Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278634.2
Sequence Length
2300 nt
GC Content
0.6739
GACUCCCCGGUGCGUCCCGGGCUGCGAGCUGCUCCCCGCGGCCCCGGCAGCCACACGGCGCGGGCGGGAGCUUCCCCAGCUCAGCGCCUAGAAGCCUGCAGCUCCGGAGCAGUGGCCGCGCCACGCCGGCCCCAGCGCGCAGAACCCUGCAGGCCCCGCCCGUCCGCCCCGGGCCGCGCCCGCCAUGUCCUACCCGCAGUUUGGAUACCCCUACUCCUCGGCUCCCCAGUUCUUGAUGGCCACCAACUCCCUGAGCACGUGCUGCGAGUCCGGAGGCCGCACGCUGGCGGACUCCGGGCCCGCCGCCUCGGCCCAGGCGCCGGUCUACUGCCCGGUCUACGAGAGCCGGCUGCUGGCCACCGCGCGCCACGAGCUCAACUCGGCCGCGGCGCUGGGCGUCUAUGGGGGUCCCUAUGGCGGAUCGCAGGGCUAUGGCAACUACGUGACCUACGGCUCGGAGGCGUCCGCCUUCUACUCGCUGAACAGCUUUGAUUCCAAGGAUGGUUCGGGAUCUGCGCAUGGGGGCCUGGCACCAGCCGCUGCCGCCUACUACCCUUACGAGCCAGCUCUGGGCCAGUACCCCUAUGACAGGUAUGGAACCAUGGACAGCGGCACGCGGCGCAAGAACGCCACGCGCGAGACCACCAGCACGCUCAAGGCCUGGCUGCAGGAGCACCGCAAGAACCCCUACCCCACCAAGGGCGAGAAGAUCAUGCUGGCCAUCAUCACCAAGAUGACCCUCACACAGGUCUCCACCUGGUUCGCCAACGCGCGCCGGCGCCUCAAGAAGGAGAACAAGAUGACGUGGCCGCCGCGGAACAAGUGCGCAGACGAGAAGCGGCCCUACGCGGAGGGCGAGGAGGAGGAGGGGGGCGAGGAGGAGGCGCGGGAGGAGCCCCUCAAGAGCUCCAAGAACGCAGAGCCCGUGGGCAAAGAGGAGAAGGAGCUGGAGCUUAGUGACUUGGACGACUUCGACCCGCUGGAAGCAGAGCCGCCGGCGUGCGAGCUGAAGCCGCCCUUCCACUCCCUGGACGGCGGUCUGGAGCGCGUCCCCGCCGCGCCCGACGGCCCGGUCAAGGAGGCCUCAGGCGCGCUCCGGAUGUCUCUGGCCGCGGGUGGCGGAGCUGCUCUGGACGAGGACCUGGAGAGGGCCCGGAGCUGUCUCCGCAGCGCGGCGGCCGGGCCGGAGCCACUGCCGGGCGCAGAGGGCGGCCCUCAGGUCUGCGAGGCCAAGCUGGGGUUUGUGCCGGCGGGGGCGUCGGCAGGCCUGGAGGCUAAGCCGCGCAUCUGGUCCCUGGCCCACACAGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCGCCACCUCCCUGAGCCAGACUGAGUUUCCGUCGUGCAUGCUCAAGCGCCAAGGUCCCGCGGCCCCUGCGGCUGUGUCCUCCGCGCCCGCCACGUCCCCGUCUGUGGCCCUUCCCCACUCUGGCGCCCUGGACAGGCACCAGGACUCCCCGGUAACCAGUCUCAGAAACUGGGUGGACGGGGUCUUCCACGACCCCAUCCUCAGGCACAGCACUUUGAACCAGGCCUGGGCCACCGCCAAGGGCGCCCUCCUGGACCCCGGGCCUCUGGGACGCUCGCUGGGGGCGGGCGCGAACGUGCUGACUGCACCCCUGGCCCGCGCCUUUCCGCCUGCCGUGCCCCAGGACGCCCCAGCUGCAGGCGCCGCCAGGGAGCUGCUCGCCCUGCCCAAGGCCGGCGGCAAACCCUUCUGCGCCUGAGGCGGGCGGGUCCCGAGCCCAGGAGGGAACCCGCGCUCAGGCGGACGGCGCCGACUCUUUUCACUGAGUUUCCAGAGGAAGACUAGCGCGGCCACCGCGAAGCCGCCAACCCACCGGAGAGGGGGCUUCUGAACUUGGACUCCUGGGAACAUGGACAAGCCCGGCGCUGCCACGCCGGGGCCUCCACCGCCUGGGCCUGAGCCUGACCGGGCCAUUCCCAAAUUUGGGACGCGGAAGGAGAGGCUCUCGGAGCAGAAGAGGCCAGAUACCCUGAAGCAUAAAGUUUACGUCAAAAGUUUACAUGGAGAAGGCGGUUCCGUUCUGAAGCGUGGUCUGCUGUCCCCUGGGCGUGAGGCCUCCUGGGCCUGUCGGGCCUCCGAUUUCAUCCUCAGCACGUAAUGCUCACCAACAGCACUUGCACUGAGUUGACUCUUGCACACUCUUGACUCCAUAAUAUGAUGCUUUUUAAGAUGUAUGUUCACACCAAUAAUUGCCUGCUUCAGAGGCUAAUAUAACAAAACCAAUAAAACCGAGUGAUGGUGUUUGUAUUGCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1073.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1105.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 473.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((.((.(((..((((.((((((.((((((.(((((.((.(((((..((((((..((((((((((..(((((((..((((((((((.(((((..(.(((((((..(.(((((.((...))))))).).((..((((....))))..))(((((((.(((((...(((((((....((((((((....(((.(((..((....))..)))...)))((((....(((((((.(((.........((((.((.((.((.(((.((((((((.((((......)))).)))))))).))).))..)))).)))).(((((.(....).)))))........(((((((((((((.((((.(((((.((.(((......))))).)))))(((((((...(((.((((.(...((((((.(((.(((((..((((......)).))...)))))....))))))))).......(((((..(..(((((....)))))(((((((.(.(((((..((((((((.(((((.((((..(((((((.............)).).)))).)))))))))..)))))))).))))).).))))))))..)))))((.((.((((......)))).)).))).)))).)))..)))))))(((((((..((.(((.((.(.(((.((.(..((..(((.....)))..))..).)).))).)))..(((((.....))))).)))))..))))))).....))))..))))..))).))))))))))))))))))))........))))))))(((.(((.(.....).))).).))....)))))))...)))))))))).)).((.(((((((((((.((((((.((((....((((((......).))))).....(((((.(.((((((((...(((((((...(((((..((((((.((..(((.((.......(((((((((.((((..((((((.(.((((.(((((.((((((..((((.....)))).))))))(((((((((((((((((((.(((....))).))))...)).))......))))))))))).....)).))))))).)))))))..))))))))).)).))....(((((.(((.....))).)))))((.((((((((((.((((.((.((((.....(((..(((((.(((((((((((((((((((.(((..(((((........)))))...))).)).)))))))).))))....))))).).))))..))))))))).....))).).))))))).))).)))))))..)).))))))))).))...))))).))((((........))))....).))))))).).))))))).)).)))))).)))))((((((........)))))))))))))).....((((((((((...(((.(((((....((.(((..(((((.......)))))..(((.((((((......)))))).)))(((((........)))))))).))))))))))....)).)))))))))))).))))..))))).)))))).)))).)))))))((((((.((...((((.....))))...))))))))))..)))))))))))))).....((.....)).))))).)).)))))..)))))).))))))...))))..))))).)))...........((..((((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((((.(((((((...(((((........)))))(((...)))((((((.(((...((..(((.(((((((..(((.((.....)))))(((((((((((.((((((((....)).)))....(((((((......)))))))(((((..(.((((((....((((((..((..((...(((((....))))).))....))..)))))))))).)).)..)))))(((.....)))((((.....))))..)))..)))))))...))))..))))))).)))..))..)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))...))))))))......(((..(((((...((((((((.......)))).)))).))))).))).....(((.((((((((...(((......)))....)))))).)).)))..............)))))))))))..))((((((((....((((.((........)).))))..)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,(((,({.{{{..((((.((((((.((((((.(((((.((.(((((..((((((,.((((((((((..(((((((..((((((((((.(((((..(.(((((,(((((((({,{({...,{((((({{.((((((((....)))).((((((,((,((((((((((((((((((((((..(((((.,,.....,,..))))}..(({.(((((({,((((((..(((((..{,(((.{{..(((.(((.(((({.((.(((.((((((((.((((......)))).)))))))).))).)),..(({{{{(,.(((((,((.{{...{{.....}}))))))))).,)))))).((((((((((((.((((..,,((((((.(((..(((((((...(((.((((.,...((((((.(((.(((((.,((({......)).)).,.)))))....))))))))).......(((((..(..(((((....)))))(((((((.{.(((((..((((((((.(((((.((((..(((((((.............)).)}}))).)))))))))..)))))))).))))).}.))))))))..)))))((.((.((((......)))).)).))}.)))).)))..)))))))..))))))))).,,)))).,.(((.((.(..((.,(((.....)))..))..).)).))),||,..(((((.....))))}.,...,..(((((....}))))||,,}||,..((((....)))){{{.....,)))..........)))))},)}})))).....)))).)))..)))..|{|,,,...))))),,))),).,)))))..))))))))))))).})).))))).(((((,,.....).))))).....))).}.))))).))))...,.(,.((((..({(,{{({,,.,,,.}}}||.},.}}}),.}}((((((,,((((..(((((||(.{(((.(({,..{(((((..((({.....}))).)))))|(((((((((((({,,{{{(|(((.|,.|||,|||}...|}.}}||.,.}))))))}}})),...,}||))))))),}))))))..))))))))).)).))}|.,}}.},))}))|{{{|,...))))),.))}))),)))))))}))}.)))))))).((((((.((((((((((..((((.(((((.((((..(((,(((...(((.((((((.((((.((((.(((.((..(((((.((({......})))...)))))..))..)))...)))).)))).)))))).)))..}))).)))..(((.({...}).)))((((........))))...)))).)))))..)))).)))),}}))))).))))))((((((........)))))).............((((((((((...(((.(((((....((.(((..(((((.......))))),.(((.((((((......)))))).))){{(((,...,...},}},))).))))))))))....)),}))))))).}})})))}..))))).)))))).)))).)))))))((((((.{{...((((.....))))...,})))))))}..)))))))))))))).....((....,)}.))))).)).)))))..)))))).))))))...))))..))))),}))...........((..((((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((((.(((((((...(((((........)))))(((...)))((((({,(((...{{..(((.(((((((..(((.((.....))))){{(((({{(((.{{((((((....}}.)}}....(((((((......)))))))(((((..{.((((((((({{,,(((..((|.{|,..(((((....))))),}))).,))..))))})|})).)).}..)))))(((.....)))((((.....)))}..)))..}}))))},,.))))..))))))).)))..})..)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))...)))))))}..,,..{((..(((((...((((((((.......)))).)))).))))).)))..,..(((.({((((((...(((......)))....)))))).)).})}..............)))))))))))..)),{{{{{{(,,,.((((.{{........}}.)))).,))))})}).....
Back