Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278792.2
Sequence Length
1578 nt
GC Content
0.5222
AAGAGGAGGCGCGAGAAUGGAGGUGGAGGCCGUCUGUGGUGGCGCGGGCGAGGUGGAGGCCCAGGACUCUGACCCUGCCCCUGCCUUCAGCAAGGCCCCCGGCAGCGCCGGCCACUACGAACUGCCGUGGGUUGAAAAAUAUAGGCCAGUAAAGCUGAAUGAAAUUGUCGGGAAUGAAGACACCGUGAGCAGGCUAGAGGUCUUUGCAAGGGAAGGAAAUGUGCCCAACAUCAUCAUUGCGGGGCAUUGACGUUGUGAGGAAUAAAAUUAAAAUGUUUGCUCAACAAAAAGUCACUCUUCCCAAAGGCCGACAUAAGAUCAUCAUUCUGGAUGAAGCAGACAGCAUGACCGACGGAGCCCAGCAAGCCUUGAGGAGAACCAUGGAAAUCUACUCUAAAACCACUCGCUUCGCCCUUGCUUGUAAUGCUUCGGAUAAGAUCAUCGAGCCCAUUCAGUCCCGCUGUGCAGUCCUCCGGUACACAAAGCUGACCGACGCCCAGAUCCUCACCAGGCUGAUGAAUGUUAUCGAGAAGGAGAGGGUACCCUACACUGAUGACGGCCUAGAAGCCAUCAUCUUCACGGCCCAGGGAGACAUGAGGCAGGCGCUGAACAACCUGCAGUCCACCUUCUCAGGAUUUGGCUUCAUUAACAGUGAGAACGUGUUCAAGGUCUGUGACGAGCCCCACCCACUGCUGGUAAAGGAGAUGAUCCAGCACUGUGUGAAUGCCAACAUUGACGAAGCCUACAAGAUUCUUGCUCACUUGUGGCAUCUGGGCUACUCACCAGAAGAUAUCAUUGGCAACAUCUUUCGAGUGUGUAAAACUUUCCAAAUGGCAGAAUACCUGAAACUGGAGUUUAUCAAGGAAAUUGGAUACACUCACAUGAAAAUAGCGGAAGGAGUGAACUCUCUUUUGCAGAUGGCAGGCCUCCUGGCAAGGCUGUGUCAGAAGACAAUGGCCCCGGUGGCCAGUUAGAGCAGAGACUUCACUGACUGACUUACAGGUGCCCUAUUCUGAGGUACAGGAGCCGCGGCUUUCUGAUGGGGGAAAAUGCCGCCUUAGGCUGGAGCCAACAUGACUGUCCUUUAAACUCCAGUGGCUGGCCAGGCACGGUAGCUCACGCCUGUAAUCCCAACACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUCACCUGAGGUCAGAAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGGGAAACCCUGUCUUUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCGGGCACCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGUGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCCAGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCACACCAUUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGUCUCCAUCUGGGGAAAAAAAUUAAAUAAAUAAACUCCCGUGACUUGCAUGUUUGCUUCUGGGACGUCUGUGCCCCGCAAGUGUUUGAGUUUGGCCUCCACCCCAUUGAUGCGGUGACGGGGCGGAAAGGCGCAGAGAAGCUGAGGGCGGUCUCUGAUCUGUGUGUGGGUUGACAUUUUAGCUAAUAAAGCCUUGCAGUGUUUGUUGGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-547.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -572.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 450.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(..(.((((..(((((.(((((((((((..(((((.(((((((((((((.(((((..(((....)))..))).)))))((((.......(((((.((((((...((.......))..)))))).))))).........))))((((...)))).........(((.(((((((.((..((.......)).....(((((((....(((((((....((((((..((.......))..))))))((((.(((((((.((..............)).))).))))...)))).)))))))))))))).........)).))))))).)))(((((((((((((.(.....((((((...((((((...((((.(((.(.(((...............)))...).)))..))))))))))...))))))..........((((((..((((..(((.(((..((((.(((((.(.......(((((((.(..((((....((.((((.(((((((..(((((....(((((((.(((((.(((((....(((((.(((......))).))))).....((((...((((....(((((((.((.((.....((((.((........))))))..((((((((.....(((((((....(((((...((((.(((((((((.(((.((.((((((.............)))))).)).)))..((((((...(((....(((.(((((...........)))))))).(((((........))))).....))))))))).........((((((((..((.(((((...(((..((((.((.......)).)))).))).)))))))..))))))))...........((((((((((....))).)))))))...((.((((...)))).)).)))).)))))..))))..(((((.....)))))....))))).....))))))).(((((((.((((........)))))))).))).((((((((((((((......)))))..)))))....)))))))))))))))).))).))))....))))...))))((((((((..(((.(.((.(((((((..((((((....)))))).......))))))))).))))...((((..........)))).))))))))....)))))..))))).))))).))...)))))....))))))).)))).))....))))..).)).....)))))...).)))))))))))).))))))).)))))).((((((...(((((..(((((((..............)))))))))))).))))))...((((.......))))((((....................))))....).))).)))))))))).....)))))))))))))))............))))))))))))))))..)))).)..)...((......)).((((((.(((...)))..))))))......((((......))))....(((((((((..((...))..)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(..(.((((..(((((.(((((((((((.{(((((.(((((((((((((.(((((..(((....)))..))).)))))(((({.....,|||(({((((((.,,{(,...,..}}..}))))).)))}|..........}}}{{{|...|)}}..,,.....{{(,(((,{{,.,,{{(({({{{{{{,...{{((((((({{..(((((((....((((((..((.......))..))))))((((.(((((((.((...........}..)).)))},)))...)))).})))))),,|||||{.,,,..{.||.|||||||{},|({,{||,{|||{|,||,...((((((...((((((...((((.(((.,.(((...............)))...}.)))..))))))))))...))))))(({,,.{||{(({(((,.,,{{.,{{,.{(({.((,({(,,,((((.......||||||.|}}||{|}}..,{.{,{{.|||||||}.||,||}}}.{{{(((,.((({{.{|||.....(((((.(((......))).))))).....{({{,,,({{{.,.,{{{(((({,,.,{.....||||}{|,,..,,,.))}})),|,{({{(((,,...{{{{{||...|{||||,..||{|||{{,|{|{|{(((.((.((((((.........,...)))))).)).))).,(((({{,,.{{{..,.(((.(((((...........)))))))).|{{||,,...,,,))))).,...,,.})))),.{{{{{...((((((((..{{.(((((...({{.,({{{.{{.,.....)).)))).))).))))}))..))))))))....,......((((((((((....))).))))))).,,||((.((((.{({((...(((((((((....))),,))))))))).)))).))},,.)))}})}}))),,,}.|||.}}}}),)|}}{{{,,,||||.}},.)}),|((((((((((((({{.,{.||,,...,))|)|...,|||||||,,,,...|.,,,.}},,....))))})}))){((((((((..{{,.,.{{.{(((({,..((((({....}))))).,,..}})||||||,,.))))}}.((((..........)))).))))))))},{,,|||,..,))))}),}}}.,,....,,,,....,,|||||{||},.||{{..,,,)}}).,,...}})))))).})))))))))))))).|||||,|{,,|||,.((((((...(((((..(((((((..............)))))))))))).)))))),},,,||.}}}}}.,}))|||,....................|||||.||..,|||},,,)))}))}}},.)))))))))))))))........,...))))))))))))))))..)))).)..)...((......{|{((((((.(({,..}})..))))),.}))}}||,|...,,.,},,....(((((((((,,({...})..)))))))))..
Back