Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278691.2
Sequence Length
1309 nt
GC Content
0.4675
ACCACUGCUGCCGACCUCGCAACCACUGCUUUGUCUCUGAAUAGAGACAGGGUUUCCUUAUGUUGGCCGAACUGGGCUUGACCUCCUCGGCUCAAGUGAUCCUCCCACCUCGGCCUCGGAACUACAGGUGAGACUGCUCCUGGUGCCAUGAACGGAGACGACACCUUUGCAAAGAGACCCAGGGAUGAUGCUAAAGCAUCAGAGAAGAGAAGCAAGGCCUUUGAUGAUAUUGCCACAUACUUCUCUAAGAAAGAGUGGAAAAAGAUGAAAUACUCGGAGAAAAUCAGCUAUGUGUAUAUGAAGAGAAACUAUAAGGCCAUGACUAAACUAGGUUUCAAAGUCACCCUCCCACCUUUCAUGUGUAAUAAACAGGCCACAGACUUCCAGGGGAAUGAUUUUGAUAAUGACCAUAACCGCAGGAUUCAGGUUGAACAUCCUCAGAUGACUUUCGGCAGGCUCCACAGAAUCAUCCCGAAGAUCAUGCCCAAGAAGCCAGCAGAGGACGAAAAUGAUUCGAAGGGAGUGUCAGAAGCAUCUGGCCCACAAAACGAUGGGAAACAACUGCACCCCCCAGGAAAAGCAAAUAUUUCUGAGAAGAUUAAUAAGAGAUCUGGACCCAAAAGGGGGAAACAUGCCUGGACCCACAGACUGCGUGAGAGAAAGCAGCUGGUGAUUUAUGAAGAGAUCAGUGACCCUGAGGAAGAUGACGAGUAACUCCCCUGGGGGAUACGACACAUGCCCUUGAUGAGAAGCAGAACGUGGUGACCUUUCACGAACAUGGGCAUGGCUGCGGCUCCCUCGUCAUCAGGUGCAUAGCAAGUGAAAGCAAGUGUUCACAACGGUGAAACUUGAGCGUCAUUUUUCUUAGUGUGCCAAGAGUUCGAUGUUAGUGUUUCCAUUGUAUUUUCUUACAGUGUGCCAUUCUGUUAGAUACUAUCCUUAUAAUUGAUGAGCAAGACAUACUGAAUGCAUAUUUCGGUUUGUGUAUCCAUGCACCUACGUCAGAAAACAAGUAUUGUCAGGUAUUCUCUCCAUAGAACAGCACUAUCCUCAUCUCUCCCCAGAUGUGACUACUGAGGGCAGUUCUGAGUGUUUAAUUUCAGACUUUUUCCUCUGCAUUUACACACACACACACACACACACGCACACACACACACCAAGUACCAGUAUAAGCAUCUCCCAUCUGCUUUUCCCAUUGCCAUGCGUCCUGGUCAAGCCCCCCUCACUCUGUUUCCUGUUCAGCAUGUACUCCCCUCAUCCGAUUCCCCUGUAUCAGUCACUGACAGUUAAUAAACCUUUGCAAACGUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-340.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -364.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 339.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((.......)))......(((((((((((....)))))))))))...........((((((..(((((((((((.....)).))))).......))))..))))))(((((.....(((.((((((((((((((..(..(...(((((.......)))))...)..)..)))))..((((((....))))))....(((((((...(((.............))).....)))))))..(((((.((((...........((((.((.((........)).)).))))................(((...(((((((((...))))...))))).))).)))))))))..........((((((..(((((......((((..............((((((....((((((....(((........)))((((((.((((.(((..(((((...(((((((..((....((.(((...........)))))...))...)))))))....)))))))).))))))))))..........(((((((((......((((((((((((((.........))))))...(((((.......)))))..........))))).....)))((((((.((((..(((.(.((((((.((.((.((.((.((((((.(((((....((((.(((((((((((((((...........(((((((..((...((((((((((.(((((.(((........)).).))))))))....)))))))....))..)))))))...(((..(((...)))..)))...(((((.(((((....))))))))))..))))))))))))))).((((......((((((((..((((...(((((((......)))))))(((((((.(((.((........)).)))...)))).)))(.(((.((((((.......)))))).))).)......))))..))))).))).....)))).)))).....))))).)))))).)).))))...))..))))))).))).))))......(((((.(((.(((((........))))))))...)))))(((..........................)))..............)).))))...(((((.........)))))))))))))))).))))...))))))..))))......)))))..)))))).)))).)).))).)))..))))).....(((..((((...))))))).............))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,,{{,(((.....({{.{{,..(((((((((((....))))))))))).,,,....,..((((((..(((((((((((.....)).))))).......))))..)))))).,|||....{(({.,...}}},|}}}))}}}...,..})))).,|..{{.(((((((((.{{..(((((.{(((((....)))))}{{{.(((({{(,{.(((,.,.......,,.))}...,.)))))))..(((((.((((...........,{{{,|{,{{.......,}}.}},)}}}.,.....,...,,...{((,..{({{{,,,{..,)))}...})))}.}}}.}}))))))){(((({....((((((..(((((.....,((((..,...,.......{(((((..,.{(((((,,,{{{{.,},...,))|((((((.((((.(((,.{((((...(((((((..{{....((.(((...........)))))...}}...)))))))....)))))))).)))))))))),,,,,.....,{,||||,,......,,..,,,,{{((((,{,,,....|||||,...{{{{{.....,,)))}),....,....||||{,...{((((((({,.((((..(((.(.((((((.{(.((.((.((.((((((.(((((...,({{{{((((,((,((((((({{...,{{,...{|||{{..((...(((((((,((.(((({.{{{....,,.,}}.}.}})))},,.,,.)))))))..,.))..))))))))))}}{{{((({{,|.{,{||{...(((((.{((((....))))})))))..}}))))))},))}})}}|||}.....{(((((((..((((...(((((((......)))))))(((((((..(({({........,,.,))}}.)))).))){.(((.((((((.......)))))).))).)......))))..))))).))}.....,,.)},)))}},,,))))).)))))).)).))}}...}}..)))))),,))).))})......(((({.|{|{{((((,,....,.}})))}}}...}))))||,..,,,.,,,.................},...............)}.)))),....|||},}}}}...)))))))))}}}}}}}.))))}..))))))..,,))}}}...)))))..))))))..)))))).,,,..,},....,....)))))..||,({{.,,))).{,,....,,,))))))))).))..
Back