Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278641.2
Sequence Length
1460 nt
GC Content
0.5226
GCCGCCACCAACCUCCGCCGGCCUGCAGGCUCGGCCGUCUGCUGGGCCUCGGUGGCGCGGAGUCGGGGCGCGUGGGGUUUGGGGGCUCGAGGCCUGCGGAGUUGGGGCGUUUGGGGGUGCAGGCUCUGCAGAGGCCUGGGGGCUGCAGGGCCCCCGCGUGACCUUGGGGUGGGUUGGGGAGCGGCCGUCGCCACGCGGGACGGCCCCAGCCUCCAGGAACUGGUGCGGGCGGCGGGUUUCCUCCGGCUCGGCCCACUUGGGGCUCCCCACUAGUACGGUGCAUUUAUUCUUUCCGUCGCCCACGCAGCACUUCAUUCAUUCGGUUCUUACGUCUGGAACCGCCACUGGCCUCUGUGGCAGAAGCUCGCGUUCCAGCGUGGGGCACAGGUCCUAGAUGCGCCGACCCAGGCGGCGGCUUUGUUGGCUGCGGUGUCUGGUUGAGUGCGGGCCGCUGCAGAGCCGCAGUGCUGUGGGGAACAGUGAAGAGCAGCGAAAAGCUUAUGUUUUCUUUUCCAGUUUGAGUCUAGUGGUGAAGUCUUGGGUCUCUUACGGACUUCUGGGUGACCAAGGACACUCAUGAGGACCAUGAUACUUCCACUGAGAAUACAGACGAGUCCAACCAUGACCCUCAGUUUGAGCCAAUAGUUUCUCUUCCUGAGCAAGAAAUUAAAACACUGGAAGAAGAUGAAGAGGAACUUUUUAAAAUGCGGGCAAAACUGUUCCGAUUUGCCUCUGAGAACGAUCUCCCAGAAUGGAAGGAGCGAGGCACUGGUGACGUCAAGCUCCUGAAGCACAAGGAGAAAGGGGCCAUCCGCCUCCUCAUGCGGAGGGACAAGACCCUGAAGAUCUGUGCCAACCACUACAUCACGCCGAUGAUGGAGCUGAAGCCCAACGCAGGUAGCGACCGUGCCUGGGUCUGGAACACCCACGCUGACUUCGCCGACGAGUGCCCCAAGCCAGAGCUGCUGGCCAUCCGCUUCCUGAAUGCUGAGAAUGCACAGAAAUUCAAAACAAAGUUUGAAGAAUGCAGGAAAGAGAUCGAAGAGAGAGAAAAGAAAGGAUCAGGCAAAAAUGAUCAUGCCGAAAAAGUGGCGGAAAAGCUAGAAGCUCUCUCGGUGAAGGAGGAGACCAAGGAGGAUGCUGAGGAGAAGCAAUAAAUCGUCUUAUUUUAUUUUCUUUUCCUCUCUUUCCUUUCCUUUUUUUAAAAAAUUUUACCCUGCCCCUCUUUUUCGGUUUGUUUUUAUUCUUUCAUUUUUACAAGGGACGUUAUAUAAAGAACUGAACUCAACAUUCAGGUUGUUUUUUUUUUUUGUUUCUAAGUUUUUGCCCUAUUGAAGAUGACUUCAGAAAAUCCAUUCCCCAGUCAUGAAAAUGUACUGUGCUAACUUUCUUUUCCAUAGUGGAAACACUUAUUUAUAGUCAUCAAAAAUAGUGAAUAAAAAACACAUUUGGAACCUGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-522.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -552.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 387.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((...(((((((.(((.(.(((((((((.....))))))))))))).).))))))(((((((((((((((((((.((.(((.((((((((((((((.(.((........)).).))))))))..)))))).))).)).))))..))))))))).)))))))))))..(((((((((((((((.((....)))))))))......((((((...(((..(((((((.((....)).)).)))))..))))))))))))))))).(((((((((((((((..(((((.(....(((.(((((((((.(.......(((((((.......))))))).....(((.((((((((.....(((((((....))))))).....(((((.....(((((((((.(((((((((((.....))))))..)))))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))....).)))))(((..((((((.......(((((((((..((((...(((((((.....(((((.((((.((((........)))).)))).))))).(((((((((..((((..((((...(((......)))..)))).....))))..)))))...))))....(((((((((((...)))..))))))))...)))))))...)))))))))))))))))))....)))(((((((((((((((.......((((.....(((((((.(((.((...(((((((.(((((((((((.((((..(((((........)))))....((((..((.((.(((((((.(((((((......))))...(((..(((.....)))...)))...))))))).))))).)).)))).((.((((((.......)))))).)).(((.....)))...)))).)))))....))))))....(((((.....)))))....))).))))..)).)))....((((......((((((......))))))...)))).....)))))))...))))(((((.((((((((.((((((..........((((((((((.(((((...((((...)))).....(((((((....(((..((((((((....(((((((((.((((((.........))))))..)))))))))....)))..)))))..)))......))))))))))))...))))))))))))))))..)))))))).)))))....))))).....((((((((..(((..((((......))))..))).)))))))).....)).))))))))........((((((...(((......)))...))))))..)))))))))))))))........(((((.((((.......((((((((.((........)).))))))))......)))))))))..))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(({(({((...(((((((.(((.{.(((((((((.....)))))))))}))).).)))))),{(((((((((((((((((.((.(((.((((((((((((({.(.((........)).).})))))))}.,))))).))).)).)))},,))))))))).))))))))))),.(((((((((((((((.((....)))))))))...,,,,(((((...(((..(((((((.((....)).)),})))).,))))))))))))))))).(((((((((((((((.,(((((.(....(((.(((((((((.........(((((((.,,,.,,||||}}|,....(({,(((({{{|.,..|{{{|{||,,,,)))))}}||,..(((((.....((((((({({(((({((((((.....))))))..)))))))))).)))))))))}})))))))))).))))))))))))....).)))))|,(({.....))}...,{{((((((((,,(({{...{((({((,{..,{{((,(((((.,....(({{{{{({||,,.}},.|||,.,(((((,,,..}||}}..,,}}}.{||......)))..})))}}....,,)}}))||}|..}||),,,.|||{{{|{|,,...}}}.,))),,}},...})))))),,,)))})))})})},}}||||..,{{{.(((((((((((((((...,,..{((({.{{.,,,{{||.|||,.,}}.,|||||(.(((((((((((.(((({((((({...{{{,.}||},...{((({..{{.{({(((,,,,.{|||||{......)))).....},}|||}....,,,..{{{{...,,))))}.))))),,,.||||{{{,((((({...,,,.)))})),)).{((.....))}.,,)))).)))))....))))))....(((((.....)))))....}}}|||||{.,{{{|,....,|||,,....((((((......))))))...})))}},,.}})}}}|,{{{{{|((((,{((({,((({(........}}}}}..((((((((((.(((((...((((...)))).....((((((({{((({,..{(((((((....(((((((((.((((((.........))))))..))))))))).,,,))))})))))},,,.......,}))))))))))...)))))))))).},}))}}.))))))).}))},...{{{{{{{......((({(({,{({..,,.,.,}}}}}}}})))}},,,,..))))))).))}))))))))}}}},,,,((((((...(((......)))...))))))..)))))))))))))))........(((((.{(((.......((((((((.{{........}}.))))))))......)}},))))}...)).
Back