Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278637.2
Sequence Length
1078 nt
GC Content
0.6317
CCUUUCACUUUCGGUCUCUGGCUGUCACCCGGCUUGGCCCCUUCCACACCCAACUGGGGCAAGCCUGACCCGGCGACAGGAGGCAUGAGGGGCCCCCGGCCGAAAUGACAGUGCUGGCGCCAGCCUGGAGCCCAACAACCUAUCUCCUCCUGCUGCUGCUGCUGAGCUCGGGACUCAGUGGGACCCAGGACUGCUCCUUCCAACACAGCCCCAUCUCCUCCGACUUCGCUGUCAAAAUCCGUGAGCUGCCAGGCCUGAUCCUGUUUUCUCCCGCAGUCUGACUACCUGCUUCAAGAUUACCCAGUCACCGUGGCCUCCAACCUGCAGGACGAGGAGCUCUGCGGGGGCCUCUGGCGGCUGGUCCUGGCACAGCGCUGGAUGGAGCGGCUCAAGACUGUCGCUGGGUCCAAGAUGCAAGGCUUGCUGGAGCGCGUGAACACGGAGAUACACUUUGUCACCAAAUGUGCCUUUCAGCCCCCCCCCAGCUGUCUUCGCUUCGUCCAGACCAACAUCUCCCGCCUCCUGCAGGAGACCUCCGAGCAGCUGGUGGCGCUGAAGCCCUGGAUCACUCGCCAGAACUUCUCCCGGUGCCUGGAGCUGCAGUGUCAGCCCGACUCCUCAACCCUGCCACCCCCAUGGAGUCCCCGGCCCCUGGAGGCCACAGCCCCGACAGCCCCGCAGCCCCCUCUGCUCCUCCUACUGCUGCUGCCCGUGGGCCUCCUGCUGCUGGCCGCUGCCUGGUGCCUGCACUGGCAGAGGACGCGGCGGAGGACACCCCGCCCUGGGGAGCAGGUGCCCCCCGUCCCCAGUCCCCAGGACCUGCUGCUUGUGGAGCACUGACCUGGCCAAGGCCUCAUCCUGGGGAGGAUACUGAGGCACACAGAGGGGAGUCACCAGCCAGAGGAUGCAUAGCCUGGACACAGAGGAAGUUGGCUAGAGGCCGGUCCCUUCCUUGGGCCCCUCUCAUUCCCUCCCCAGAAUGGAGGCAACGCCAGAAUCCAGCACCGGCCCCAUUUACCCAACUCUGUACAAAGCCCUUGUCCCCAUGAAAUUGUAUAUAAAUCAUCCUUUUCUACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-430.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -445.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 167.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............((((((((((((......((((((.((((..............))))))))))((((..((((.(((((((....(((((((...)))).......(((.((((....)))))))...........)))....))))))).))))(((((.(.(((((((.((.((((((.....(((((((...........((((..(((.......(((......))).......))).)))).((((......)))).........))))))).....))))))....((((....))))...((((((((((((((((((..(.(((.((....((((((..((((((((.((((((.(((.((((((((((((((((((....((((....((((((............((...((((((((((((....((((((.....))))))......))))))..))))))...)))))))).)))))))))))))))))...........(((((..((((.(((....)))..))))..))))))))))..)))..)))))).))))))))....)))))))).))).)..)))))).))..(((.((((((...................))))))...)))...)))))))))))).)))))..)).).)))))((((((((............(((((.(((((((((((((.(((((.(.((.(((((.((((....))))))))).)).)))))))))))....)))))...))).)))))((((((...((((....(((((((((..((((.(....).)))).......(((....)))...)))))))))))))...).))))).)))))))).)))).))))))))).(((((...(.(((..((((.((.((((((.(((((((((((..........(((.((((.(((((........)))))))))....)))..........)))))))...)))).))))))..........)).))))..))).)....))))).................))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
............{{((((((((((,.,...(((((,{((((..............)))))))))){(({..(((({,.(((((...{((((((,.{{||||.......,.|.}|||}.{.{({{{{((.,{{{{....,,,....|}|||||,}|||,{,{{.|}||.||||,...||||||..}}}}|,||}|...........,.}}))).}}.}))))....}))))))}}......||||(((((..((,.{{.{||||{..,{|...||||,.,.....,))))....,||,.,,..,)))...((((((((((((((((((..(.(((.{(....{(((((..((((((((.((((((.(((.((((((((((((((((({...,((((....((((((............((...((((((((((((....((((((.....))))))......))))))..))))))...}})))))).)))))))))))))))))...........(((((..((((.(((....)))..))))..))))))))))..)))..)))))).))))))))....)))))))}.))).)..)))))).))..(((.((((((...................))))))...)))...)))))))))).,.,,,},,,))}..)))))((((((((............(((((.(((((((((((((.(((((.(.((.(((((.((((....))))))))).)).)))))))))))....)))))...))).)))))(((((,...((((....(((((((((..((((.(....).)))).,{,...(((....))),},)))))))))))))...).))))).))))))))..,,,.)))))))))},{{,,...,.{((,.,,{({((,((((((.(((((((((((.,.....,,,(((.((((.(((((........)))))))))....))).,......}.)))))))...)))).)))))).{{{{{{,...,,,||,...}}.}...,))))),.......,},,,,....}}.
Back