Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278684.2
Sequence Length
3386 nt
GC Content
0.4448
AGAGGCGGCUGUCUCGUGCGGCUAGAGCAGGGCCAGUAGAGUUCGGGGCAGCUGUCAAAAACGAGACGGGGAGGCUUUUCUUCCCGGGGGUGGAGGAGGGAAGGAGGGAGGUGUCCUUUUUUCCAUCUGUUGCAGUUUCCGAACCAAACGCACCCUCGCCAGCCCCGGGAAGAAAGGCCCAAGGGAGAAACCUGGGGCGCUCGGCUGGUGCCCCCACCGCCGGGCGAGGGAUGCGGGCGGUCCGUGCGCGGCAGGCGGAAAGGAUCGUGUUUCUGGACCCGGCCACCCCCCGCGUCCGCACCGCCGCCCCCGAGGGACGAGUGACAGCGGCCGCCGCGCUCGGUCCAGUCUUCCCGGCUGGAAGCGGGCGCCUGGGAUCAGAGCGUCCUGUUUAGCAAUAACGGCUGGAGCACGUCCUACAAGUUACGGGAGAGUCGGCUGUGAAGGAGACGUUCGCUUAUCCCCUGUGUCCCCGCUCCUGGCCCCUCCAGACCCCCGCCUUGCCUCGCGCUGGGAGGGGAGAUCCAGAAUGAAAGGCAAGAAAGGUAUUGUUGCAGCAUCUGGCAGUGAGACUGAGGAUGAGGACAGCAUGGACAUUCCCUUGGACCUUUCUUCAUCCGCUGGCUCAGGCAAGAGAAGGAGAAGGGGCAACCUACCCAAGGAGUCUGUGCAGAUUCUUCGGGAUUGGCUGUAUGAGCACCGUUACAAUGCCUAUCCUUCAGAGCAAGAAAAAGCGUUGCUGUCCCAGCAAACACACCUGUCUACGCUACAGGUCUGUAACUGGUUCAUCAACGCCCGCCGCAGGCUCCUCCCUGACAUGCUGAGAAAGGAUGGCAAAGAUCCAAAUCAGUUCACAAUUUCCCGCCGUGGGGCCAAGAUUUCUGAAACGAGCUCUGUGGAGUCCGUGAUGGGCAUCAAAAACUUCAUGCCAGCUCUAGAGGAGACCCCAUUUCAUUCCUGUACAGCUGGGCCAAACCCAACCCUAGGGAGGCCACUGUCUCCUAAGCCGUCAUCCCCGGGAUCAGUUUUGGCUCGUCCAUCAGUGAUCUGCCAUACCACUGUGACUGCAUUGAAAGAUGUCCCUUUCUCUCUCUGCCAGUCGGUCGGUGUGGGACAAAACACAGAUAUACAGCAGAUAGCGGCCAAAAACUUCACAGACACCUCUCUCAUGUACCCAGAGGACACUUGUAAAUCUGGACCAAGUACGAAUACACAGAGUGGUCUUUUCAACACUCCUCCCCCUACUCCACCGGACCUCAACCAGGACUUCAGUGGAUUUCAGCUUCUAGUGGAUGUUGCACUCAAACGGGCUGCAGAGAUGGAGCUUCAGGCAAAACUUACAGCUUAACCCAUUUUCAAGCAAAACAGUUCUCAGAAAUGUCAUGAUUGCCGGGGUGAAGGCAAGAGAUGAAUUGCAUUAUUUUAUAUAUUUUUUAUUAAUAUUUGCACAUGGGAUUGCUAAAACAGCUUCCUGUUACUGAGAUGUCUUCAAUGGAAUACAGUCAUUCCAAGAACUAUAAACUUAAAGCUACUGUAGAAACAAAGGGUUUUCUUUUUUAAAUGUUUCUUGGUAGAUUAUUCAUAAUGUGAGAUGGUUCCCAAUAUCAUGUGAUUUUUUUUUUCCUCCCCUUCCCUUUUUUUGUUAUUUUUUCAGACUGUGCAAUACUUAGAGAACCUAUAGCAUCUUCUCAUUCCCAUGUGGAACAGGAUGCCCACAUACUGUCUAAUUAAUAAAUUUUCCAUUUUUUUUCAAACAAGUAUGAAUCUAGUUGGUUGAUGCCUUUUUUUUCAUGACAUAAUAAAGUAUUUUCUUUAAAAAUUGUUGUAAUUCAGAGUAUUUCUGUUGAGGGAGGUGCUUCUUAAAAAUAAGUAGGAAUAUAGCACCCCAGUGAGCAGGAAGCUGGGGGGGUAGGGUGCAGUGUUAGGGGGUGUCACCAGCUCUUUGAAAACCUGUGGACAACAAGCCAGUUUGCAUAAACAGGAUGUGUGAUAUUUACUCUUGAUAGGAGGCAUAGCAGGCCCUUAGAGCUUUACUUAAACUGCAUGGCAAAUUGAAAUGAAUCAUUUUAGUGUUUAGCUAGCCACUAAAUCCCUUGCUGAUCUGUCCUGCGUAGUUUAAAACGUGGCCAUGUUAUAAAGAAAAGUCUUGAAGCAUCCGGUUAUUGCUGAGUUUUCAGAAGAAAACAACGCAAGCAAUCUCUUGCCCUUUUUCCACGUUACCCUUUAAAAUAACCUUUGUUCAGUGGUACAUUUAGUUAAGGCAUUUGUAUUCAAAUGUAGCAUAGUAUUUGCAGAGAAAUUACCUUUUAAAACAUCUCAAAAGUGUUUUCUAAAAUGAUGAAAUAAACGGUGGGGUUCUGUCUAUGGUGGGAUUGUCAGUUUAUUAGGUGAGUAUUUUCCAAGGUCUCAGUUUGUGAAAAAAUGGUGCUAUGUACAAGUGGAGUUUGUUGGGAUAGACAAUCACUUACAAAGCCCAGAUGGCCAGAAGGGAAUUGGUGUUGCUCCUUUCACUUGUAUGGUUGAGCAGAUUUGUCACAUGCCACAAAACCAUUCUUUGUAGUCAUGCUUAGUAUGAGCUUGCUUUGUUGUUACGGUCAUGUUCUUUCCAGCCCUGCCCCAGCUAUGAAUUGUCUAAGUGUGAGGGAGCAUCAGAGCUUCAGUAUUGUUUAAAGAAUGUAGAAAAAUACAAAUUUGUCUAAUUUUGAAACUAUUUUAGAAAGUCCCUACUGUAGAAAGAGCUAAACUCAAAGACUUUCCUUGUAAGUGAAAGAAAAAAACUGCUGAUGAUUACCAAGAGGCGUAAGAAAAUUAGGUGAGGGAAUGUUGUGCUCUAGCCUGUGGGGUGCAGCUUCGUAGGGCACAUCAGCUUAGAAUGGUCUGGCCUCACCUCAGAGAGUCACAGAAAUAGACAAAAACCCAAAAAGUACUAGUAAAGUAAAUACAAGGAACAAAAUAAACAUUAAUAAAAAUGAAUGACGCAAAGGUGAUCCAGAAUCAUUACUUGCUCCAACAGCUAGAUCAAAGGCUGAACAUUUUGCUUUAGUAUAGAUGAGGGAAAUGAGCAAGUCCUAAAAGGUUUGCCCUGUUACGGUGUUUCAUCACUCAUACUGGAAGGAGAAGGAAAGGAGCCAUAUGACUCAUUUAAAAGAAAAACUGUAAGUCACCUUAAAUUCCCUAUGUUUUACUUCAUUUUUUCCCUAUUGAGGUUGUUACAGGUCAUGGUUGAUAAUAGUUGGUGUUGAAUGAAUGUAAUCCAUUAUUUAAAAACAGGUACAUUUAAGUGAAAAGAUAAAUGUAAAAAGCUGUUCAUAUCAAAGCCAAAUAGAAAUGAUUUUUAUGCUUAUAAUUUACAUGGUGCAAUAUAUCUUUUUAAUUUGUUUACUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1015.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1077.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 1120.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((..(((((((.(((((((((.((((.((((.(((((...(((((.(((((((.........(((((.(((((((((((((((((.(((..(((((..(((((((((....)))))))))......(((.((((.......)))))))))))).))).))))))))))))))((((.(((......))).))))(((((((.((((....)))))))))))...(((((((((.((...(((..(((....((((((........))))))...)))..)))))))))))))).....)))..))))).........))))))).))).))(((((((.(((((((.....)))))))..)))))))((((((((.(((.((((((...........(((.(((((...(((((....((((.(((((((....((((((((.......(((((.(((..(((((((((((((.((((.....))))..((((.(((.((.....)).))).))))....(((((.((....((((.((.....)).))))..)))))))((((...)))).(((((((((.((((.((......)).))...)).)))))))))(((((((..((((.((((..(((((((((...........((((((((((((.(.((((..(((((.(((((((((.....)).))))..))).)))))..)))))........((((((.((..((((...(((.((((((.......)))))).)))..))))..)).))))))..).)))))))))))...(((...(((((....((((.......))))...))))))))........(((.(((((((..(((((.((((.(((((((..(((((((...((((....))))...)))))))..(((((.((.(((((...........))))).)).)))))((((...(((.......))).))))((((..((((..............)))).))))...)))))))...)))).))))))))...)))).)))...(((((....))))))))))))))))))))))))))))).)))).))))).............))))..)))))))).......))))))))....))))))).)).))....)))))(((((...........)))))...........(((((..........))))).........)))))))).........)))))))))....)))))))).))))).))).).)))).))......)))))))))))))).)))))(((((((.......((((.((((.....(((.((..(((.(((...))).)))..)).)))...))))..))))((((((((.((((((((((....((((.....((..(((((((.....(((..(((.((.((((((((((((((....(((((......(((((.((((.((((((((..((((((..........((((((.((((((((((((....))))).....)))))))))))))....(((.....(((((((((((((....(((....)))......(((((((.((((((.....((((((.......(((((((.((.....(((((.(.......(((((((.((((......))))...)))))))........).)))))...........(((((...((((((((.............(((((((.((((((((((....(((..(((..(((((......))))).....(((((((.(((.((((((((((......))))))))))((((....))))..))).)))))))(((((((.........))))))).......)))..)))..))))))))))))))))).))))))))...)))))......)))))))))....))))))(((.(((((...((((..(((((((.......(((((((.((((.((((((((...(((...(((...(((((((((...))))))))).....((((((((((((.......((((((.(((((((((.((((......(((((((((((...((((....))))..)))))..))))))(((...((((((....))))))...)))((((.(((((((((..(((((....(((((((((..................((((((((((((((...(((((((....))))))).(((.......))).......(((((.((((...((((.....((......)).....))))...)))).)))))((((((.((((((((((((((.((..(((((.((.((((.((((....)))))))).)).)))))....(((.(((.((((..(((((.((((((....))))))..))))))))).))))))....(((((.......)))))(.(((((((((((((((((((((((.((((..(((..((((((((((((.......)))))((.((.(((((...))))).))))..........)).)))))......)))..))))..)))))))).......)))))).))))))))).)..((.(((((.((((..((((...((((......))))..))))..)))).))))).))......)).)))))).)))))))).))))))...........(((((((....)).))))).....)))))..))))..)))))))))).)))))))))...))))))))).))))((((((((.....)))))))))))).))))))))).))))))))))..))).)))))(((......))).(((.........)))......)))...)))...)))))))).....................((((......))))(((((..(...((....)).)..)))))((((((((...(((((........))))).....(((.(((((.......))))).))).)))))))).))))..)))))))))))))).))))....))))).)))...)))))).).))))))))))))))....)))))......)))...((((((...(((((((.......(((........)))..........)))))))..))))))((((....)))).))))))..))..)))))).)))).))))))))))...))))))((((((((..(....)..))))))))..))))))))..)).)))..))).....)))).)))..))....))))......)))))))))).))))))))...)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{(({,,(({((({,(({(((({(,((((,{{,{,{{((({,{(((((.(((((({.........(((((.(((((((((((((((((.(((..((((({{(((((((,,..}))))))))))......(((.((((.......)))))))})))).))).))))))))))))))|||(.(((......))),}}||(((((((.((((....))))))))))),.,(((((((((,(((.{(,(({(((...||(({,,,|.,|,,.)))))},.,)))})},))})))))))})|,..,))),|})))}.,,,.,,.,))}}})),)}),)}(((((((.(((((((.....))))))},.))))))){{(,,{{||,.|||||||{|||{(({{.,.{{({((({{,..(((({,{,.({{,,{((((((,.{{{(((((((.....,.{(((,{(((..(((((((((((({,((((,,,,,||||..((((.(((.((.....)).))).))))....(((({{((...,((((.{{.....}),))}}..)))))))((((...}))).(((((((((.(({{.((......)}.))..,)).))))))))){((((({..((({{((((.(({((((((({{.....{{{.(((((((({{{,,|,||||,.|||{,.(((((({,,.,,..}}.,}}}.,|||.|||||,,}}||{,.......((((((.((..((((...(((.((((((.......)))))).)))..))))..)).))))))..,.,}||||}}}}}.,,||,,.||||{{|,,.||||}||,...||||,,.|||||,{{{{......{,,.(((((((..{((((.((((.(((((((,.,,,{{{{,{{{((({{{{||,|....,}}.))}|(((((.((.(((({...........,)))).)).)))))|({{,,,||,...,{,.(((((((..{{},,}}},.}).,))),}},,,))).,}.}.,,.)))))))...)))).))))))))...))))|))),}||,.|||..,|,})})))}})))}))))))))})))))}.))}),)))}},............,)))..)))))))).,.....)))))))).}.,}}))))}.|||||{,,{|}}||,,{{|}...,,}}}..,,,}},,.........(((((..........)))))..........{((((.{({(((.....))).,))).)))))...,,)}})))}})}).)}))}),},,.....)))))))))))})},|||}}((({{,,.,,...,|||{.{{{|,,,,,{{|,{{..{{{.|{{.,,)},.))),.}).}}}...))))..}))){(((((((.((((((((((...,,{{{.....,{..||{|{{{,,,..(((,,{{(,{..{(((((({((((({..,{{(,,,...,,{{((((,({{{.{{||||||..((((((..........((((({.((((((((((((....}})}},....}))))))})))))..,.,{{,{...||||{||||||||,,..,||}}}})}}.,.,,,|{{{{{|,{{{(({||||,||||||..,,..,{{{{{{(,({.,||,{((((.{.......(((((({.,{,(.,,...}}))},.}))))))...,}..,},}}}},...........{{{{{...,{{{{{{,..,{,,,.,,.,.{{{{||||{|||||||||...,|{({{((,..(((((......))))).....||||||....{,{{{,,{(((({{{.|.||}||||||{((((........)))))...,})))||||,,|.}}}}}}},}))))))}}}},}})}),.}}}.}))))))))}}}))})))})))}},)),.,))))),.....}))}))))),.,}}}|||}|||}{||||...,{({{{{{,{{||,|,,..,||,,|||}|,,|}||||||||....||}|.((({,,(((((((((...))))))))},.,..|||||{{{{{{{....,,.((((((.(((((((((.(((,......(((((((((((...((((....))))..)))))..)))))}(((...((((((....))))))...))){(((.(((((((((..(((((....(((((((((....,,,...,|,,{{{{((((,,,,,,,,,....(((((((....))))))).(((.......))).,,{...,((((.((((...((((.....{{......)}.....))))...)))).)))),((((((.((((((((((((((.{(..{((((.((.((((.{(({....}}}})))).)).))))}....(((.(((.((({.,(((((.((((((....))))))..))))))))).))))))....,{{,,..}},..})))|{.(((((((((((((((((((((((.((((..{((..((((((({{{{{.......,,,||{{{(({((...}}})))}},})},..}},}}...)).)))))......)))..))))..)))))))).......)))))).))))))))).},.,|,|||{{.{{,{,,{{{{,,,({((,,.,,,|}},..))),,}})}),})})}})}.,....)).)))))).)))))))).))))))...,,......(((((({....)).)))))......})))))))}}..,,,,,))))).)))))))))...))))))))).)))|((((((((.....)))))))))))).))))))))).)))))),,}),,}}}|}|||}|{|||...,)),,|||.,.,,,.,,|||,,,...|,.....|(({{|||,,}}||.......||...........((((......}}}}.,|||.,{,,,{(|{{{,},|.,}}))},{||||{{,..(((((........)))))..{(((((.(((,,.......,))),))))}),{{{||.(({...})))))))||}|}},.||||....,}))),}},,),)))))).)}}))}}})))))}}}.,},}})}},,,...}},...{{{({{,,,|{|||{,....,..,||,.,.,,,,||}..........,))))))..}))))){{{{....)))).}}}))),,}},,}}))}}.)))}.))))))}}}}...}))}))((((((((..(....)..))))))))..})))))))..,,.)}}.,})}.,{{{|||,,,}},,))},,,},},....,.)))))))))).))))))))...}))))))......
Back