Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001281734.2
Sequence Length
4338 nt
GC Content
0.5297
ACUCCGAUCAGCUGAUCCCAACUGACAACAGGAGAGGAGGAAGCCCGGGAGGCAACGAAGGAGGAGGGUGGCGGAGAUGGAGAUGAGGAUGGAUCUGCCGGUGUCCUGAGGAAUAGCCUCUGCCCCCACUGGCGCCCUGCGGCCCCCCGACGCCGCCUUGCUGCGGCCGAGCUUCUCAGUGGUAUCCCCUGAAAUACUGACUUCAGGUCGAAUUAUAUUGAAAAGCUCCUGACCACUUUCUUUCAUUACCAAAACUUUGUAGCUGAUGUCCAACCGAUGAACCCACCACCGUGAACCCAUCAGACCUCUCUCAGAUAGCCAUAAAAGACCCUUCCAAGUCAAUUUUGACCACAUCUUUGCUUGCACUUUAUGGAGGAUGAAACCAUCAAACCAAAUCAACGUUGCUGCUAAUACAAGAGUCUUAGAGGCAGCAAAUUAAAAAUUUGAACAUUUGUUUGUGAAGAACUAUAACAGGACAUGAAAGGUGUUCUUUUUUAAAGUGUUCAGAACCCUGUGGAAGUUUCGUGCAGUCUUCAGACUCAAAUCUUCGUCUUCACCCCCGGGGCAAGCUCAGUGACUAUUAUAUGGUGGGUGUGUUUCCUUACCAGCGUGAGUAUGAGUGCCCAGACUUCCCCAGCAGAGAAGGGCCUGAAUCCGGGGCUGAUGUGCCAGGAAAGUUACGCUUGCAGCGGGACUGAUGAAGCUAUCUUUGAGUGUGAUGAGUGCUGCAGUCUGCAGUGUCUCCGCUGCGAGGAGGAGCUCCAUCGGCAGGAGCGCCUGAGAAACCAUGAGCGGAUAAGACUCAAACCUGGCCAUGUCCCUUACUGUGACCUCUGCAAGGGUCUCAGUGGGCAUUUACCAGGUGUUAGGCAGAGGGCAAUAGUGAGGUGCCAGACCUGCAAAAUUAACUUGUGCCUGGAGUGCCAGAAGAGGACUCAUUCUGGGGGUAACAAAAGGAGACACCCUGUUACUGUGUACAAUGUCAGUAAUCUCCAGGAGUCACUGGAGGCAGAAGAGAUGGAUGAGGAGACCAAGAGGAAGAAGAUGACUGAGAAGGUUGUGAGUUUCCUCCUAGUAGACGAAAAUGAAGAAAUUCAGGUAACAAAUGAAGAAGACUUUAUUAGAAAAUUGGACUGCAAACCUGAUCAGCAUCUGAAAGUGGUUUCCAUUUUUGGAAAUACUGGUGAUGGAAAGUCUCAUACUCUCAACCACACUUUCUUUUAUGGUCGUGAAGUCUUUAAAACCUCCCCGACCCAGGAGUCCUGCACUGUGGGAGUGUGGGCAGCCUAUGACCCAGUUCACAAAGUAGCAGUGAUCGAUACGGAAGGGCUCCUGGGGGCCACCGUGAAUCUAAGCCAGAGAACACGGCUGCUGCUUAAGGUCCUGGCCAUCUCAGACCUCGUCAUCUAUCGAACUCAUGCAGACCGGCUGCAUAACGACCUCUUCAAAUUCCUUGGGGAUGCCUCAGAAGCUUAUCUGAAGCACUUCACCAAGGAGCUCAAGGCCACCACUGCUCGCUGUGGCCUGGAUGUCCCUUUAUCCACACUGGGCCCUGCAGUUAUCAUCUUCCAUGAGACCGUGCACACCCAGCUACUGGGCUCUGAUCAUCCCUCAGAGGUGCCAGAGAAGCUCAUCCAGGACCGGUUCCGGAAGCUGGGCCGUUUCCCUGAAGCCUUUAGUUCCAUUCACUACAAGGGAACGAGGACUUACAACCCUCCCACGGACUUUUCUGGGCUUCGGCGUGCUUUGGAGCAGCUACUAGAGAAUAACACCACCCGUUCUCCCCGGCACCCGGGAGUCAUCUUCAAAGCCCUGAAGGCACUAAGUGACCGCUUCAGCGGUGAGAUCCCCGAUGACCAGAUGGCGCACAGCUCCUUUUUUCCAGAUGAGUAUUUCACCUGCUCCUCCUUGUGCCUCAGCUGUGGGGUUGGAUGUAAGAAAAGCAUGAAUCAUGGGAAGGAAGGAGUGCCUCAUGAAGCCAAGAGCCGCUGCAGAUACUCCCACCAGUAUGACAACCGAGUGUAUACCUGCAAGGCCUGCUAUGAGAGAGGCGAGGAAGUCAGUGUAGUGCCCAAAACAUCUGCUUCCACUGACUCCCCCUGGAUGGGUCUCGCAAAAUAUGCCUGGUCUGGUCGGCAGUACUGGUUUGGAAACCAAGAUCCUGUGGAUACGGUGGUGCGGACAGAGAUUGUGCAUGUGUGGCCUGGAACUGAUGGGUUUCUGAAGGACAACAACAAUGCUGCCCAGCGCCUGUUGGACGGGAUGAACUUCAUGGCUCAGUCGGUGUCCGAGCUUAGCCUUGGACCCACCAAGGCUGUGACUUCCUGGCUGACAGACCAGAUCGCCCCUGCCUACUGGAGGCCCAACUCCCAGAUUCUGAGCUGCAACAAGUGUGCGACGUCCUUUAAAGAUAACGACACUAAGCAUCACUGCCGAGCCUGUGGGGAGGGCUUCUGUGACAGCUGUUCAUCAAAGACUCGGCCAGUGCCUGAGCGGGGCUGGGGCCCUGCGCCAGUGCGGGUCUGUGACAACUGCUACGAAGCCAGGAACGUCCAGUUAGCUGUUACCGAGGCACAAGUGGACGAUGAAGGUGGAACGCUCAUUGCUCGGAAGGUGGGCGAGGCCGUGCAGAACACUCUGGGAGCCGUGGUGACAGCCAUUGACAUACCACUAGGUCUGGUAAAGGACGCGGCCAGGCCUGCGUACUGGGUGCCUGACCACGAAAUCCUCCACUGCCACAACUGCCGGAAGGAGUUCAGCAUCAAGCUCUCCAAGCACCACUGCCGGGCCUGCGGACAGGGCUUCUGUGAUGAGUGCUCCCAUGACCGCCGGGCUGUUCCUUCUCGUGGCUGGGACCAUCCCGUCCGAGUCUGCUUCAACUGCAAUAAAAAGCCCGGUGACCUUUAACCCCAGCCCCCUCUCCGAGUCCUUCACAAUUCCUUAGGUUCUCAGGGUUAGAAACAGUCUUGCGAGGUAGGCCCUCCUCCCAGUCACCUGCUGUGGUGUGUGUCCUCUCCUCUCCGCAUCCAGGGCCACUUUCCCUCAGUGGGGGUGAGCCUGGCGGCAGGCCCGAAGGUGUGGACCCCUCAGGGCAGGGGACCUUGCAACUUAUCGCAAAGGGGAAUGAACCUGAAUCCGUUGCAUUUAUUUCAGUUAAAAAUAAUGAAUAUAUAUGUGUAUAUCUCUCUCUCAUAUAUACAUAUGAAAGGCACUCGGGGCGUAUCGAGGCUGCUGCUGGCUGUGAAGACUUCGCACAGUCUCCUCCGCACAGGGUGAGGUGGCAGUGGCAGCACGUCUUCCUCAUGAGCCGAGCCAGGUCCAUGGCCACCACGUGGCUGGCCCCUUCCUCUGCUGCUCUUGGAGCCUUGGAAGCCUCUCCUGUCCUUGGCUCUUCCCUCCAUGCCUGUCAGCUGCCUGGGGAGUGAGCCUCCCUGGUCCUUCCUGCCUGAAACAGCCUGAAGGGAAUUCUCCCUAGGUCUCCUGGGAGUCGAGUCCCAAUUCUUGGCUUAAGCCUGUUUUAGUCAGAGACCACCCAACUUAGCGUGCAGGUCACCGGAGUGGGUGGAGGGUCAGAGGUCGGGUCUUCGGCCCUGAGAAGUAGAAAUGCAGGGGCCGUGCUGUCCCUGGUCCCCCAGGGAACAGCAAGGAAGGAACUGAGCCUUCUCCAGCAGGGCUUCCUGUCCCGAUGCUUCUGUCUCCACUCGGCUUUCCCAAAAGGCGGCACCCAGCUCCUCAAUCGAAGCAUCUGCCUCCCACCCCUCGGCCCCCUCAAGCCCACCAUCUGCUUCUGAGUGUCGCACUAGGAUUUUCAUUGCUUAUUUUAAAGUGUCUUAAUCCUUUGUUCCCAGACACACAACCCCUCUAGCUCUCGGAGGGGCGAUCAUGAGAAACCUUCCAGGGAAACUGAGCACAGGAUGAACUGUUAGUUGUUUUUAAAAGUCUAUAUAAAUAUUUCAACAGAUCGUAAAGAAAAAAUUUAUCUCUUUGGUCCUUGCAAGAGAAGUCAAAGGAACUUUUGUUUCUCCUCAAGAGCCUGGACAUCUCUGUCUGUCAUGACUGGAAAGGGCCCGUUGUGCUGAAAUCCUAUCAUCAUGGUGGAUUUGAUCUUCAGUGGCCAAACACGAAUUAAAGUAUAAUUCUUAACUGAACUGGUGGGUGGGUUGAGCUUUAGGGAAGUAUAUGGCGGUCAUUCCUGGUGCGCCUAUCGGUGUGACAUGAGCCCUGGAGUGUGUCGUCCCUCUCAGCCCUGCUCCUCCUGCCUCCUGGGGUCCAGUGACUGGGACCCUACUCUAGAACUGUGUACCAUCCAAUUCGCCAUCAUAAAGGAAUCUUCCUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1574.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1653.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 1073.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..((((.((....)).)))).....))))(((((((..(((((((((((..((.((((.(((((((((((((((((((.((((.(((((..(((((((....((((.....))))......)))))))(((....)))........(((((......))))).((((((.((((((...((.((((((........))))))..))....)))))).))))))..............(((((((.........)))).))).)))))...((((....(((....)))....))))...)))))))).........................((((....))))..)))))))))).........(((..((((....))))...))).......((((((.((((.((....)).)))).))))))..........(((((((((((......(((((((.....((.....))......)))))))....)))))))))))...(((.((((((((.(.(((.((...((((..........))))(((((...((((.((((.((.(.(((((...))))).).)).))))))))....).))))....)).)))).)))))))).)))..((((.((((.....(((((((((.((((((((((((......((((.((.(((..(((((((.(((.((((((.((..(((((..(((((((..(.((((((.((((((.((.(((((.(((((.......))))).)))......)).))))))))....((((..((((((..((((((...((((.(((((......))))).))))))))))...))))))..((((((.(((..(((..((((((.....)))).))..)))..))).)))))))))).((((((((....)).))))))((((((....(((.((((.((.(((((((..........)))))))((((((......))))))...((((((((((((((.(((((((((((((((....((..(((((.(..((.((.(((((((((((((..((((((((..(((((((((((....(((((((....)))))))......(((.....)))))))))((((...)))).....)))))))))))))....)))))).)).))))).)).))..))))))..))..))))))))..)))))........................((((((((((((.((((((.....(((((((.............))))))).....)))))).((......))))))))))))))(((..(((((..(((.....)))...)))))..)))......((((.(((.....))))))))).)))))))))......((((((.....)))))).......)))))...((((((((((((((.(((((......))))).))).))).))))))))....(((((((..(.....)..))))))))).))))))))))))))))))).)..)))))))..)))))...((((....))))....(((((...)))))((((((.......))))))..))))))))))))))).)))..))).)...).))))..(((((((((((((((((((((.(((((............))))))))).....((((((.(((((.(((((.....(.((((((.(.(((((((((..(((....((((((..........))))))(((((...))))))))...)))))))))))))))).)...)))).(((((....))))).(((((((((((((...(((..((((((((.(((..(((((((..(((((.......)))))...(((((((.(((((((.(((((((..((...............((.((((((.(((((((((.(((.((....)).))).)))(((.(((((((....(((.(((....((((((((((((((....((((((((....((((((.(((((((((((((.(((.............)))..))))))))......(((.(((((((((((.((((((.((((((.(((.(((.(((((.(((((...)))))((((...)))).))))).))).)))..)))))).))))))....(((((((((...(((.((.((((((((........(((.((.(((...(((..((..(((.(((...((.(((.((.((((((....((((.(((((((((.....))))))))).).)))....)))))).)))))))))).)))..))....((((......)))))))...))).)).)))...(((((.((..(((.......)))..)))))))......((((((((((.((.((((((.((((........)))).))).))).)).))))).)))))...(((.((((((((((.((((.((..(((((((((...)))..)))).))...))))))..((((((.((.(((........)))..)).)))))).((((((((((.((((((((((.(((..((((((((((((.((((.((((.((((((.((..(((((....((((..(((..........)))))))..((((((.((.(((((((........)).))))).)).))...)))).....)))))..)).)))).))..)))).))))...)).)))...)).))))).)))(.((((....)))).)....)))))))))).)))......(((((((((.......((((.(((.((((...)))))))))))..(((.......)))......)))))))))))))))).))))))))))))).....)))))))).)).)))...))))).)))).............)))))))....)))))))...((..((((......))))..))))))).)))))).....(((((..((((..(((.....)))))))..))))).))))))))...))))))((.(((((......))))).)).((((((.........(((........)))......)))))).....((((...........))))..(((((((((((((.........)))))))))))))....)))))))).(((....(((((((.(((.((((....)).))..))))))))))...)))...(((((.((.((((((((..((.((((((......((((((((.((((.((..((((((...))))))(((((...((((((.(.((((.((((((..(((((......)).)))..))))))(((((((.(((((((..((((...((((((.....))))))((((....(((.(((((((((((.(((((((...(((((.(((...)))))))).....))))..)))..))).......)))))))).))).))))........))))..))))).))..)))).))).)))).).))))))..)))))...)).))))(((((((.....(((((((((.((((((((((((....))))))).......((((((.......)))))).))))).))).)))))).....))))))).......))))))))......))))))))..)))(((.(......).)))..))))).)))))))...(((........)))...)))))).....)))))))))).((((((.......((((......)))))))))).)))))).))))))))))..)))))))..))))((((((((((..............)))))).))))...))))))))))((((.(((((((.(((((.((........)).))))).)).))))).))))(((((...........)))))(((.((((.(.((((((.(((((....))))))))))).))))).))).(((((....))))).......))))))))))...))))))).)..)))...)))))..)).))))))........(((......)))((((((.....))))))..........).))))).)))))).))))))))))).......)))))).))))))))(((((....))))).)))).))))))))).......)))).)))).))))).)))))).)))))))))((((((........)))))).......(((.((.(......))).)))...........))..)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((..((((.((....)).)))).....)))){({((((,,{((((((((({....{((((((({(.(({,(((({(({((((((,.((({.{{(((((((..,.((((.....)))).,....))))))){{{..,{|||....,,..(((((......))))).((((((.((((((..,({.((((((........))))))..)}....)))))).)))))),,{{,{{{,,,.,,,{,,,.,,{..,,,{{|,,(((,(((({..,{{((((....((({{..|||..,,}|||,|,....,,},.}},.{{{{{{,,,{,.........((({....})}}..,,}},,}}},||{{{{||{|||{{(((({,,.,,,,.............((((((,((({.((....)).)))}.)))))),.........{{{(((((({{,,,,,,{{{||{|......{{{{{{|.....}})))))}}...,)))))}))))}..,|,|,|||,,..}}},|||}{{,|||.{||||,,,|||||||}}}.}}{|{,{{(({,(({{{.,.(((......(((((((.,.....,)})))))..}}}))}.}}))))))).,,|{{.{,..{{,{({,.(({({{,..{{||||{||.{|{|||{{||{|}}}}.|||||,|,,|||}.{||||||||{{.{{||||,||.,||{||.,|((((((..{.((((((.((((((.((.(((((.(((((.......))))).)))......)).))))))))....{{{{..((((((..((((((...((((.(((((......))))).))))))))))...))))))..((((((.(((..(((..((((((.....)))).))..)))..))).)))))))}}}.((((((((....}).))))))(((({....,(((.((((,({.(((((((..........)))))))((((((......))))))...((((((((((((((.({(((((((((((((..{.((..(((({,(..((.((.(((((((((((((..((((((((..({{{{((((((....(((((((....)))))))......{((.....)}})))))}{(((...))))....,}))))))))))))....)))))).)).))))).)).))..))))))..)),.}))))))),.))))),.,,.,,.......,,.,,.....((((((((((((.((((((....,(((((((,.....},.}}},}}})))}.....)))))).{(......)}))))))))))))(((..(((((..(((.....)))...)))))..))).....,((({,(({.....})))))))).)))))))))......((((((.....))))))......,)))))...{(((((((((((((.(((((......))))).))).))).)))))))}....(((((((..{.....}..))))))))).))))))))))))))))))).)..)))))))..))))),}}||||},..,)))}|..(((((...)))))((((((.......)))))),}}})))))}}}}}}}}||}|,,}||.,,}})},}})))||{{{((((((((((((((({.(((((.,,......,,.))))))))).....((((((.(((((.({{{{.....(.((((((.(.(((((((((..(({....((((((..........))))))(((((...)))))))}...)))))))))))))))).)...}})}.(((((....))))).(((((((((((((...(((..((((((((.((({,{((((((,.(((((.......))))).,{(((((({{(((((((.(((((((..(((.......,,,,...,|.((((((.(((((((((.(((.((....)).))).)))}.,(({(((({(.((((({{{{{{.((({,({((((,..(((.(((((({((,......{((.(.(({{(((((((.(({{...........,)))..))))))))))))))}}.))))))).)))..,))))),)))),,,))}},.,))))))}}.,||...,,|{(((((((((((((((((((((((((..((((((((((.{(({(,,(((((((((....))))))...))).).}),.},((.(((.(((((....))))).))).)){{,(((((((((,((({((({{{{,(({(.(((((((((.....))))))))).).}}}.{{(|||,.{||.||,|{{(((((((((((.{{((((......))))|}}...,,,{({((.{{.,{{,(((((({(,,,,,....,.....(((((...(((((((.((.{.{.(((.(((((((((((((.((.,{((((((,.,,...(((((((,....,,,.(((.((((((((((.((((.((..(((((((((...}))..)))).))...))))))..((((((.((.(((........)))..)).)))))).((((((((((.((((((((((,(((,,((((((((((((,((((.(({{.((((((.((..(((((,.{{{{{,.,|.,.,|||,...||||}|{{..{(((((.((.{{{{{|{,,,.....}),))))).)).))...}}}},,..,}}}}}..)).)))),,),.)))).)))}...)),)))...)).}}})),))})))||,,,..}||}.},})})))))))))).)))......(((((((((.......((((.(((.((((...}))))))))))..(((.......)))......)))))))))))))))).))))))))))))).}})))}},,........{{{.||,..)),}))).,.)})))))},,}})}.)).))))))))))).))).,..}.)).)))))))))))).,,{{{{.((((((((..(((((.,,,.((({,...))))).},(((....))).)))))...)))))))}{(({|..}}}.))))),|,{(((........)))}|}|||,.....,},.....)))))))).,.,||}}}}}........,,,,..{((((((((((((.........)))))))))))))..)))))...)))))).})),.)))})}})})))))))))))..,}})))))))))).))))))).(((((.((.((((((((..((.((((((......((((((((.,,((.....((((((...))))))(((((((.(.((((((.(((..((,(((..{(({{.....{{{{.||{{|||||{{((((((,{((((((..((((...((((((.....)))))|((((..,.(((.(((((((((((,{{{((((...{||||,{({...}}}}}||}.....))))..,}}..}||,...,,})))))))).))).)))),.......})))..)))))},},.))}),))),})))))}}||}}|.|}}}.}}}}))))),))).})))))...}.))))))).((((((((((((....))))))},))))).((((((.......)))))}..,(((((||..}}}))}}.|,}}}},,,},,,}}.))))))))......))))))))..)))(((.,......),)))..))))).)))))))...(((........))))))).{{.......}}))))).))).))))))},....,,,,......,))))}}}...,))))).))))))})))..))))))).,}))}((({((((((....,,....},..)))))),))),..}))))))))))((((.((((({{.(((((.((........)).))))).,}.))))).))))(((((...........)))))(((.((((.,.((((((.(((((...,|})))}))))).,)))).)))|{((({....))}}),......))))))))))...))))))).)..)))...)))))..)).))))))....,{|,(((......)}}((((((.....))))))....,,},,.}.))))).)))))).))))))))))),..,}}))))))),)}}}))))|{|{{,,,,)))),})))).)))}}))))}}..,,,)))),)))).))),).))))))))))))))))|(((((((,..||{||},,,...,},,|.},||.|.,,...,,..,,,.,.........))..})))))).,.
Back