Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278710.2
Sequence Length
1472 nt
GC Content
0.4552
AGAGCUCAGCUGCUGGGUUGGAGAAAAAGAGGGUCUGCGGUCGCAAAUGGUUUGACUAAACGUAGGAUGGGACUUAAGUUGAACGGCAGAUAUAUUUCACUGAUCCUCGCGGUGCAAAUAGCGUAUCUGGUGCAGGCCGUGAGAGCAGCGGGCAAGUGCGAUGCGGUCUUCAAGGGCUUUUCGGACUGUUUGCUCAAGCUGGGCGACAGCAUGGCCAACUACCCGCAGGGCCUGGACGACAAGACGAACAUCAAGACCGUGUGCACAUACUGGGAGGAUUUCCACAGCUGCACGGUCACAGCCCUUACGGAUUGCCAGGAAGGGGCGAAAGAUAUGUGGGAUAAACUGAGAAAAGAAUCCAAAAACCUCAACAUCCAAGGCAGCUUAUUCGAACUCUGCGGCAGCGGCAACGGGGCGGCGGGGUCCCUGCUCCCGGCGUUCCCGGUGCUCCUGGUGUCUCUCUCGGCAGCUUUAGCGACCUGGCUUUCCUUCUGAGCGUGGGGCCAGCUCCCCCCGCGCGCCCACCCACACUCACUCCAUGCUCCCGGAAAUCGAGAGGAAGAUCCAUUAGUUCUUUGGGGACGUUGUGAUUCUCUGUGAUGCUGAAAACACUCAUAUAGGAUUGUGGGAAAUCCUGAUUCUCUUUUUUAUUUCGUUUGAUUUCUUGUGUUUUAUUUGCCAAAUGUUACCAAUCAGUGAGCAAGCAAGCACAGCCAAAAUCGGACCUCAGCUUUAGUCCGUCUUCACACACAAAUAAGAAAACGGCAAACCCACCCCAUUUUUUAAUUUUAUUAUUAUUAAUUUUUUUUGUUGGCAAAAGAAUCUCAGGAACGGCCCUGGGCCACCUACUAUAUUAAUCAUGCUAGUAACAUGAAAAAUGAUGGGCUCCUCCUAAUAGGAAGGCGAGGAGAGGAGAAGGCCAGGGGAAUGAAUUCAAGAGAGAUGUCCACGGACGAAACAUACGGUGAAUAAUUCACGCUCACGUCGUUCUUCCACAGUAUCUUGUUUUGAUCAUUUCCACUGCACAUUUCUCCUCAAGAAAAGCGAAAGGACAGACUGUUGGCUUUGUGUUUGGAGGAUAGGAGGGAGAGAGGGAAGGGGCUGAGGAAAUCUCUGGGGUAAGAGUAAAGGCUUCCAGAAGACAUGCUGCUAUGGUCACUGAGGGGUUAGCUUUAUCUGCUGUUGUUGAUGCAUCCGUCCAAGUUCACUGCCUUUAUUUUCCCUCCUCCCUCUUGUUUUAGCUGUUACACACACAGUAAUACCUGAAUAUCCAACGGUAUAGAUCACAAGGGGGGGAUGUUAAAUGUUAAUCUAAAAUAUAGCUAAAAAAAGAUUUUGACAUAAAAGAGCCUUGAUUUUAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAUGUAAUUUAAAAAGUUUAUUAUAAAUUAAAUUCAGCAAAAAAAGAUUUGCUACAAAGUAUAGAGAAGUAUAAAAUAAAAGUUAUUGUUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-430.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -461.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 401.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((...)))))))((((((...((((((.(((....)))....((((....))))...(((((((..........(((((((((((((((((((((.......))))).)))))((((((((..(((.((((((....(((((......((((.((((((((((...(((((((.(((...(((.((.((.((((.....)))).)))).)))...))).)))))))(..((......))..)...))))))))))))))....(((((....)))))..)))))))))))....((((..(((....)).)..)))))))..)))))))).((((...((......)).)))).((..(((((....(((.((((((....(((.......)))(((.((((.(((((((.((((((....)).)))).)).))))).)))).)))((((((.(((.((.((((((.((..(((((.(((((((....((((((((........))))))))((((.(((.(.(((.((((((.(((((((..((((((((...((((((...(((((...)))))..)).)))))))).)))).))).((((((.....(((((((......))))))).................(((((((((.((((((((..(((((((..((........)).)).))))).))))))))...)))))))))..........(.((((.(((............))).)))))...((((...(((((((((.................((((((((....)))))))).((((((......)))))).....((((((((.....))).)))))...))))))))).)))).(((((((........)).)))))(((((((((..(((((((((((..(((((((((((((....((((((........(((((...))))).......))))))....)))...)))).)))))))))))))).)))....)))))))))....(((((.((((......)).)).))))))))))))))).)).)))).))).).)))...)))).)))))))...)))))......)).)))))).))))))))))))))))).)))....)))))..)).....))))))))))).........))))))).........)))))).))))))((((((((((((((((((((((((.......(((......))).......)))))).))))..)))))))))))((((((((.....((((.................))))))))))))........(((..((((......))))..))).................((((((........)))))).((((((......))))))..........))).......((((((......))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{({..,{.{|,{((({,((,,....{(((((,,.((((((((.....((((((((.,..,(,,,.....,))},)))))))),,((((((((((((((((.......))))).)))),..})))))).}((..((((.(((((((.((((...((((.((((((((((...(((((((.(((...(((.((.((.((((.....)))).)))).)))...))).))))))),..{{......}}..,...})))))))))))))....(((((....}))),,,|(((({{{{{{...((((({.(((....)).}..)))))),...}},.|||,((((....((((................))))..})))...||||,},.,,,,.,,.}}})}}}|}}((((.(((((((.((((({....}),)))).))}})))).)))))))).)).))))).)))).))....)))))).,)),,,)}))))..((((((((........)))))))).})}))))},..((((...(((.(((({(({,.,.{{.(((...))).)}.},,.))),)))}))).)))}(((((((({.{{,(({...,,,||,..{((((((......))))))}.,((((((((((.,,,.(((((((((.((((((((..(((((((..((........)).)).))))).))))))))...))))))))).{{,(((((.(.((((.(((............))).))))}...(((.((((.,,,.,({{{...,..|,,}.,}}.((((((((....)))))))}.{(((((...,,,|}}}))}}.{{{{.,,({{{..(((((.......))))),,)))).)))).(((((((........)).))))}(((((((((,.(((((((((((..(((((((((((({....((((((........(((({...})))).......))))))....}},.,})))).}))))))))))))).)))..,.)))))))))....,|||{.,.|{,.....}}.})}}))}},||}||}|||{(((((((((((.((((((((((((.{{{{{,.,{(((((({,..,,{{...,||}}))))}.||{,{{,,.,|,}|,,,.|,||}||||,,{{..,|,|.||,,..}}.}}}}},}}),)),.,,})).,.))))}...}))))))))))))))))))}||.({(((,,,....}}})),|||,}}}}|||||,,,,)))}}.........))))))){{{{{{{(,,{{{((((.................)))}})))))))...}))))..}},........,,)))))))))})}},|,{{{{{{{....,,,,,,,.}}}}})),,}),{(((({......})))))....,,))))))))}.....,{{{{,......}})))}....
Back