,{{{{,||{.{((.,({(,,((,,,,,,||..}}}.,||}.,|||,||}}.,|,,}})).||||{{.,,.,...|||}||||,,|..{{{,...||}|,||,.,,|,,({{({{{{(({({.((({,,.((((((((((((((((.....))))))},)))).))))),.,))),}}},|(((.,..{{(({....}}))}.}})){{{{{,{.{,.{{({{{{,,|||({(({,{{{((,,.....))))){{{{{{{{{,,,,,}))))|||.......,{|||{{|{{((,((({{{{,{,{(((((,..})})}}......,,....,(((((((.(((((......)))))...{((((.{(((,.....,,,((((((((...))))))))...(((,,(((.,.((((........)))),.)))))))))))..))))}.))))))).}}}}}}}))}),,)})))}}}}))||||,{|{{({.{,(((((..(((((..(((.(......).)))..))))).....))))),||,..{((((,,,{{{|}},|||||{{|,|,|||,,|,}}}|,|,||||||||}|,.,|{|,.|||,({{{.,...,}))}}|||||},||||...,{{{{((((..((,{((((,....{{,,,,}}}}},..,))))),)),,)))}}}}||,((((((.,(((((.(((....))).)))))..,........,,.}}}))),,,,.)))))))..}}}}}}}(((((((.((((((((.({,,,,(,,,.,,,)))}....,.)))))))),)..))))).,|,|||,||,,,.,|||},,,..,|||||,}}|,,..,}}}}})))},))),))}}}}}.....{{{{{{{....({(....{{....))....))).))))))}(((.....))){((((.,...,,,........,,)))))))))))))))))))))((((..(((((.{(((.(({...})))))).)))))...))))....{{....},..((((....((((((((.((((((.((({...((((((............))))))..((((({{{..,((((({{{....,{{..,,,{|||{,{{{{{{{{,((((............((((((......)))))).(((.((((((((...{(((((..(((.....))).,..)))))}.{(((((........)))))|((((((((..((((((............)))))))))).))))})))))))).))))))}.........},}|||||...||||,},,,},))}}.}}}||..(((((((((((((..((((((...(((,({,..,)))}}}...{(((((.(.(((((((((({(((,((...{,((({{......,))}))..,,)),)},.....,,,((((((((((((.((((((((.,.((......((((((((((((.....,.,,,,,{{(({((((((({,,{{{((((.....((((.(((.((((((((((((.(({{{(({...})))))).))))(((((((((((.((.(((((((((((.....)))))))).)))..)).))))))...))))).......((.{(((((......((((.((.((((((((({((...,.,|}},{,{{.{((({{,..,}}.........,(((((((((..(((((..(.(((((((((((((((.....((......))......))))))}...{((((((((((...{{((((..(((...(((((......))))))))..)))).})))))))))))),,||,((((.{(,{....}.}),))))....,,,,...((({.{(({...})}}.}}))....,.}))).))))).)..)))))..)))))))))}.))))).}}|},,},,,}}..((((((((....)))))))),..{(((((...,}))))..,))))))))).)).)))))))))}.)}.(((((((.,(((((((({...})))))))),...))))))))))))))))))..))))(((((({,(((.......))))))))))..........,{{..((((((((..(((((..(((.,..{(((((.....(((((.((((((.(((,{.((((.{.............((((((.....{({(....((((..((..(((((,..(((((...))))).)))))..)})))))))}..||.))))}}...{(((.((((..(((.....)))..)))))))).{({{.,,,.))))},))))},.)))))))))))))).....)))))),.)))))))).))))))))..,,..............})))}..,.,{(((((((....{{((((((....)))),..))))))))))))}}}})))}}}}}})),,,........((((((((((....))))))))))))))))))))))(((((((,{,,,,((((.(((((,{{,.{(({.{{......}..})))}}))))).)))}.,)))..)))))))(((((((.....((.............))...)))))))..((((,,(,.....)}.))))..)),.)))))))).)))..))))))))).,}..,,{{{...,{,||,,},}}}|.(((((((((.........)))))))))..,,.{(((({(.(((((.....))))).}}..))))).,{{{{.|||,,..,}},)))}))))))))))).).)))))}...........)))))))))))))))))))..,,}}}}}}}}}}|,,,|,....{(((((((((.((.((((.((((...(((.(((....))).)))....))))..)))).)).))))))))})){|,||,,,||||||,,,......,{|||,.,}}||,.,,,|||||,{{......{{,.((((((((.((.((((((....))))))}),.)))))))).|}......}},}}}}},|||.,....,,.,|||{{{,,{({{{,...,||.,,...,,)),)))...,,||,,||||,.......))))..}}}))).)))))).)))))))))))).....,......,{||,|{{{{{...,,,|||||,,,))}))},,|||||,.,,,,.......))))))})))))))))))).....}))))},((((((((.,(({.(((((......))))).)))))))))))....{(((((,{,,(((({((((((((((((((((((((((((((.((......)).))).))...((((((..((((((((((...((((.,,.,.{{|,....,}}}..,,.))))...))))))))))..)))))}.........))))))))))))))).....)))))),.,}})))),,.)))))}.
Back