Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278433.2
Sequence Length
4307 nt
GC Content
0.3854
GAGCUGUGGUGGGCUCCACCCAGUUCGAGCUUCCCGGCUGCUUUGGUUACCUAAUCAAGCCUGGGCAAUGGCAGGCGCCCCUCCCCCAGCCUCGCUGCCGCCUUGCAGUUUGAUCUCAGACUGCUGUGCUAGCAAUCAGCGAGACUCCGUGGGCGUAGGACCCUCCGAGCCAGAGAACCAUGGAGUCUGGCAGUACCGCCGCCAGUGAGGAGGCACGCAGCCUUCGAGAAUGUGAGCUCUACGUCCAGAAGCAUAACAUUCAAGCGCUGCUCAAAGAUUCUAUUGUGCAGUUGUGCACUGCUCGACCUGAGAGACCCAUGGCAUUCCUCAGGGAAUACUUUGAGAGGUUGGAGAAGGAGGAGGCAAAACAGAUUCAGAAUCUGCAGAAAGCAGGCACUCGUACAGACUCAAGGGAGGAUGAGAUUUCUCCUCCUCCACCCAACCCAGUGGUUAAAGGUAGGAGGCGACGAGGUGCUAUCAGCGCUGAGGUCUACACGGAGGAAGAUGCGGCAUCCUAUGUUAGAAAGGUUAUACCAAAAGAUUACAAGACAAUGGCCGCUUUAGCCAAAGCCAUUGAAAAGAAUGUGCUGUUUUCACAUCUUGAUGAUAAUGAGAGAAGUGAUAUUUUUGAUGCCAUGUUUUCGGUCUCCUUUAUCGCAGGAGAGACUGUGAUUCAGCAAGGUGAUGAAGGGGAUAACUUCUAUGUGAUUGAUCAAGGAGAGACGGAUGUCUAUGUUAACAAUGAAUGGGCAACCAGUGUUGGGGAAGGAGGGAGCUUUGGAGAACUUGCUUUGAUUUAUGGAACACCGAGAGCAGCCACUGUCAAAGCAAAGACAAAUGUGAAAUUGUGGGGCAUCGACCGAGACAGCUAUAGAAGAAUCCUCAUGGGAAGCACACUGAGAAAGCGGAAGAUGUAUGAGGAAUUCCUUAGUAAAGUCUCUAUUUUAGAGUCUCUGGACAAGUGGGAACGUCUUACGGUAGCUGAUGCAUUGGAACCAGUGCAGUUUGAAGAUGGGCAGAAGAUUGUGGUGCAGGGAGAACCAGGGGAUGAGUUCUUCAUUAUUUUAGAGGGGUCAGCUGCUGUGCUACAACGUCGGUCAGAAAAUGAAGAGUUUGUUGAAGUGGGAAGAUUGGGGCCUUCUGAUUAUUUUGGUGAAAUUGCACUACUGAUGAAUCGUCCUCGUGCUGCCACAGUUGUUGCUCGUGGCCCCUUGAAGUGCGUUAAGCUGGACCGACCUAGAUUUGAACGUGUUCUUGGCCCAUGCUCAGACAUCCUCAAACGAAACAUCCAGCAGUACAACAGUUUUGUGUCACUGUCUGUCUGAAAUCUGCCUCCUGUGCCUCCCUUUUCUCCUCUCCCCAAUCCAUGCUUCACUCAUGCAAACUGCUUUAUUUUCCCUACUUGCAGCGCCAAGUGGCCACUGGCAUCGCAGCUUCCUGUCUGUUUAUAUAUUGAAAGUUGCUUUUAUUGCACCAUUUUCAAUUUGGAGCAUUAACUAAAUGCUCAUACACAGUUAAAUAAAUAGAAAGAGUUCUAUGGAGACUUUGCUGUUACUGCUUCUCUUUGUGCAGUGUUAGUAUUCACCCUGGGCAGUGAGUGCCAUGCUUUUUGGUGAGGGCAGAUCCCAGCACCUAUUGAAUUACCAUAGAGUAAUGAUGUAACAGUGCAAGAUUUUUUUUUUAAGUGACAUAAUUGUCCAGUUAUAAGCGUAUUUAGACUGUGGCCAUAUAUGCUGUAUUUCUUUGUAGAAUAAAUGGUUUCUCAUUAAACUCUAAAGAUUAGGGAAAAUGGAUAUAGAAAAUCUUAGUAUAGUAGAAAGACAUCUGCCUGUAAUUAAACUAGUUUAAGGGUGGAAAAAUGCCCAUUUUUGCUAAUUAUCAAUGGGAUAUGAUUGGUUCAGUUUUUUUUUUUCCAGAGUUGUUGUUUGCCAAGCUAAUCUGCCUGGUUUUAUUUAUAUCUUGUUAUUAAUGUUUCUUCUCCAAUUCUGAAAUACUUUUGAGUAUGGCUAUCUAUACCUGCCUUUUAAGUUUGAAACUAACUCAUAGAUUGCAAAUAUUGGUUAGUAUUUAACUACAUCUGCCUCGGCUCACAAAUUCCGAUUAGACCUUUAUCCAGCUAGUGCCAAAUAAUUGAUCAGAUGCUGAAUUGAGAAUAAGAAUUUGAGGUCUACAUUCUUGGUUGUUAAUUUAGAGCGUUUGGUUAAAGUAUGUCCUUCAGCUGACUCCAGUAUAAUCUCCUCUGCUCAUUAAACUGAUUCCAGGAGAUUGGAUUUGCUGUGACUAGAUACAGAUGGAGCAAAUGUCCUAACAGAGAAAUAGAGGUGAUGCUGCUAAAGGGAGAAAUGCCAGGCGGACAAAGUUCAGUGUCGGGAAUUUUCCCCGUGACAUUCACUGGGGCAUGAGAUUUUGGAAGAAGUUUUUUACUUUGGUUUAGUCUUUUUUUCCUUCCUUUUUAUUCAGCUAGAAUUUCUGGUGGGUUGAUGGUAGGGUAUAAUGUGUCUGUGUUGCUUCAAAUUGGUCUGAAAGGCUAUCCUGCUGAAAGUCCUGCUUUCCUAUCUAGCAUUUAUUUCUCUGGCAAACUUUUCUUUCUUUUCUUUUUUAAAGUAAACUUGUGUAUUGAGUCUUAACUGUAUUUCAGUAUUUUCCAGCCUUAUGUGUUACAUUAUUCCAAUGAUACCCAACAGUUUAUUUUUAUUAUUUUUUUAAACAAAAUUUCACAGUUCUGUAAUGUAGGCACUUUUAUUUUCAUUGUGAUUUAUAUAUAAGGUAAUGUAGGGUUAUAUUUGGGAGUGACUGCAAGCAUUUUUCCAUCUGUGUGCAACUAACUGACUCUGUUAUUGAUCCCUUCUCCUGCCCUUUCCCAGGUAAUUUAAAUUGGUCAUGGUAGAUUUUUUUCAUAGAUUUGAAAAACUUUUAGGUUGUUACCAAGUAUGAAGUAUAAAUCUGGGGAAGAGGUUUUAUUUACAUUUUAGGGUGGGUAAGAAAGCCACCUUGUUACAAAUUUUUUAAUUUCCAAAAUAAUCUAUAUUAAAUGAGGGUUUCUGAUCUGUACUUUGUGUUUAGCUACCUUUUUAUAUUUAAAAAAUUAAAAAUGAAAAUUACGUUCUUACAAGCUUAAAGCUUGAUUUGAUCUUUGUUUAAAUGCCAAAAUGUACUUAAAUGAGUUACUUAGAAUGCCAUAAAAUUGCAGUUUCAUGUAUGUAUAUAAUCAUGCUCAUGUAUAUUUAGUUACGUAUAAUGCUUUCUGAGUGAGUUUUACUCUUAAAUCAUUUGGUUAAAUCAUUUGGCUUGCUGUUUACUCCCUUCUGUAGUUUUUAAUUAAAAACUUUAAAGAUAAGUCUACAUUAAACAAUGAUCACAUCUAAAGCUUUAUCUUUGUGUAAUCUAAGUAUAUGUGAGAAAUCAGAAUUGGCAUAAUUUGUCUUAGUUGAUAUUCAAGGCUUUAAAAGUCAUUAUUCCUGGGCUUGGUAAGUGAAUUUAUGAGAUUUACUGCUCUAGAAAGUAUAGAUGGCCAAAGGACCGUUUUGUAUUGCUUCCUGAUUACCAGUCUGAUUAUACCAUGUGUGCUAAUAUACUUUUUUUGUUAUAGAUUGUCUUAAUGGUAGGUCAAGUAAUAAAAAGAGAUGAAAUAAUUUAAAUUCUUAAAUGAAUCAGUUUUUCUUCCCUUUCUCCUUUCCGUCUUUCCUCUCUCUGUCCUUCCCCGAAAGUCUACUCGGGUGGGCAAAAAUGAAAAGGGGGAAAGUGAAUUAUGGGAUCGGUGUUUUGAAAGAGCAAUGUUUAUUUUCAGUGCUUUUCAGUUUGUCAAAGAGUGGAUCUCAAAAUCUUGCUUAAAGGGUAAUUGAGAUGUAGCAGAUUUAUUUACUUAGUCAUGGAAAGAAAAAAAUUCAGUCAAAAGCUAAAGAUUUCCUUUUGAUUGAAGACAGAUUGGUUCUGUGGCCUUGGAACUUUCCCAGACUUAAUGGGGAAACAUCAUUUCUAGAUUAGCAUACUCUUUGGUUUAAAUUUAAUAUAUACAUUUAAUGUUACUUAGGGAUACUUUUAUAUUUUGCAUAUAUAAAGCCUCAUAUAUAAAGCCUUAUUUCUGAUGCUCUUAGAUUUCUGAGGAGUGAGAUGAUUAAGUUGUAUUCAUUAGUGUAUUGGUAUUUCUUCACAUCCAGUGAAAUUGGAGAUAUGUUGUAUGUUAGAAGAGCAUUCUUUAAAUUGUGUUGCUUUGAACAUGUGUACCUUUUCUAGAUUCAGUAAUCCCUUCCCCCCGUCCUCUGGAGUAUGAAACCUUUAGAGUCACAAUAAAAUGUAACUAAAGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1187.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1270.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 982.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((((...))))))))))).((((....)))).((((((((((...((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((...((((((((....)))))))).))).)))).....((.(((((((((((((...(((...)))..)).......))))))))))).))......(((.((.....)).)))..((((((((...((((((..(((((......)).)))...))))))))).)))))((((((((((..(((.(((((.....))))).)))((((((.((((...))...)))))))))))).)))))))))))))).)..))))).)))....((((((...)))))).....(((((((((..(((((((.(((..((((((.(((....))).))))))((((((((....))))..(((.((((((.((((((((((((.....(((((((((((..((((((((((((.((((((............(((...)))..............(((((((.((....))....)))))))..(((((((((((.((((((.(((.....)))..)))))).))).)))))))))))))).))))))).((((((((((((((......(.(((.....))))...))))))))))))))..(((((.((........))))))).......(((((((...........)))))))..(((.((((((((((((((.((((((((((((.((((((((((...(((..............)))..))))))))))..((((........)))).((((((.....(((((.((((..(((...((((((((.(.....(.((.....)).).....).)))))))).)))..))))...))))).......((((((((......((((((...))))))..((((((.(((((((....)))))))......(((((((((((((.(((((((((..(((((((((.....)).)))))))..........((.(((((..((..(((((.(((.((.((...((((((((((((((((((((((((....((((((((.....((((((((.(((((......)))))..)))).))))....((((((((((((((....))).))))).......))))))....((((((........(.(((((..((((.((.(((....))).))))))..))))))......))))))((.((((((((........))))).)))))((((...(((....).))......))))......))))))))..))))))).....))))))).)))))))))))).))))).)))))))..))))).)).)))))))))))).))))))))))....((((((((((((.......)))..)))))))))...(((((((.....))))))).....)))))).....((((((....))))))))))))))(((((.((((((..........)))))).)))))((((((((.((((.....)))).((((((.((((((((((........)).))).......))))).))))))...........((((((((((((((........((((....))))(((((..((.....))..))))).((((((.(((.(((((......))))).))).))))))((.((((...((((((...))))))..))))))...)))))))))).)))).(((((......)))))...................))))))))...))))))......(((((((((.........)))))))))...........)))))))))))).).....((((.((......)).))))..((((.(((......))).))))))))))))))))).)))..(((((....)))))(((...........))).....((((.((.(((((((.(((.........))).))))))).)).))))......((....)).......)))))..))))))).....)))))))))))......((((((((((((((((((((.(((((((((.((.....)).)))))).))).)))))))..))))))))))))).....(((...((((.((.((((.....(((((((....(((......)))....))))))))))))).)))).)))...((((((((((((.((((((.....(((((((((((((((......)))(((((((((((....((((...((((((......((.((((((((((((((((...)))).))))...)))))))).))...........)))))).....))))...))).)))))))).......((((((......((((((((...(((((((((......((((.....(((.......))).....)))))))))))))...)).))))))......)))))).))))))))))))(((((((((.................)))))....))))((((((((............))))))))............((((((((....((((((..((((((.(((..(((((((...(((................(((((((...((((.((....))..))))....)))))))...)))...)))))))))).))).)))..))))))))))).))).)))))))))))))))))).....((((.......))))))).)))))))))))((((((((((((((..((((..(((((((...((((..(((((((......)))))))..))))...))..)))))...))))......))))))))))).))).............((((((((.(.....).))))))))..........((((((................))))))...))))...))))))))))...)))))).)))...(((((((.(((((....))))).)))))))((((((...((((((..(((((((((((.(((((.((((((((..((((((...((.((((((((...((((((((.((((......))........((((((((..(((..((((....))))..)))..))))))))..)).))))))))((((...)))).....)))))))).)).....))))))....(((..(((....(((..(((((((....)))))))....)))..)))..))))))))))).))))).)))..))))))))..))))))............))))))((((((((....((((.....))))....))))).)))...)))).....))))))...))))))))))))..((((........((((.((((.(((((((((((((.(((..((((((((((.((((...(((((.(((.....)))((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((..((....))..))))..))))))))))))((((((((((((((......((((((((((.(((..((((((((((.((((((((.(((((.(......(((((...(((((........))))).))))).....).))))).)))))).))....(((((((....(((((((((((((.((........)).))))))).......))))))....)))))))...........)))))).....))))...))).))))))))))....(((((((((.........((((((((((((...........))))))))))))..........)))))))))........(((((((.......)))))))..((((((((((((((((........))))))))....((((((.........)))))).(((((((((.((((((((...((.........)).....))))))))...))))))))).((((((((....)))).)))))))))))))))))))).)))))).)))))))))))).........((((((...)))))).))))).)))).)))))).))))).....)))).)).))).)))))..))).)))))..))))))))..)))))))).............((((((((........))))))))))))........))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.(((((...))))))))))).((((....)))).((((((((((.,.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((...((((((((....)))))))).))).)))).....((.(((((((((((((...(({...}))..))}......})))))))))).))......(((.((.....)).)))..((((((((...((((((..(((((......)),}))...))))))))).)))))((((((((((..{((.(((((.....))))).))}((((((.(({(...})...)))))))))))).)))))))))))))).)..))))).)))....((((((...}))))).....(((((((((..(((((((.(({.,((((((.(((....))).))))))((((((((....)))}..{((.((((((.(({{,(((((({..,|||||((((((((..(((({(((((((.((((((,,....,|,...(((...}))..............(((((((.((....))....)))))))..(((((((((((.{(((((.(((.....)))..)))))}.))).)))))))))))))).))))))).((((((((((((((......{.{((.....)})}...))))))))))))))..,,,,,.{{{{,.....},||}}|{(.((({((({{,{........,,,|,|||||..(((.((((((((((((({.((((((((((((.((((((((((...(((.....,....,...)))..))))))))))..{({,........}|||,((({,({.,{{,{{{,,{{{,..,.....{((({{{||||.(((((..((({{{((((........,{(((....))))|((((((((((((,..{((((.((((...,..((((((...))))))..{(((((.(((((((....)))))))......(((((((((((((.(((((((((,,(((((((((.....)).)))))))..........,,.(((((.{({..(((((.(((.((.((...((((((((((((((((((({((((((..((((((((......((,,,.,.,((((.....{|||,,..||{{..,))}}..,||||.((((((((....))).))))).....{{|,||||{{,{(((((,.....}}}}.|||||,}|||}}|,.(((....},|{|||||,..}},,,,|,....,,,,||(({(({{((,,..}}},,.))))).))))))}.,...|||....,.)),.......})......))))))))....)))))}}},.))))))).)))))))))))).))))).))))),,}}))))).)).))))))))))))}}))))))))).,,.((((((((((((.......)))..))))))))).,.(((((((.....))))))).....)))))}...........)))))))))))))))))))))},.,.)))))))))..)))))||{{,..((((((((........)))))))),,||||||}||||}}||||.,,,,||,||{{|((({{,.,,,,..,{|{|||||{,.,,,{{{{{||,((((,,,,{,..{{{.{((((....))))||,||}.||,...,))}.})))),{(((((.(({.(((((......))))).})).)))))}..}||||..,|||||..{{{|||,|{{|||||.,,,,},,,,||||.,|||,{{|,{...,..|||||||,}{{||,...}}}}),.,})))})}...,}},)))))))},||||||,||}}}}})...}||}}}},,},,,,.....)))))))))))).}.....((((.((......)).))))..,{{{.{((......))}.}}),})))))))))))).)))..{,,{,....,||||(({...}}}}},.}))),.,,.((((.((.(((((((.(((.........))).))))))).)),)))),}))))},))}.,}},,,,..}))))..)))))))}....|||}}})}))}......((((((((((((((((((((.(((((((((.{{.....,}.)))))),,)).)))))))..}))))))))))))..,..(((...((((.{{.((((,....(((((((....(((......)))....)))))))))))}}.)))).)))...((((((((((((.((((((.....(((((((((((({{,,,,,,{|,,{{(((((({{{..,.(((({((({{{{(,,,,,.((.((((((((((((((((...)))).))))...)))))))).)}.{{{,,.....)))))},,,,,)))},,,,}}||}}||}}}..,.,{.((((((....,,|||||||,...{((((((((......({({.....{{{.......))}.....)))))))))))))},,,},))}))),,,...}})))),))))))))))))|||.,,,{,..,,,,,{,........)))),,,,,|||.{{{{{{{{,....,,,|...,}))))}}............{(((((((....((((((..((((((.(((..((({{{{.,.,,,.....,,,,....,..(((((((...({((.{{,,..,}..})))....)))))))..,}}},,.})))))}))).)))},))..))))))))))).))}.)))))))))))))))))).|,,.{{{{.,.....)))}))).)))))))))))((((((((((((((..((({..((((({(...((((..(((((((......)))))))..))))...))..)))))...}))).,....))))))))))).))).............{(((((((.{.....}.)))))))}....,,{{,....|||,,.......,......,,,,,,,},))))..,))))))))))...)))))).)))...{((((((.(((({....})))).))))))},{{{{{.,,((((((..(((((((((((.(((((.((((((((..(((((({({,{,((((((((.,{((((((((.((,{,......,........((((((((..(((..((((....))))..)))..)))))))),,)).))))))))((({...}))).....)))))))),,,...}}))))))....(((..(((....(((..(((((((....)))))))....)))..)))..))))))))))).))))).)))..))))))))..)))))}......,}}...}}}}}}({{(((((....((((.....))))....))))).}))...)))).....))))))...)))))))))))).,|,{,......{.({,((((((.(((((((((((((.(((..((((((((((.((((...(((((.(((,,,..}}}{{{{{{{({(((({(((((((((({{{(((((((((((((.((((..((....))..))))..))))))))))))|,{((((,{((({{.,{{{.,,,,,||||,,||,,,||.((((....((((((((.(((((.,,,....(((((...(((((........))))).))))).....),))))).)))))).)).....))))..||,,,.{{{{(((((((.((........)).)))))))||{{{{{{|,.,||,|{,(((((((.{((((......)))))..))))))).}}}}.||||,,,}},,.,}||||{||{{.........((((((((((((..{,....}..)))))))))))).}}}}},}}||||||}}}}..,}|,,,{((((((.......)))))))..,}},,||||||}}|||||||},,,|})}}.}},.,,{(({{{{,{{{,.,,||}},,.{{((((((({({{(((((...({..,,,,...}}...,,}}}}}}}}..,|}}}||}}}.|{{(((((....)))))}}))}}}}}}},}}})}))),)}))}}})))))}})))))||||{{{{.,,,,|}}},}}})))}))))),})))})))))).))))).....}))).}).))).)))))..))).)))))..))))))))..)))))))).,........,..((((((((........)))))))),},}........))))))))))....
Back