Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278426.4
Sequence Length
2095 nt
GC Content
0.5241
ACUGAGGACUCAUCCAUCUGCACAGCUGGGGCCCCUGGGAGGAGACGCCAUGAUCCCCACCUUCACGGCUCUGCUCUGCCUCGGGCUGAGUCUGGGCCCCAGGACCCACAUGCAGGCAGGGCCCCUCCCCAAACCCACCCUCUGGGCUGAGCCAGGCUCUGUGAUCAGCUGGGGGAACUCUGUGACCAUCUGGUGUCAGGGGACCCUGGAGGCUCGGGAGUACCGUCUGGAUAAAGAGGAAAGCCCAGCACCCUGGGACAGACAGAACCCACUGGAGCCCAAGAACAAGGCCAGAUUCUCCAUCCCAUCCAUGACAGAGGACUAUGCAGGGAGAUACCGCUGUUACUAUCGCAGCCCUGUAGGCUGGUCACAGCCCAGUGACCCCCUGGAGCUGGUGAUGACAGGAGCCUACAGUAAACCCACCCUUUCAGCCCUGCCGAGUCCUCUUGUGACCUCAGGAAAGAGCGUGACCCUGCUGUGUCAGUCACGGAGCCCAAUGGACACUUUUCUUCUGAUCAAGGAGCGGGCAGCCCAUCCCCUACUGCAUCUGAGAUCAGAGCACGGAGCUCAGCAGCACCAGGCUGAAUUCCCCAUGAGUCCUGUGACCUCAGUGCACGGGGGGACCUACAGGUGCUUCAGCUCACACGGCUUCUCCCACUACCUGCUGUCACACCCCAGUGACCCCCUGGAGCUCAUAGUCUCAGGAUCCUUGGAGGGUCCCAGGCCCUCACCCACAAGGUCCGUCUCAACAGCUGCAGGCCCUGAGGACCAGCCCCUCAUGCCUACAGGGUCAGUCCCCCACAGUGGUCUGAGAAGGCACUGGGAGGUACUGAUCGGGGUCUUGGUGGUCUCCAUCCUGCUUCUCUCCCUCCUCCUCUUCCUCCUCCUCCAACACUGGCGUCAGGGAAAACACAGGACAUUGGCCCAGAGACAGGCUGAUUUCCAACGUCCUCCAGGGGCUGCCGAGCCAGAGCCCAAGGACGGGGGCCUACAGAGGAGGUCCAGCCCAGCUGCUGACGUCCAGGGAGAAAACUUCUGUGCUGCCGUGAAGAACACACAGCCUGAGGACGGGGUGGAAAUGGACACUCGGCAGAGCCCACACGAUGAAGACCCCCAGGCAGUGACGUAUGCCAAGGUGAAACACUCCAGACCUAGGAGAGAAAUGGCCUCUCCUCCCUCCCCACUGUCUGGGGAAUUCCUGGACACAAAGGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGAUGGACACUGAGGCUGCUGCAUCUGAAGCCCCCCAGGAUGUGACCUACGCCCGGCUGCACAGCUUUACCCUCAGACAGAAGGCAACUGAGCCUCCUCCAUCCCAGGAAGGGGCCUCUCCAGCUGAGCCCAGUGUCUAUGCCACUCUGGCCAUCCACUAAUCCAGGGGGGACCCAGACCCCACAAGCCAUGGAGACUCAGGACCCCAGAAGGCAUGGAAGCUGCCUCCAGUAGACAUCACUGAACCCCAGCCAGCCCAGACCCCUGACACAGACCACUAGAAGAUUCCGGGAACGUUGGGAGUCACCUGAUUCUGCAAAGAUAAAUAAUAUCCCUGCAUUAUCAAAAUAAAGUAGCAGACCUCUCAAUUCACAAUGAGUUAACUGAUAAAACAAAACAGAAGUCAGACAAUGUUUUAAAUUGAAUGAUCAUGUAAAUAUUACACAUCAAACCAAUGACAUGGGAAAAUGGGAGCUUCUAAUGAGGACAAACAAAAAAUAGAGAAAAAUUAAUAAAGUCAAAAUGUUUAUUCUUGAAAACAUUAAUGAUACAUGAAUCUUGGCCACAAUGAGAAAAAUAAAAAUGAAAAAAGAGCAGGCAUCCAUUUCCAUACAGGAACAAAAUAGGAGGCAGCACUACAGACCCUACACACAGCUUUACAGAGGUGAAAGAAAACUGUCAGCAAUUCUAUGCUGACAUAACAGAAAAUGUAGAUGAGAUAGAUGAAAUACGAAAAAUUACAGUUUACUUAAUGAACAUAAGGAUAAAUAGAAAAACUGAAUCAUCAUACAUAAACAUAUAUAAAAUGCAUUGAUCCUGUAAUCAAAAAUGUUCCCACAAAGUAAAUGCCACUUCAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-699.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -734.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 603.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((((((((...((((((.....(((((((((.(((.(((.........))).))))))(((((((((...((((....((((((...)).)))))).))))))))))).))))))....)))..(((((((((((....(((.((((((....((((((((..(((((..(((....)))..)))))..)))((((((....((((....((((((............((((((.....((((..........)))))))).))............)))))).))))...)).))))(.((((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.(....))))).))))....))))...))))))))).................))))))..))))))).))).)(((((((....((((((.....(((((((.(((...(((((((..(((........(((((.....))))).(((...))).((((((..((((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).)))))))))..)))))).)))..)).))))).))).)))))))......))).....)))(((((......)))))..((((.((((..........(((.((((((((((((...))))))).....))))))))........)))).)))).))))))).)))))...((((((((....(((((((((.((.(((((.(((....)))))))))).)).)))))))(((((((((..(((((((((...((((((.(((((((((((((((..(((.((((....((((((((((..........(((.(((((((........))))))).))).((.(((((...(((((.(((..((.........)).))).)))))...))))).)).((((...)))))))))).))))))))....((((.(.((((..(((.....))).))))).))))...(((((........)))))(((...)))........(((...((((((((((((..........((((............))))(((((((.......))))))).......))))))))))))..)))(((..(.....)..)))..)))..)))))))........((((((((((.((((((((.....((.(((((((.(((((.((.....((.(((.(((.(..((............))..)))).))).))....)))))))..))..))))).))..))))..))))))))))))))((((...)))).............))))))))...))).......))).))))))))))))))))))...))))))))..(((((((((.(((((.((((.(((..((((((...(((.((...((................))..)).)))...))))))..)))..)))))))))...((((.....)))).((((.((((....)))).))))(((....((((........))))....)))..........(((...((((..((((.......))))..))))..)))........((..(((......)))..))(((((.((((.((((((.....................................((((.(((((((........)))))))..)))).......(((((....))).)).....................)).)))).)))))))))................)))))))))..)))))).))).....)))))...))))))...........((((((((......))))))))...)))....)))))))).....)))))................((((((((...((((((...(((...(((.....))).)))...........................(((((......)))))..)))))).....))))))))....))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..(((((((((((((..,((((((,,,,,(((((((((.(((.(((.........))).))))))(((((((((,{.(,({.{{{(((,,,}}})),),)},.}},))))))))).))))))....}}|..,,{(((({,{{..||||{{(((((({{{((({(((((..{((((,.{{{.,,,}}|,,|||||,.}}|{((,((((.(((.{{.,,{(((({{{..,||{{{..,(({{{....)||||.....,,{......|||{.{{(,........)))}}}.,,,)}}.}},.}}}}}.}||((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.{....})))).)))),,,.)}))...))))))))).................))))))..)))))))),{({((,,({{{...}}|.||{|,,,.||||{{{.{||},,||||||,..|||......,{((((({,...,||||{{{({{{||}.{(((({..((((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).))))))))).|})))}},||...||.|||||{|||.}}|||||,,,...,.||.,||||||||,}|{{{(((,(({{{({((,((((...,|.,,}.(((.((((((((((((...))))))).....))))))))........}}||,}|||{.,(((((..,,,,.}}}||,||||.}}}((((((({({((.(((({,(((....)))))))))).)).)))))))|||||||||}.|||((({{(.{{(((({(,({((((((((((({({{((({(({{....((((({(({({.........(((.(((((((........))))))).))).,{{(((({..,||||{.|||.,||,}......,))}}))}))}},..,)))))})}.((((...}}}))))}}|,|||||||}....(((({(((((((((,{.....||,.((.((((....)))).))....}}..,.}.))))))....}}))....}}}}..((((((((((((..........((((............))))(((((((.......))))))).......))))))))))))..,}}|||,,|....,)),,}),.))),})},))))}}}}.,,}||||{,,,{|}|||||,||...}}||,|||||||.||{{(,{.....,|,.,||}|}}.,.))}}|....}}}}}.})}||||..}}},)))},}|||,}}}..)),.))))),}}.}))))}}}}},,,}}}|||||(((..{{|||,..{{{.....{{{{|((((|.......))))...,,),,)))),,,,,,))),,))})},))))))),.|||||||{{.{{{{{.{{||,||,,|||{|||,..{||,|{,,,|||,,,,,}.......,..|.,||,}}}...}))})),}))}..||||}}|||,..((((.....)))).{|||,,,||,....,,..||,|{|{.,,,(({({{{{,...))))},..|||,{..............||||,.{{((,,,....}|||..||||..((((,...,)))).}}}}..,||.,,,.|}||{,,,{((((.((((({...,.,...............................((((.(((((((........)))))))..)))).......{((((....}},.}},....................}}.}))).))))))|||.....}},........))))))}))..}}}}}},}}}...,.)}))}|,,}))))}},.........((((((((......))))))))...}}}....)))))))).}}}.))}},................((((((((...((((((...(((..{({(......|{,,,{{|,,,..,,.....,.,.....}}}.,,}|}}.}}}}.)))....)))))).....))))))))....))))))...
Back