Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278201.2
Sequence Length
2652 nt
GC Content
0.5260
GCGAAUGCGAACCUGGCCCGUGCGGAAAGGGCGCGGAGAGCCCCGGCGCGGAGCAGGGGACGGUAUUCAGAAUUCGAGCGCAGGAGCUCCGCUUCUCCACCUGCUCCCGGGGAGCUAUUGGGCCUCCUCUUCCAGCAGCCUCUAUCUUUAUUCUACAGGAUCCAGAGAAUCACCCGCUGAUGGUUUUUGCCCAGGCCUGAAACAACCAGAGAGCUACGGGAAAGGAAGGGCUUGGCUUGCCAGAGGAAUUUUCCAAGUGCUCAAACGCCAGGCUUACGGCGCCUGUGAUCCGUCCAGGAGGACAAAGUGGGAUUUGAAGAUCCACUCCACUUCUGCUCAUGGCGGGCCAGGGCCUGCCCCUGCACGUGGCCACACUGCUGACUGGGCUGCUGGAAUGCCUGGGCUUUGCUGGCGUCCUCUUUGGCUGGCCUUCACUAGUGUUUGUCUUCAAGAAUGAAGAUUACUUUAAGGAUCUGUGUGGACCAGAUGCUGGGCCGAUUGGCAAUGCCACAGGGCAGGCUGACUGCAAAGCCCAGGAUGAGAGGUUCUCACUCAUCUUCACCCUGGGGUCCUUCAUGAACAACUUCAUGACAUUCCCCACUGGCUACAUCUUUGACCGGUUCAAGACCACCGUGGCACGCCUCAUAGCCAUAUUUUUCUACACCACCGCCACACUCAUCAUAGCCUUCACCUCUGCAGGCUCAGCCGUGCUGCUCUUCCUGGCCAUGCCAAUGCUCACCAUUGGGGGAAUCCUGUUUCUCAUCACCAACCUGCAGAUUGGGAACCUAUUUGGCCAACACCGUUCGACCAUCAUCACUCUGUACAAUGGAGCAUUUGACUCUUCCUCGGCAGUCUUCCUUAUUAUUAAGCUUCUUUAUGAAAAAGGCAUCAGCCUCAGGGCCUCCUUCAUCUUCAUCUCUGUCUGCAGUACCUGGCAUGUAGCACGCACUUUCCUCCUGAUGCCCCGGGGGCACAUCCCAUACCCACUGCCCCCCAACUACAGCUAUGGCCUGUGCCCUGGGAAUGGCACCACAAAGGAAGAGAAGGAAACAGCUGAGCAUGAAAACAGGGAGCUACAGUCAAAGGAGUUCCUUUCAGCGAAGGAAGAGACCCCAGGGGCAGGGCAGAAGCAGGAACUCCGCUCCUUCUGGAGCUACGCUUUCUCUCGGCGCUUUGCCUGGCACCUGGUGUGGCUGUCUGUGAUACAGUUGUGGCACUACCUCUUCAUUGGCACUCUCAACUCCUUGCUGACCAACAUGGCCGGUGGGGACAUGGCACGAGUCAGCACCUACACAAAUGCCUUUGCCUUCACUCAGUUCGGAGUGCUGUGUGCCCCCUGGAAUGGCCUGCUCAUGGACCGGCUUAAACAGAAGUACCAGAAGGAAGCAAGAAAGACAGGUUCCUCCACUUUGGCGGUGGCCCUCUGCUCGACGGUGCCUUCGCUGGCCCUGACAUCCCUGCUGUGCCUGGGCUUCGCCCUCUGUGCCUCAGUCCCCAUCCUCCCUCUCCAGUACCUCACCUUCAUCCUGCAAGUGAUCAGCCGCUCCUUCCUCUAUGGGAGCAACGCGGCCUUCCUCACCCUUGCUUUCCCUUCAGAGCACUUUGGCAAGCUCUUUGGGCUGGUGAUGGCCUUGUCGGCUGUGGUGUCUCUGCUCCAGUUCCCCAUCUUCACCCUCAUCAAAGGCUCCCUUCAGAAUGACCCAUUUUACGUGAAUGUGAUGUUCAUGCUUGCCAUUCUUCUGACAUUCUUCCACCCCUUUCUGGUAUAUCGGGAAUGCCGUACUUGGAAAGAAAGUCCCUCUGCAAUUGCAUAGUUCAGAAGCCCUCACUUUUCAGCCCCGAGGAUGGUUUUGUUCAUCUUCCACCACCUUUGAGGACCUCGUGUCCCAAAAGACUUUGCCUAUCCCAGCAAAACACACACACACACACACACACACACAAAAUAAAGACACACAAGGACGUCUGCGCAGCAAGAAAAGAAUCUCAGUUGCCAAGCAGAUUGAUAUCACACAGACUCAAAGCAAAGGCAUGUGGAACUUCUUUAUUUCAAAACAGAAGUGUCUCCUUGCACUUAGCCUUGGCAGACCCUUGACUCCAGGGGAGAUGACCUGGGGGAGGAAGUGUGUCAACUAUUUCUUUAGGCCUGUUUGGCUCCGAAGCCUAUAUGUGCCUGGAUCCUCUGCCACGGGUUAAAUUUUCAGGUGAAGAGUGAGGUUGUCAUGGCCUCAGCUAUGCUUCCUGGCUCUCCCUCAAGAGUGCAGCCUUGGCUAGAGAACUCACAGCUCUGGGAAAAAGAGGAGCAGACAGGGUUCCCUGGGCCCAGUCUCAGCCCAGCCACUGAUGCUGGAUGACCUUGGCCUGACCCUGGUCUGGUCUCAGAAUCACUUUUCCCAUCUGUAAAAUUGAGAUGAAUUUUGGUGUUGAAAGUUCUUCCUGGAGCAGAUGUCCUAGAAGGUUUUAGGAAUAGUGACAGAGUCAGGCCACCCCAAGGGCCAUGGGAGCCAGCUGACCUGCUUGACCGAAGGAUUUCUGACAGACUAUCUUUGGGGAUGUUUUCAAGAAGGGAUAUAAGUUAUUUACUUUGGGCAUUUAAAAGAAAAUUUCUCUCGGGAAUAAUUUUAUAGAAAAAUAAAGCUUCUGUGUCUAAGGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-892.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -940.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 779.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((....))...(((.(((((((.(((..(((((((((((((((.((((((((((((((((.........(((...((((......))))...)))))).))))))))((((((......(((((.....(((((((((((((((((((........)))))..))))..(((...(((...(((....)))..))).))).....((((..(((..((((...((.(((.(((((((((((((((.(.........(((......)))(((((.......)))))......((((....)))).(((((((...((......)).))))))).).))).)))))))))))).))).))))))...(((....))).)))..))))))))))))))..((((((((((((((((.(.((((.((((..(((.((.(((((((((((((.(((((.(((((....)))))....))).)).))).))))))))))...))..)))...)))).)))).).))))...)))))))))))).(((((...))))).............(((((....(((((((....)))))))....)))))((((.(((.(((((((((((((((.((((((((.(((((((...........................((((((((.(((((((((..((((..(((((((..(((((((..(((......)))))))((((((.....)))))).(((.((((((((((.........(((((...(((((........((((.(((...))).).)))(((...((((((...))))))....)))((((((((..((.......((((....)))).(((.....)))..((((....)))).((((.((((((............((.(((.(((.((((.((((((((.....((((((((((..((((((.((((((((..(((((....(((...........))).)))))..)))))))).))...))))......))).)).))))).....)))..)))))....))))..))).))).)))))))).))))....))..))))))))..)))))..)))))..))))))))))..)))(((((....)))))...(((.......))))))..)))).)))...)))).))))....)))))..)).))))))..............((((((((.((((((((((((.(((...))).))))))))....((((.(((.((.............)).))))))).......)))).)))))))))))))))...)))..))).....)).)))))))).))))..))).))))))).(((((.(..........).))))).......(((((.(((((((.....)).)).))).)))))))))).....))))))..))))).))))).....))))))))).)..))).)))..(((((((...............((((((((((((((...(((((..(((((.....)))))....))))).....))))..)))).......((((((..(((((((((((....(.(((((((.((((((((...((..(((((...((((((((((.......((..((((.(((((.((((...)))).((((((...((.....(((((((.....)))))))..)).))))))..((((((.(((((.(((((....(((.((((((.....))....((((((((..((..(.((((.((((....)))))))).)..))..))))))))((((((((((((......))))))))......((((..((((.....))))..))))..(((((........)))))........................................(((((..(((((((((((.(((......)))..)))))......(((....))).........(((.((.((((((.(.(((((((((............)))))).))).).))).))).)).))))))))))))))......)))).))))))).))))).))))).))))))........((((((((.....((((....)))).....).)))))))..((((((((.(((((..(((((.(((.((.((((.(((..(.((((((....)))))))..))).)))))))))..)))))..))))))))).)))).....((((...((((((((.(((((.(((((((((((....(((((.((..(((..(((((.......))))).))).)).))))))))))).))))).))).....))..)))))))).))))........))))).....))))..)).........))))))))))..(((((((....)))))))....((((...)))).)))))))..))))))))....))))))).)...))))).))))))...))))))((((.....))))))))))......)).)))))...((((.....)))).))))............((((((...)))))).....(((((((.........)))))))....)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((....||...,,,,((({(((.(((..(((((((((((((((.((((((.((((((((...,..........{((((({.{((.({{(((({,,|||.|||{{|||,{{|(|||,...|||{|||||,((((((((((((...((({,,{{{....)))}..})))}.,,.{{{(((..{((({{{,{{....))..}}},.,,}}},..}||,,{|}}...((.(((.(((((((((((((((,(....,,,..{{{,.....|||(((((.....,.))))).}....((((....)))).{(((((({{{....}})))},}}))))).}.))).)))))))))))).))).}),,,{{{,|||,,..}})))).,...))))))))))))..(((((((((((({(((.(,((((.((((..(((.{{.(((((((((((((.(({{{.{{{((,...))}}}....))).}}.)))}})))))))))...)}..)))...)))).)))).).)))}...)))))))))))){{(((,{,...,}.}}}}},.......(((((....(((((({....}))))))....)))))((((.(((.(((((((((((((((.({{({{{({((({{{{......|||||,...............((((((({.{{,{{((((,.({{{..{{(({((,,(((,{{|||{({,,,,,{|||,,,|{(((((,....||||||((((,{{{((({{{{|........{((((,,,{((((,.......{((,.{{{...)}}.}.}}}||,...{{{{||...))))))....,}|((((((((..({.|,,...((({....}}}}.,{{.....))}..{(((....}}}|.(({{.{(((((,.,.........{(|((({(((.,,{|}|{|||||{}.,..,{{{{{{{{({.((((((.((((((((..(((((....{{(...........}}).)))))..)))))))).))...)))).},...))))))}))))),..,.}))}})),))....,}|||{|||.|,}.},}}))))})))),...))..))))))))..))))},.)))))|.))))))}))}..}))(((((....)))))...{{{.......}))}}}..))))})),...))))})))}}}.,)))},..}),})))))..............((((({({.{((((({{((((,{(,...,||,}}|||||}...,((({.{{|,|||,.,,,.,.....})})}})))).....,,)))}.)))))}}})})))))...)))..,))..},.}).)))))))).))))..))).))))))).|||||}|.....,,...|{}}}},,,.....})})).})))}},})))))).((.(((......))))),,...})))))))})))).)))}}..,,.))))))))),,..))).))}..{(((({{...,....,,.,,..{,,,,.((((((((...(((((..(((((.....)))))....))))).....)))}.,))))..,,,{,((((((..(((((((((((....{.(((((((.((((((((...((..(((((,,,((((((((((.......((..({{(.{((((.{(((...)))}.((((((...{{.....(((((((.....)))))))..)).))})}}..((((((.(((((.(((({.{{{((({{,{(((,....}}|...{(((((((..((..{.((((.((({....}))))))).}..}}..)))))))},.,,((((((((......))))))))......{((({.((((.....))))},))})..(((((........)))))........................................{,{{{..(((((((((((.(((......)))..)))))...}}}|}|,},,}},,,.,,},..{{{.((.((((((.(.(((((((((.{........,.)))))).))).).))).))).)).))))}|,}||||||...,||||}}...,,.}),))))).))))).))))))........((((((({,{{..((((....)))).,.,.).)))))))..((((((((.(((((..(((((.(((.(,{((((.(((..(.((((((....)))))))..))).)))))))))..)))))..))))))))).)))).....((((...((((((({.({(((.(((((((((((....(((((.((..(((..(((((.......))))).))).}).)))))))))))}})))).))).....}}..)))))))).)))).....,..)})}).,,,,))))..))..,......)))))))))),,(((((((....))))))).....|||},.)})),))))),},.)))))))}.,..))))))).}...))))).))))))...}))))}.||,....,,,})))))}),.....})}}))))...,{{{.....}|||,||||,,.....{{{,.{{{{||...}))}},..,}}|{{{{{{.........))))))),},,}))}..
Back